基于Taq-Man探针的多重qPCR检测DuCV·DEV·NGPV方法的建立与应用

[目的]建立一种快速、特异的鸭圆环病毒(DuCV)、鸭肠炎病毒(DEV)、新型鹅细小病毒(NGPV)的多重荧光定量PCR方法。[方法]针对DuCV、DEV、NGPV的基因保守区域序列,设计合成3对特异性引物及3种荧光基团标记的Taq-Man探针。构建重组质粒标准品,优化反应条件。建立针对DuCV、DEV、NGPV的多重荧光定量PCR检测方法。[结果]该方法能同时鉴别检测DuCV、DEV、NGPV,并且与其他常见鸭病毒病不发生交叉反应。对DuCV、DEV、NGPV最低检出限均为2.5×10^(1)copies/μL。该方法重复性好,组间和组内试验变异系数低于1.0%。用该方法检测150份临床样本,结果显示,DuCV、DEV、NGPV的阳性率分别为32.0%(48份)、23.3%(35份)和18.7%(28份),DuCV和DEV混合感染率为4.6%(7份),DuCV和NGPV混合感染率为8.6%(13份),总阳性率为87.3%(131份),未检出DEV和NGPV混合感染的结果。与常规PCR检测方法比较,阳性符合率为100%。[结论]该研究建立的基于Taq-Man探针的多重荧光定量PCR方法能够同时、快速、定量检测DuCV、DEV、NGPV。较普通PCR更敏感,实用性更强,有效避免了多次检测耗时长、费用高的问题,为DuCV、DEV、NGPV的监测和防控提供了有效可靠的检测技术。

番鸭细小病毒与鹅细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据番鸭细小病毒(MDPV)和鹅细小病毒(GPV)基因组的非同源序列各设计了1对引物MDPVF1/R1和GPVF1/R1,建立了一种PCR方法,用该PCR方法分别对GPV、MDPV、鸭瘟病毒(DPV)、鸭肝炎病毒(DHV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)、犬细小病毒(CPV)和猫泛白细胞减少症病毒(FPLV)的病毒培养物及其核酸进行扩增。结果,引物MDPVF1/R1仅特异性扩增出MDPV的900 bp核酸片段,引物GPVF1/R1仅特异性扩增出GPV的465 bp核酸片段。表明,建立的PCR方法可用于GPV和MDPV的鉴别诊断。

二重PCR检测鸭瘟病毒和鹅细小病毒的初步研究

根据鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)DNA聚合酶基因和鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)NS基因序列分别设计2对引物,应用这2对引物对混合样品中鸭瘟病毒和鹅细小病毒进行了二重PCR扩增。PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明2条特异性带为563bp(DPV)和1146bp(GPV),与实验设计相符,且与常规单一PCR结果一致。二重PCR反应检测出的DPV含量相当于20个PFU;检测出的GPV含量相当于0.1个ELD50,对禽痘病毒和减蛋综合征病毒的核酸未能扩增出任何条带,特异性良好。该二重PCR能够在一次扩增反应中检测两种病毒,为两种鹅病的病原检测和诊断提供了一种简便、经济、快速的手段。

番鸭细小病毒荧光定量PCR方法的建立及初步应用

为建立一种快速检测番鸭细小病毒(MDPV)的方法,本研究根据GenBank中MDPV的REP基因序列,设计一对特异性引物和一条TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了检测MDPV的荧光定量PCR方法。检测结果表明,该方法检测敏感性达到20 copies,比常规PCR灵敏度高100倍;而且该方法对鸭I型肝炎病毒、鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭副粘病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等的检测均为阴性,具有良好的特异性;该方法的批内和批间的检测变异系数均小于2%。对广西地区鸭群收集的118份病料进行检测,其MDPV阳性率为11.02%。结果提示广西地区的鸭群中MDPV的感染比较普遍,建立的荧光定量PCR方法可以用于MDPV的临床快速检测。

鸭坦布苏病毒、鸭肠炎病毒和番鸭细小病毒TaqMan三重实时荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用

本研究旨在建立一种快速、敏感和高特异性检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭肠炎病毒(DEV)和番鸭细小病毒(MDPV)的TaqMan三重实时荧光定量PCR(q-PCR)的诊断方法并应用于临床疑似样品检测。根据DTMUV的E基因、DEV的UL2基因和MDPV的VP3基因保守区域,分别设计合成了3对特异性引物和探针,在建立单重q-PCR方法的基础上建立了三重q-PCR方法。运用三重q-PCR方法对198份来自江苏和安徽的鸭组织疑似病料进行检测,结果表明,建立的TaqMan三重q-PCR可同时检测这3种病毒,检测灵敏度至少达100个拷贝,相关系数(R2)均在0.99以上,扩增效率为90%~110%。同时,该方法对H9亚型禽流感病毒(H9N2 AIV)、鸭甲肝病毒Ⅰ型(DHAV-1)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)、新城疫病毒(NDV)、鹅细小病毒(GPV)的检测均为阴性,表明该方法具备特异性强、灵敏度高、重复性好和快速等优点。与常规PCR检测方法相比,三重q-PCR方法灵敏度大约高100倍。临床疑似样品检测结果表明DTMUV的检出率最高,3种病毒混合感染亦常见。建立的TaqMan三重q-PCR检测方法为DTMUV、DEV和MDPV的临床样品检测提供了快速、有效、特异和灵敏的工具,也为临床分子流行病学调查及定量分析奠定了基础。

水禽圆环病毒双重PCR检测方法的建立

为建立能同时检测并区分鸭圆环病毒（Duck circovirus，DuCV）和鹅圆环病毒（G00se circovims，GOCV）的方法，根据DuCV和GoCV基因组的保守区域设计两对特异性引物，预期特异性扩增DuCV和GoCV片段大小分别为192bp、556bp。经过反应条件的优化，建立了DuCV和GoCV的双重PCR检测方法。特异性检验表明该方法无法扩增其他水禽病原；DuCV和GoCV的最低检出限分别为10^4拷贝／μL和10^5拷贝／μL。临床样品检测结果显示，DuCV阳性率为8．01％，GoCV阳性率为1．6％，与常规PCR方法完全一致。结果表明，建立的双重PCR方法可以用于水禽圆环病毒检测和流行病学调查。

安徽番鸭细小病毒的分离和PCR检测

为研究安徽省番鸭细小病毒遗传变异状况,通过番鸭胚接种分离了安徽流行株,并进行PCR检测。将扩增基因序列AH-MDPV-1和AH-MDPV-2在NCBI数据库中进行相似性搜索比对,结果显示,两者与番鸭细小病毒基因同源性均大于99%;与鹅细小病毒基因同源性分别介于79%~90%和78%~81%之间。进一步将AH-MDPV-1与7条参比的细小病毒基因序列进行比对,可见番鸭细小病毒的该部分基因相对较为保守,而与鹅细小病毒基因相应区域具有明显差异,表明该基因特异性较强,可以作为番鸭细小病毒的鉴定依据。同时可判定该病毒分离株为番鸭细小病毒。

区别鹅细小病毒和番鸭细小病毒的PCR-RFLP方法的建立

根据GenBank登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)非结构蛋白(NS)基因特征,本研究设计1对特异性引物对GPV和MDPV基因组DNA进行PCR扩增,目的片段大小均为810bp,并对PCR产物进行切胶回收。用EcoRⅠ酶对GPV和MDPV特异性胶回收产物进行酶切鉴定,结果显示MDPV经EcoRⅠ酶切后琼脂糖凝胶电泳检测片段为2段,大小为530和280bp;而GPV经EcoRⅠ酶切后琼脂糖凝胶电泳检测片段大小不变。本研究建立了一种快速区别GPV和MDPV感染的检测方法,可对番鸭感染水禽细小病毒的情况进行快速鉴别诊断。

鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒二重RT-PCR方法的建立

根据基因库中鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的基因序列,分别设计了两对特异性引物,通过对二重RT-PCR扩增条件的优化,研究建立了可同时鉴别检测鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重RT-PCR方法。该方法对同一样品中的鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒模板进行扩增,结果均同时得到2条大小与实验设计相符的202bp(鸭Ⅰ型肝炎病毒)和474bp(番鸭细小病毒)的特异性扩增条带,对鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性。敏感性试验结果表明,该技术最低能检测到100fg的鸭Ⅰ型肝炎病毒RNA和番鸭细小病毒DNA。研究建立的鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒感染的检测。

番鸭细小病毒与鸭圆环病毒二重PCR方法的建立

根据基因库中鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的基因序列,分别设计了两对特异性引物,通过对二重PCR扩增条件的优化,研究建立了可同时鉴别检测鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的二重PCR方法。用该方法对同一样品中鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的模板进行PCR扩增,结果均得到了与实验设计相符的351bp(鸭圆环病毒)和474bp(番鸭细小病毒)的扩增条带,而对鸭I型肝炎病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性。敏感性测定结果表明:该二重PCR技术最低能检出100fg的鸭圆环病毒和番鸭细小病毒DNA模板。研究建立的鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的二重PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭圆环病毒和番鸭细小病毒感染的检测。

番鸭细小病毒套式PCR检测方法的建立及应用

通过比对分析GenBank上登录的多株番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)和鹅细小病毒(Goose parvovirus)全基因序列,选取两种病毒间相似性较低的区域设计合成了2对特异性引物,建立了能快速鉴别诊断MDPV的套式PCR方法。该法仅能特异地扩增MDPV,敏感性达到62 copies/μL,比普通PCR高1000倍。运用该方法对分离的12份临床样品进行检测,结果检测出2份MDPV。本试验所建立的套式PCR方法可用于MDPV感染的临床诊断和流行病学调查。

鸭副黏病毒和鸭圆环病毒二重荧光定量PCR检测方法的建立

根据鸭副黏病毒(DPMV)和鸭圆环病毒(DuCV)保守基因序列,设计了2对针对鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的特异性引物和2条不同荧光基团标记的TaqMan探针,建立了鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的二重荧光定量PCR检测方法。该方法敏感性好,对鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的检测敏感性分别达到160和140个拷贝数;该方法特异性强,对鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、鸭瘟病毒和H9型禽流感病毒等病原体的检测全为阴性;应用该方法对118份临床病料进行检测,结果检出鸭副黏病毒和鸭圆环病毒阳性感染率分别为0.85%和8.47%,无混合感染。本试验建立的二重荧光定量PCR具有快速、特异、敏感和重复性好等优点,适用于鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的快速诊断和监测。

鹅细小病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)基因序列,分别设计合成针对GPV非结构蛋白(NS)和MDPV NS2-VP1基因片段的2对引物GPV U/L和MDPV U/L,将GPV和MDPV提取核酸混合后作为模板,优化PCR反应条件,建立了能同时检测这2种病毒的双重PCR。特异性试验结果显示,引物GPV U/L仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株730bp核酸片段,引物MDPVU/L仅特异性扩增出MDPV的624bp核酸片段,双重PCR扩增出长度分别为730bp和624bp的2条特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)和鹅副黏病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,双重PCR能同时检测到14.4pg的GPV核酸和28.8pg的MDPV核酸。结果表明,建立的双重PCR可用于GPV和MDPV的鉴别诊断和联合检测。

番鸭细小病毒病病原的血清学检测与PCR鉴定

为了解安徽省番鸭细小病毒病的流行情况,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)对该省内部分番鸭群进行鹅细小病毒的血清抗体检测,同时对疑似病鸭进行了病原的PCR检测。结果发现,在被检测的44份血清样本中鹅细小病毒血清抗体阳性率高达34.1%;PCR检测结果显示,所检测的样品中,有2份为鹅细小病毒阳性,1份为番鸭细小病毒阳性,且3份被检样品均来自雏番鸭。该研究结果表明,该省番鸭群中存在鹅细小病毒和番鸭细小病毒感染,应采取有效的预防控制措施。

鸭新城疫病毒和鸭圆环病毒二重PCR检测方法的建立

本研究根据GenBank中鸭新城疫病毒(NDV)的F基因和鸭圆环病毒(DuCV)的V1/rep基因的保守序列,各设计一对特异性引物,并对二重PCR的扩增条件进行优化,建立了鸭NDV和DuCV的二重PCR检测方法。对混合样品进行扩增,得到2条大小为493bp(鸭NDV)和218bp(DuCV)的特异性条带,与预扩增片段相符。而对番鸭细小病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭源小鹅瘟病毒、鸭H9亚型流感病毒、鸭疫里氏杆菌、大肠杆菌、禽多杀性巴氏杆菌等病原检测,结果为阴性。该方法的敏感性试验表明,鸭NDV的核酸最小量为40fg,DuCV为20fg。

GPV·MDPV和FAdV-4三重PCR检测方法的建立

[目的]为快速地鉴别鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)和禽腺病毒血清4型(FAdV-4)3种病毒,建立一种特异强、敏感高、重复性好的三重PCR检测方法。[方法]根据Genbank登录的MDPV、GPV和FAdV-4的基因序列,设计3对特异性引物,以提取的核酸为模板,进行PCR特异性、敏感性和重复性试验。[结果]采用所建立的方法能够扩增出GPV、MDPV和FAdV-4特异性片段,且不能检出鸭黄病毒(DFV)、鸭I型肝炎病毒(DVH-Ⅰ)和禽呼肠孤病毒(ARV);GPV、MDPV和FAdV-4核酸模板的最低检测量分别为20、2、2 pg;对8份阳性临床病料进行检测,可见MDPV、GPV和FAdV-4的检出率均为100%。[结论]建立的三重PCR检测方法能够对MDPV、GPV和FAdV-4这3种病毒进行快速、准确的诊断。

鹅细小病毒、番鸭细小病毒及鸭圆环病毒多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用

为建立鉴别检测鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)及鸭圆环病毒(DuCV)的方法,本研究分别针对GPV、MDPV NS基因与DuCV Rep基因,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了同一体系中同时鉴别检测GPV、MDPV及DuCV的TaqMan荧光定量PCR方法。利用该方法检测GPV、MDPV、DuCV及禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、鸭坦布苏病毒、番鸭呼肠孤病毒等主要水禽源病毒,结果显示,该方法仅能扩增出GPV、MDPV及DuCV,与其他主要水禽源病毒均无交叉反应,特异性强;利用该方法检测等体积混合后的GPV、MDPV及DuCV质粒标准品混合物,结果显示,该方法对3种质粒标准品的检测限均为7.5×10^(1)拷贝/μL,普通单一PCR对上述3种质粒标准品混合物的检测限均为7.5×10^(3)拷贝/μL,表明本研究建立方法的敏感性高于普通PCR;该方法组内与组间重复性试验的变异系数均小于2.0%,重复性好。利用该方法与MDPV和GPV双重荧光定量PCR方法及DuCV荧光定量PCR方法同时检测96份临床发病鸭的组织样品,该方法检测结果显示,共检出58份阳性样品,其中GPV检出率为18.75%(18/96),MDPV检出率为4.17%(4/96),DuCV检出率为37.50%(36/96),GPV与DuCV混合感染率为8.33%(8/96),阴性样品38份。与GPV和MDPV双重荧光定量PCR及DuCV荧光定量PCR方法的检测结果均一致,三者的符合率达100%。本研究建立的GPV、MDPV及DuCV多重TaqMan荧光定量PCR方法为临床鉴别检测该3种病原及其流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术手段。

NDRV和MDRV双重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种能够同时快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,根据GenBank上已发表的2种病原S3基因保守序列,设计合成2对特异性引物。经条件优化后,建立了检测NDRV、MDRV的双重RT-PCR方法,扩增2种病毒的片段,大小分别为298 bp和189 bp。试验表明,该方法具有良好的特异性和敏感性。采用该方法对在广东省不同地区采集的42份鸭病料样品进行检测的结果与单一RT-PCR结果一致,均检出19份感染NDRV的病料和8份感染MDRV的病料,表明该方法可用于临床样品检测。

基于PCR技术的番鸭细小病毒和沙门氏菌混合感染诊断

2010年9月贵州省某养鸭场送检病鸭5例,为确诊病因,同时为其及时防治提供科学依据,对病例进行了流行病学调查、实验室剖检病变观察、细菌学、PCR检测。结果表明:该病例为番鸭细小病毒和沙门氏菌混合感染,分离的沙门氏菌具有高致病性,仅对氧氟沙星敏感,对多种常用药物产生耐药。

番鸭三种细小病毒多联PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中番鸭"三周病"病毒(MDPV)、小鹅瘟病毒(GPV)的NS基因和VP基因,以及华南农业大学禽病组分离到的细小病毒型"白点病"病毒(MDWNV)的NS和VP基因序列,设计3对特异性引物,并在建立单项PCR技术的基础上,优化多联PCR反应条件(EX-Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度以及退火温度等),建立了MDPV、MDWNV和GPV三种病毒的多联PCR检测方法。本研究结果表明,该番鸭三种细小病毒多联PCR检测方法具有特异、快速、准确、敏感的特点,能同时鉴别诊断这三种番鸭细小病毒,并可直接应用于临床典型病变组织的检测。