大鲵皮肤cDNA文库ESTs分析及Dynll 2基因的分离与表达

以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以及信号转导相关的基因表达量最高,分别为31.3%、14.0%、13.0%和12.6%。表明大鲵皮肤分泌活动强烈,代谢旺盛,这和大鲵皮肤发挥免疫、呼吸以及渗透压平衡等生理功能相一致。获得的大鲵Dynll 2基因全长为682 bp,其中5'-UTR为57 bp,3'-UTR为313 bp,生物信息学分析表明,该基因编码104个氨基酸,分子量为12.03 ku,等电点pI值为7.05。Dynll 2蛋白在88～104处有由里向外和由外向里的2个跨膜螺旋区,且二级结构以α—螺旋为主;在69～87处有典型的"ZnF-C2H2"结构模体;经比较,其三级结构与鼠Dynll 2蛋白相似。Dynll 2蛋白的进化分析表明,大鲵与无尾两栖类相比,更接近陆生动物。荧光定量实验表明,大鲵Dynll 2基因在肌肉中高表达,在其他组织中低度表达。

MiR-148a-3p靶基因的预测与验证

目的:预测和验证miR-148a-3p的靶基因。方法:利用生物信息学方法预测miR-148a-3p的靶基因;在神经胶质瘤细胞U87/U251中建立miR-148a过表达及抑制表达稳定细胞系。利用q PCR实验验证miR-148a-3p与靶基因的靶向关系;利用Western Blot实验检测靶蛋白表达水平。结果:生物信息学方法预测结果显示dynein light chain LC8-type 2(DYNLL2)为miR-148a-3p靶基因之一;q PCR实验结果显示DYNLL2在神经胶质细胞HA1800与神经胶质瘤细胞U87/U251中的表达有差异,在神经胶质瘤细胞miR-148a过表达及抑制表达的细胞中表达有差异;Western Blot实验结果显示DYNLL2的蛋白表达水平在神经胶质细胞HA1800与胶质瘤细胞U87/U251中有差异。结论:miR-148a-3p与DYNLL2有确切的靶向关系,DYNLL2在神经胶质细胞与胶质瘤细胞中均有表达,与正常胶质细胞相比,DYNLL2在神经胶质瘤细胞中表达下调,包括基因水平和蛋白水平,miR-148a-3p能够负向调控DYNLL2的表达。