中国畲族、锡伯族、壮族和藏族Penta E位点的遗传多态性

应用复合PCR扩增技术和荧光毛细管DNA自动电泳分型的方法，使用国产试剂盒，检测PentaE位点在中国畲族、锡伯族、壮族和藏族中的基因频率分布情况。获得了4个民族各约100名无关个体的Penta E位点的等位片段及基因型频率，共发现20个等位片段，其频率分布在0．0048—0．2396之间。各民族的平均杂合度为0．8838，平均个体识别力0．9748，平均非父排除率0．7635，平均多态信息总量0．8950。研究表明Penta E位点属高杂合度、高识别能力的遗传标记，是法庭科学亲子鉴定和个体识别的理想位点。

桥本氏甲状腺炎伴发病变中BRAF V600E基因突变率的研究

目的通过检测BRAF V600E基因在桥本氏甲状腺炎(以下简称桥本)及伴发良、恶性病变中的突变情况,探讨该基因改变在疾病发生中的作用及意义。方法选取昆明市第一人民医院诊断为桥本及合并病变78例,进行BRAF V600E基因检测及资料收集,对结果进行分析及统计。结果在21例桥本组,57例乳头状癌组(伴桥本及不伴桥本)BRAF V600E突变阳性病例分别为0、23例,桥本组与乳头状癌组比较,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论BRAF V600E基因突变的分子标记,可以作为乳头状癌早期诊断的参考指标之一,协助对桥本氏甲状腺炎恶性不典型病变的诊断。

胃癌患者Vav1基因E59K位点多态性分布变化及意义

目的探讨胃癌患者外周血Vav1基因E59K位点多态性的分布变化及意义。方法选取350例胃癌患者作为胃癌组,同时取200例体检健康者作为对照组。化学发光法测定血清肿瘤标志物癌胚抗原（CEA）、铁蛋白（FER）、糖类抗原72-4（CA72-4）水平;ELISA法检测血清Vav1及IL-2水平;PCR法检测外周血Vav1基因E59K位点多态性的分布情况。对两组患者各指标进行比较,并就各指标与胃癌的关系进行Logistic相关分析。结果与对照组比较,胃癌组血清中Vav1、CEA、FER、CA72-4水平均升高,IL-2水平降低（P均〈0.05）。外周血Vav1基因E59K位点多态性有AA、GA、GG三种基因型。胃癌组中AA、GA的基因型频率及A等位基因频率均高于对照组（P均〈0.05）。胃癌组和对照组按E59K基因型分组后发现IL-2的水平随GG基因型、GA基因型、AA基因型逐渐降低,Vav1的水平逐渐升高（P均〈0.05）。Logistic回归分析结果显示,AA基因型与胃癌关系密切,是胃癌的独立危险因素（OR=2.67,95%CI为1.814-6.474,P=0.003）。结论胃癌患者Vav1基因E59K位点多态性中,以AA基因型为主,该基因型可能通过升高Vav1、降低IL-2水平,从而促进胃癌发生发展。

HPV-16 E2结合位点甲基化水平与宫颈病变的相关性研究

目的:探讨HPV-16长调控区(LCR)4个E2蛋白结合位点(E2BSs)甲基化水平与宫颈病变的关系。方法:选取单一型HPV-16感染者的宫颈脱落细胞标本59例,分为3组。焦磷酸测序技术定量检测4个E2BSs序列包含的7个Cp G位点的甲基化水平。b DNA技术检测对应标本内E6/E7 mRNA表达水平。分析E2BSs位点甲基化水平与E6/E7 mRNA水平及宫颈病变程度的相关性。结果:HPV-16 E2BSs甲基化水平与宫颈病变均呈正相关(r_s=0.614,0.599,0.289,0.502,P均<0.05),其中E2BS3与宫颈病变间相关性较弱(r_s=0.289,P=0.027)。除E2BS3位点(P=0.070),E2BS 1、2及4位点甲基化水平分别在HPV-16无症状感染组、LSIL组和HSIL+组组间的差异均有统计学意义(P均<0.05)。LSIL组中,4个E2BSs位点间的甲基化水平差异有统计学意义(χ~2=17.672,P=0.001),且E2BS1位点甲基化水平高于E2BS 2、3及4位点甲基化水平(P均<0.05)。HSIL+组内,4个E2BSs位点间的甲基化水平比较,差异有统计学意义(χ~2=18.387,P=0.000),E2BS1位点甲基化水平高于E2BS3和E2BS4位点(P均<0.05),E2BS3位点甲基化水平最低(P均<0.05)。E6/E7 mRNA水平随E2BS1和2位点甲基化水平升高而升高(rs=0.480,0.467,P均<0.05)。E2BS1和E2BS2位点甲基化水平诊断HSIL和SCC病变的ROC曲线下面积(AUC)较大,AUC分别为0.791(95%CI=0.668~0.914)和0.806(95%CI=0.680~0.931),诊断敏感性均为73.9%,特异性分别为72.2%和80.6%。结论:HPV-16E2BSs基因甲基化状态与宫颈病变程度存在相关性,E2BSs甲基化状态有望作为临床上预测宫颈癌前病变及宫颈癌的早期分子指标。

脂联素受体2基因+33371Gln/Arg、细胞色素P4502E1基因RsaⅠ位点多态性和吸烟与非酒精性脂肪性肝病的相关性

目的探讨脂联素受体2（AdipoR2）基因＋33371Gln/Arg、细胞色素P4502E1（CYP2E1）基因RsaⅠ位点多态性和吸烟与非酒精性脂肪性肝病（nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）发病之间的关系。方法采用病例-对照研究的方法,以750例NAFLD患者及750例健康对照者的外周血白细胞为样本,利用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术分析了＋33371Gln/Arg和CYP2E1-RsaⅠ基因多态性。结果 ＋33371Gln/Arg（A/A）基因型和CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型频率分布分别为39.20%、71.73%（病例组）和21.07%、43.07%（对照组）。＋33371Gln/Arg（A/A）患NAFLD的风险显著增加（OR=2.4156,95%CI=1.8164-4.0725）。CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者患NAFLD的风险也显著增加（OR=3.3547,95%CI=1.9182-4.5057）。＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者在NAFLD组和对照组中的分布频率分别为32.67%和6.40%。＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者患NAFLD的风险显著增加（OR=9.9264,95%CI=4.2928-12.4241）。病例组的吸烟率显著高于对照组的吸烟率（OR=2.5919,95%CI=1.4194-4.9528）,＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型与吸烟有协同作用（OR=34.6764,95%CI=18.9076-61.5825）。结论 ＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型和吸烟是NAFLD的易患因素,三者的联合在NAFLD的发生中起着协同的作用。

2019年潍坊地区一株登革病毒全基因组序列分析

目的 分析2019年潍坊市一株登革病毒(Weifang 2019)全基因组序列及关键性氨基酸位点的突变情况。方法 收集登革病毒感染病例的血清样本,对初检阳性样本进行病毒分离、全基因组测序,构建进化树,对该序列进行核苷酸/氨基酸相似性分析。结果 本研究中,分别以登革病毒1型(DENV-1)参考毒株(NC_001477.1)和原型株(EU848545.1)为对照,Weifang 2019核苷酸基因组的全序列分别检出94个和95个氨基酸位点突变,其中有57个突变位点一致。其中,3个结构蛋白和7个非结构蛋白均存在突变,蛋白NS5、E和NS1位点突变占比前3位。核苷酸序列和氨基酸序列分析发现Weifang2019与Guangdong 2014(99.5%/99.3%)、Wenzhou 2014(99.6%/99.4%)、Guangdong 2016(99.4%/99.2%)、Henan 2014(99.5%/99.3%)处于同一进化分支,且相似性均大于99%。结论 2019年潍坊地区一株登革病毒Weifang 2019与Guangdong 2014(MN018287.1)、Wenzhou 2014(KR024708.1)、Guangdong 2016(MN018286.1)和Henan 2014(KP686070.1)的遗传距离较近、相似性较高,提示Weifang 2019可能由上述地区毒株遗传进化而来。

基因多态性与超声波活体测定相结合对肉牛主要肉质性状的研究

本试验采用PCR-SSCP与超声波活体测定相结合的方法,对Leptin基因外显子ⅡE2JW的SNP位点与宰前/宰后新疆褐牛背膘厚度、眼肌面积、脂肪含量、眼肌高度的部分肉质性状进行关联性分析。结果表明,外显子ⅡE2JW位点的PIC处于中度多态(0.25<PIC<0.5),E2JW多态位点存在3个基因型:AA、AB和BB,其中AB为优势基因型,B为优势等位基因。相关性结果表明,除预测值中AB、AA基因型个体的肌肉脂肪含量与实测值的分析结果不一致外,其他均表现出新疆褐牛Leptin基因外显子ⅡE2JW多态性与预测肉质性状和实测肉质性状关系的一致性。因此,Leptin基因外显子ⅡE2JW是影响新疆褐牛肉质性状的候选基因位点,基因多态性结合超声波活体测定技术不仅可以快速、准确地测量部分肉质性状,而且可作为分子标记辅助选择的一种手段。

喉癌染色体6q25区域的杂合性丢失和微卫星不稳定性分析

目的 :在 6 q2 5区域内筛查喉癌相关的基因 ,探讨胰岛素样生长因子受体Ⅱ (IGF2R)基因及脆性位点FRA6E在喉癌发生中的作用。方法 :在 6 q2 5区域选择 3个微卫星多态标记 ,其中D6S980位于IGF2R的 5’端且与FRA6E紧密连锁。应用聚合酶链式反应 聚丙烯酰胺尿素凝胶电泳 DNA银染方法对 70例喉癌进行杂合性丢失(LOH)和微卫星不稳定性 (MI)分析。结果 :在这 3个痤位上 ,喉癌LOH频率以D6S980处最高 ,达 4 1.4 % ,MI频率为 2 6 .8%。总的异常频率为 6 8.2 %。LOH和MI与喉癌临床分期无关。结论 :提示IGF2R可能是喉癌相关的抑癌基因。

日本乙型脑炎病毒E蛋白毒力相关氨基酸位点的研究进展

日本乙型脑炎是由日本乙型脑炎病毒(JEV)引起的一种虫媒性、人兽共患急性流行性传染病。该病毒通过入侵人、猪、马和野生动物的脑神经引起病毒性脑炎,对人和动物造成严重的危害。E蛋白是JEV的毒力蛋白,E蛋白某些毒力氨基酸位点突变会改变JEV的致病性,这些位点通常被作为检测弱毒疫苗质量关键监测目标和判断野毒JEV变异毒力强弱的依据。本文对JEV E蛋白毒力相关氨基酸位点的研究进展进行综述,为研究JEV减毒分子机制和预防JEV变异提供理论基础。

甲状腺乳头状癌BRAF^(V600E)突变与临床病理特征和甲状腺球蛋白的关系

目的探讨甲状腺乳头状癌(PTC)BRAFV600E突变与其临床病理特征和甲状腺球蛋白(Tg)的关系。方法用巢式PCR方法对我院2012年1月至2012年3月期间55例PTC患者行BRAFV600E基因突变检测,分析其突变与PTC患者临床病理特征的关系。结果 1 55例PTC患者中29例BRAFV600E基因突变,突变率为52.7%。2 BRAFV600E基因突变与PTC患者的年龄、性别、肿瘤直径及TNM分期均无关(P>0.05),与肿瘤有包膜外浸润、多灶性、有淋巴结转移及规范化治疗后Tg均值>1.0μg/L有关(P<0.05)。结论 BRAFV600E基因突变可能导致肿瘤的侵袭性增加,并且与规范化治疗后Tg值增高相关。

含有SAP结构域的肌肉增强因子2激活基因对肝细胞癌细胞增殖和凋亡的影响及其可能机制

目的探讨含有SAP结构域的肌肉增强因子2激活基因(MAMSTR)对肝细胞癌(HCC)预后的影响,以及对HCC细胞增殖和凋亡的作用和可能机制。方法从TCGA数据库中获取369例HCC患者肿瘤组织和正常肝组织mRNA数据和相应临床信息。通过Wilcoxon检验分析MAMSTR基因在HCC组织和正常肝组织中的表达差异。通过Kaplan-Meier曲线和Cox回归模型分析MAMSTR与HCC患者预后的关系。应用基因功能富集分析(GSEA)检测MAMSTR在HCC中的潜在生物学功能。使用慢病毒包装质粒构建可诱导表达MAMSTR siRNA的HepG2肝癌细胞系。通过细胞计数、克隆形成和Caspase 3活性实验检测体外条件下MAMSTR对HCC细胞生长和凋亡的作用。使用蛋白质印迹、定量PCR实验分析MAMSTR影响HCC细胞凋亡的分子机制。通过转录因子分析MAMSTR对HCC生物学功能调控的可能信号通路。结果与正常肝组织比较,MAMSTR基因在HCC组织中高表达,P<0.001;且其表达量与年龄和临床分期有关联,均P<0.05。生存分析显示,高表达MAMSTR组患者中位生存期较短,χ^(2)=14.257,P<0.001。单因素(HR=1.302,95%CI为1.160~1.461)和多因素Cox回归模型(HR=1.265,95%CI为1.124~1.424)表明,MAMSTR可以作为HCC患者预后的独立危险因子,均P<0.001。单样本基因集富集分析(ssGSEA)分析发现,MAMSTR高表达组中CD56dim自然杀伤细胞(W=536,P=0.018)、效应记忆CD8+T细胞(W=576,P=0.048)、嗜酸性粒细胞(W=305,P<0.001)、1型辅助性调节T细胞(W=497,P=0.006)和17型辅助性调节T细胞(W=439,P<0.001)抗肿瘤免疫细胞出现下调。同时,促肿瘤免疫细胞记忆B细胞(W=1010,P=0.022)和2型辅助性调节T细胞(W=1191,P<0.001)上调。GSEA结果显示,MAMSTR可能调控E2F转录因子[标准化富集分数(NES)=2.475,P<0.001]、PI3K/Akt/mTOR(NES=1.438,P=0.002)等信号通路。定量PCR检测发现,敲低组细胞MAMSTR的相对表达量(0.624±0.006)明显低于对照组(1.000±0.010),差异有统计学意义,t=45.998,P<0.001。生长计数和克隆形成实验发现,敲低MAMSTR表达可以抑制HepG2细胞生长,t=11.372,P=0.008。Caspase 3活性实验结果显示,Dox(+)组细胞中Caspase 3相对活性(2.209±0.027)明显高于Dox(-)组(1.000±0.017),差异有统计学意义,t=66.576,P<0.001。蛋白质印迹实验验证了在敲低MAMSTR表达的HepG2细胞中,PUMA蛋白在Dox(+)组(1.390±0.018)中相对于Dox(-)组(0.988±0.030)表达上调,差异有统计学意义,t=16.270,P=0.004;BCL2蛋白在Dox(+)组(0.565±0.005)相比Dox(-)组(1.046±0.038)表达下调,差异有统计学意义,t=17.635,P=0.003。定量PCR实验显示,BAX基因在Dox(+)组中相对表达量(1.415±0.055)明显高于Dox(-)组(1.000±0.020),差异有统计学意义,t=9.969,P=0.010。转录因子分析表明,MAMSTR可能通过E2F1参与调控细胞生长,相关E2F1蛋白转录结合域包括cisbp_M3134、transfac_pro_M00920和transfac_public_M00516等。进一步分析发现,E2F1与MAMSTR表达呈正相关,r=0.566,P<0.001。结论MAMSTR基因是促进HCC进展和导致HCC患者预后不良的可能因素之一,其可能通过调节E2F1转录因子网络进而调控HCC细胞增殖和凋亡。