辣椒E2基因家族的鉴定及分析

【目的】泛素结合酶E2(UBC)作为泛素蛋白酶体途径中将泛素转移至靶蛋白的重要中转酶,与植物的生长发育和许多胁迫有关。从辣椒全基因组中鉴定E2基因家族成员,分析相关基因表达模式,为后续研究提供理论基础。【方法】基于辣椒全基因组信息,利用生物信息学方法对E2基因家族进行鉴定,系统分析该家族成员的基本理化性质、亚细胞定位、染色体定位、基因结构、系统进化关系、顺式作用元件、蛋白质互作网络、非生物胁迫响应与组织器官表达模式。【结果】辣椒E2家族有48个成员,在11条染色体上呈不均匀地分布,其编码蛋白主要定位于细胞外和细胞核中;通过对辣椒、番茄和拟南芥的比较进化分析将其分为GroupⅠ-GroupⅧ亚族,同一亚族具有相似的蛋白保守基序和基因结构;发现共有26个蛋白之间存在互作;顺式作用元件分析表明,CaUBC基因启动子区含有大量光响应、激素响应元件,上游2000 bp区域中存在多种与生长发育和抗逆性相关的顺式作用元件;CaUBC参与胁迫响应,在不同非生物胁迫和激素处理下,将其分为3类,其中高温环境下第3类基因为高表达;在组织器官中表现出不同的表达,其中CaUBC38在果实中的表达量变化较为明显,进行RT-qPCR分析发现,50 d相对表达量最高,10 d表达量最低。【结论】获得48个辣椒E2(CaUBC)基因,揭示了E2家族不同成员在辣椒生长发育和非生物胁迫过程中的表达特征。

E2F表达与肝癌患者预后及免疫浸润的相关性分析

目的探讨E2F基因与肝癌患者的预后关系及其作为肝癌标志物的可能性。方法GENT2数据库用于评估E2F基因在肝癌中的表达。生存分析和Cox分析提示E2F基因的预后价值。使用STRING数据库构建包含40个最相似基因和E2F1-8的基因网络。TIMER数据库用于分析E2F基因表达与免疫细胞浸润之间的相关性。cBioPortal数据库分析E2F1-8的基因突变情况。GEO数据集用于验证E2F5的表达差异。UALCAN、MEXPRESS、GEO和TCGA数据库中甲基化信息用于分析E2F5的表达与启动子甲基化之间的相关性,并通过人类肝癌细胞系进行验证。结果E2F1-8在肝癌组织中均高表达。晚期肝癌患者E2F1-3和E2F5-8的转录水平与总生存率(OS)呈正相关。多因素分析显示,高水平的E2F5表达是肝癌患者OS缩短的独立预后因素。E2F5/7在肝癌中的表达与肿瘤诱导的免疫反应激活和免疫浸润有关。E2F5在肿瘤组织中高表达与基因突变及启动子甲基化水平相关。结论E2F5是肝癌患者生存的独立预后生物标志物。E2F家族成员在肝癌中的作用可能与其在细胞周期调节、免疫细胞浸润或基因突变等方面的功能有关。