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辣椒E2基因家族的鉴定及分析
1
作者
常雪瑞
王田田
王静
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期238-250,共13页
【目的】泛素结合酶E2(UBC)作为泛素蛋白酶体途径中将泛素转移至靶蛋白的重要中转酶,与植物的生长发育和许多胁迫有关。从辣椒全基因组中鉴定E2基因家族成员,分析相关基因表达模式,为后续研究提供理论基础。【方法】基于辣椒全基因组信...
【目的】泛素结合酶E2(UBC)作为泛素蛋白酶体途径中将泛素转移至靶蛋白的重要中转酶,与植物的生长发育和许多胁迫有关。从辣椒全基因组中鉴定E2基因家族成员,分析相关基因表达模式,为后续研究提供理论基础。【方法】基于辣椒全基因组信息,利用生物信息学方法对E2基因家族进行鉴定,系统分析该家族成员的基本理化性质、亚细胞定位、染色体定位、基因结构、系统进化关系、顺式作用元件、蛋白质互作网络、非生物胁迫响应与组织器官表达模式。【结果】辣椒E2家族有48个成员,在11条染色体上呈不均匀地分布,其编码蛋白主要定位于细胞外和细胞核中;通过对辣椒、番茄和拟南芥的比较进化分析将其分为GroupⅠ-GroupⅧ亚族,同一亚族具有相似的蛋白保守基序和基因结构;发现共有26个蛋白之间存在互作;顺式作用元件分析表明,CaUBC基因启动子区含有大量光响应、激素响应元件,上游2000 bp区域中存在多种与生长发育和抗逆性相关的顺式作用元件;CaUBC参与胁迫响应,在不同非生物胁迫和激素处理下,将其分为3类,其中高温环境下第3类基因为高表达;在组织器官中表现出不同的表达,其中CaUBC38在果实中的表达量变化较为明显,进行RT-qPCR分析发现,50 d相对表达量最高,10 d表达量最低。【结论】获得48个辣椒E2(CaUBC)基因,揭示了E2家族不同成员在辣椒生长发育和非生物胁迫过程中的表达特征。
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关键词
辣椒
e2基因家族
泛素蛋白酶体系统
生物信息学
表达分析
非生物胁迫
组织器官
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职称材料
E2F表达与肝癌患者预后及免疫浸润的相关性分析
2
作者
刘程豪
卓怡呈
+3 位作者
杨晨
乔世源
卜媛媛
吴向未
《石河子大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2023年第3期335-346,共12页
目的探讨E2F基因与肝癌患者的预后关系及其作为肝癌标志物的可能性。方法GENT2数据库用于评估E2F基因在肝癌中的表达。生存分析和Cox分析提示E2F基因的预后价值。使用STRING数据库构建包含40个最相似基因和E2F1-8的基因网络。TIMER数据...
目的探讨E2F基因与肝癌患者的预后关系及其作为肝癌标志物的可能性。方法GENT2数据库用于评估E2F基因在肝癌中的表达。生存分析和Cox分析提示E2F基因的预后价值。使用STRING数据库构建包含40个最相似基因和E2F1-8的基因网络。TIMER数据库用于分析E2F基因表达与免疫细胞浸润之间的相关性。cBioPortal数据库分析E2F1-8的基因突变情况。GEO数据集用于验证E2F5的表达差异。UALCAN、MEXPRESS、GEO和TCGA数据库中甲基化信息用于分析E2F5的表达与启动子甲基化之间的相关性,并通过人类肝癌细胞系进行验证。结果E2F1-8在肝癌组织中均高表达。晚期肝癌患者E2F1-3和E2F5-8的转录水平与总生存率(OS)呈正相关。多因素分析显示,高水平的E2F5表达是肝癌患者OS缩短的独立预后因素。E2F5/7在肝癌中的表达与肿瘤诱导的免疫反应激活和免疫浸润有关。E2F5在肿瘤组织中高表达与基因突变及启动子甲基化水平相关。结论E2F5是肝癌患者生存的独立预后生物标志物。E2F家族成员在肝癌中的作用可能与其在细胞周期调节、免疫细胞浸润或基因突变等方面的功能有关。
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关键词
肝癌
e
2F
基因
家族
免疫浸润
预后
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职称材料
题名
辣椒E2基因家族的鉴定及分析
1
作者
常雪瑞
王田田
王静
机构
山西农业大学园艺学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期238-250,共13页
基金
山西省基础研究计划青年科学研究项目(202203021212451)
山西省重点研发计划项目(202202140601006)
+2 种基金
山西省科技创新人才团队(202304051001018)
山西省博士毕业生、博士后研究人员来晋工作奖励经费科研项目(SXBYKY2022015)
山西农业大学博士科研启动项目(2021BQ115)。
文摘
【目的】泛素结合酶E2(UBC)作为泛素蛋白酶体途径中将泛素转移至靶蛋白的重要中转酶,与植物的生长发育和许多胁迫有关。从辣椒全基因组中鉴定E2基因家族成员,分析相关基因表达模式,为后续研究提供理论基础。【方法】基于辣椒全基因组信息,利用生物信息学方法对E2基因家族进行鉴定,系统分析该家族成员的基本理化性质、亚细胞定位、染色体定位、基因结构、系统进化关系、顺式作用元件、蛋白质互作网络、非生物胁迫响应与组织器官表达模式。【结果】辣椒E2家族有48个成员,在11条染色体上呈不均匀地分布,其编码蛋白主要定位于细胞外和细胞核中;通过对辣椒、番茄和拟南芥的比较进化分析将其分为GroupⅠ-GroupⅧ亚族,同一亚族具有相似的蛋白保守基序和基因结构;发现共有26个蛋白之间存在互作;顺式作用元件分析表明,CaUBC基因启动子区含有大量光响应、激素响应元件,上游2000 bp区域中存在多种与生长发育和抗逆性相关的顺式作用元件;CaUBC参与胁迫响应,在不同非生物胁迫和激素处理下,将其分为3类,其中高温环境下第3类基因为高表达;在组织器官中表现出不同的表达,其中CaUBC38在果实中的表达量变化较为明显,进行RT-qPCR分析发现,50 d相对表达量最高,10 d表达量最低。【结论】获得48个辣椒E2(CaUBC)基因,揭示了E2家族不同成员在辣椒生长发育和非生物胁迫过程中的表达特征。
关键词
辣椒
e2基因家族
泛素蛋白酶体系统
生物信息学
表达分析
非生物胁迫
组织器官
Keywords
Capsicum annuum L.
e
2
g
e
n
e
family
ubiquitin-prot
e
asom
e
syst
e
m
bioinformatics
e
xpr
e
ssion analysis
abiotic pr
e
ssur
e
tissu
e
s and organs
分类号
S641.3 [农业科学—蔬菜学]
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
E2F表达与肝癌患者预后及免疫浸润的相关性分析
2
作者
刘程豪
卓怡呈
杨晨
乔世源
卜媛媛
吴向未
机构
石河子大学医学院/国家卫生健康委中亚高发病防治重点实验室
石河子大学医学院第一附属医院
出处
《石河子大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2023年第3期335-346,共12页
基金
国家自然科学基金项目(81760570)
中国医学科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2020-PT330-003)
+1 种基金
新疆生产建设兵团财政科技计划项目(2021BB006)
新疆生产建设兵团中青年领军人才项目(2018CB017)。
文摘
目的探讨E2F基因与肝癌患者的预后关系及其作为肝癌标志物的可能性。方法GENT2数据库用于评估E2F基因在肝癌中的表达。生存分析和Cox分析提示E2F基因的预后价值。使用STRING数据库构建包含40个最相似基因和E2F1-8的基因网络。TIMER数据库用于分析E2F基因表达与免疫细胞浸润之间的相关性。cBioPortal数据库分析E2F1-8的基因突变情况。GEO数据集用于验证E2F5的表达差异。UALCAN、MEXPRESS、GEO和TCGA数据库中甲基化信息用于分析E2F5的表达与启动子甲基化之间的相关性,并通过人类肝癌细胞系进行验证。结果E2F1-8在肝癌组织中均高表达。晚期肝癌患者E2F1-3和E2F5-8的转录水平与总生存率(OS)呈正相关。多因素分析显示,高水平的E2F5表达是肝癌患者OS缩短的独立预后因素。E2F5/7在肝癌中的表达与肿瘤诱导的免疫反应激活和免疫浸润有关。E2F5在肿瘤组织中高表达与基因突变及启动子甲基化水平相关。结论E2F5是肝癌患者生存的独立预后生物标志物。E2F家族成员在肝癌中的作用可能与其在细胞周期调节、免疫细胞浸润或基因突变等方面的功能有关。
关键词
肝癌
e
2F
基因
家族
免疫浸润
预后
Keywords
h
e
patoc
e
llular carcinoma
e
2
F g
e
n
e
family
immun
e
infiltration
prognosis
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
辣椒E2基因家族的鉴定及分析
常雪瑞
王田田
王静
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
E2F表达与肝癌患者预后及免疫浸润的相关性分析
刘程豪
卓怡呈
杨晨
乔世源
卜媛媛
吴向未
《石河子大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2023
0
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职称材料
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