基于公共数据库分析头颈部鳞癌中转录因子E2F家族表达及预后意义

目的通过生物信息学方法分析转录因子E2F家族(E2Fs)在头颈部鳞癌(HNSCC)中转录水平(mRNA)的表达,探究其在HNSCC发病中的作用。方法利用TCGA、GEPIA2和UALCAN公共数据库分析E2Fs mRNA在HNSCC中的表达及其与患者总生存期的关系,利用cBioPortal公共数据库筛选E2Fs的共表达基因构建共表达网络,通过R软件分析E2Fs及其共表达基因生物学功能。结果HNSCC中8个E2Fs的表达量显著高于癌旁组织,其中E2F4表达量最高,其次是E2F1、E2F6和E2F7。Spearman分析显示E2Fs成员间呈正相关性。基因本体论分析显示,E2Fs及其93个共表达基因主要通过DNA复制、细胞周期和范可尼贫血等信号通路,参与DNA复制和染色体分离等生物学过程。Cox单因素和多因素分析显示,E2F4(HR=1.502,95%CI:1.141~1.977)和E2F8(HR=0.698,95%CI:0.531~0.917)的高表达与HNSCC患者总生存期有关(P<0.05)。预后列线图显示E2F4高表达患者1年生存概率最低,其次是E2F8低表达患者。结论E2F家族在HNSCC中显著高表达,且E2F4和E2F8的表达水平与患者预后有关,E2Fs及其靶基因主要通过DNA复制、细胞周期和范可尼贫血等信号通路调控细胞染色体分离和DNA复制等生物学过程参与HNSCC的发生发展。

E2F家族蛋白在乳腺癌组织中的表达特征及其与预后的相关性

目的分析乳腺癌组织中E2F家族蛋白的表达特征,并探讨E2F家族蛋白与乳腺癌患者预后的关系。方法从癌症基因组图谱数据库查询公开的乳腺癌组织与癌旁组织表达量数据,样本共891例,将样本按照分子分型标准分为Luminal A型438例、Luminal B型122例、HER-2型134例和TNBC型118例,另有癌旁组织样本79例。应用SPSS 22.0软件对不同亚型乳腺癌组织中E2F家族蛋白表达量与癌旁组织的差异进行统计学分析,并分析E2F家族蛋白与乳腺癌生存预后的相关性。结果 E2F1、E2F2、E2F3、E2F5、E2F7和E2F8蛋白在乳腺癌组织中呈高表达,在癌旁组织中呈低表达,两组比较差异显著(t=22.318、10.710、16.755、11.179、15.967、22.069,P均<0.001)。除E2F2蛋白表达在Luminal A组和Luminal B组比较差异不显著外(P>0.05),其他蛋白在各亚型组间两两比较差异均显著(P<0.05)。E2F1、E2F2、E2F3、E2F5、E2F7和E2F8蛋白表达量与患者生存预后呈明显相关性(P均<0.01),各蛋白的表达量越高,则患者的预后越差,生存率越低。结论 E2F家族蛋白中的E2F1、E2F2、E2F3、E2F5、E2F7和E2F8蛋白在乳腺癌组织中呈高表达,其表达水平与乳腺癌患者的发生发展及生存预后密切相关,可以为乳腺癌分子诊断与靶向治疗提供参考。

人非小细胞肺癌组织中转录因子E2F家族表达与临床病理特征及预后的相关性分析

目的通过生物信息学技术分析转录因子E2F家族在人非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达,探讨其与NSCLC临床病理特征的关系,阐明E2F家族对NSCLC诊断及预后的影响。方法使用Oncomine数据库、UALCAN数据库分析E2F家族在NSCLC组织及正常肺组织中,mRNA水平表达差异;利用UALCAN及Kaplan Meier-Plotter在线分析工具,阐明E2F家族高表达与NSCLC患者病理参数及患者总生存率(overall survival,OS)之间的关系;并利用cBioPorta网站分析E2F家族在NSCLC中的基因突变情况。结果E2F家族在NSCLC中均呈现高表达,且与NSCLC的肿瘤分级、淋巴转移相关;癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)分析显示E2F1,E2F2,E2F4,E2F7和E2F8高表达与NSCLC患者总生存率密切相关;突变分析显示,E2F家族在NSCLC中的突变率高达32%。结论E2F家族在NSCLC中呈高表达,且与肿瘤的分级和淋巴转移呈正相关。

干扰B7-H4表达通过下调E2F家族相关转录因子抑制乳腺癌细胞的增殖

目的:探讨干扰B7-H4表达对乳腺癌细胞增殖、凋亡、周期以及相关下游分子表达的影响。方法:利用脂质体转染技术分别将特异性靶向B7-H4的siRNA(siB7-H4)及其阴性对照(siNC)转染至对数生长期的乳腺癌T47D和MCF-7细胞,分别命名为T47D-siB7-H4、T47D-siNC、MCF-7-siB7-H4和MCF-7-siNC组。用qPCR法和WB法验证siRNA干扰效果及其对细胞周期分子cyclin D1表达的影响,CCK-8法和FCM分别检测干扰B7-H4表达对T47D和MCF-7细胞增殖、周期和凋亡的影响,qPCR法检测B7-H4干扰对E2F家族相关转录因子表达的影响。结果:成功构建干扰B7-H4表达的乳腺癌T47D和MCF-7细胞。与T47D-siNC和MCF-7-siNC组相比,T47D-siB7-H4和MCF-7-siB7-H4组细胞中B7-H4 mRNA和蛋白表达水平均显著降低、细胞增殖能力显著降低(均P<0.01),并伴有G1/S期细胞周期阻滞以及cyclin D1表达下调(均P<0.01),但细胞凋亡率差异无统计学意义(均P>0.05)。与T47D-siNC相比,干扰B7-H4后T47D细胞中E2F1、E2F2、E2F7和E2F8 mRNA水平有不同程度的降低(均P<0.01);与MCF-7-siNC相比,干扰B7-H4后MCF-7细胞中E2F1、E2F2、E2F3、E2F7和E2F8 mRNA水平均有不同程度的降低(P<0.05或P<0.01)。结论:干扰乳腺癌细胞B7-H4表达可下调cyclin D1和E2F家族相关转录因子的表达,导致细胞周期阻滞并抑制细胞增殖。

膀胱癌细胞高表达E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a)通过上调CD24抑制NK细胞的杀伤

目的 探讨膀胱癌细胞过表达E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a)后是否影响自然杀伤(NK)细胞的活化及杀伤并探讨其具体机制。方法 利用慢病毒载体构建E2F3a稳定过表达的人及小鼠膀胱癌细胞株并将其与NK细胞共孵育,乳酸脱氢酶释放实验及流式细胞术检测NK细胞活化及杀伤能力的变化。转录组测序分析膀胱癌细胞E2F3a过表达组与对照组之间的基因表达差异,免疫组织化学染色法检测膀胱癌组织中E2F3a与差异基因在蛋白水平上表达的相关性。进一步利用染色质免疫沉淀(ChIP)、实时定量PCR、 Western blot法及小干扰RNA(siRNA)等方法探索膀胱癌细胞过表达E2F3a后对NK细胞活化及杀伤影响的具体机制。结果 在膀胱癌细胞中过表达E2F3a能显著抑制NK细胞的活化及杀伤。膀胱癌细胞过表达E2F3a可显著上调CD24基因的表达,膀胱癌组织中E2F3a和CD24蛋白的表达呈显著正相关。CHIP结果显示,E2F3a能够结合CD24的启动子区并促进CD24基因的转录。干涉E2F3a过表达膀胱癌细胞中的CD24表达后,发现膀胱癌细胞E2F3a过表达所介导的NK细胞活化及杀伤抑制被显著缓解。结论 在膀胱癌细胞中E2F3a可结合CD24的启动子区促进CD24基因的转录及CD24蛋白的表达。膀胱癌细胞E2F3a通过上调CD24表达来抑制NK细胞的活化及杀伤。

E2F转录因子家族在宫颈癌中的表达及其与临床预后的关系

目的 研究E2F家族在宫颈癌中的表达、预后价值以及与免疫浸润之间的关系。方法 采用Oncomine数据库分析E2F转录因子家族在不同类型癌症中的表达差异。采用GEPIA 2数据库分析E2F转录因子家族在宫颈癌组织与正常组织中的表达及不同临床分期间的差异。采用Kaplan-Meier plotter数据库分析E2F转录因子家族在宫颈癌中的预后价值。使用cBioPortal数据库进行E2F转录因子家族的共表达基因和遗传学突变分析。采用WebGestalt数据库对E2F家族相关基因进行功能及通路的富集分析。采用TIMER 2.0数据库分析E2F转录因子家族与宫颈癌中免疫细胞浸润的相关性。结果 宫颈癌中E2F1、E2F2、E2F3、E2F7、E2F8的表达均较正常宫颈组织高,但与临床分期无明显相关性。预后分析显示,E2F1高表达和E2F3低表达与患者更长的总生存期(overall survival,OS)和无复发生存期(recurrence free survival,RFS)明显相关。基因变异分析显示,E2F1基因变异率为5%,为E2F家族中最高。计算宫颈癌E2F家族成员之间的相关性结果表明,E2F2与E2F7、E2F8的表达,E2F3与E2F5的表达,E2F7与E2F8的表达均呈正相关;E2F2与E2F5的表达呈负相关。GO分析显示,E2F基因家族的相关功能主要指向生物调节和能量代谢;KEGG分析显示,E2F基因家族主要与细胞分裂、衰老及细胞周期密切相关。TIMER2.0数据库分析显示,部分E2F家族成员的表达水平与CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞浸润呈正相关,与巨噬细胞浸润呈负相关。结论 E2F转录因子家族在宫颈癌中存在表达失调,家族成员E2F1,2,3,7,8是未来宫颈癌精准治疗的潜在靶点,而E2F1和E2F3可能成为评价宫颈癌预后新的生物标志物。

E2F表达与肝癌患者预后及免疫浸润的相关性分析

目的探讨E2F基因与肝癌患者的预后关系及其作为肝癌标志物的可能性。方法GENT2数据库用于评估E2F基因在肝癌中的表达。生存分析和Cox分析提示E2F基因的预后价值。使用STRING数据库构建包含40个最相似基因和E2F1-8的基因网络。TIMER数据库用于分析E2F基因表达与免疫细胞浸润之间的相关性。cBioPortal数据库分析E2F1-8的基因突变情况。GEO数据集用于验证E2F5的表达差异。UALCAN、MEXPRESS、GEO和TCGA数据库中甲基化信息用于分析E2F5的表达与启动子甲基化之间的相关性,并通过人类肝癌细胞系进行验证。结果E2F1-8在肝癌组织中均高表达。晚期肝癌患者E2F1-3和E2F5-8的转录水平与总生存率(OS)呈正相关。多因素分析显示,高水平的E2F5表达是肝癌患者OS缩短的独立预后因素。E2F5/7在肝癌中的表达与肿瘤诱导的免疫反应激活和免疫浸润有关。E2F5在肿瘤组织中高表达与基因突变及启动子甲基化水平相关。结论E2F5是肝癌患者生存的独立预后生物标志物。E2F家族成员在肝癌中的作用可能与其在细胞周期调节、免疫细胞浸润或基因突变等方面的功能有关。

胆囊良恶性病变Skp2和E2F1表达及其临床病理意义

目的研究胆囊腺癌、癌旁组织和慢性胆囊炎组织中Skp2和E2F1表达及其临床病理意义。方法108例胆囊腺癌、46例癌旁组织和35例慢性胆囊炎组织常规制作石蜡包埋切片,Skp2和E2F1染色采用免疫组化SP法。结果胆囊腺癌Skp2和E2F1表达阳性率及其评分明显高于癌旁组织和慢性胆囊炎(P<0.01);腺瘤癌变或高分化腺癌、肿块最大径<2 cm、无淋巴结转移及未侵犯周围组织的病例Skp2和E2F1表达阳性率及其评分明显低于低分化腺癌或黏液腺癌、肿块最大径≥2 cm、淋巴结转移及侵犯周围组织病例(P<0.05或P<0.01);胆囊癌中Skp2和E2F1表达呈密切正相关(r=0.56,P<0.01)。结论Skp2和E2F1表达可能是反映胆囊癌发生、进展、生物学行为和预后的重要生物学标记物。

去甲基化酶JMJD6影响BRAF突变型黑色素瘤耐药性形成的机制研究

目的探究去甲基化酶JMJD6影响BRAF突变型黑色素瘤耐药性形成的可能机制。方法利用荷瘤小鼠腹腔给药的方式建立针对BRAF抑制剂(达拉非尼)和MEK抑制剂(曲美替尼)具有稳定耐药表型的BRAF突变型黑色素瘤体内模型,使用TCGA、Oncomine、OSskcm等数据库分析、Western blot和免疫组化研究JMJD6在黑色素瘤中的表达情况及预后价值,同时在下调其表达水平后通过TUNEL凋亡试剂盒与体内成瘤实验检测耐药表型在体内外的逆转情况,最后通过生物信息学分析、shRNA干扰、Western blot和免疫荧光实验验证转录因子E2F2是否为JMJD6潜在靶点。结果在依次建立3代耐药体内模型后,成功获得具有稳定耐药表型的BRAF突变型黑色素瘤体内模型A375-R和SK-Mel-28-R,TCGA、Oncomine、OSskcm等数据库均显示JMJD6在黑色素瘤中的表达较正常健康者明显升高且具有更差的预后(P<0.05)。Western blot和免疫组化结果显示,JMJD6在耐药型BRAF突变型黑色素瘤中出现高表达;利用shRNA下调JMJD6表达水平后,A375-R和SK-Mel-28-R在药物压力下凋亡水平和成瘤能力显著降低(P<0.05),呈现体内外耐药表型逆转现象;通过GeneMANIA、GEPIA数据库分析发现JMJD6与E2F2存在表达相关性(P<0.05),同时Western blot和免疫荧光验证下调JMJD6可以抑制E2F2表达以及RNA聚合酶Ⅱ的结合,并在shRNA下调E2F2表达水平的基础上验证其位于JMJD6分子机制下游。结论JMJD6通过调控E2F2表达进而影响BRAF突变型黑色素瘤对BRAF和MEK抑制剂耐药性的形成。