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基于蛋白的宫颈癌相关基因生物信息学分析
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作者 程灵婧 李贺同 +8 位作者 张升校 刘鸿齐 于琦 郑超越 冯爽 孔腾 孙翔飞 贺培凤 吕小萍 《医学信息学杂志》 CAS 2023年第12期47-54,共8页
目的/意义运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义。方法/过程以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集。以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验... 目的/意义运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义。方法/过程以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集。以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验证集。首先,使用R软件limma包筛选肿瘤和正常样本的DEGs,制作与MigDB中E6/E7蛋白相关基因的韦恩图。利用survival包进行生存分析,通过ROC和蛋白表达水平进行验证。其次,通过拷贝数变异和甲基化相关性得到关键基因。最后,构建特异性共表达网络并进行富集分析和免疫浸润分析。结果/结论与HPV E6/E7蛋白相关的差异表达基因有101个,经筛选有3个基因意义显著,分别是E2F1、MCM4和PCNA。同时,经通路分析后发现特异性共表达网络中的基因显著富集在DNA复制、染色体组织等通路。通过免疫相关性分析发现关键基因与CD4 T细胞、B细胞和中性粒细胞显著相关。DNA复制、染色体组织等为宫颈鳞癌发生发展以及HPV E6/E7编码蛋白显著相关的分子机制和关键基因。 展开更多
关键词 宫颈癌 宫颈组织 差异基因 HPV e6/e7编码蛋白
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