EB病毒编码的小RNA荧光双重标记技术的建立

目的利用原位杂交联合免疫荧光建立EB病毒编码的小RNA(EBER)的荧光双重标记方法。方法收集2018年12月至2019年11月于首都医科大学附属北京友谊医院病理科诊断为淋巴瘤患者的蜡块20例,其EBER原位杂交检测结果均为阳性。每例取蜡块进行连续切片,每例切片2张,其中1张切片进行荧光双重标记,另1张作为阴性对照。通过荧光显微镜查看双重荧光标记的效果。结果荧光双重标记成功后细胞和组织结构完整。原位杂交联合免疫荧光阳性的细胞核呈绿色荧光,免疫荧光阳性的细胞膜呈红色荧光,双重标记阳性细胞的膜与核红绿荧光对比鲜明。结论建立了一种新的EBER荧光双重标记方法,且此方法可以用于判断EB病毒感染的细胞属于B细胞还是T细胞,有助于淋巴瘤的诊断。

猪圆环病毒2型诱发肠炎与非编码RNA的研究

本文综述了PCV 2诱发肠炎的研究现状,阐述了miRNA、circRNA和lncRNA等作用机制及在炎症性疾病中的作用,进一步介绍了PCV 2感染对非编码RNA表达影响的相关研究,以期为探索PCV 2相关性肠炎的发病机制提供思路。

非编码RNA在传染性法氏囊病病毒感染中的研究进展

传染性法氏囊病(infectious bursal disease, IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBD virus, IBDV)引起的急性、高度传染性和免疫抑制性禽类疾病。近年来,随着新型变异毒株的出现,IBDV仍然威胁着全球家禽养殖业的健康发展,宿主和IBDV之间的“战役”似乎永不停息。因此,迫切需要制定一种更全面和更有效的策略来控制该疾病,而深入了解IBDV与宿主之间的相互作用,将有助于开发新型疫苗。非编码RNA(non-coding RNA,ncRNAs)是一类丰富的不编码蛋白质的RNA分子,其中包括微小RNA(microRNAs, miRNAs)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)和环状RNA(circular RNA,circRNAs)。近年来,研究发现ncRNAs广泛参与IBDV与宿主的相互作用过程,在IBDV感染中发挥重要的调控作用。本文阐述了宿主miRNAs、lncRNAs和circRNAs在IBDV感染中的作用,以期为IBDV的感染与致病机制研究提供理论参考和新思路。

人乳头瘤病毒16/18型感染乳腺癌患者病灶核因子κB相互作用的长链非编码RNA表达水平及其与乳腺癌分子分型和预后关系

目的 分析人乳头瘤病毒(human papilloma virus,HPV)16/18型感染乳腺癌患者病灶核因子κB相互作用的长链非编码RNA(NF-κB interacting long non-coding RNA,NKILA)表达情况及其与乳腺癌分子分型、预后的相关性。方法 选取2016年1月至2018年1月南通大学附属海安医院收治的334例乳腺癌患者(观察组)和50例乳腺良性疾病患者(对照组)作为研究对象,对观察组患者肿瘤组织、癌旁组织和对照组患者病灶组织标本进行NKILA表达检测,并检测血清指标水平。分析两组NKILA表达情况与血清学指标的相关性,比较不同HPV分型感染情况、不同分子分型、不同预后患者病灶NKILA表达差异。结果 观察组患者肿瘤组织NKILA相对表达量显著低于癌旁组织(P <0.05),癌旁组织NKILA相对表达量显著低于对照组(P <0.05)。HPV 16/18型感染组肿瘤组织NKILA相对表达量、NKILA高表达率均显著低于非HPV16/18型感染组(均P <0.05)。Luminal A型组、Luminal B型组患者肿瘤组织NKILA相对表达量、NKILA高表达率均显著高于人表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor-2,HER-2)过表达型组(均P <0.05),HER-2过表达型组肿瘤组织NKILA相对表达量显著高于三阴性组(P <0.05)。复发转移组肿瘤组织NKILA相对表达量、NKILA高表达率均低于未复发转移组(均P <0.05)。NKILA低表达组3年无复发转移率显著低于NKILA高表达组[24.7%(36/146)∶40.0%(58/145),P <0.05]。结论 相比乳腺癌旁组织和良性疾病病灶,乳腺癌患者病灶NKILA表达下降,且HPV 16/18型感染者、三阴性乳腺癌者和术后复发转移者病灶NKILA表达下降更为明显,NKILA低表达与患者术后复发转移相关。

猪繁殖与呼吸综合征病毒感染Marc-145细胞的长链非编码RNA和mRNA转录组分析

为了挖掘猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染Marc-145细胞后宿主细胞长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化,对PRRSV感染Marc-145细胞的lncRNA和mRNA进行转录组测序和分析。生物信息学分析结果显示,PRRSV感染后Marc-145细胞有39个差异表达lncRNA(DElncRNA)和1320个差异表达mRNA(DEG)。进一步的富集分析结果显示,这些DElncRNA和DEG主要富集在氧化磷酸化信号通路。DElncRNA和DEG的联合分析结果显示,与lncRNA共表达的mRNA主要富集在MAPK信号通路、胰岛素信号通路、神经营养素信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路、内质网中的蛋白质加工和碳代谢相关的信号通路,这些通路主要与宿主免疫有关。综上,PRRSV感染导致Marc-145细胞的lncRNA和mRNA表达谱均发生了改变,经生物信息学分析,推测差异表达产物可能在宿主对PRRSV感染的先天免疫反应中发挥重要作用。

禽传染性支气管炎病毒非编码RNA调控芳烃受体及其信号通路相关基因的表达

为了探究禽传染性支气管炎病毒非编码RNA对芳烃受体(AhR)及其信号通路相关基因表达的调控作用,将rIBV和rIBV-C27107G分别感染H1299细胞16 h后,用qRT-PCR检测AhR及其通路相关基因的表达水平,并用Western blot检测AhR蛋白的丰度。结果显示,不产生ncRNA的IBV感染可激活AhR信号通路,诱导H1299细胞产生抗病毒反应,而IBV编码的ncRNA抑制AhR信号通路的激活,从而抑制细胞因子IL-6、IL-8和IL-12β的上调表达,利于病毒的复制。

长链非编码RNA(lncRNA)-MSTRG.22610.1对BHV-1体外复制影响的研究

本研究室前期将牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)感染牛肾细胞(MDBK),通过转录组测序筛选到了转录显著差异的长链非编码RNA-MSTRG.22610.1(lncRNA-MSTRG.22610.1),为了探究其在MDBK中对BHV-1复制的影响,本研究采用CCK-8法筛选对细胞无毒性的聚凝胺、嘌呤霉素的最佳浓度;将重组慢病毒r ZHLV-U6-Zs Green1-puro-MSTRG.22610.1和r ZHLV-U6-Zs Green1-puro(对照慢病毒)按照不同的MOI分别感染MDBK细胞,48 h后观察荧光,采用Image J软件检测并计算各慢病毒感染细胞后出现绿色荧光细胞的比率,出现绿色荧光细胞的比率达80%的细胞对应的MOI即为最佳MOI。筛选结果显示聚凝胺与嘌呤霉素的最佳工作浓度分别为5μg/mL及3μg/m L,慢病毒感染的最适MOI为80。将r ZHLV-U6-Zs Green1-puro-MSTRG.22610.1和对照慢病毒分别以最佳条件感染MDBK细胞并培养及传代,传至8~10代,每代均观察细胞形态及细胞中的绿色荧光,并通过RT-q PCR检测第6、8、10代细胞中lncRNA-MSTRG.22610.1的转录水平,以构建并鉴定稳定表达lncRNA-MSTRG.22610.1的MDBK细胞系1T及对照细胞系1NC。结果显示,每代1T细胞、1NC细胞的状态均良好并均与阴性对照MDBK细胞的形态无差别,且每代1T及1NC细胞均出现绿色荧光。RT-q PCR结果显示,与1NC及阴性对照细胞相比,1T细胞系中lncRNA-MSTRG.22610.1的转录水平极显著升高(P<0.0001)。表明获得了高水平表达lncRNA-MSTRG.22610.1却不影响细胞增殖的细胞系,且该细胞系的遗传稳定性较强。将BHV-110倍倍比稀释后分别感染传至10代的1T与1NC细胞,24 h后采用Reed-Muench法计算各组细胞中的病毒滴度。结果显示,1T、1NC及MB细胞(感染BHV-1的MDBK细胞)的病毒滴度分别为105.15 TCID50/0.1 m L、104.41TCID50/0.1 m L及104.58 TCID50/0.1 m L。与MB和1NC细胞相比,1T细胞中的病毒滴度显著升高(P<0.05),表明lnc RNA-MSTRG.22610.1表达后促进BHV-1在MDBK细胞中的复制。本研究为进一步探究lncRNA-MSTRG.22610.1促进病毒复制的分子机制及深入了解BHV-1感染的分子机制提供参考依据。

EB病毒编码小RNA多态性与鼻咽癌的关系

目的 探讨 EB病毒编码小 RNA (EBERs)多态性与鼻咽癌发病趋势的联系。方法 巢式 PCR扩增 E-BER- 1和 EBER- 2序列 ,直接测序 ,比较鼻咽癌高发区广东地区鼻咽癌组织、正常人鼻咽黏膜组织和鼻咽癌低发区哈尔滨地区正常人漱口液感染的 EB病毒 EBERs序列差异。结果 广东地区鼻咽癌组织感染的 EBERs具备 1型病毒的特征。与原型株 B95 .8相比 ,广东地区鼻咽癌组织来源的 EBER- 2基因存在 8处碱基替换和 2处碱基缺失。但是 ,广东正常人鼻咽黏膜组织和哈尔滨地区正常人漱口液来源的 EBERs也有相同的碱基替换和缺失。结论 鼻咽癌高发区和低发区流行的 EB病毒 EBERs序列呈现高度一致性。

外泌体LncRNA SFTA1P和miR-483-3p诊断乙型肝炎病毒相关性肝癌的价值研究

目的分析血浆外泌体长链非编码RNA(LncRNA)SFTA1P和miR-483-3p在乙型肝炎病毒(HBV)相关性肝癌(HCC)的表达水平,评估其诊断价值。方法选择2022年1月—2024年1月本院收治的58例HBV相关性HCC患者作为HCC组;将同期收治的55例HBV患者作为HBV组;另选同期50名体检健康者作为对照组。运用纳米颗粒跟踪分析系统和蛋白质印迹分析鉴定血浆外泌体,并采用RT-qPCR检测外泌体LncRNA SFTA1P和miR-483-3p水平,分析二者水平分别与HCC临床病理特征之间的关系,Pearson法分析LncRNA SFTA1P和miR-483-3p表达水平的相关性,受试者工作特征(ROC)曲线分析LncRNA SFTA1P和miR-483-3p对HCC患者诊断的敏感性和特异性。结果外泌体LncRNA SFTA1P与miR-483-3p表达水平呈负相关(r=-0.7277,P<0.001)。与对照组相比,HBV、HCC组LncRNA SFTA1P水平依次增高,而miR-483-3p水平依次降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。LncRNA SFTA1P、miR-483-3p表达水平与TNM分期,肿瘤分化程度、淋巴结转移、AFP及AST有关(P<0.05),而与年龄、肿瘤大小、ALT、γ-GGT无关(P>0.05)。LncRNA SFTA1P和miR-483-3p单独诊断HCC时的曲线下面积(AUC)分别为0.886、0.851,敏感度分别为86.20%、89.70%,特异度分别为78.00%、70.00%;联合诊断的AUC为0.957,敏感度和特异度分别为94.80%、82.00%。结论血浆外泌体LncRNA SFTA1P和miR-483-3p的联合诊断可提高HBV相关性HCC的诊断率,为其诊断及后续治疗提供新的研究思路。

呼吸道合胞病毒感染相关的lncRNA研究进展

呼吸道合胞病毒(RSV)引起的肺部感染是人类健康的一大负担,至今无特异的疫苗和(或)抗病毒药物进行有效的防治,并且发病机制不完全清楚。长链非编码RNA(1ncRNA)是病毒感染过程中宿主-病毒相互作用的关键调节分子,有研究发现lncRNA在RSV感染后出现差异性表达,部分通过促进宿主的免疫细胞成熟、调控免疫分子、调控RSV的基因或蛋白表达来影响RSV的复制,很可能是RSV感染诊断的潜在生物标记和(或)治疗靶点。本文对RSV感染进程中可能有重要作用的lncRNA进行综述,以加深对lncRNA参与的RSV感染机制的理解。

EB病毒编码的小mRNA阴性结外NK/T细胞淋巴瘤的临床特征及预后分析

背景与目的:结外NK/T细胞淋巴瘤(extranodal natural killer/T-cell lymphoma,ENKTL)为非霍奇金淋巴瘤的一个亚型,中国发病率远高于西方国家。该病恶性程度高,对化疗不敏感,生存期短,预后差,EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染与该病的发生、发展有密切关系,但仍有少数患者无EBV感染。本研究探讨EBV编码的小m RNA(EBV-encoded small RNA,EBER)原位杂交阴性患者的临床特征及预后相关因素。方法:选取2011年8月—2015年10月郑州大学第一附属医院病理科诊断为ENKTL的326例标本,采用原位杂交技术检测其EBER表达,回顾性分析8例EBER阴性患者临床特征及预后相关因素。结果:326例ENKTL中,EBER表达阴性率为2.45%(8/326),8例EBER表达阴性患者的中位生存期为17个月。EBER阴性与EBER阳性患者的生存率log-rank检验,两条生存曲线差异有统计学意义(χ2=6.407,P=0.011)。多变量Cox比例风险回归分析表明,乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)与EBER阴性ENKTL患者预后有关(P=0.008),血浆中EBV-DNA拷贝数与EBER阴性患者的预后无关(P>0.05)。结论:EBER表达阴性ENKTL发病率低,预后较EBER阳性患者差,LDH升高可能是其预后不良因素。

EB病毒相关胃癌迁移、侵袭相关miRNA和lncRNA研究进展

胃癌是全球第五大常见恶性肿瘤,死亡率居肿瘤相关死亡的第3位。EB病毒(EBV)感染在人群中非常普遍,与各种人类肿瘤有关,如鼻咽癌、胃癌和淋巴瘤,其中EB病毒相关胃癌(EBVaGC)约占所有胃癌的1.3%~30.9%。在EBV相关肿瘤中,许多非编码RNA(ncRNA)参与了肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭等过程的调控,ncRNA与潜在靶基因的相互作用逐渐成为研究热点。文章综述了与胃癌迁移、侵袭相关的ncRNA的研究进展,以期为后续胃癌的研究提供参考。

EBV编码miRNAs在病毒感染和肿瘤发生中的功能和意义

EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是一种172 kb大小的线性双链DNA病毒,与鼻咽癌、淋巴瘤、胃癌等恶性肿瘤的发生密切相关. EBV编码的微小RNAs (miRNAs)可以调节病毒和宿主细胞基因的表达,并且在癌症发生发展中起着多种作用.本文综述了EBV编码的miRNAs (EBV-encoded miRNA,EBV miRNAs)在病毒感染和肿瘤发生、侵袭转移、抗凋亡、信号通路等方面的生物学功能,以及对于EBV相关肿瘤诊断标志物的潜在意义. EB病毒编码的miRNAs也可能成为进一步研究EBV相关肿瘤治疗的一个候选靶点.

长链非编码RNA-RNU12在EB病毒相关胃癌中的表达及其意义

目的探讨EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染与胃癌的相关性及长链非编码RNA-RNU12表达与胃癌临床病理特征、EBV感染的关系,为EBV相关胃癌(Epstein-Barr virus-associated gastric carcinoma,EBVaGC)的治疗、控制和预防提供理论依据。方法收集胃腺癌患者113例,分析EBV感染与临床病理特征的关系。采用原位杂交技术检测胃癌组织标本EBV感染。应用qRT-PCR检测胃癌及癌旁组织中RNU12的表达水平及其与临床病理特征的关系。结果EBV感染与患者年龄、组织分化、Lauren分型及肿瘤大小有关(P<0.05);与患者性别、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期、脉管癌栓及神经侵犯无关(P>0.05)。RNU12在胃癌组织中的表达量为(0.01±0.004),在癌旁组织中的表达量为(0.179±0.001),下调3.35倍(P=0.001)。RNU12表达与淋巴结转移和EBV感染有关(P<0.05)。在EBVaGC中RNU12的表达量为(0.130±0.090),而相应癌旁组织的表达量为(0.393±0.093),下调3.0倍(P=0.023)。RNU12表达与EBVaGC的TNM分期、淋巴结转移及浸润深度密切相关(P<0.05)。Kaplan-Meier分析结果显示:在EBVaGC中RNU12高表达组总生存率优于高表达组(P=0.008)。结论RNU12可能是EBVaGC潜在的肿瘤生物学标志物。

EB病毒编码的microRNAs参与肿瘤的发生和发展

EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是一种明确的致瘤性病毒,与鼻咽癌、胃癌、淋巴瘤等多种肿瘤的发生和发展密切相关。EBV共编码44种成熟的微RNA(microRNAs,miRNAs),可调节病毒自身和宿主基因的表达。EBV编码的miRNAs(Epstein-Barr virus-encoded microRNAs,EBV miRNAs)及其所调控的靶分子参与肿瘤细胞的凋亡、增殖、侵袭和转移等方面的生物学功能,在肿瘤发生和发展过程中发挥重要作用。

EB病毒编码的潜伏膜蛋白1参与鼻咽癌恶性演进的转录调控实验研究

探讨EB病毒潜伏膜蛋白 1(LMP1)激活激活蛋白 1(AP1) ,和核转录因子 (NF κB)在鼻咽癌细胞SUNE 1及亚细胞株恶性演进中的作用 .运用报告基因法和凝胶电泳迁移率法 (EMSA)分析AP1和NF κB反式激活活性和DNA结合活性 ,蛋白质印迹检测蛋白质表达 ;裸鼠致瘤实验结合组织制片研究瘤细胞的成瘤和转移能力 .结果显示恶性程度不同的SUNE 1亚细胞株的反式激活活性、DNA结合活性、LMP1蛋白表达及c Jun氨基端激酶 (JNK)活性均存在明显差异 ,且与细胞恶性程度正相关 .这些结果提示LMP1活化AP1和NF κB的信号通路参与了鼻咽癌细胞SUNE 1的恶性演进过程 .

重组腺相关病毒介导RNA干扰抑制EB病毒潜伏膜蛋白1对鼻咽癌细胞影响的动物试验

目的探讨EB病毒(EBV)潜伏膜蛋白1(LMP-1)对于鼻咽癌细胞在体内增殖及转移能力的影响。方法设计针对EBV-LMP-1的特异性发夹状RNA(shRNA)干扰序列,构建2种重组腺相关病毒(rAAV)载体:(增强型绿色荧光蛋白,EGFP)rAAV-EGFP和rAAV-shRNA-LMP-1,以不同滴度rAAV-EGFP转染鼻咽癌C666-1细胞确定最佳转染复数(MOI),rAAV-shRNA-LMP-1按MOI转染C666-1,RT-PCR鉴定抑制效率,将体外转染RNA干扰后的C666-1细胞注入裸鼠肝脏包膜下制作鼻咽癌异位肝种植的肝肺转移模型,观察肝脏成瘤及肝内、肺转移情况,分析LMP-1基因沉默在动物水平对鼻咽癌细胞成瘤及转移能力的影响。结果rAAV-EGFP以5×104v.g(virus genome,病毒基因组数)/细胞转染C666-1细胞,转染效率大于95%,RT-PCR鉴定rAAV-shRNA-LMP-1以5×104v.g/细胞转染C666-1后目的基因抑制效率大于90%,动物试验结果显示rAAV-shRNA-LMP-1组肝脏成瘤体积与对照组rAAV-EGFP无显著差异,但显著减少了种植肿瘤的肝内及肺转移率。结论通过rAAV介导RNA干扰能有效抑制LMP-1基因表达,可在动物水平抑制鼻咽癌细胞转移,但对鼻咽癌细胞生长无显著影响。

EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义

采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达水平明显高于鼻咽黏膜炎症组织。EBV可能通过ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达上调介导鼻咽组织癌变,它们可能是鼻咽癌治疗的分子靶点和鼻咽癌诊断的分子标志物。

局部复发鼻咽癌患者的临床特征及癌组织Ki-67与Epstein-Barr病毒编码小RNA的表达水平

目的探讨局部复发鼻咽癌患者的临床特征及癌组织Ki-67与Epstein-Barr病毒编码小RNA(EBER)的表达水平。方法纳入53例局部复发的鼻咽癌患者,比较其初治及复发时的临床特征,分别用免疫组织化学和原位杂交技术检测初治及复发时组织标本中Ki-67和EBER的表达情况,并观察组织病理特征。结果局部复发和初治时鼻咽癌的原发肿瘤-区域淋巴结-远处转移(TNM)分期及T分期比较差异无统计学意义(P>0.05),患者复发时N1+N2+N3期比例低于初治时比例(P<0.05);初治及局部复发性鼻咽癌组织Ki-67的表达比较差异无统计学意义(P>0.05);Ki-67阳性的局部复发性鼻咽癌患者,不同复发时间其Ki-67表达差异无统计学意义(P>0.05)。局部复发性鼻咽癌组织中EBER表达强度弱于初治鼻咽癌(P<0.01)。结论与初发时相比,局部复发鼻咽癌患者远处转移倾向小,肿瘤细胞增殖能力相似,但EBER表达下降,应考虑手术治疗。