猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP_1基因的克隆与序列分析

本研究根据口蹄疫病毒 (FMDV)VP1基因的序列 ,设计并合成了 1对用于扩增整个VP1基因的引物 (5P、P6 )。从细胞培养液或组织中提取总RNA ,通过PT_PCR扩增 ,从F2 9株、O3I3株和T5 0 9株中均获得了 1条约 740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收 ,插入到相应双酶切的pUC18质粒中 ,获得了重组质粒。通过PCR鉴定 ,证明重组质粒pUCVP1/F2 9、pUCVP1/O313、pUCVP1/T5 0 9均插入了VP1基因。对上述 3个重组质粒进行测序后分析 ,F2 9强毒株与O3I3、T5 0 9弱毒株相比 ,其核苷酸序列同源性分别为 98.75 %和 99.0 6 % ;因F2 9株核苷酸发生 3个碱基缺失与 1个碱基替换 ,故推导的氨基酸序列同源性分别仅为 44 .13%和 41.32 % ;而T5 0 9株与O3I3株相比 ,其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为 99.37%和 95 .31%。通过序列分析发现 ,本研究的 3个毒株与国内大多数毒株 (包括 1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株 ,除O/A/ 5 8株外 )均属于同一基因型 ,核苷酸序列同源性为 85 %～ 94% ;而与国外毒株相比 ,属不同的基因型 ,核苷酸序列同源性仅为 81%～ 82 %。其推导的氨基酸序列 ,除F2 9株与O/HK/ 93株及 1997年台湾暴发FMDV分离的少数毒株的氨基酸序列同源性仅为 45 %～ 6 3%外 ,本研究的

埃可病毒6型分离株KM57-09VP1基因的遗传特征

目的分析2009年昆明市无菌性脑膜炎患儿脑脊液埃可病毒6型(ECHO virus 6,E6)KM57-09分离株VP1基因的遗传特征。方法采用RD、Hep-2细胞对无菌性脑膜炎患儿脑脊液样本进行病毒分离,应用RT-PCR法扩增VP1基因,并进行测序;采用NCBI BLAST软件对所测定的节段序列进行数据库比对;采用Omiga软件对所测定节段序列的核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行编辑、比对、拼接;采用Mega4.1软件分析,并与18个参考株的VP1基因序列进行比较。结果分离株为E6,其VP1区的核苷酸长度与其他E6均为867 bp;KM57-09株与其他E6分离株核苷酸同源性在77.6%～96.0%之间,氨基酸同源性在95.2%～99.0%之间,与山东株2010D0010005核苷酸和氨基酸的同源性最高,分别为96.0%和99.0%,与中国其他几种分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.7%～80.9%和95.8%～97.2%;基因进化树分析显示,KM57-09株与山东株2010D0010005株属于同一个进化分枝,与中国其他几种分离株属不同分枝。结论 KM57-09分离株为埃可病毒6型,为中国3个分离株分枝中的一枝。