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基于混沌理论的蛋白质序列特性的研究
被引量:
1
1
作者
管维红
《生物信息学》
2012年第3期194-198,共5页
蛋白质序列特性的研究对于蛋白质的结构及功能具有重要意义。该文为了研究蛋白质序列是否具有混沌行为,先将蛋白质序列通过氨基酸电子离子相互作用势(electron interaction potential,EIIP)转化为时间序列,再根据混沌理论对其进行相空...
蛋白质序列特性的研究对于蛋白质的结构及功能具有重要意义。该文为了研究蛋白质序列是否具有混沌行为,先将蛋白质序列通过氨基酸电子离子相互作用势(electron interaction potential,EIIP)转化为时间序列,再根据混沌理论对其进行相空间重构,利用去偏自相关系数,经典G-P算法确定系统的时间延迟t和嵌入维数m,系统的最大Lyapunov指数则用改进的最大Lyapunov指数计算方法计算,其结果绝大多数为正,从而确认了蛋白质时间序列的混沌行为,并对特例进行了说明。
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关键词
蛋白质序列
eiip
混沌
相空间重构
最大LYAPUNOV指数
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职称材料
一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例
2
作者
蔡蓉
钱东
+1 位作者
王丹丹
朱平
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2017年第13期155-159,205,共6页
在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因...
在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因m RNA完整的CDS序列进行E基因签名得出,在每种基因中均有,物种关系越近,其基因签名相似度越高。将聚类结果与原来的基因签名方法的聚类结果作对比,发现了E基因签名方法更准确,从而更有利于深入了解p53家族基因的性质。
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关键词
p53家族基因
基因签名
核苷酸游离电子的平均能量(
eiip
)
层次聚类分析
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职称材料
基于频谱分析的串联重复序列识别方法
3
作者
聂俊岚
毛伟伟
+2 位作者
王常武
王宝文
刘文远
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期181-183,共3页
针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题,提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法,通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序...
针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题,提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法,通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序列出现的频率,并对基因序列做加窗傅里叶变换,找出串联重复序列存在的位置。实验表明,该方法的计算量较已有方法减少了75%,并能较好地解决已有方法识别灵敏度低的缺点。
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关键词
串联重复序列
离散傅里叶变换
电子离子相互作用势
频谱分析
信噪比
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职称材料
题名
基于混沌理论的蛋白质序列特性的研究
被引量:
1
1
作者
管维红
机构
江苏信息职业技术学院教学与科研处
出处
《生物信息学》
2012年第3期194-198,共5页
文摘
蛋白质序列特性的研究对于蛋白质的结构及功能具有重要意义。该文为了研究蛋白质序列是否具有混沌行为,先将蛋白质序列通过氨基酸电子离子相互作用势(electron interaction potential,EIIP)转化为时间序列,再根据混沌理论对其进行相空间重构,利用去偏自相关系数,经典G-P算法确定系统的时间延迟t和嵌入维数m,系统的最大Lyapunov指数则用改进的最大Lyapunov指数计算方法计算,其结果绝大多数为正,从而确认了蛋白质时间序列的混沌行为,并对特例进行了说明。
关键词
蛋白质序列
eiip
混沌
相空间重构
最大LYAPUNOV指数
Keywords
protein sequence
eiip
chaos
phase space reconstruction
the largest Lyapunov exponent
分类号
Q516 [生物学—生物化学]
Q415.5 [生物学—生理学]
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职称材料
题名
一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例
2
作者
蔡蓉
钱东
王丹丹
朱平
机构
江南大学理学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2017年第13期155-159,205,共6页
基金
国家自然科学基金面上项目(No.11271163)
文摘
在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因m RNA完整的CDS序列进行E基因签名得出,在每种基因中均有,物种关系越近,其基因签名相似度越高。将聚类结果与原来的基因签名方法的聚类结果作对比,发现了E基因签名方法更准确,从而更有利于深入了解p53家族基因的性质。
关键词
p53家族基因
基因签名
核苷酸游离电子的平均能量(
eiip
)
层次聚类分析
Keywords
p53 gene family
gene signature
Electron-Ion Interaction Pseudopotential(
eiip
)
hierarchical clustering analysis
分类号
O29 [理学—应用数学]
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
基于频谱分析的串联重复序列识别方法
3
作者
聂俊岚
毛伟伟
王常武
王宝文
刘文远
机构
燕山大学信息科学与工程学院
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期181-183,共3页
基金
河北省教育厅自然科学研究计划基金资助项目(2009339)
文摘
针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题,提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法,通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序列出现的频率,并对基因序列做加窗傅里叶变换,找出串联重复序列存在的位置。实验表明,该方法的计算量较已有方法减少了75%,并能较好地解决已有方法识别灵敏度低的缺点。
关键词
串联重复序列
离散傅里叶变换
电子离子相互作用势
频谱分析
信噪比
Keywords
tandem repeats
Discrete Fourier Transform(DFT)
Electron-Ion Interaction Potential(
eiip
)
spectral analysis
Signal to Noise Ratio(SNR)
分类号
TN911.72 [电子电信—通信与信息系统]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于混沌理论的蛋白质序列特性的研究
管维红
《生物信息学》
2012
1
下载PDF
职称材料
2
一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例
蔡蓉
钱东
王丹丹
朱平
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2017
0
下载PDF
职称材料
3
基于频谱分析的串联重复序列识别方法
聂俊岚
毛伟伟
王常武
王宝文
刘文远
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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