基于混沌理论的蛋白质序列特性的研究

蛋白质序列特性的研究对于蛋白质的结构及功能具有重要意义。该文为了研究蛋白质序列是否具有混沌行为,先将蛋白质序列通过氨基酸电子离子相互作用势(electron interaction potential,EIIP)转化为时间序列,再根据混沌理论对其进行相空间重构,利用去偏自相关系数,经典G-P算法确定系统的时间延迟t和嵌入维数m,系统的最大Lyapunov指数则用改进的最大Lyapunov指数计算方法计算,其结果绝大多数为正,从而确认了蛋白质时间序列的混沌行为,并对特例进行了说明。

一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例

在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因m RNA完整的CDS序列进行E基因签名得出,在每种基因中均有,物种关系越近,其基因签名相似度越高。将聚类结果与原来的基因签名方法的聚类结果作对比,发现了E基因签名方法更准确,从而更有利于深入了解p53家族基因的性质。

基于频谱分析的串联重复序列识别方法

针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题,提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法,通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序列出现的频率,并对基因序列做加窗傅里叶变换,找出串联重复序列存在的位置。实验表明,该方法的计算量较已有方法减少了75%,并能较好地解决已有方法识别灵敏度低的缺点。