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旱胁迫相关绿豆VrERF家族基因发掘及表达分析
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作者 李蒙鑫 丁冬会 +5 位作者 张雨朋 景琳超 鲁建荣 刘嘉斐 陈吉宝 杨树琼 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期287-294,334,共9页
【目的】探究AP2/ERF转录因子在绿豆干旱胁迫响应中的应答机制。【方法】基于全基因组测序数据对绿豆VrERF家族基因的种间同源性、互作蛋白功能及顺式作用元件进行分析,通过转录组测序数据分析各VrERF基因的组织特异性表达、干旱胁迫下... 【目的】探究AP2/ERF转录因子在绿豆干旱胁迫响应中的应答机制。【方法】基于全基因组测序数据对绿豆VrERF家族基因的种间同源性、互作蛋白功能及顺式作用元件进行分析,通过转录组测序数据分析各VrERF基因的组织特异性表达、干旱胁迫下基因表达差异情况并用q RT-PCR进行验证。【结果】绿豆与豌豆、菜豆和大豆的ERF家族基因间不仅具有相同的进化起源,还存在明显的基因扩张现象。VrERF基因启动子区均具有多个与激素响应、胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。此外,不同的绿豆VrERF蛋白间存在广泛的互作关系,可能通过与b ZIP、RAP2.4和STZ等蛋白互作参与绿豆非生物胁迫的防御响应。基因表达分析显示,多数VrERF家族基因的表达具有较强的组织特异性,且在干旱胁迫下,VrERF7/62在绿豆VC1973A和JP226873叶片中均显著下调表达,qRTPCR检测也显示VrERF7/62的表达受干旱胁迫诱导显著下调。【结论】推测VrERF7/62可能在绿豆干旱胁迫响应过程中起负调控作用,结果也为绿豆AP2/ERF家族基因的抗逆性表达及基因功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 绿豆 AP2/erf基因家族 干旱胁迫 表达模式
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白桦AP2/ERF家族基因的生物信息学分析 被引量:3
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作者 张文慧 黄勇 +4 位作者 贺登美 谷心茹 朱雪天 国凤双 卢有 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2020年第6期112-117,136,共7页
从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存... 从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存在差异;白桦AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位点,但含有磷酸化位点的数量和种类上都有差异;白桦AP2/ERF蛋白大都定位在细胞核里,它们主要在细胞核中对下游基因进行转录调控;同一家族蛋白具有相同的三级结构及相同的motif,不同家族之间则存在差异。分析结果为白桦ERF基因功能研究提供参考。 展开更多
关键词 AP2/erf家族 生物信息学 转录因子 白桦
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大豆ERF家族基因生物信息学分析及其对低磷胁迫的响应 被引量:2
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作者 孙崇源 崔瑞凡 +5 位作者 王瑞阳 刘小倩 许焕青 杨宇明 吕海燕 张丹 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期748-758,共11页
为分析大豆乙烯响应因子(Ethylene Response Factor,ERF)基因家族的特征及其在低磷胁迫下的响应作用,本研究首先利用生物信息学方法从大豆基因组数据库中鉴定获得ERF家族基因,进行进化分析、染色体分布和基因结构分析,并研究其在大豆发... 为分析大豆乙烯响应因子(Ethylene Response Factor,ERF)基因家族的特征及其在低磷胁迫下的响应作用,本研究首先利用生物信息学方法从大豆基因组数据库中鉴定获得ERF家族基因,进行进化分析、染色体分布和基因结构分析,并研究其在大豆发育过程中不同组织的表达模式及在低磷胁迫下的表达情况。结果显示:59个大豆ERF家族基因分布在除4号染色体外的整个大豆染色体组上,其中3号、10号、13号、18号和19号染色体分布较多。基因结构分析显示整个家族具有典型的AP2结构域。同源序列比对和进化分析将该家族的基因分为4组,分别包括15,5,19和20个基因。基于Soybase数据库的组织表达分析表明该家族基因在大豆的不同组织中均有表达;qRT-PCR结果表明该家族基因低磷胁迫条件下的大豆根、茎和叶中均被诱导表达。结果说明大豆ERF基因结构较保守,能够参与低磷胁迫响应。 展开更多
关键词 大豆 erf基因家族 生物信息学 低磷胁迫
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金钗石斛AP2/ERF基因家族的鉴定和表达分析
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作者 于相丽 刘雅银 +1 位作者 李勇慧 周晓君 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第17期47-57,共11页
对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个... 对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个金钗石斛AP2/ERF基因,然后通过ProtParam分析金钗石斛AP2/ERF家族蛋白的理化性质、亲疏水性,使用MEGA11.0软件构建进化树,利用Map Gene Chrome、GSDS、MEME、PlantCARE在线工具分析AP2/ERF转录因子的基因定位、基因结构和保守基序,并预测基因上游的顺式作用元件,利用TBTools分析并可视化AP2/ERF基因在各部位的表达情况。结果表明,金钗石斛AP2/ERF转录因子家族的成员,大部分定位在细胞核中,相对分子质量介于2726.88~71682.81 u之间,氨基酸数量介于94~659个之间,等电点介于4.45~10.44之间。进化树分析显示,AP2/ERF家族成员分为AP2、RAV、ERF及DREB 4个亚家族。97条基因不均匀地分布在19条染色体上,各个亚族都有独特基序,AP2/ERF基因启动子上游区域光响应作用元件种类最多,数量也最多。大多数DnAP2s基因在根中的表达量最大,不同的居群DnAP2s基因表达有较大不同。鉴定得到97个金钗石斛AP2/ERF蛋白,DnAP2s基因在根茎叶花中表达具有差异性,地理分布导致不同居群的遗传多样性水平不同。 展开更多
关键词 金钗石斛 AP2/erf基因家族 生物信息学 表达分析
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灰毡毛忍冬ERF基因家族鉴定及其在衰老过程中的表达分析 被引量:1
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作者 刘燕妮 曹正艳 +3 位作者 吴佩荫 李清清 陈泽雄 唐宁 《经济林研究》 北大核心 2024年第2期13-28,共16页
【目的】灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides为我国南方地区大宗道地中药材和重要经济植物,绿原酸和木犀草苷等药效物质在器官衰老过程中积累且受转录因子调控。乙烯信号转导相关ERF基因家族广泛参与植物的衰老、胁迫响应和次生代谢。鉴... 【目的】灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides为我国南方地区大宗道地中药材和重要经济植物,绿原酸和木犀草苷等药效物质在器官衰老过程中积累且受转录因子调控。乙烯信号转导相关ERF基因家族广泛参与植物的衰老、胁迫响应和次生代谢。鉴定灰毡毛忍冬ERF家族成员并探究其表达模式,可为该类基因调控次生代谢的功能研究提供参考。【方法】基于转录组数据鉴定灰毡毛忍冬ERF转录因子家族,通过系统发育树分析其进化关系,利用MEME在线网站分析序列的结构基序。QRT-PCR分析LmERFs基因在不同器官衰老过程以及冷胁迫和乙烯处理后的表达模式。【结果】在灰毡毛忍冬中共鉴定出65个具AP2保守结构域的LmERFs基因,可将其分为3个亚组。利用RNA-Seq技术筛选了在幼嫩和衰老叶片之间差异表达的20个LmERFs。进一步qRT-PCR分析显示,分别有18个、13个和11个LmERFs基因在叶片、茎和花的衰老过程显著差异表达,其中LmERF2、LmERF9、LmERF16、LmERF17和LmERF19基因表达在不同器官衰老过程中均具显著差异。冷胁迫后,叶和茎中7个LmERFs(LmERF1、LmERF2、LmERF6、LmERF7、LmERF8、LmERF11和LmERF12)显著上调,LmERF3、LmERF9、LmERF16和LmERF19显著下调;而乙烯处理诱导了LmERF1、LmERF8和LmERF12基因的表达,抑制了LmERF2、LmERF4、LmERF9、LmERF10、LmERF14、LmERF15、LmERF16、LmERF17、LmERF18和LmERF19基因的表达。【结论】8个LmERFs(LmERF1、LmERF2、LmERF6、LmERF9、LmERF10、LmERF15、LmERF16和LmERF19)响应了器官发育、冷胁迫和乙烯诱导的衰老过程,这为后续挖掘高效调控灰毡毛忍冬次生代谢的靶点LmERFs提供了数据支持。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 erf基因家族 器官衰老 乙烯 冷害胁迫
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大叶桉根、茎、叶转录组比较和AP 2/ERF基因家族分析
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作者 陈欢 张健 +4 位作者 黄恒成 唐正涛 韦联健 周韬 邓紫宇 《福建林业科技》 2024年第1期1-8,共8页
2021年对广西六峰山林场的大叶桉(Eucalyptus robusta)进行采样,采用Hiseq 2000对大叶桉根、茎、叶组织分别进行转录组测序。结果获得40786个Unigene;通过数据库比对,共注释了31662个Unigene。GO注释结果最多的条目为膜组成部分;KEGG注... 2021年对广西六峰山林场的大叶桉(Eucalyptus robusta)进行采样,采用Hiseq 2000对大叶桉根、茎、叶组织分别进行转录组测序。结果获得40786个Unigene;通过数据库比对,共注释了31662个Unigene。GO注释结果最多的条目为膜组成部分;KEGG注释结果表明,5654条序列参与129条代谢通路,参与基因最多的通路为核糖体。对比分析大叶桉根部和茎,以及根部和叶之间的转录差异,发现多条富集的通路,包括α-亚麻酸代谢和萜类骨架生物合成等。鉴定出AP 2/ERF家族基因84个,其中AP 2家族含有9个基因,RAV家族含有2个基因,ERF家族包含73个基因,各基因家族在根茎叶中的表达模式有所差异。 展开更多
关键词 大叶桉 转录组比较 AP 2/erf基因家族
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四倍体硬粒小麦及其他小麦族AP2/ERF基因家族比较分析及表达鉴定
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作者 张新 李敏敏 +6 位作者 孙允超 赵杨 冀传允 许传怀 闫树平 张兰迎 张继勇 《种子》 北大核心 2024年第6期55-66,85,共13页
为探究硬粒小麦及其他小麦族中AP2/ERF家族基因响应非生物胁迫的机理,本研究采用生物信息学的方法在全基因组范围内对硬粒小麦、野生二粒小麦及粗山羊草的已有公开数据进行分析,分别鉴定了215、232、139个AP2/ERF基因家族成员,AP2/ERF... 为探究硬粒小麦及其他小麦族中AP2/ERF家族基因响应非生物胁迫的机理,本研究采用生物信息学的方法在全基因组范围内对硬粒小麦、野生二粒小麦及粗山羊草的已有公开数据进行分析,分别鉴定了215、232、139个AP2/ERF基因家族成员,AP2/ERF家族基因在不同物种中的基因组位置、基因结构、启动子顺式作用元件相似及差异部分。利用硬粒小麦在不同发育时期及非生物胁迫下的转录组数据,对这些AP2/ERF基因进行表达模式分析,发现有6个AP2/ERF基因在硬粒小麦胚乳发育过程中起着一定程度的调节作用;有23个AP2/ERF基因在硬粒小麦花后热胁迫反应中上调表达,其中13个基因可以同时响应硬粒小麦花前缺水及花后热胁迫反应。 展开更多
关键词 硬粒小麦 AP2/erf基因家族 非生物胁迫 表达模式
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喜旱莲子草AP2/ERF基因家族的鉴定及其在除草剂胁迫下的表达模式 被引量:1
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作者 韩晓文 韩硕 +4 位作者 胡义锋 王梦如 陈中义 朱永兴 尹军良 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第20期4021-4034,共14页
【背景】喜旱莲子草(Alternanthera philoxeroides)是一种极难防除的恶性入侵杂草,给我国生态环境造成了严重危害。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)家族是植物中最大的转录因子家族之一,不仅参与植物体内多种信号网络的调... 【背景】喜旱莲子草(Alternanthera philoxeroides)是一种极难防除的恶性入侵杂草,给我国生态环境造成了严重危害。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)家族是植物中最大的转录因子家族之一,不仅参与植物体内多种信号网络的调控,还在植物响应除草剂胁迫中发挥重要作用。【目的】系统分析喜旱莲子草ApAP2/ERF家族成员的基本特征,揭示其在除草剂胁迫下的表达模式,明确ApAP2/ERF潜在的生物功能,挖掘抗除草剂的潜在靶标基因,为精准、合理地选择除草剂提供依据。【方法】利用本地BLASTp从喜旱莲子草基因组数据库中对AP2/ERF家族成员进行鉴定,运用MEME、ExPASyServer10、Plant-mPLoc、SWISS-MODEL、NCBI SRA数据库和psRNA Target在线网站获取保守基序(Motif)、蛋白理化性质、亚细胞定位、三级结构、转录组、靶向miRNA信息。通过GFF3基因组注释文件获取基因结构信息。利用MEGA 11、TBtools和R语言绘制系统发育树、表达模式热图和miRNA靶向关系图等。采用RT-qPCR法分析ApAP2/ERF家族成员在5种除草剂和不同时间点(0—7 d)处理下的表达模式。【结果】从喜旱莲子草中共鉴定出96个ApERF、9个ApAP2和4个ApRAV,并根据其在基因组中的位置分别命名为ApERF1—ApERF96、ApAP2-1—ApAP2-9和ApRAV1—ApRAV4。鉴定到的ApAP2/ERF均为亲水蛋白,位于细胞核和细胞质中;ApAP2/ERF表达模式受地理条件、水分条件和低钾胁迫的调控。41%草甘膦处理中,ApERF7/74/94在3—7 d内被高度诱导;50%异丙隆处理中,6个ApERF均在特定的时间被高度诱导;10%乙羧氟草醚处理中,ApERF7/13/49/94表达量呈现先升高后下降再上升的趋势;20%氯氟吡氧乙酸处理中,ApERF7/13/49/54/94在0.5 d时被高度诱导;13%噁草酮处理中,ApERF13/49/54/74在短时间内显著下调表达。【结论】鉴定出109个喜旱莲子草AP2/ERF家族成员,位于同一亚组的成员具有相似的motif。ApAP2/ERF的表达受到地理条件、水分条件和低钾胁迫的调控,同时也受除草剂的诱导,推测其通过影响乙烯信号通路以响应除草剂胁迫。 展开更多
关键词 喜旱莲子草 生物信息学 转录因子 除草剂 表达模式 AP2/erf基因家族
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光皮桦AP2/ERF基因家族鉴定与表达分析 被引量:3
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作者 黄奕孜 钱旺 +3 位作者 邱姗 王文新 黄华宏 林二培 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1183-1193,共11页
【目的】深入研究AP2/ERF基因家族在光皮桦Betula luminifera生长发育及环境胁迫响应中的生物学功能。【方法】利用光皮桦基因组数据,通过生物信息学方法开展AP2/ERF基因家族鉴定、基因特征、系统进化、基因结构、保守基序、顺式作用元... 【目的】深入研究AP2/ERF基因家族在光皮桦Betula luminifera生长发育及环境胁迫响应中的生物学功能。【方法】利用光皮桦基因组数据,通过生物信息学方法开展AP2/ERF基因家族鉴定、基因特征、系统进化、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白互作和表达分析。【结果】在光皮桦基因组中共鉴定到77个AP2/ERF基因,其编码的蛋白理化性质存在差异,大多数蛋白(60个)的理论等电点小于7.0。系统进化分析显示:这77个AP2/ERF转录因子属于5个亚家族,其中ERF亚家族最大,包含34个成员。光皮桦AP2/ERF各亚家族间的基因结构存在较大差异,其中AP2亚家族成员均具有6~9个内含子,而DREB亚家族基因则没有内含子;但AP2/ERF各亚家族内的不同成员具有相似的保守基序类型和分布。同时,AP2/ERF基因启动子上都存在大量与激素、调节、胁迫响应及生长发育相关的顺式作用元件。此外,互作网络分析预测不同的光皮桦AP2/ERF亚家族蛋白间存在广泛的互作关系。进一步的表达分析显示:绝大多数光皮桦AP2/ERF基因(71个)的表达存在较强组织特异性,且在高温胁迫下,多数ERF或DREB基因的表达发生显著变化,表明ERF和DREB基因在高温胁迫应答中可能发挥着重要作用。【结论】通过生物信息学分析获得光皮桦77个AP2/ERF基因,分属于5个亚家族。不同亚家族基因具有相似的基因结构、保守基序等特征。基因启动子区含激素、胁迫响应等相关的作用元件。基因表达具有较强的组织特异性,且多数ERF或DREB基因对高温胁迫有明显响应。图6表1参39。 展开更多
关键词 光皮桦 AP2/erf家族 表达模式 高温胁迫
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小麦AP2/ERF转录因子家族生物信息学分析 被引量:5
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作者 卞云迪 张驰 +6 位作者 王雪晴 杨晨晓 王光钰 刘晓颖 王颖 方芳 王振英 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2022年第4期39-45,共7页
为了探究AP2/ERF基因家族在小麦基因组中的分布及功能,利用生物信息学方法和小麦全基因组数据信息,在小麦全基因组范围内共鉴定出74个TaAP2/ERF转录因子基因.鉴定所得基因编码的蛋白大多数呈酸性,且大部分被定位在细胞核中,与多数转录... 为了探究AP2/ERF基因家族在小麦基因组中的分布及功能,利用生物信息学方法和小麦全基因组数据信息,在小麦全基因组范围内共鉴定出74个TaAP2/ERF转录因子基因.鉴定所得基因编码的蛋白大多数呈酸性,且大部分被定位在细胞核中,与多数转录因子蛋白相关报道一致.这些基因的启动子区包含多个应答植物激素和环境因子的顺式作用元件,如茉莉酸、脱落酸、光响应、厌氧和低温胁迫等.热图分析发现了6个在生物和非生物胁迫下特异表达的基因:AP2-S基因在非生物胁迫下特异表达;CBFIIId亚家族的3个基因(CBFIIId-B19、CBFIIId-D19和CBFIIId-24.1)结构相同,在非生物胁迫下特异表达;CBFIVb-D21和CBF2基因能够对小麦的病原菌侵染作出响应. 展开更多
关键词 小麦 全基因组鉴定 AP2/erf转录因子家族 基因结构 表达分析
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普通烟草ERF转录因子亚家族成员鉴定及表达模式分析 被引量:8
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作者 任昂彦 孔英珍 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2017年第1期15-22,共8页
乙烯结合响应因子(Ethylene-responsive element binding factors,ERF)家族广泛参与植物的生长发育、逆境调节及激素信号应答等过程。利用生物信息方法,鉴定普通烟草基因组ERF转录因子亚家族成员,并对该亚家族成员的染色体定位、理化性... 乙烯结合响应因子(Ethylene-responsive element binding factors,ERF)家族广泛参与植物的生长发育、逆境调节及激素信号应答等过程。利用生物信息方法,鉴定普通烟草基因组ERF转录因子亚家族成员,并对该亚家族成员的染色体定位、理化性质、系统发生、保守结构域、亚细胞定位和组织表达模式进行分析。结果显示,目前在普通烟草中得到121个ERF基因,在烟草24条染色体分布位置具有不均匀性。通过构建进化树,根据拟南芥ERF亚家族的分类方式将烟草ERF亚家族分为6组,同一分组成员的理化性质及保守域呈现高度一致性。亚细胞定位分析结果显示,绝大部分成员定位在细胞核,少数定位在线粒体和叶绿体上。组织表达模式分析结果显示,烟草ERF基因在幼根、成熟根、离体叶和茎中表达量较高,不同分组成员之间表达存在差异。 展开更多
关键词 普通烟草 erf基因家族 生物信息 表达模式 基因家族
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银杏ERF转录因子家族的全基因组学鉴定及表达模式分析 被引量:3
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作者 张斌 唐满生 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期519-526,共8页
以银杏基因组数据库为基础,通过序列比对,并经过鉴定筛选,共获得112个ERF转录因子家族成员,对其进行生物信息学及表达模式分析。结果显示:银杏112个ERF成员在系统进化树上分为10个亚家族;基因结构分析表明,大部分ERF家族基因结构简单,... 以银杏基因组数据库为基础,通过序列比对,并经过鉴定筛选,共获得112个ERF转录因子家族成员,对其进行生物信息学及表达模式分析。结果显示:银杏112个ERF成员在系统进化树上分为10个亚家族;基因结构分析表明,大部分ERF家族基因结构简单,仅少量基因含有1~4个内含子;基因表达分析显示,39个ERF基因在雄蕊中表达量较高,20个基因在幼苗中表达量较高,40个基因在胚中表达量较高;部分基因在雄蕊、胚和幼苗中具有相同的表达模式,说明其可能具有类似的功能。 展开更多
关键词 银杏 erf基因家族 生物信息学 基因结构 基因表达
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银杏AP2/ERF转录因子鉴定及其ERF家族在逆境胁迫下的表达分析 被引量:2
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作者 袁红慧 李琳玲 +2 位作者 程华 肖贤 程水源 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第1期113-123,共11页
AP2/ERF转录因子广泛参与银杏的生物学过程,其ERF基因家族存在着通过调控次生代谢来应对环境压力的可能。为探究ERF基因家族在这一过程中的应答机制,本研究分别构建了紫外和干旱处理下银杏叶转录组数据库,利用在线生物信息学工具对银杏A... AP2/ERF转录因子广泛参与银杏的生物学过程,其ERF基因家族存在着通过调控次生代谢来应对环境压力的可能。为探究ERF基因家族在这一过程中的应答机制,本研究分别构建了紫外和干旱处理下银杏叶转录组数据库,利用在线生物信息学工具对银杏AP2/ERF转录因子的保守结构域、理化性质及基因家族同源性进行分析,同时利用转录组测序技术检测了ERF基因家族在这两种逆境胁迫下的表达情况,筛选其中5个与类黄酮等代谢相关的ERF基因进行荧光定量PCR验证分析。结果表明,在银杏中共鉴定到61个AP2/ERF转录因子,根据其保守结构域特点分为4类,即ERF亚家族28个、DREB亚家族23个、AP2和RAV亚家族分别为5个。不同成员之间的氨基酸数目、等电点(pI)等理化性质有较大差别。从与拟南芥、大豆的序列同源性分析结果来看,同一个亚家族的成员之间亲缘关系较近。GbERF亚家族和GbDREB亚家族同属于银杏ERF基因家族,成员数最多。转录组预测分析结果显示,大部分ERF基因家族成员在紫外和干旱胁迫诱导下的基因表达量会增加。经验证,5个基因表达量的变化情况总体与预测结果一致。本实验结果为后期开展银杏ERF基因家族的功能研究提供科学依据。 展开更多
关键词 银杏(Ginkgo biloba L.) AP2/erf转录因子 erf基因家族 逆境胁迫
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植物AP2亚家族研究进展
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作者 赵连彩 古丽米热·阿勒木江 钟俐 《新疆大学学报(自然科学版)(中英文)》 CAS 2023年第3期351-357,共7页
AP2/ERF转录因子家族在植物生长、繁殖和与环境相互作用的过程中发挥重要作用.根据结构域的数量,AP2/ERF家族分为AP2和ERF两个亚家族.就AP2亚家族中主要成员的基因结构、功能及成员之间复杂的调控网络和作用机制的研究进展进行了综述.
关键词 AP2/erf基因家族 AP2亚家族 结构和功能 研究进展
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柳树AP2/ERF基因家族全基因组鉴定和表达分析
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作者 戴晓港 李淑娴 《江苏林业科技》 2021年第5期1-12,52,共13页
APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在调控植物的生长和发育、应生物胁迫和非生物胁迫等方面扮演着至关重要的角色。该文对簸箕柳基因组中AP2/ERF基因进行查找,分析了该基因家族的保守结构域、基因结构、启动子区域... APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在调控植物的生长和发育、应生物胁迫和非生物胁迫等方面扮演着至关重要的角色。该文对簸箕柳基因组中AP2/ERF基因进行查找,分析了该基因家族的保守结构域、基因结构、启动子区域顺式作用元件、基因在染色体上的分布及其在干旱胁迫下的差异表达。分析结果发现,簸箕柳中共含有208个AP2/ERF基因。根据系统发育树聚类分析的结果,这些基因可分为AP2,RAV,ERF和Soloist 4个亚类;基因结构分析表明,AP2和Soloist基因内含子较多,而多数ERF和所有RAV基因都无内含子;对启动子区域顺式作用元件分析,发现簸箕柳AP2/ERF家族基因启动子区域富含响应非生物胁迫的相关元件;对基因在染色体上分布分析表明,簸箕柳AP2/ERF基因在不同染色体上分布不均匀,其中42个基因的扩张与串联复制有关。利用蒿柳杂交子代的干旱胁迫和对照样品的转录组序列进行了差异表达分析,发现了5个AP2/ERF基因在干旱胁迫下显著上调表达。分析结果为深入研究柳树AP2/ERF基因家族的功能提供了重要参考。 展开更多
关键词 簸箕柳 AP2/erf基因家族 分子进化 干旱胁迫 基因表达
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当归AP2/ERF转录因子家族鉴定及干旱胁迫下的表达分析
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作者 刘天乐 朱田田 +5 位作者 晋玲 康舒淇 张菁 徐丽 张帅 杨白梅 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期4849-4859,共11页
目的对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究2品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据。方法基... 目的对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究2品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据。方法基于全长转录组测序数据,利用生物信息学方法对AsAP2/ERF转录因子家族成员进行鉴定,并分析该家族特征。基于干旱胁迫转录组数据分析AsAP2/ERF基因的表达模式,并利用qRT-PCR技术进行验证。结果从当归中共鉴定到53个AP2/ERF转录因子,包括28个ERF、18个DREB、5个RAV、2个AP2亚家族成员。AsAP2/ERF转录因子的氨基酸数量是142~440aa,均为亲水性蛋白,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。基因表达模式的分析结果表明,在响应干旱胁迫条件下,“岷归2号”(M2)中表达上调的基因数量多于“岷归1号”(M1),其中8个基因在2品种当归D2组表达差异显著,这可能与2品种当归的抗旱性相关。qRT-PCR分析结果表明,6个基因与干旱胁迫转录组数据基本一致。结论鉴定了当归中的AP2/ERF转录因子家族,探究了不同基因在干旱胁迫下的表达模式,最终获得了6个响应干旱胁迫的AsAP2/ERF候选基因,为后期开展当归抗旱功能基因的研究奠定基础。 展开更多
关键词 当归 AP2/erf家族 干旱胁迫 基因表达 转录组
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拟南芥ERF转录因子基因应答非生物胁迫表达模式 被引量:2
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作者 赵金玲 姚文静 +1 位作者 姜廷波 周博如 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期41-44,共4页
以122条拟南芥(Arabidopsis thaliana)ERF转录因子家族基因为研究对象,用RT-q PCR检测其应答盐胁迫情况,分析15个盐胁迫敏感基因在盐、干旱和ABA胁迫条件下的表达模式。在盐胁迫条件下,有36个基因上调表达,42个基因下调表达,44个基因无... 以122条拟南芥(Arabidopsis thaliana)ERF转录因子家族基因为研究对象,用RT-q PCR检测其应答盐胁迫情况,分析15个盐胁迫敏感基因在盐、干旱和ABA胁迫条件下的表达模式。在盐胁迫条件下,有36个基因上调表达,42个基因下调表达,44个基因无明显变化。其中,15个盐胁迫敏感基因在不同胁迫条件下表现出不同的表达模式。在盐胁迫条件下,15个ERF基因的表达水平随胁迫时间的延长均表现出明显升高,在36和72 h两个时间点达到极显著水平。在ABA胁迫条件下,15个ERF基因中大多数表达水平提高。在干旱胁迫下,15个ERF基因表达水平均随胁迫时间延长有所提高,在48 h达到最高。AT1G06160、AT1G21910、AT2G35700、AT4G17490、AT4G39780和AT5G61890等6个基因在非生物胁迫条件下表达模式相似,表明其可能参与相似的基因调控途径。其他9个ERF基因在非生物胁迫下表现出不同的表达模式,表明其可能参与不同基因调控途径。 展开更多
关键词 拟南芥 erf基因家族 基因表达 非生物胁迫
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葡萄黑痘菌侵染应答中ERF转录因子的基因表达分析
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作者 高嘉沛 林仕钰 张景怡 《江西农业》 2020年第4期126-127,共2页
为了研究葡萄(Vitis vinifera)对黑痘菌(Elsino?ampelina)侵染应答中ERF家族基因的表达,以感染黑痘病的无核白与抗病的商-24葡萄叶片为实验材料,在叶片被感染后的12、24、48及72 h分别取样,通过半定量RT-PCR与荧光实时定量PCR来分析基... 为了研究葡萄(Vitis vinifera)对黑痘菌(Elsino?ampelina)侵染应答中ERF家族基因的表达,以感染黑痘病的无核白与抗病的商-24葡萄叶片为实验材料,在叶片被感染后的12、24、48及72 h分别取样,通过半定量RT-PCR与荧光实时定量PCR来分析基因的表达。结果表明:VvERF12显著上调,VvERF33基本呈上调趋势(除了无核白品种接种后24 h)。 展开更多
关键词 葡萄黑痘菌 erf家族 基因表达分析
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毛竹PheERF5基因克隆及生物信息学分析 被引量:8
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作者 胡俊东 吴惠俐 吕浩 《经济林研究》 北大核心 2021年第2期55-62,共8页
【目的】探究毛竹ERF转录因子基因的结构与功能,为揭示毛竹ERF亚家族成员的抗逆境胁迫机制提供参考。【方法】利用RNA-Seq和RT-PCR技术从毛竹幼苗叶片中克隆PheERF5基因的全长cDNA,利用SMART:Main page、Prot-Param、ProtScale、NetPhos... 【目的】探究毛竹ERF转录因子基因的结构与功能,为揭示毛竹ERF亚家族成员的抗逆境胁迫机制提供参考。【方法】利用RNA-Seq和RT-PCR技术从毛竹幼苗叶片中克隆PheERF5基因的全长cDNA,利用SMART:Main page、Prot-Param、ProtScale、NetPhos 3.1、TMHMM Server v.2.0、Softberry等在线分析软件对PheERF5蛋白进行生物信息学分析,采用DNAMAN7.0软件对PheERF5蛋白氨基酸序列进行比对分析,运用MEGA 6.0软件对PheERF5蛋白和水稻Oryza sativa AP2/ERF家族成员蛋白进行系统发育分析。【结果】从毛竹幼苗叶片中克隆获得PheERF5基因的全长cDNA片段,其开放阅读框序列全长为1017 bp,共编码339个氨基酸残基,编码蛋白相对分子质量为35.96 kD,等电点为4.58,其基因ID号为PH01001057G0620。PheERF5蛋白具有1个AP2保守结构域,属于AP2/ERF转录因子家族,为带负电荷的不稳定亲水性蛋白,其无信号肽,无跨膜结构,定位于细胞核。该蛋白存在48个磷酸化位点,以丝氨酸残基位点为主。PheERF5蛋白氨基酸序列与小米Setaria italica XP_004967470.1、水稻XP_015629650.1、二岁短柄草Brachypodium distachyon XP_003565510.1等禾本科植物的ERF氨基酸序列同源性高达84%以上,且与这些物种的AP2保守结构域同源性较高。PheERF5蛋白与124个AP2/ERF家族转录因子成员的系统发育进化分析结果显示,PheERF5与Os12g41030的亲缘关系最近,与Os12g41030、Os05g25260、Os03g60120、Os06g06540、Os01g12440和Os01g46570同属于ERF亚家族B-5子组转录因子成员,该组成员具有植物抗逆性生物学功能,主要参与植物抗病原菌侵染。【结论】PheERF5属于典型的植物AP2/ERF家族转录因子,为ERF亚家族B-5子组转录因子,可能在毛竹抗生物或非生物胁迫过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 毛竹 erf家族转录因子 基因克隆 生物信息学分析
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三七AP2/ERF基因家族鉴定及PnDREB84基因功能初探 被引量:1
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作者 张双华 侯聪 +3 位作者 程宇飞 宁康 汪鋆植 董林林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3428-3438,共11页
AP2/ERF基因家族是植物界中的最大转录因子家族之一,在响应生物与非生物胁迫、参与对植物激素的应答及植物生长发育过程具有重要的作用。本研究利用生物信息学方法对三七AP2/ERF家族进行鉴定,并分析该家族的蛋白理化性质与结构、系统进... AP2/ERF基因家族是植物界中的最大转录因子家族之一,在响应生物与非生物胁迫、参与对植物激素的应答及植物生长发育过程具有重要的作用。本研究利用生物信息学方法对三七AP2/ERF家族进行鉴定,并分析该家族的蛋白理化性质与结构、系统进化关系、表达模式及PnDREB4基因的功能。结果表明,在三七中鉴定到140个AP2/ERF家族成员,分为DREB、ERF、AP2、RAV、Soloist五个亚族,各亚族间蛋白理化性质和基序分布相似。尖孢镰刀菌侵染三七植株,其AP2/ERF家族基因中有34个差异表达基因,19个基因表达上调,其中PnDREB84在0~96 h范围内随着尖孢镰刀菌侵染时间的延长表达量上调。低温4℃胁迫后,超表达PnDREB84基因的三七植株,其ABA和SA激素的含量增加。结果表明,PnDREB84基因在生物胁迫和非生物胁迫过程中发挥双重调控作用,PnDREB84基因可作为三七抗逆新品种培育的潜在分子标记。三七AP2/ERF转录因子的鉴定及PnDREB84基因功能分析为三七抗逆机制解析及新品种培育提供数据支撑。 展开更多
关键词 三七 AP2/erf家族 尖孢镰刀菌 低温胁迫 PnDREB84基因
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