新疆牛源大肠杆菌O157∶H7的分离鉴定及ERIC-PCR基因分型研究

为了了解牛源大肠杆菌(E.coli)O157∶H7在新疆地区的污染状况以及遗传多样性,探究不同地区分离菌株的遗传关系,为控制牛源E.coli O157∶H7的传播提供试验依据。将采集的样品在EC肉汤中进行增菌(37℃、180 r/min),接着将增菌液划线接种到SMAC平板上,37℃培养箱中过夜培养18 h左右。挑取SMAC平板上白色或无色单菌落接种MUG培养基,37℃培养18 h左右,将无荧光样品接种到SMAC平板上,37℃培养18 h左右,隔天挑取白色或无色单菌落进行PCR鉴定,具有rfbE和fliC基因条带的即为阳性菌株。将阳性菌株进行肠杆菌基因间重复共有序列扩增(ERIC-PCR)指纹图谱聚类分析,分析菌株之间的同源性关系。ERIC-PCR结果显示,相似性100%的菌株有3组。从伊犁地区分离到的菌株差异性最大,具有6种分型;其次是乌鲁木齐,具有4种分型。菌株来源多样性最多的在D簇,由此可见通过ERIC-PCR分型,可以进行溯源观察。ERIC-PCR能够区分特定采样点或物种的分离物,它能够证明从不同来源的菌株之间,存在着某些相似的ERIC特性,并聚集在同一个簇群中。该研究中筛选出的E.coli O157∶H7菌株具有广泛的遗传多样性,该方法对于检测不同物种间的细菌差异非常敏感。由此可见ERIC-PCR可以作为E.coli O157∶H7常规监测和鉴定的一个有效的工具。

鸭疫里默氏杆菌ERIC-PCR基因分型

为了解广东地区鸭疫里默氏杆菌的流行情况,采用经优化建立的ERIC-PCR分型方法对来自广东地区16个鸭场的48株鸭疫里默氏杆菌分离株进行基因分型。结果表明:用ERIC-PCR法可将48个分离株分为16个基因型。12个鸭场存在着两种或两种以上基因型的菌株,并且不同鸭场流行基因型不同,8型和11型是较为流行的菌株。该研究结果可为广东地区鸭疫里默氏杆菌病的免疫防治提供参考。

副猪嗜血杆菌临床分离菌的药物敏感性试验与ERIC-PCR基因分型

从河南、湖北等7个省份的323份疑似副猪嗜血杆菌(HPS)典型病料中分离获得HPS菌104株。对这些分离菌株进行了16s RNA鉴定,用微量肉汤稀释法观察了这些菌株对12种抗菌药物的敏感性,并用ERIC-PCR方法对分离菌进行了基因分型。结果表明:所有菌株都对痢菌净和沃尼妙林敏感,对复方磺胺-5-甲氧嘧啶钠、四环素、环丙沙星、林可霉素、卡那霉素、甲砜霉素、红霉素、氨苄西林、头孢噻呋和头孢喹肟的耐药率分别为93.3%、51.9%、51.0%、26.0%、10.6%、13.5%、37.5%、39.4%、5.8%和1.9%;大多数菌株耐2~5种抗生素,所占比例达到69.2%;在104株分离株中有99株可以进行ERIC-PCR分型,按80%的相似性可分为18个ERIC-PCR谱型;包含菌株最多的谱型为型,有25株;其次依次为Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅶ型,分别有18、13、13、9株;除耐林可霉素的菌株较均匀地分布于12个ERIC-PCR型外,耐其它5种药物的菌株大多集中分布于2~3个ERIC-PCR型中。

新疆地区249例RhD变异型基因分型研究

目的研究分析新疆地区RhD变异型标本的RHD基因分型特征。方法收集2006年1月—2023年6月常规RhD阴性确认工作中RhD抗原盐水法阴性或弱阳性、间接抗人球蛋白试验(IAT)阳性的RhD变异型标本249例,并做RhCE抗原分型,提取血液基因组DNA,采用PCR-SSP或qPCR方法对RHD基因进行分型,必要时用基因测序验证。结果249例RhD变异型标本中,检出弱D15型(RHD*15)155例(62.25%)、DⅥtype 3型(RHD*06.03.01)30例(12.05%),弱D1型(RHD*01W.1)7例(2.81%)、弱D17型(RHD*01W.17)2例(0.80%)、DⅥtype 4型(RHD*06.04)3例(1.20%)、DⅤtype 2型(RHD*05.02)9例(3.61%)、DⅢa型(RHD*03.01)1例(0.40%),以及DEL1227A(RHD*01EL.01)6例(2.41%),未能确定RHD等位基因型别,有待进一步基因测序分析的标本有36例。RHD*15的常见Rh表型为ccEe。结论新疆地区RhD变异型的RHD基因以RHD*15为最常见,并存在丰富的遗传多态性。

三江源地区鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及流行特征研究

目的了解三江源地区鼠疫菌株分布情况,进行规律间隔成簇短回文重复序列(Clustered regularly in-terspaced short palindromic repeats)基因分型研究,为该地区鼠疫疫源地菌株鉴定溯源、科学防控提供理论依据。方法选取三江源地区310株鼠疫菌提取DNA,分别PCR扩增、测序3个CRISPR的位点YPa、YPb和YPc,所测得CRISPR序列与CRISPR Dictionary数据库最新数据进行比对,鉴定CRISPR spacer阵列并对三江源地区鼠疫菌进行基因分型。对310株鼠疫菌结合CRISPR基因型和分离宿主信息进行统计分析。结果310株鼠疫菌共发现26种spacer,分别为YPa15种、YPb8种、YPc3种;310株鼠疫菌被分成16个不同CRISPR基因型,G22型和G22-a1′型分布于整个三江源地区包括称多县、治多县、玉树市、曲麻莱县、囊谦县、杂多县、玛多县、玛沁县、同仁县、泽库县、共和县、同德县、贵德县;G24型分布于泽库县、玛多县、囊谦县、称多县;G26-a1′型主要分布于共和县、兴海县、贵德县、玛多县、称多县、杂多县,16个基因型归类为7个CRISPR类群:Cb4、Cb4′、Ca7、Ca7′、Ca8、Ca35′、Cc3′。结论三江源地区鼠疫菌CRISPR基因型具有多样性,不同疫源地基因型分布特征显著,且不同菌株基因型存在差异。

血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价

目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。

宫颈病变患者HPV基因分型检测及其临床意义分析

目的:分析宫颈病变患者人乳头瘤病毒(HPV)基因分型检测及临床意义。方法:回顾性分析2021年5月—2023年5月泰兴市人民医院收治的125例宫颈病变患者的临床资料,均进行HPV基因分型检测。统计125例宫颈病变患者HPV感染阳性率、HPV基因分型情况(多重感染重复计算)。比较不同程度宫颈病变患者中HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率。以病理检查为“金标准”,分析并比较液基薄层细胞学检查(TCT)单独诊断、TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度、敏感度、特异度。结果:125例宫颈病变患者中,HPV感染阳性率为51.20%(64/125),HPV感染阳性患者中HPV基因型总数为92株,其中高危型HPV为63.04%(58/92),低危型HPV为36.96%(34/92)。高危型HPV感染阳性率最高的前5位基因型分别为HPV16(16.30%)、HPV18(11.96%)、HPV58(8.70%)、HPV53(6.52%)、HPV51(4.35%);低危型HPV感染阳性率最高的前3位基因型分别为HPV6(8.70%)、HPV11(7.61%)、HPV40(4.35%)。不同级别宫颈病变患者HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。TCT单独诊断子宫颈癌的准确度为78.40%(98/125),敏感度为66.67%(18/27),特异度为81.63%(80/98),阳性预测值为50.00%(18/36),阴性预测值为89.89%(80/89),Kappa值为0.431;TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度为88.00%(110/125),敏感度为59.26%(16/27),特异度为95.92%(94/98),阳性预测值为80.00%(16/20),阴性预测值为89.52%(94/105),Kappa值为0.609;TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度、特异度均显著高于TCT单独诊断,差异有统计学意义(P<0.05);TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的敏感度低于TCT单独诊断,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:宫颈病变类型与HPV基因分型密切相关,且不同宫颈病变恶性程度患者HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率存在显著差异,因此HPV基因分型用于辅助子子宫颈癌筛查具有重要意义。

济南市食品和腹泻病人来源副溶血性弧菌分子分型及毒力基因分析

目的:了解济南市动物性海产品、腹泻患者来源副溶血性弧菌的脉冲场凝胶电泳分子分型特征以及菌株携带毒力基因的情况。方法:按照《国家食品污染和有害因素风险监测工作手册》的方法采集动物性海产品150份,依据《山东省食源性疾病主动监测工作手册》采集腹泻病人样本771份,对上述两类样本进行副溶血性弧菌分离。用脉冲场凝胶电泳对129株副溶血性弧菌进行分子分型和聚类分析,利用多重荧光PCR检测菌株毒力基因的携带情况。结果:动物性海产品来源副溶血性弧菌的总检出率为41.3%,腹泻病人副溶血性弧菌的检出率为6.1%~14.2%。动物性海产品和腹泻患者来源的129株副溶血弧菌可分为93个脉冲场凝胶电泳型别,相似性系数为35.1%~100.0%。患者来源的菌株带型相似系数高于85.0%的占比为90.4%,89.3%动物性海水产品来源的菌株带型相似系数低于85.0%。73株患者来源的菌株携带tdh基因的菌株占比为95.9%,携带trh基因的菌株占比为6.8%,4.1%的菌株同时携带两个毒力基因。动物性海产品来源的56株菌均不携带毒力基因tdh,携带耐热相关溶血素的菌株占比为3.6%。结论:两种来源的菌株在分子分型和毒力基因携带方面存在差异,动物性海产品携带副溶血性弧菌的比例较高,有必要进一步加强对动物性海产品副溶血性弧菌的监测,扩大采样量并增加菌落挑取数量以进一步明确该菌株的传播、流行特征,为制定防控策略提供科学依据。

西藏4个绵羊品种SNP基因分型及群体结构分析

藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。

血小板HPA-3,HPA-15基因分型微滴式数字PCR检测体系的构建

目的建立血小板HPA-3,HPA-15基因分型的微滴式数字PCR(ddPCR)高灵敏检测方法,并初步探索应用于孕妇外周血胎儿游离DNA HPA抗原相容性检测的可行性。方法针对HPA-3,HPA-15的SNP突变位点,设计特异性引物及MGB探针,优化ddPCR退火温度及引物浓度等扩增条件,建立最佳反应体系,明确检验程序。对该检测方法进行方法学性能评估包括特异性、灵敏度、重复性和稳定性。利用ddPCR技术对2022年6月至2023年6月67例临床血液标本进行检测,将等位基因分型结果与基因测序结果比较,并对52例母体外周血胎儿游离DNA HPA抗原进行检测。结果检测血小板HPA-3,HPA-15的ddPCR方法,引物及探针特异性良好,HPA-3,HPA-15的最佳退火温度分别为:61.6℃,60.2℃;体系最佳引物浓度分别为:900 nM,700 nM;探针终浓度均为250 nM。拷贝数定量检测范围为:2~20000 copies,检测下限为0.1 copies/μL且线性良好。在低拷贝数标本中,HPA-3及HPA-15实际检测值的批内及批间变异系数(CV)均<5%。对67份人血液标本DNA的HPA-3,HPA-15基因型检测,结果与基因测序结果完全一致。应用于胎母血小板HPA-3,HPA-15基因型检测结果符合预期。结论本研究构建的HPA-3,HPA-15 ddPCR检测体系准确性高,重复性及稳定性较好,灵敏度高,可应用于临床血小板HPA-3,HPA-15基因型供者库的建立、基因配型及胎母血小板相容性检测等。

猪流行性腹泻病毒分子特征、基因分型及流行现状

猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是引起仔猪严重肠道疾病的病原之一,新生仔猪感染后常引起致死性水样腹泻、呕吐、出血性肠炎,死亡率高达100%,给全球养猪业带来了巨大的经济损失。2010年,高致病性PEDV变异毒株的出现与流行造成猪流行性腹泻(PED)在全球的再次暴发,以经典毒株为抗原的流行性腹泻疫苗无法有效控制高致病性变异毒株的流行。文章综述了PEDV基因组结构与蛋白功能、基因分型与流行现状,以期为PEDV新型疫苗的研究提供参考。

人类白细胞抗原基因分型方法分辨水平的专家共识

人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因分型已广泛应用于造血干细胞捐献者资料库建立、供受者组织配型、血小板基因数据库建立以及疾病关联诊断、遗传学和其他科学研究。随着HLA等位基因数量的增加和分型技术发展,对于HLA基因分型分辨水平界定、供受者HLA位点结果描述和配合判定等存在一定差异,为提高对HLA基因分型分辨水平的界定和解读的规范性,HLA基因检测实验室和临床移植领域的多名专家,依据国内外相关文献和临床实践制定此专家共识,对国内HLA基因分型分辨水平的定义、分型方法、供受者结果描述和相合判定等进行了概述并达成共识,以期进一步规范实验室HLA基因分型,保障检测结果的准确性。

影像组学及影像基因组学预测乳腺癌分子分型的研究进展

影像组学可从医学图像中高通量地提取大量影像特征,影像基因组学则侧重于挖掘影像数据与基因组之间的相关性。基于动态对比增强MRI(DCE-MRI)、乳腺X线摄影、乳腺超声等成像技术,影像组学及影像基因组学能够评估乳腺癌的肿瘤异质性及生物学行为,为乳腺癌诊断、疗效评估及预后预测等方面的研究提供了新途径和新思路,尤其在术前无创性地预测乳腺癌分子分型方面显示出极大的潜能。就影像组学及影像基因组学预测乳腺癌分子亚型方面的研究进展予以综述。

血培养大肠埃希菌的耐药特点、毒力基因分布及种系分型

目的检测并分析血培养大肠埃希菌的耐药特点、种系分型和毒力基因分布。方法收集我院2019年1月1日至2020年12月13日连续且非重复血培养大肠埃希菌。采用微量肉汤法测定大肠埃希菌对17种抗菌药物的敏感性;水煮法提取细菌基因组DNA,采用PCR法检测arpA、chuA、yjaA、TspE4C2、ArpAgpE和trpAgpC基因以确定细菌的种系分型;采用多重PCR法检测毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、cvac、hlyA、traT、kpsMTⅢ和PAI;使用卡方检验分析种系分型之间的耐药率及毒力基因分布差异。结果270株血培养大肠埃希菌对头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星的耐药率较高,均大于50.0%;对亚胺培南、厄他培南、阿米卡星和哌拉西林/他唑巴坦的敏感性较高,耐药率均低于5.0%。在种系分型方面,最常见的型别是B2型和D型,分别占总数的38.0%和16.2%,而E型和隐分支Ⅰ型占比<1.0%,较为少见。毒力基因分析发现,fimH和fyuA基因的分布率最高,均在99.0%以上,而kpsMTⅢ、hlyA和cvaC 3种基因的分布率较低,均低于20.0%。卡方检验显示,毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI在B2型的分布显著高于非B2型(P<0.05),且B2型携带的iutA、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI基因显著高于D型(P<0.05)。结论在治疗引起血流感染的大肠埃希菌时,应慎用头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星等药物。血流感染的大肠埃希菌为B2型时,应同时进行中段尿培养以确认感染源并监测治疗的成功率。

基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9在HLA基因分型中的评价研究

目的 探讨基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9(TGS测序)在人类白细胞抗原(human leukocyte antigen, HLA)基因分型中应用的性能。方法 选取北京市红十字血液中心实验室常规HLA分型检测样本48份,采用PCR-SBT和TGS两种测序法分别对全部样本进行HLA基因分型,比较两种方法的基因分型结果及性能。结果 TGS法和PCR-SBT法对48份样本的HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1的基因检测结果,在高分辨水平上完全一致,TGS法可以对全部样本进行直接指定新基因及单一组合分型结果。TGS法在耗时、新基因判定、读长、机器维护、模棱两可结果和实时数据等性能方面优势更明显。结论 与PCR-SBT测序技术相比,基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9在指定HLA基因结果方面准确性更高、耗时更短。

新疆驼乳源金黄色葡萄球菌MLST分型与毒力基因检测

为了解驼乳源金黄色葡萄球菌多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)与毒力基因携带情况,本试验对新疆驼乳源分离得到的金黄色葡萄球菌进行MLST、药物敏感性检测、生物被膜形成能力和溶血性检测以及毒力基因检测。结果表明,金黄色葡萄球菌在健康生驼乳中的分离率为5%(4/80);4株金黄色葡萄球菌分别属于ST8114、ST8119、ST2073和ST130(其中ST8114和ST8119为新的序列型),对12种抗菌药物全部敏感;在4株驼乳源金黄色葡萄球菌中可检测到sei、hla、hlb、clfA和clfB等毒力基因,并且均具有生物被膜形成能力和溶血活性。说明新疆驼乳源金黄色葡萄球菌分型丰富,在宿主致病和食品生产安全等方面存在隐患。本研究可为新疆驼乳源金黄色葡萄球菌的相关研究提供基础试验数据。

胰腺癌免疫基因组学分型、特征及其临床意义研究

目的 通过基因组学建立胰腺癌免疫分型,并进一步探讨其免疫特征和临床意义。方法 癌症基因组图谱数据库下载178例胰腺癌患者的基因表达谱及临床特征数据,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)评分对患者进行分组;采用ESTIMATE及CIBERSORT分别评估各胰腺癌免疫分型样本中免疫微环境及免疫细胞的组成;采用Kaplan-Meier绘制生存曲线并对组间差异进行log-rank检验;GSEA鉴定不同免疫分型GO富集通路。结果 根据基质评分、免疫评分和肿瘤纯度将患者分为高、中、低免疫组,三组间预后具有统计学差异。高免疫组所包含的免疫细胞和基质细胞数量最多,肿瘤纯度最低;HLA、PD-L1(CD274)和CTLA4表达明显增高;浆细胞、活化的CD4^(+)记忆性T细胞、CD8^(+)T细胞以及γδT细胞含量最高,而M0巨噬细胞和M2巨噬细胞最少;总生存率明显低于低免疫组患者;抗免疫活性明显升高。结论 胰腺癌免疫分型有助于判断患者的预后,高免疫组患者具有较高的抗免疫活性和较低的生存率。

催乳素诱导蛋白基因表达与不同乳腺癌分子分型患者预后的关系

目的:探讨催乳素诱导蛋白(PIP)基因表达与不同乳腺癌分子分型预后的关系。方法:检索基因表达综合数据库(GEO)中乳腺癌转录组水平基因表达数据集临床信息,根据基因表达水平进行乳腺癌分子分型,采用Cox比例风险回归分析生存率,Kaplan-Meier分析PIP基因表达与患者预后的关系。结果:从GEO获取有效的乳腺癌数据集48个,共纳入7926例乳腺癌患者。其中Basal-like型、Lunimal A型、Luminal B型和HER2+型分别占19.44%,46.74%,26.63%和7.18%。在不区分治疗方式和只分为未经系统性治疗组及系统性治疗组中,无论是无远处转移生存期(DMFS)、无复发生存期(RFS)、进展后生存期(PPS)和总生存期(OS),PIP基因高表达组较低表组患者生存期显著性延长(P<0.05)。在仅内分泌治疗组和仅化学药学治疗组中,与PIP基因低表达组患者比较,PIP基因高表达组患者RFS和DMFS生存时间显著性延长(P<0.05),PPS和OS生存时间无显著性差异(P>0.05)。在乳腺癌分子分型中,PIP基因高表达组与PIP基因低表达组比,仅Luminal A型组中RFS和DMFS生存时间显著性延长(P<0.05)。结论:PIP基因高表达与Lunimal A型乳腺癌患者预后密切相关,PIP基因表达联合乳腺癌分子分型能更好地评价乳腺癌患者预后。

联合应用基因分型和DH3检测406例女性子宫颈HPV感染分析与临床意义

HPV属于球形无包膜的双链DNA病毒,能特异性引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖,可导致多种良恶性病变。HPV高危型持续感染是导致子宫颈癌发生的主要原因,其检测方法多种、多样,各有优缺点。本科室联合应用基因分型和第三代杂交捕获技术定量分型(daltonbio hybrid capture 3,DH3),可以准确检测子宫颈中HPV型别和病毒载量的高低,对子宫颈癌的筛查进行精准分流,现作简要介绍。1材料与方法1.1材料收集2021~2022年我院妇产科门诊和健康管理中心406例女性子宫颈标本,患者年龄18~76岁,中位年龄34岁。

南昌地区血小板供者HLA-A、B和HPA基因多态性分析及分型库的建立

目的通过对血小板捐献者HLA-A、B和HPA 1-6,10,15,21基因位点的检测,分析基因位点分布特点,加强南昌地区血小板供者资料库的建设,保障临床血小板输注的有效性、及时性,提高临床输血疗效。方法对南昌地区800位血小板捐献者血样,采用荧光定量PCR的方法,对HLA-A、B位点、HPA 1-6,10,15,21位点进行基因分型,计算基因频率和基因型频率。结果HLA-A、B位点共检出HLA-A、HLA-B等位基因45个,其中HLA-A等位基因16个,频率较高的有A2、A11、A24;检出HLA-B等位基因29个,频率较高的有B13、15、B40、B46。HPA 1-6,10,15,21位点不配合率较高的是HPA3和HPA15,除此之外不配合率均低于10%。结论南昌地区人群与其它汉族地区HPA-HLA基因多态性类似。考虑其它汉族地区基因资料库计算结果和南昌ABO血型分布频率,资料库总人数需要达到7000人才能比较好的满足患者需求。