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题名基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发
被引量:10
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作者
黄耀辉
张超
周莉花
赵宏波
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机构
浙江农林大学风景园林与建筑学院
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出处
《浙江农林大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期589-596,共8页
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基金
国家自然科学基金资助项目(31401902
31101571)
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文摘
夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(4~5)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L^(-1),三磷酸碱基脱氧核苷酸(d NTP)0.25 mmol·L^(-1),引物0.20μmol·L^(-1),DNA 75 ng。针对所有EST-SSRs共设计出15 585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态。这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记。
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关键词
植物学
夏蜡梅
esr-ssr
引物筛选
扩增体系
正交实验
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Keywords
botany
Sinocalycanthus chinensis
EST-SSR
primer screening
amplification system
orthogonal design
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分类号
S718.4
[农业科学—林学]
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题名香菇基因组中EST-SSR的构成和分布
被引量:14
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作者
林范学
程水明
李安政
林芳灿
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机构
华中农业大学应用真菌研究所
黄冈师范学院生物系
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出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期438-442,共5页
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基金
高校博士点专项基金资助项目(No.20020504021)
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文摘
从真菌基因组计划网站(FGP)和NCBI网站数据库下载了符合条件的总长度为8.1×106bp的11150条香菇的EST(包括10条cDNA)序列,通过SSRhunter1.3软件结合手工查找,从中发现2.83%即316条EST含有一共469个SSR,平均每17.3kb出现一个EST-SSR。在所有EST-SSR中,三碱基和六碱基SSR出现最多,分别占EST-SSR总数的38.00%和20.00%。出现较多的基序为(A)n、(T)n、(GA)n、(AG)n、(TGA)n、(GAT)n和(TCTTT)n,占所有EST-SSR的35.39%。
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关键词
EST-SSR
基序
构成
分布
香菇
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Keywords
esr-ssr, Motif, Compose, Distribution, Lentinula edodes
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分类号
Q943
[生物学—植物学]
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