铁皮石斛EST-SSR引物的评价、甄选与应用研究

开发、评价已筛选的铁皮石斛EST-SSR引物,并探讨其在遗传多样性、物种鉴定、遗传图谱构建、亲缘关系鉴定等方面应用。利用前期筛选的20对多态性较好的引物用于16份材料(15份铁皮石斛与1份串珠石斛)的聚丙烯酰氨凝胶电泳,统计扩增条带。采用Pop Gen32软件进行Nei’s基因多样度和Simpson指数等多态性指标的统计,分析单个引物和组合引物的区分率,之后采用NTSYSpc2.1软件计算遗传相似系数聚类图的构建。结果表明,引物DN4等16对引物多态性较高,而DN13、DN23、DN60和DN67多态性较低。单个引物均不能将所有供试样品区分开来,其中DN4、DN10、DN105、DN81、DN39和DN71区分率相对较高;利用组合引物能够将所有样品进行有效区分,其中DN4+DN10+DN105+DN39引物组合可作为核心引物予以使用,可用于铁皮石斛指纹图谱的构建和遗传多样性分析。聚类分析结果表明,该20对引物可以较好地应用于铁皮石斛种内、种间亲缘关系的鉴定。此外,引物DN4、DN13、DN39、DN58、DN65、DN67、DN10和DN99可用于铁皮石斛与串珠石斛的鉴定。本研究开发的20对引物可较好地应用于铁皮石斛遗传多样性分析、种质鉴定、亲缘关系鉴定和遗传图谱构建等方面,具有广泛的应用性。

基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发

棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记,在12895条1 kb以上的Unigene中共搜索到1546个SSR位点,发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99 kb。得到的EST-SSR中,二碱基和三碱基重复是主要的重复类型,分别占30.85%和48.97%,AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型。对长度≥20 bp的SSR共设计合成了56对引物,在这10个材料中进行检测,能扩增出清晰条带的有38对,占67.86%,其中呈多态性的有9对,占23.68%,并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析。本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性,并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础。

山核桃SSR标记的初步开发

基于山核桃Carya cathayensis脂肪代谢相关cDNA文库的部分测序结果,发现43条cDNA序列具有简单重复序列(SSR)碱基重复特点,用Primer Premier 5设计了34对表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)引物;建立了适用于山核桃的SSR分析体系,并用设计的SSR引物对对天然群体山核桃40个样品进行了初步的应用性试验。结果表明:34对引物中有4对无扩增产物,3对引物的扩增产物超过了设计范围,27对引物在供试的40个山核桃材料中有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中有18对引物的扩增产生了22个多态性位点,占总扩增位点数的47.8%。将SSR标记分析结果与山核桃已有的显性标记分析结果进行比较,发现SSR标记多态性位点的比例较高,且能够区分显性纯合位点及显性杂合位点。结论:设计开发山核桃的EST-SSR标记是可行有效的。