EV68中国分离株VP1基因高变区的特征分析

目的了解肠道病毒68（EV68）中国流行株VP1基因序列的特征。方法通过Clustal W法与多个国家EV68的VP1核酸序列进行比对，邻接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树，与标准株Fermon相比，对该段区域编码的氨基酸序列进行分析。结果截至2015年底，中国已经分离出80株EV68。在进化上，突变主要发生在BC和DE环中，中国分离株VP1突变位置在83、89、91、94、96、97、98、102、109、139、141、142、143、144、147。并且大多数分离株VP1编码的氨基酸序列在140位置发生缺失。由进化树可以得出位于B、C进化分支的中国分离株分别为53株和21株。结论与标准株Fermon相比，发现在BC-loop和DE-loop发生了很大变化，然而BC-loop和DE-loop这两个区域与病毒的抗原性和毒力有关。中国EV68分离株位于B和C分支上。