荸荠CCoAOMT基因的克隆与表达分析

咖啡酰辅酶-A-O-甲基转移酶(CCoAOMT)是植物木质素合成的关键酶之一。为探明CCoAOMT在荸荠木质素单体合成过程中的作用,本研究利用RACE技术在荸荠球茎中克隆CCoAOMT基因的全长序列,并对其在不同组织和鲜切荸荠贮藏过程中的表达进行分析。结果表明,克隆得到荸荠CCoAOMT基因cDNA全长1 302 bp,将此基因命名为CwCCoAOMT,其GenBank登录号为MG719240。该序列包含一个786 bp的最大开放阅读框,可编码261个氨基酸,其DNA中包含4个内含子和5个外显子。该蛋白的分子量为29.17kD,理论等点为5.21。CCoAOMT蛋白二级结构中α-螺旋占37.55%,无规则卷曲占35.63%,延伸链占19.16%,β-折叠结构占7.66%。序列比对和系统进化树分析表明,Cw CCoAOMT蛋白与其它植物CCoAOMT蛋白序列相似度较高,其中与慈竹的亲缘关系最近。通过各组织表达特性分析发现,CwCCoAOMT在荸荠皮中的表达最高,在荸荠肉中的表达最低。在鲜切荸荠贮藏过程中CwCCoAOMT的表达呈快速上升趋势,而水杨酸处理能显著抑制CwCCoAOMT表达上升。本实验结果可为控制鲜切荸荠黄化的研究提供理论依据。

基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发

荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5039个SSR位点,其中4127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。