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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
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作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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ERIC-PCR技术在鲍曼不动杆菌基因分型中的应用评估 被引量:14
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作者 李永丽 应春妹 陈艺升 《检验医学》 CAS 2013年第7期621-624,共4页
目的了解仁济医院鲍曼不动杆菌的基因同源性,验证肠杆菌科基因间重复序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)在鲍曼不动杆菌基因分型中的实用性。方法采用琼脂稀释法检测临床分离的81株鲍曼不动杆菌对临床常用抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC);采用ER... 目的了解仁济医院鲍曼不动杆菌的基因同源性,验证肠杆菌科基因间重复序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)在鲍曼不动杆菌基因分型中的实用性。方法采用琼脂稀释法检测临床分离的81株鲍曼不动杆菌对临床常用抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC);采用ERIC-PCR对81株鲍曼不动杆菌进行基因分型;使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对其中的43株耐亚胺培南鲍曼不动杆菌进一步分型,以PFGE分型为参考标准,验证ERIC-PCR在基因分型中的实用性。结果 81株鲍曼不动杆菌对临床常用的13种抗菌药物普遍耐药,只对米诺环素耐药率最低,为30.9%,其次是亚胺培南,为53.1%,对其他抗菌药物的耐药率均>60%。81株鲍曼不动杆菌ERIC-PCR分型主要为A、B、C、D、E、F 6型,其中A、B、C型为主要的流行株。43株耐亚胺培南鲍曼不动杆菌分型为A型41株(A1型29株,A2型12株)、B型1株、C型1株。PFGE分型将其分为5型,A型34株(A1型31株,A2型3株),B型6株,C、D、E分型各1株。结论仁济医院鲍曼不动杆菌存在克隆播散,且主要为耐亚胺培南鲍曼不动杆菌。ERIC-PCR分辨力较强,结果可靠,与PFGE结果具有一定的相关性,是一种简便、快捷的基因分型技术。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 肠杆菌科基因间重复序列 聚合酶链反应 脉冲场凝胶电泳 同源性
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碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌ERIC-PCR指纹图谱分型的研究 被引量:7
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作者 李睿 辛力华 +4 位作者 张青 张琼芳 王芳 任然 熊大迁 《解放军医药杂志》 CAS 2018年第11期102-105,共4页
目的探究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(KPC)的ERIC-PCR指纹图谱分型。方法收集成都中医药大学2016年7月—2017年4月临床标本中分离出的KPC31株,行药敏试验、改良Hodge试验,并采用PCR检测碳青霉烯酶基因;阳性结果行DNA测序,并与BLAST比对... 目的探究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(KPC)的ERIC-PCR指纹图谱分型。方法收集成都中医药大学2016年7月—2017年4月临床标本中分离出的KPC31株,行药敏试验、改良Hodge试验,并采用PCR检测碳青霉烯酶基因;阳性结果行DNA测序,并与BLAST比对确定基因型,以肠杆菌科基因间重复序列(ERIC-PCR)行同源性分析。结果31株KPC主要来源于重症监护室;所测KPC菌株对β-内酰胺类药物100%耐药,仅部分菌株对四环素、庆大霉素、阿米卡星、复方新诺明表现敏感,敏感率分别为3.23%、9.68%、90.32%、67.74%;改良Hodge试验显示29株KPC均为阳性;DNA测序及PCR扩增证实bla_(KPC-2)基因型30株;bla_(IMP-1)基因型1株;ERIC-PCR同源性分析发现KPCA1型30株及A2型1株。结论bla_(KPC-2)是导致KPC产生的主要分型,且A1型已在我院流行,应引起临床重视,加强院感监控及预防。ERIC-PCR是一种适合于做同源性分型筛查的简便快捷的初步基因分型技术。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类 耐药性 肠杆菌科基因间重复序列 基因型
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采用ERIC-PCR与PFGE分析鲍曼不动杆菌基因型和同源性并对比方法学差异 被引量:7
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作者 闻海丰 冯忠军 +1 位作者 秦瑾 于文静 《分子诊断与治疗杂志》 2016年第1期27-31,22,共6页
目的比较脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)与肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERICPCR)检测鲍曼不动杆菌同源性的结果差异。... 目的比较脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)与肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERICPCR)检测鲍曼不动杆菌同源性的结果差异。方法分别采用PFGE和ERIC-PCR对我院院内分离的43株鲍曼不动杆菌进行分型检测。结果 43株鲍曼不动杆菌通过PFGE分型得出:A型22株、B型10株、C型3株、D型4株、E型2株、F型1株、G型1株;通过ERIC-PCR得出7种型别:Ⅰ型22株、Ⅱ型10株、Ⅲ型3株、Ⅳ型2株、V型3株、Ⅵ型1株、Ⅶ型2株。2种方法结果相符率为76.8%。我院鲍曼不动杆菌存在克隆株传播。结论 ERIC-PCR操作简便、结果可靠,与PFGE结果一致性高,2种分型方法均适合作为医院进行病原菌流行病学调查的分型检测手段。 展开更多
关键词 脉冲场凝胶电泳 肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链式反应 鲍曼不动杆菌
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ERIC-PCR技术与MLST技术对30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的基因分型结果观察 被引量:5
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作者 王方 吴新明 +1 位作者 王彦 梁伟 《山东医药》 CAS 2020年第30期35-39,共5页
目的采用肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)技术与多位点序列分型技术(MLST)技术分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株的基因分型,为临床用药与院感控制提供依据。方法采用VITEK-2细菌分析仪检测30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株对... 目的采用肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)技术与多位点序列分型技术(MLST)技术分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株的基因分型,为临床用药与院感控制提供依据。方法采用VITEK-2细菌分析仪检测30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株对阿米卡星、氨苄西林等16种抗菌药的耐药性。提取30株菌株的基因组DNA,制备菌株基因组模板,扩增碳青霉烯酶基因(KPC-2、NDM-1、IMP、VIM、OXA),对扩增阳性产物进行测序,所得序列在NCBI网站上进行Blast比对,确定碳青霉烯酶耐药基因的分型。ERIC-PCR基因分型法:根据肠细菌基因间共有重复序列ERIC设计引物,对30株肺炎克雷伯菌进行基因分型,运用NTSYS软件对ERIC-PCR得到的电泳图进行聚类分析。MLST基因分型法:扩增肺炎克雷伯菌的7个管家基因(rpo B、gap A、mdh、pgi、pho E、inf B和ton B)片段,扩增片段测序后与数据库数据比对得出等位基因谱,从而得到相应的序列型(ST)。结果30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、氨曲南、头孢他啶、头孢唑林、头孢吡肟、亚胺培南、和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率均为100%,阿米卡星和复方新诺明的耐药率为76.6%,其他药物的耐药性介于两者之间。30株菌均为多重耐药菌,在检测的16种药物中,耐药率介于76.6%~100%。30株菌株中25株菌KPC-2基因扩增阳性,2株NDM基因扩增阳性,1株KPC-2、NDM-1基因,2株未检测到碳青霉烯酶基因。30株耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌株的MLST方法分型为5个ST型,其中ST11(83.3%,25/30)、ST641(6.6%,2/30)、ST76(3.3%,1/30)、ST392(3.3%,1/30)和ST1322(3.3%,1/30);ERIC-PCR分型为5个谱型,分别为A型(83.3%,25/30),B型(6.6%,2/30)、C型(3.3%,1/30)、D型(3.3%,1/30)和E型(3.3%,1/30)。结论30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株均为多重耐药菌。ERIC-PCR与MLST分型用于肺炎克雷伯菌的基因分型中分辨率相同。 展开更多
关键词 肠杆菌基因间重复一致序列PCR 多位点序列分型 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类抗生素 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 基因同源性 基因分型
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示指与接触物菌群ERIC-PCR指纹图谱比对 被引量:2
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作者 刘耘汀 孙大明 +1 位作者 施少培 杨旭 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期33-36,共4页
目的探讨示指菌群和接触物(手机触摸屏、个人办公桌桌面)表面菌群之间的关联性。方法采集10名志愿者的示指、手机触摸屏、个人办公桌桌面的菌群,通过宏基因组PCR扩增技术建立肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive interge... 目的探讨示指菌群和接触物(手机触摸屏、个人办公桌桌面)表面菌群之间的关联性。方法采集10名志愿者的示指、手机触摸屏、个人办公桌桌面的菌群,通过宏基因组PCR扩增技术建立肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)-PCR指纹图谱。结果 7名志愿者的示指与手机触摸屏菌群ERIC-PCR指纹图谱对应吻合,且各志愿者个体之间ERIC-PCR指纹图谱互不相同;3名志愿者的示指菌群与个人办公桌桌面菌群ERIC-PCR指纹图谱对应吻合,其余7名志愿者的示指菌群与个人办公桌桌面菌群ERIC-PCR指纹图谱不完全吻合,但分别存在大小一致的条带。结论示指所携带的细菌菌群具有一定个体特异性,示指接触手机触摸屏、办公桌桌面后残留下来的菌群,可作为潜在的法医学鉴定的新型生物样本。 展开更多
关键词 法医遗传学 聚合酶链反应 DNA指纹法 肠道细菌基因间重复序列 指纹图谱
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中山市生鲜畜禽肉中变形杆菌的污染分布及ERIC-PCR分型 被引量:3
7
作者 陈善娇 孙冷宁 +2 位作者 陈少婉 王宗源 毕水莲 《肉类研究》 北大核心 2018年第7期13-17,共5页
调查中山市某菜市场生鲜畜禽肉中变形杆菌的污染情况,分析占优势的奇异变形杆菌的亲缘关系。采集268份生鲜畜禽肉样品,使用聚合酶链式反应检测和生化实验的方法对污染的变形杆菌进行分离鉴定,并利用肠杆菌基因间保守重复共同系列-聚合... 调查中山市某菜市场生鲜畜禽肉中变形杆菌的污染情况,分析占优势的奇异变形杆菌的亲缘关系。采集268份生鲜畜禽肉样品,使用聚合酶链式反应检测和生化实验的方法对污染的变形杆菌进行分离鉴定,并利用肠杆菌基因间保守重复共同系列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)技术对分离的奇异变形杆菌进行分子分型及同源性分析。结果表明:所有类型的样品受变形杆菌污染严重,程度由大到小依次为鸡肉、鸭肉和猪肉;PCR与生化鉴定结果一致,共检出123株变形杆菌,变形杆菌阳性携带率为51.6%,其中117株为奇异变形杆菌;ERIC-PCR指纹图谱条带均为3~9条,呈现良好的多态性;101株奇异变形杆菌集中分布在E、I、K簇,簇内相似性大于70%。ERIC-PCR技术适用于奇异变形杆菌的分型及同源性研究,对变形杆菌引起的食品污染和亲缘性溯源具有重要意义。 展开更多
关键词 鲜肉 变形杆菌 杆菌基因间保守重复共同系列-聚合酶链式反应 分型 亲缘性溯源
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2型糖尿病合并急性胰腺炎大鼠肠道微生物ERIC-PCR指纹图谱的分析 被引量:2
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作者 王永磊 苏峰 +3 位作者 张静 杨彦文 张荣芳 倪军 《中华灾害救援医学》 2018年第5期251-257,共7页
目的应用肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacteria repetitive intergenic consen sussequencespolymerase chain reaction,ERIC-PCR)技术检测2型糖尿病合并急性胰腺炎后大鼠肠道内菌群的数量及多样性的改变情况。方法4... 目的应用肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacteria repetitive intergenic consen sussequencespolymerase chain reaction,ERIC-PCR)技术检测2型糖尿病合并急性胰腺炎后大鼠肠道内菌群的数量及多样性的改变情况。方法40只10周龄雄性大鼠,其中20只Wistar大鼠,随机分为空白对照组(QB组)、单纯急性胰腺炎大鼠模型(AP组);20只Goto-kakisaki自发性2型糖尿病大鼠(GK大鼠)随机分为2型糖尿病组(DM组)、2型糖尿病合并急性胰腺炎组(DAP组);每组10只,分别标号。其中AP组、DAP组作为造模组。检测DAP组和AP组24 h血清胰淀粉酶活性水平和随机血糖。48 h后:(1)处死各组大鼠,取胰腺观察病理损伤程度并以改良Schmidt法为标准进行胰腺组织病理评分。(2)采集各组大鼠新鲜粪便,并提取新鲜大鼠粪便基因组,进行基因组扩增,将PCR产物点样于琼脂糖凝胶,制作目的 ERIC-PCR指纹图谱;(3)同时将采集的新鲜粪便处理后制成不同浓度梯度细菌悬浊液,接种于BBL琼脂培养基、MRS肉汤培养基、SS琼脂培养基、MAC琼脂培养基上培养并计数。结果 (1)AP组、DAP组病死率分别是20%(2/10)和40%(4/10),QB组、DM组无死亡,DAP组病理评分最高;(2)DAP组术后24 h血糖水平较AP组升高,差异具有统计学意义(t=2.24,P<0.05);DAP组术后24 h血淀粉酶较AP组无明显变化,两组比较差异无统计学意义(t=6.40,P=0.53);(3)肠道菌群多样性指数、ERIC-PCR指纹图谱及相似性聚类分析显示,DAP组特征性条带数量减少且肠道菌群多样性改变;(4)4组间肠道微生物菌群比较,差异具有统计学意义。进一步两两比较,DAP组的双歧杆菌和乳酸杆菌低于QB组和AP组,差异具有统计学意义(P<0.05);DAP组的大肠杆菌和变形杆菌高于QB组和AP组,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 (1)2型糖尿病大鼠并发急性胰腺炎后肠道菌群的结构均发生改变,菌群多样性减少;益生菌减少及条件致病菌增多;(2)肠道菌群的变化参与2型糖尿病合并急性胰腺炎的病程进展。 展开更多
关键词 菌群失调 糖尿病合并急性胰腺炎 常规菌群培养 肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应
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一种副干酪乳杆菌快速鉴定方法的建立及应用
9
作者 孙林慧 禚惠荣 +3 位作者 师文君 王康琪 张东立 侯少阳 《食品安全导刊》 2023年第15期100-104,共5页
目的:基于肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR),寻找并制备一对引物探针,灵敏、准确地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。方法:寻找副干酪乳... 目的:基于肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR),寻找并制备一对引物探针,灵敏、准确地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。方法:寻找副干酪乳杆菌HP-B1145的肠杆菌基因间重复一致序列(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)最佳反应体系,对ERIC片段回收纯化得到特定条带及序列结果,据此设计引物,快速鉴定副干酪乳杆菌。结果:根据回收得到的副干酪乳杆菌HP-B1145 ERIC片段,设计出了一对引物探针(1145-S-F:5’-GCAGGATGCTGATTGTTAGCAG-3’;1145-S-R:5’-CTCCGACCAAAGCGACTATGAC-3’)。结论:根据引物特异性、准确性、普适性、含量限度实验得出,设计的引物能准确灵敏地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。 展开更多
关键词 副干酪乳杆菌 肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(eric-pcr) 引物探针 特异性 鉴别
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轮状病毒感染与健康儿童肠道菌群结构的比较 被引量:10
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作者 杜惠敏 陈颖虹 +3 位作者 陈俊仪 张美玲 赵立平 庞晓燕 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第18期1237-1238,1249,共3页
目的比较轮状病毒(RV)感染与健康儿童肠道菌群结构的差异,为临床治疗提供有价值的参考依据。方法采集20例RV感染及6例健康儿童粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过肠道菌重复性基因内一致性序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)结合... 目的比较轮状病毒(RV)感染与健康儿童肠道菌群结构的差异,为临床治疗提供有价值的参考依据。方法采集20例RV感染及6例健康儿童粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过肠道菌重复性基因内一致性序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)结合分子杂交技术分析两组儿童之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16 S rDNA基因V3区,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况,研究两组儿童肠道微生物菌群组成的差异。结果肠道菌群的组成有很强的宿主专一性。RV感染与健康儿童相比,肠道菌群中糖皮质激素(GC)水平较低的细菌明显减少。微生态制剂治疗组温度梯度凝胶电泳(TGGE)条带数有一个逐渐增加的过程。结论轮状病毒感染时,可致患儿肠道菌群紊乱,但用抗生素治疗将更致肠道微生态失调,不利于患儿肠道菌群恢复,建议临床医师在轮状病毒感染时,慎用抗生素。 展开更多
关键词 轮状病毒 肠道菌重复性基因一致性序列-聚合酶链式反应 温度梯度凝胶电泳 肠道菌群
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碳青霉烯类耐药大肠埃希菌耐药基因型检测及同源性分析 被引量:5
11
作者 胡志军 吴希静 +4 位作者 潘晓龙 崇慧峰 朱娟娟 赵哲 唐吉斌 《安徽医药》 CAS 2020年第7期1464-1467,共4页
目的检测临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因型,并对其同源性进行分析,研究其流行情况。方法收集铜陵市人民医院2012年9月至2016年10月临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪进行鉴定,改良H... 目的检测临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因型,并对其同源性进行分析,研究其流行情况。方法收集铜陵市人民医院2012年9月至2016年10月临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪进行鉴定,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,EDTA双纸片协同试验进行金属酶初筛,聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因(bla KPC、bla IMP、bla VIM、bla NDM和bla OXA-48),并对阳性扩增产物进行基因测序;同源性分析采用肠杆菌科基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)。结果共收集碳青霉烯类耐药大肠埃希菌25株,8株改良Hodge试验阳性,13株金属酶初筛试验阳性,其中4株携带bla NDM-1基因,1株携带bla IMP-4基因,1株携带bla KPC-2基因;ERIC-PCR检测分为10种型别。结论碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药机制主要是产金属酶,携带NDM-1型碳青霉烯酶大肠埃希菌需重点监测;碳青霉烯类耐药大肠埃希菌未在医院引起克隆流行。 展开更多
关键词 埃希氏菌属 序列同源性 基因 MDR 大肠埃希菌 碳青霉烯酶 基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(eric-pcr)
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神经外科耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌感染暴发调查与控制 被引量:12
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作者 章明明 宋微微 +2 位作者 柯有韬 刘曼丽 曾凌 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期353-357,共5页
目的对某院神经外科一起疑似耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发事件进行调查,查找感染源及传播途径,提出针对性的预防控制措施。方法对2018年6月12日—7月2日该院神经外科11例CRKP感染患者进行流行病学调查,并采取综合性控制... 目的对某院神经外科一起疑似耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发事件进行调查,查找感染源及传播途径,提出针对性的预防控制措施。方法对2018年6月12日—7月2日该院神经外科11例CRKP感染患者进行流行病学调查,并采取综合性控制措施控制CRKP感染。结果 11例CRKP感染患者中7例诊断为医院感染。对其中6株CRKP采用肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术进行同源性分析,结果显示,检出A、B两种基因型,2例患者感染的CRKP菌株为A型基因,4例患者(包括3例医院感染患者)感染的CRKP菌株为B型基因。患者环境物体表面,以及部分医务人员手、咽拭子检出CRKP。结论该院存在医院感染暴发,可能是CRKP感染患者的病原体污染环境和医务人员的手导致感染的传播。早期识别感染暴发,并采取手卫生、环境物体表面的清洁消毒以及隔离等措施是控制多重耐药菌医院感染暴发的关键。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 医院感染 暴发 流行病学调查 肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应 控制
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长沙地区产金属β-内酰胺酶铜绿假单胞菌的分子流行病学特征 被引量:5
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作者 邬靖敏 邹明祥 李军 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2016年第7期447-451,共5页
目的了解长沙地区多重耐药铜绿假单胞菌(PA)产金属β-内酰胺酶(MBL)菌株基因型和流行情况。方法收集该地区7所综合医院临床分离的PA,对菌株进行鉴定和药敏试验,采用EDTA协同试验、E-test MBL进行MBL表型筛选,聚合酶连反应(PCR)明确其基... 目的了解长沙地区多重耐药铜绿假单胞菌(PA)产金属β-内酰胺酶(MBL)菌株基因型和流行情况。方法收集该地区7所综合医院临床分离的PA,对菌株进行鉴定和药敏试验,采用EDTA协同试验、E-test MBL进行MBL表型筛选,聚合酶连反应(PCR)明确其基因型,肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)进行同源性分析。结果经EDTA协同和E-test MBL初步筛查,81株PA中仅10株为强阳性;PCR结果显示,18株PA MBL基因阳性,其中IMP-9型11株,IMP-1型1株和VIM-2型6株,未检测出SIM、SPM、GIM和NDM-1基因型。ERIC-PCR分型结果显示,12株产IMP PA存在多个型别,而6株产VIM-2菌株为同一型别。结论长沙地区多重耐药PA以IMP-9和VIM-2基因型最常见。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 金属Β-内酰胺酶 金属酶 基因型 肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应
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婴幼儿食品源阪崎克罗诺杆菌的3种分型方法 被引量:3
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作者 杨秋萍 阎彦霏 +4 位作者 张艳 曹晨阳 盛焕精 崔生辉 杨保伟 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第5期358-366,共9页
阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和... 阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和辅食中的阪崎克罗诺杆菌进行分子分型,计算3种分型方法的辛普森多样性指数(DI)值,评价3种方法的分型效率,以便精确和快速开展阪崎克罗诺杆菌流行病学研究。PFGE、MLST和ERIC-PCR可分别将37株阪崎克罗诺杆菌分为35个PFGE基因型、28个ERIC-PCR型和23个序列(ST)型,分型结果的DI值分别为99.55%,96.40%和98.05%。3种方法对阪崎克罗诺杆菌均具有较高的分型能力,其中PFEG分型能力最高,分型效率最佳。 展开更多
关键词 阪崎克罗诺杆菌 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型 肠杆菌间保守重复序列PCR
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肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展 被引量:1
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作者 侯霞霞 王云霞 +3 位作者 胡雪 吕志勇 刘丽君 李翠枝 《乳业科学与技术》 2019年第2期28-34,共7页
肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构... 肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。 展开更多
关键词 肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应 指纹图谱技术 细菌分型 污染菌溯源
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Genetic Diversity Analysis on Rep-PCR Genomic Fingerprinting and 16S rDNA Sequences of Desulfurization Bacteria
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作者 吕英海 祝加伟 +3 位作者 张雨晴 蔡晓青 郭凯 周仕学 《Journal of Donghua University(English Edition)》 EI CAS 2016年第1期134-137,共4页
In order to reduce deleterious effect on environment,human health and facilities caused by original sulfides, more attention should be paid to biodesulfurization studying for fossil fuels. In this work, eight isolates... In order to reduce deleterious effect on environment,human health and facilities caused by original sulfides, more attention should be paid to biodesulfurization studying for fossil fuels. In this work, eight isolates were characterized by several DNA-based methods such as BOX element polymerase chain reaction( BOX-PCR), enterobacterial repetitive intergenic consensus( ERIC)-PCR and random amplification of polymorphic DNA( RAPD)-PCR. The desulfurization performance was determined by micro-coulometric method,Gibb's assay and barium sulfate test. It was found out that ERIC-PCR displays a much higher inter-strain heterogeneity compared with using BOX. The length of the primer didnot play the most important role in bacterial classification. The combination of the analysis of repetitive-sequence-based polymerase chain reaction ngerprinting and 16 S r DNA was able to provide more effective way in the separation and identification of bacteria.According to the analysis of 16 S r DNA,the more efficient desulfurization strain should belong to Klebsiella variicola. 展开更多
关键词 16S rDNA BOX element polymerase chain reaction(BOX-PCR) DESULFURIZATION fingerprinting enterobacterial repetitive intergenic consensus(ERIC)-PCR
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ERIC-PCR和Sau-PCR对单增李斯特菌分型稳定性研究 被引量:3
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作者 石磊 赵一鸣 +1 位作者 张志刚 闫鹤 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2015年第2期14-18,共5页
为了研究肠杆菌间重复序列-聚合酶链式反应(ERIC-PCR)和Sau-PCR两种现代分子分型方法对单增李斯特菌(LM)分型的稳定性,取分离自广州市菜市场、超市及厦门某食品加工厂不同食品来源的5株单增李斯特菌进行实验,分别将这5株单增李斯特菌株... 为了研究肠杆菌间重复序列-聚合酶链式反应(ERIC-PCR)和Sau-PCR两种现代分子分型方法对单增李斯特菌(LM)分型的稳定性,取分离自广州市菜市场、超市及厦门某食品加工厂不同食品来源的5株单增李斯特菌进行实验,分别将这5株单增李斯特菌株进行室温放置培养和传代培养,提取室温放置培养24 h、48 h、和72 h及传代培养至第5代、10代、15代和20代的基因组DNA,然后同时进行ERIC-PCR和Sau-PCR分型,观察随着放置时间延长及传代次数增加其指纹图谱的变化。结果显示,5株单增李斯特菌在室温放置培养及传代培养后除部分条带发生缺失外均未出现条带增加现象,整体条带变化不大,两种分型方法的同源性分别在92%和94%以上,表明ERIC-PCR和Sau-PCR两种分型方法在室温放置培养72 h和传代培养20代内对单增李斯特菌分型相对比较稳定,具有流行病学意义。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 肠杆菌间重复序列-聚合酶链式反应 Sau-PCR 稳定性
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ERIC-PCR用于珠海口岸霍乱弧菌的分子分型研究
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作者 莫秋华 滕勇勇 +5 位作者 王琪 赵俊华 唐明慧 谭华 林继灿 杨泽 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2014年第2期77-81,86,共6页
目的针对珠海口岸分离的霍乱弧菌进行分子分型研究。方法选择46株菌株(包括45株霍乱弧菌和1株弧菌属细菌),采用肠杆菌基因间重复一致序列—聚合酶链反应技术(Enterobacteial Repetitive Intergenic Consensuspolymerase chain reaction,... 目的针对珠海口岸分离的霍乱弧菌进行分子分型研究。方法选择46株菌株(包括45株霍乱弧菌和1株弧菌属细菌),采用肠杆菌基因间重复一致序列—聚合酶链反应技术(Enterobacteial Repetitive Intergenic Consensuspolymerase chain reaction,ERIC-PCR)扩增细菌的基因组DNA,对产生的指纹图谱进行聚类分析。结果 ERIC-PCR绘制的基因组指纹图条带清晰可辨且有一定的多态性,聚类分析结果显示ERIC-PCR将46株菌株分为22个聚类群,其中从珠海口岸供澳水产品中分离的30株O1群霍乱弧菌非流行株被细分成12个聚类群。ERIC-PCR能有效区分O1群、O139群和非O1/非O139群霍乱弧菌血清群,也能完全区分霍乱弧菌流行株与非流行株。结论 ERIC-PCR是一种有效的、具有高识别力的霍乱弧菌分型方法。本研究获得的霍乱弧菌分子分型数据为珠海口岸霍乱的防控提供了有价值的基础资料。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 肠杆菌基因间重复一致序列-聚合酶链反应 分子分型
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不同培养基及培养条件对单增李斯特菌ERIC-PCR分子分型的影响 被引量:1
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作者 赵晨晖 丁承超 刘箐 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2017年第5期115-120,102,共7页
本研究以实验室保存的26株李斯特氏菌为实验对象,通过ERIC-PCR和凝胶电泳技术对其展开基因分型,并根据分型结果选取不同亚型菌株,进而考虑改变细菌培养条件来探究不同培养基对李斯特菌ERIC-PCR分子分型结果的影响。实验结果初步表明,实... 本研究以实验室保存的26株李斯特氏菌为实验对象,通过ERIC-PCR和凝胶电泳技术对其展开基因分型,并根据分型结果选取不同亚型菌株,进而考虑改变细菌培养条件来探究不同培养基对李斯特菌ERIC-PCR分子分型结果的影响。实验结果初步表明,实验室26株李斯特菌至少可分成11个主要基因类群,其中Ⅰ型菌株最多占有8株,而Ⅲ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ以及Ⅺ型均最少,各占1株;同时发现,培养基及培养条件的改变会对LM87、LM109(野生型单增李斯特菌)分型结果产生影响,且这些菌株分型均最少。由此推断,不同的营养机制和培养条件可能会对李斯特菌的基因组稳定性或基因表达带来潜在影响,因此无论是在对LM致病机理的基础研究过程中还是对其进行分子分型鉴定,都必须考虑其寄主来源以及培养条件。 展开更多
关键词 培养基 单核细胞增生性李斯特菌 eric-pcr 分子分型
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南方食品中沙门氏菌污染调查及分型 被引量:78
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作者 陈玲 张菊梅 +2 位作者 杨小鹃 吴清平 徐明芳 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1326-1333,共8页
【目的】系统调查我国南方代表性地区食品中沙门氏菌污染情况,并对分离株进行血清分型和肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链式反应(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR)分型研究,为溯... 【目的】系统调查我国南方代表性地区食品中沙门氏菌污染情况,并对分离株进行血清分型和肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链式反应(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR)分型研究,为溯源和控制食品中沙门氏菌的污染提供数据。【方法】采用定性法和最大可能数(Most Probable Number,MPN)法对七大类食品(肉与肉制品、水产品、速冻食品、熟食、蔬菜、乳制品和食用菌)中的沙门氏菌进行检测。利用血清分型和分子分型确定南方沙门氏菌血清型的分布和优势血清型,研究分离株的遗传多样性。【结果】从400份食品样品共检出75份沙门氏菌阳性样品,污染率为18.8%(75/400)。其中,97.3%(73/75)的阳性样品污染水平均低于10 MPN/g。对93株分离株进行血清分型,分属9个群、29种血清型。优势血清型为德尔卑沙门氏菌(Salmonella Derby)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella Typhimurium)。利用ERIC-PCR对96株沙门氏菌(包括93株分离株和3株标准株)进行分型研究发现,在相似系数为0.75时可分为15个聚类簇,56种型别,分离株的基因型别呈现多样性。【结论】南方食品中沙门氏菌的污染率较高,但污染水平低。S.Derby和S.Typhimurium为优势血清型。初步建立了沙门氏菌ERIC-PCR指纹图谱数据库,南方食品中沙门氏菌的血清型和基因型呈现多样性。 展开更多
关键词 沙门氏菌 污染调查 血清分型 肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链式反应
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