低氮胁迫灯盏花全植株的转录组文库构建及其测序

目的为探寻药用植物灯盏花Erigeron breviscapus的遗传背景,利用低氮胁迫的灯盏花全植株构建了转录组文库,并利用新一代测序技术进行测序。方法采用改良异硫氰酸胍-CTAB法,提取低氮胁迫灯盏花植株及其对照植株的总RNA,经富集m RNA、打断、构建测序用c DNA文库。结果通过测序,低氮和正常样本分别获得3 587万条和2 582万条测序读长(raw reads),总数据量超过6 G,碱基错误率低于1%(Q20)的数据分别为98.37%和98.67%。经de novo组装,总共得到101、156条Unigene,平均读长768 bp,N50为1 290 bp,其中44.39%长度超过500 bp。101、156条Unigene中,58.86%在公共数据库中比对到相似序列,89.08%Unigene在Nr数据库比对到相似序列。得到灯盏花黄酮类合成途径中包括苯丙氨酸解氨酶(PAL)、肉桂酰-4-羟化酶(C4H)、查耳酮合成酶(CHS)、查耳酮异构酶(CHI)、黄烷酮3-羟化酶(F3H)、类黄酮3′-羟化酶(F3′H)、花色素还原酶(ANS)等序列。结论灯盏花的转录组信息得到较好的保存,为下一步灯盏花遗传环境互作研究及分子辅助育种奠定基础。