大肠杆菌CFT073中Curli系统重要基因csgF的克隆、表达、纯化和结构分析

【目的】对大肠杆菌CFT073中Culri系统的重要蛋白CsgF进行高效表达,探索其纯化条件和三维结构,为研究Curli生物合成机制提供理论基础。【方法】以大肠杆菌CFT073基因组为模板扩增csgF基因,构建pET28a-csg F(nsp)-N-6His、pET28a-csg F(20-129)-N-6His、pET28a-csg F-C-6His和p ET28a-csg F(nsp)-C-6His等重组质粒,转化到大肠杆菌DH5α并在BL21(DE3)中诱导表达;通过十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定CsgF蛋白在大肠杆菌中的表达情况,用Ni-NTA His Bind Resin和凝胶排阻层析色谱纯化重组蛋白CsgF,SDS-PAGE和Western blotting方法鉴定分析;用Pull down实验研究CsgF与CsgG蛋白的相互作用,同源模建方法分析重组蛋白CsgF的三级结构。【结果】克隆了目的基因csg F,并筛选出稳定CsgF蛋白的条件:50 mmol/L Sodium acetate(pH 5.0)、150 mmol/L NaCl、5%Glyercol;CsgF与CsgG存在相互作用,CsgF三维结构模型显示为(β/α)。【结论】获得了高纯度稳定的CsgF重组蛋白及其三维结构,为进一步研究CsgF结构与功能奠定了基础。

致病性大肠杆菌UPEC CFT073全基因组分析及致病机制的新认识

尿道致病性大肠杆菌UPEC CFT073菌株(uropathogenic Escherichia coli CFT073)于2002年被完全测序并注释。但是,对其基因组的研究还很不完善,首先表现在基因组注释的系统性错误和滞后性。作者运用一系列生物信息学方法和工具,从编码蛋白质基因、编码RNA基因等角度对RefSeq数据库的基因组注释进行了系统的修正和增补,并在此基础上鉴别了一批新的候选致病因子基因。进一步的分析表明,得到的基因组注释对CFT073致病相关的一些重要调控关系和机制能够给出更准确、完整的描述。

大肠杆菌CFT073双拷贝pap操纵子动力学模型及致病机制研究

致病性大肠杆菌CFT073(uropathogenic Escherichia coli CFT073)是一种重要的人体病原菌。基因组学研究表明其负责表达P菌毛的pap操纵子存在不寻常的双拷贝现象,且两份拷贝具有一定的差异性。近年来,人们对P菌毛调控系统的分子调控机制获得了一定的认识,但pap操纵子的双拷贝机制及其生物学意义还有待于深入研究。作者首先对双拷贝pap操纵子的调控系统建立Markov链模型,进一步结合种群动力学方法,研究双拷贝相互作用对该菌株种群表型分布演化的影响。模拟结果表明,合作的双拷贝种群在更广泛的环境下具有更强的适应性,并有利于种群更快地建立生存优势。这一研究对致病菌有效感染宿主所采用的策略进行了定量分析,有助于进一步理解CFT073及类似致病菌的致病机制。