芡实SBE3基因克隆及其生物信息学分析

芡实的主要组成成分是淀粉,淀粉分支酶SBE3能够调控支链淀粉的合成,为了深入研究芡实SBE3基因的功能与调控机制,本研究克隆出芡实淀粉分支酶SBE3基因并对其进行相关生物信息学分析。通过提取芡实种子总RNA,采用RT-PCR方法克隆芡实SBE3基因,利用软件和在线网站对该基因及其编码氨基酸序列的理化性质、蛋白质结构、系统发育树和启动子等进行生物信息学分析与预测。获得EfSBE3基因全长2830bp,开放阅读框长2736bp,编码911个氨基酸;预测其为亲水性蛋白,无跨膜区,无信号肽。系统进化分析表明该序列与同科植物睡莲亲缘关系最近,启动子分析共预测出10类顺式作用元件。本研究结果可为芡实分子育种提供理论依据。