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Particle-Mesh Ewald(PME)算法的GPU加速 被引量：5
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作者 徐骥 葛蔚 +1 位作者 任瑛 李静海 《计算物理》 EI CSCD 北大核心 2010年第4期548-554,共7页
讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald(PME)方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立叶变换、静电热能求解与静电力求解5个部分,并分别分析各部... 讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald(PME)方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立叶变换、静电热能求解与静电力求解5个部分,并分别分析各部分的GPU实现.此方法已成功用于7个不同大小的生物分子体系的模拟计算,达到了7倍左右的加速.该程序可耦合到现有分子动力学模拟软件中,或作为进一步开发的GPU分子动力学程序的一部分,显著加速传统分子动力学程序. 展开更多
关键词 PME(Particle-Mesh ewald)加速 GPU(Graphic Processing Unit图形处理单元) CUDA(Compute Unified Device Architecture计算统一设备架构)
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