克氏原螯虾微小杆菌Exiguobacterium profundum的分离鉴定与药敏试验

为了判断克氏原螯虾(Procambarus clarkii)发病致死的原因,从发病濒死虾肝胰脏中分离出一株优势菌,通过对该菌进行菌落形态观察、革兰氏染色、生理生化鉴定、16srRNA测序分析及进化树构建确认其为微小杆菌Exiguobacterium profundum。通过纸片扩散法测定了该菌株对青霉素G、氨苄西林、头孢氨苄、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、诺氟沙星、复方新诺明等30种抗菌药物的敏感性,结果显示该菌对30种药物均敏感。通过回归感染实验推测其可能参与克氏原螯虾的致病过程。本实验结果为克氏原螯虾E.profundum的病原鉴定和药物诊治提供了一定的参考和理论基础。

微小杆菌冷激蛋白(CSP)基因密码子偏好性分析

对微小杆菌(Exobacterium profundaum)冷激蛋白(CSP)基因(EpCSP)密码子偏好性进行分析,为后续EpCSP基因的功能验证及遗传转化等研究提供理论依据。结果表明:EpCSP基因的密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;比较分析不同物种CSP基因的密码子偏好性参数发现,大多数物种CSP基因密码子偏好使用G/C结尾的密码子;21个物种CSP基因的CDS序列及RSCU值聚类分析表明,微小杆菌与另外20个不同物种CSP基因密码子使用偏好性存在一定差异;中性分析、PR2-plot分析、ENc-plot等都证实了自然选择是影响CSP基因密码子偏好性形成的最主要原因;与7种模式生物的基因组密码子使用频率对比研究表明,在筛选异源转化受体时,作为真核表达系统的酿酒酵母比作为原核表达系统的大肠杆菌更利于EpCSP基因异源表达,而在选择植物遗传转化受体时,拟南芥和小麦比烟草和水稻更适合作为EpCSP基因的遗传转化受体。本研究初步探索了EpCSP基因密码子使用偏好性,对以后开展基因功能验证有重要的指导作用,同时也可为研究微小杆菌分子进化提供一定的理论基础。

微小杆菌NOS基因密码子偏好性分析

对微小杆菌NOS基因密码子偏好性进行分析,为后续NOS基因的功能验证及遗传转化等研究提供理论依据。研究表明:微小杆菌NOS基因的密码子偏好性较弱,偏好使用G/C结尾的密码子;比较分析不同细菌NOS基因的密码子偏好性参数,发现不同细菌NOS基因密码子偏好性存在一定差异,整体看,放线菌NOS基因密码子偏好性比蓝藻,厚壁菌门强;与其他细菌NOS基因的CDS序列及RSCU值聚类分析表明,微小杆菌NOS基因与放线菌NOS基因表现出相近的密码子使用偏好性;中性绘图、PR2-plot和ENc-plot分析均表明,自然选择是影响NOS基因密码子偏好性形成的主要因素;与7种模式生物的基因组密码子使用频率比较发现,在异源转化受体选择中,大肠杆菌原核表达系统较酵母菌真核表达系统更适合微小杆菌NOS异源表达,常见5种作物均可作为微小杆菌NOS基因的遗传转化受体,其中水稻更理想。本研究初步揭示了微小杆菌NOS基因密码子使用规律,对后续开展基因功能验证有重要的指导作用,同时也可为生物一氧化氮合成酶进化提供一定科学依据。