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外显子与内含子序列的分形尺度参数可分性研究
被引量:
2
1
作者
闻芳
卢欣
+1 位作者
孙之荣
李衍达
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
1999年第3期536-542,共7页
近年来, 关于DNA 序列的分形尺度特性的研究引起了研究者广泛的兴趣, 许多研究表明,DNA 序列的外显子和内含子区域具有不同的分形尺度特性,这有可能成为区别外显子和内含子序列的特征之一。文中应用WTMM( Wavelet...
近年来, 关于DNA 序列的分形尺度特性的研究引起了研究者广泛的兴趣, 许多研究表明,DNA 序列的外显子和内含子区域具有不同的分形尺度特性,这有可能成为区别外显子和内含子序列的特征之一。文中应用WTMM( Wavelet Transform Modulus Maxim) 方法分析DNA 序列的分形结构,计算表征分形结构尺度特性的量化参数 Hlder 指数。考虑到外显子序列的三联体编码特性, 计算了DNA 序列及三个不同的相位序列分别在三种DNA walk 方式下得到的序列的Hlder 指数,并将每个Hlder 指数作为一维特征,考察外显子与内含子序列的分布。计算结果表明,只按单个分形尺度参数来看,外显子与内含子不具有可分性。在此基础上,从模式识别的角度出发, 将外显子与内含子视为由此构成的多维特征空间中的两个模式类, 由此设计基于LLM(LocalLinear Map) 神经网络的分类器,并对分类器的错误率进行估计,实验结果表明外显子序列与内含子序列在此特征空间中具有聚类特性,从而表明以这一组分形尺度参数作为序列特征,外显子与内含子具有可分性。
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关键词
外显子
内含子
分形尺度
h
oe
lder
指数
wtmm
法
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职称材料
题名
外显子与内含子序列的分形尺度参数可分性研究
被引量:
2
1
作者
闻芳
卢欣
孙之荣
李衍达
机构
清华大学信息学院自动化系
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
1999年第3期536-542,共7页
基金
北京市科技合同项目支持
国家自然科学基金
文摘
近年来, 关于DNA 序列的分形尺度特性的研究引起了研究者广泛的兴趣, 许多研究表明,DNA 序列的外显子和内含子区域具有不同的分形尺度特性,这有可能成为区别外显子和内含子序列的特征之一。文中应用WTMM( Wavelet Transform Modulus Maxim) 方法分析DNA 序列的分形结构,计算表征分形结构尺度特性的量化参数 Hlder 指数。考虑到外显子序列的三联体编码特性, 计算了DNA 序列及三个不同的相位序列分别在三种DNA walk 方式下得到的序列的Hlder 指数,并将每个Hlder 指数作为一维特征,考察外显子与内含子序列的分布。计算结果表明,只按单个分形尺度参数来看,外显子与内含子不具有可分性。在此基础上,从模式识别的角度出发, 将外显子与内含子视为由此构成的多维特征空间中的两个模式类, 由此设计基于LLM(LocalLinear Map) 神经网络的分类器,并对分类器的错误率进行估计,实验结果表明外显子序列与内含子序列在此特征空间中具有聚类特性,从而表明以这一组分形尺度参数作为序列特征,外显子与内含子具有可分性。
关键词
外显子
内含子
分形尺度
h
oe
lder
指数
wtmm
法
Keywords
exon intron fractal scaling property hlder exponent wtmm method llm neural network
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
外显子与内含子序列的分形尺度参数可分性研究
闻芳
卢欣
孙之荣
李衍达
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
1999
2
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