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Extracellular Micro-RNAs in Health and Disease: Basic Science, Biogenesis and Release
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作者 Wael Nassar Mervat El-Ansary +1 位作者 Tarek Fayyad Mostafa Abdel Aziz 《American Journal of Molecular Biology》 2016年第1期1-11,共11页
Small non-protein coding micro-RNAs are regularly exported out of cells, both in health and disease. More than ninety percent of extracellular miRNAs are associated with lower-molecular-mass complexes bound to Argonau... Small non-protein coding micro-RNAs are regularly exported out of cells, both in health and disease. More than ninety percent of extracellular miRNAs are associated with lower-molecular-mass complexes bound to Argonaute 2 (Ago2), nucleophosmin-1 (NPM1) and high density lipoproteins (HDL), whereas the rest (~10%) are membrane-vesicle-encapsulated within exosomes, shedding microvesicles and apoptotic bodies. Regardless of the debate of the nature of circulating miRNA as byproducts of routine cell activities or mediators of cell-cell communication, proper understanding of the molecular behaviors of miRNA in health and disease, is expected to open a new gate for the discovery of new diagnostic tools and possibly therapeutic implementation in the near future. 展开更多
关键词 extracellular miRNAs extracellular Vesicles (EVs) EXOSOMES Horizontal gene Transfer (HGT) Microvesicles (MVs)
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土壤改良剂对潮土氮循环功能基因丰度、酶活性及肥力指数的影响
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作者 李双霜 张贺 +2 位作者 杨静 李桂花 张建峰 《中国土壤与肥料》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期10-17,共8页
以虾头蟹壳废弃物为有机土壤改良剂、以凹凸棒为无机土壤改良剂,采用小麦-玉米轮作方式,在河北砂质潮土进行4年(2015—2019年)田间定位试验。试验设4个处理:无改良剂(CK)、无机改良剂(SA)、有机改良剂(SC)、无机改良剂+有机改良剂(SCA)... 以虾头蟹壳废弃物为有机土壤改良剂、以凹凸棒为无机土壤改良剂,采用小麦-玉米轮作方式,在河北砂质潮土进行4年(2015—2019年)田间定位试验。试验设4个处理:无改良剂(CK)、无机改良剂(SA)、有机改良剂(SC)、无机改良剂+有机改良剂(SCA)。采集2019年玉米收获后的耕层土壤,测定土壤化学性质、氮循环功能基因丰度、胞外酶活性等,并用因子分析法和内梅罗指数法计算土壤综合肥力指数(IFI)。结果表明,(1)改良剂能够显著提升土壤固氮基因(nifH)、氨氧化细菌基因(AOB-amoA)、反硝化基因(nirS和nosZ)的绝对丰度(P<0.05),且呈现SCA>SC>SA。有机碳是影响土壤氮循环功能基因丰度的关键因子。(2)施入有机改良剂后,参与碳转化的β-葡萄糖苷酶和β-纤维二糖苷酶、氮转化的β-1,4-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶和亮氨酸氨基肽酶、磷转化的碱性磷酸酶活性均显著增加(P<0.05)。有机改良剂的添加缓解了磷对微生物的限制,有效磷成为影响胞外酶活性的关键因子。(3)在涵盖氮循环功能基因和胞外酶活性条件下,用因子分析法计算得到的IFI与产量的相关性更高;利用相对稳定的土壤化学指标,用内梅罗指标法计算的IFI也能很好地反映土壤肥力水平与产量间的正相关关系。综上所述,有机无机改良剂配合施用可以提高氮循环功能基因丰度和碳、氮、磷循环相关胞外酶活性,提升土壤综合肥力水平,是促进养分循环、增加产量的重要措施。 展开更多
关键词 有机改良剂 凹凸棒 功能基因 土壤酶 内梅罗肥力指数
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基于中性粒细胞胞外诱捕网途径探讨胃黏膜肠上皮化生的发生机制及中药预测研究
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作者 张伟健 吴钰淇 +6 位作者 李海文 宋书雅 周荻书 洪欣欣 许艺飞 郭绍举 潘华峰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期444-452,共9页
目的探讨中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)对胃黏膜肠上皮化生(Intestinal metaplasia,IM)的作用机制及治疗靶点,为中医药防治IM提供新思路和新方向。方法从公共数据库下载IM及NETs相关数据集,通过免疫浸润分析、差异分析及基因相关性分析获... 目的探讨中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)对胃黏膜肠上皮化生(Intestinal metaplasia,IM)的作用机制及治疗靶点,为中医药防治IM提供新思路和新方向。方法从公共数据库下载IM及NETs相关数据集,通过免疫浸润分析、差异分析及基因相关性分析获得IM与NETs共表达的关键基因集;采用功能富集分析、蛋白互作网络、分子对接技术及实验验证等方法进一步阐述IM及NETs的相关性;最后将获得的关键基因与Coremine Medical平台相互映射,预测中医治疗IM的有效中药和治法。结果共筛选出6个IM与NETs形成相关的共表达的差异基因,分别为THBD、HDAC9、FGA、AQP9、DECR1和PIK3CD,这些基因与NETs的3个标记性蛋白(NE、PADI4、MPO)存在不同程度的相关性,其功能主要富集在呼吸爆发与防御反应、纤维蛋白溶解等生物学过程上;中药预测共映射出中医治疗IM的中药112味,按照功效可归为34类,其中清热解毒类中药出现频次最高,其次为活血化瘀药、温里药、补气药等。结论在IM的病理发生及发展过程中存在NETs,靶标基因NE和THBD可能存在相互关联作用,共同通过NETs通路参与IM进展;健脾化瘀解毒法是中医治疗IM的核心治法,其可能通过抑制NETs的形成,从而减缓IM的发展进程。 展开更多
关键词 肠上皮化生 中性粒细胞胞外诱捕网 差异表达基因 生物信息学 中药预测 健脾化瘀解毒法
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细菌外囊泡介导抗生素抗性基因水平转移的研究进展
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作者 王绍宇 李香会 +2 位作者 胥娇娇 温馨 吴银宝 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期97-111,共15页
胞外囊泡是参与细胞间的物质传递和信息交流的重要媒介。近年来,细菌通过分泌外囊泡装载新型环境污染物抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)在细菌间发生基因水平转移已被确认为ARGs水平转移的一种新途径。本文介绍了细... 胞外囊泡是参与细胞间的物质传递和信息交流的重要媒介。近年来,细菌通过分泌外囊泡装载新型环境污染物抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)在细菌间发生基因水平转移已被确认为ARGs水平转移的一种新途径。本文介绍了细菌外囊泡的概念、来源和功能,明确了细菌外囊泡在细胞通信和生物过程调控中的重要作用,说明细菌外囊泡介导ARGs水平转移的机制,明确细菌外囊泡在抗生素抗性基因传播中的关键作用。重点探讨了细菌外囊泡介导ARGs传播的影响因素及对生态环境的危害。本文以囊泡融合传播ARGs的新途径为切入点,综述了细菌外囊泡介导的ARGs在环境中发生水平转移的特征与机制,进一步完善了ARGs在环境中的分布和传播特征,对更深入地开发针对抗生素耐药性的阻控和削减技术具有重要意义。 展开更多
关键词 细菌外囊泡 抗生素抗性基因 水平转移 细胞通信 生态风险
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细胞外基质相关基因预后模型在脑胶质瘤中预测预后能力分析
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作者 贾牧原 刘羽阳 +7 位作者 胡文涛 陈俊燚 张洪俊 龚欢欢 吴剑慧 任博文 刘嘉霖 陈凌 《国际神经病学神经外科学杂志》 2024年第2期35-47,共13页
目的构建细胞外基质(ECM)相关基因预后模型,评价其预测胶质瘤患者预后的能力,探索基于该模型的胶质瘤免疫微环境特征。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库中胶质瘤以及正常脑组织数据,筛选获得差异基因(DEGs);... 目的构建细胞外基质(ECM)相关基因预后模型,评价其预测胶质瘤患者预后的能力,探索基于该模型的胶质瘤免疫微环境特征。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库中胶质瘤以及正常脑组织数据,筛选获得差异基因(DEGs);基于基因本体论(GO)数据库获取ECM相关基因,基于单因素Cox回归分析获取胶质瘤预后基因。将上述三部分取交集获得重叠候选基因,再经由Lasso分析获取最佳的4基因预后模型,并于TCGA以及中国脑胶质瘤图谱数据库(CGGA)中胶质瘤队列中进行生存分析和Cox回归分析。基于4基因预后模型以及TCGA患者预后数据构建预后列线图,并在CGGA胶质瘤队列中进行验证。最后,基于富集分析、免疫检查点分析以及免疫浸润分析探索4基因预后模型相关的免疫微环境特征。结果22个重叠候选基因经由Lasso分析后获得最佳4基因预后模型,该模型的风险评分能够较好地预测TCGA以及CGGA胶质瘤患者的预后,并且是危险因素。细胞系验证实验中提示U251细胞系(人源胶质瘤细胞)最佳4基因表达均高于HA1800(人源星形胶质细胞),符合TCGA以及CGGA数据库分析结果。基于4基因预后模型构建的预后列线图同样具有较好地预测患者预后的能力。高风险组患者肿瘤组织内具有较高水平的M2型巨噬细胞浸润且免疫检查点相关分子(PD-L1,B7-H3,CTLA4,PD1,TIM3以及LAG3)高于低风险组。结论ECM相关基因模型以及预后列线图均能够较好地预测胶质瘤患者的预后,高风险组患者具有抑制性免疫微环境特征,免疫检查点抑制剂可能是该类患者的潜在治疗方式。 展开更多
关键词 细胞外基质 胶质瘤 基因富集分析 免疫细胞浸润 预后
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联苯菊酯对皱纹盘鲍血细胞胞外陷阱形成的影响
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作者 化少蒙 陈丽竹 +4 位作者 杨顶珑 吕晓静 刘相全 何金霞 李旋 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期182-191,共10页
为探究贝类细胞胞外陷阱对联苯菊酯(BF)胁迫的响应,实验以皱纹盘鲍血细胞为研究对象,探讨不同浓度BF(0、0.01、0.10、1.00 mg/L)对血细胞细胞活力、胞外陷阱(ETs)、活性氧(ROS)产量以及ROS、糖酵解相关基因表达量的影响。结果显示,皱纹... 为探究贝类细胞胞外陷阱对联苯菊酯(BF)胁迫的响应,实验以皱纹盘鲍血细胞为研究对象,探讨不同浓度BF(0、0.01、0.10、1.00 mg/L)对血细胞细胞活力、胞外陷阱(ETs)、活性氧(ROS)产量以及ROS、糖酵解相关基因表达量的影响。结果显示,皱纹盘鲍血细胞的细胞活力随着BF浓度升高分别降低至90.40%、80.22%和72.28%,具有一定的剂量依赖性特征。BF降低了皱纹盘鲍血细胞活力,且具有一定的剂量依赖性特征。不同浓度BF刺激后,pi3k表达量极显著上调,分别为对照的2.16、3.32和3.32倍。在0.01 mg/L BF刺激下,akt表达量极显著上调,在1.00 mg/L BF刺激下达到最高,为对照的5.34倍。在0.01 mg/L BF刺激下,hif-1α的表达量与对照组无显著差异,在1.00 mg/L BF刺激时升高最为显著,为对照的11.63倍。在BF诱导形成ETs过程中,血细胞ROS产量增加,且ROS相关基因表达量显著上调。通过添加烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)氧化酶抑制剂(DPI),发现ETs的形成受到抑制,表明ROS参与了ETs形成过程。同时,在ETs形成的过程中,糖酵解相关基因表达量显著提升,初步表明糖酵解反应参与到ETs的形成过程。与对照组相比,pk的表达量显著升高,在BF浓度为1.00 mg/L时表达量最高;hk的表达量在所有刺激浓度下均极显著升高,且在BF浓度为1.00 mg/L时表达量最高。研究表明,ROS和糖酵解反应参与了BF诱导的皱纹盘鲍细胞胞外陷阱发生过程,BF可能会通过干扰血细胞发挥正常的细胞免疫反应,继而对细胞造成一定的免疫毒害作用。 展开更多
关键词 皱纹盘鲍 基因表达 活性氧 联苯菊酯 胞外陷阱 细胞免疫
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氧化石墨烯对活性污泥脱氮性能影响的机制
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作者 殷牧辰 李军 +5 位作者 吴耀东 李东岳 高鹏 边雪莹 裴艳雪 梁东博 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第7期3759-3766,共8页
本研究建立了3个不同浓度GO(0.1和10mg/L)的序批式反应器(SBR)以明晰氧化石墨烯(GO)恶化活性污泥(AS)脱氮性能的内在机理.结果表明.1mg/L GO对AS性能无明显抑制作用.10mg/L GO使AS总氮(TN)去除效率降低17.63%.并且.GO暴露使AS中氧化应... 本研究建立了3个不同浓度GO(0.1和10mg/L)的序批式反应器(SBR)以明晰氧化石墨烯(GO)恶化活性污泥(AS)脱氮性能的内在机理.结果表明.1mg/L GO对AS性能无明显抑制作用.10mg/L GO使AS总氮(TN)去除效率降低17.63%.并且.GO暴露使AS中氧化应激水平分别提升198.51%和307.13%.而微生物通过分泌更多的胞外聚合物(EPS)以应对GO胁迫.16S rRNA gene测序结果表明.GO显著影响了具有脱氮功能的菌属丰度.常见的负责硝化过程的菌属(Nitrosomonas和Nitrospira)和反硝化过程的菌属(Candidatus_Accumulibacter、和Thauera等)丰度随着GO浓度升高而降低.功能基因预测显示.GO降低了和脱氮有关的基因丰度.与NH_(4)+-N氧化的相关的基因(amoA.amoB.amoC)和NO_(2)--N还原的相关的基因(nirK.nirS)丰度均随着GO的累积而显著下降.本研究从功能基因的角度深入解析了GO恶化AS脱氮性能的内在机理. 展开更多
关键词 氧化石墨烯 脱氮性能 胞外聚合物 微生物群落结构 功能基因
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基因编辑技术及其在糖生物学研究中的应用
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作者 章恩华 邱宏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期433-452,共20页
基因功能的解析是现代生物学研究的基本问题,基因的精准、高效和靶向编辑是基因功能研究不可或缺的手段。在过去的30多年,基因编辑实现了从基于同源重组修复技术的基因打靶技术(gene targeting)到基于锌指核酸酶、转录激活样效应因子核... 基因功能的解析是现代生物学研究的基本问题,基因的精准、高效和靶向编辑是基因功能研究不可或缺的手段。在过去的30多年,基因编辑实现了从基于同源重组修复技术的基因打靶技术(gene targeting)到基于锌指核酸酶、转录激活样效应因子核酸酶和CRISPR相关核酸酶等可编程核酸酶的可控编辑技术的革命性转变。这些技术的发展极大地促进了基因功能的研究并促生了疾病治疗的颠覆性技术。本文综述了CRISPR-Cas的分类、组成及其在细菌中发挥免疫防御作用的工作原理,重点综述了基于CRISPR-Cas系统的最新基因编辑工具包括基因转录编辑器、表观遗传编辑器、碱基编辑器、先导编辑器以及靶向RNA的RCas编辑系统。随后综述了基因编辑器的细胞和器官靶向递送策略,主要讨论了腺相关病毒、脂质纳米颗粒和细胞外囊泡的优劣。最后,本文综述了基因编辑技术在糖生物学研究中的应用,包括糖类物质功能、生物合成与机制,糖蛋白质组学分析,细胞糖芯片的构建和应用以及蛋白质糖基化工程改造。精确基因编辑技术的发展促进了糖类物质的生物合成机制、结构与功能研究,也正在推进转化糖科学研究。 展开更多
关键词 基因编辑 糖生物学 细胞外囊泡 CRISPR-Cas系统
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Metabolic activity of Streptococcus mutans biofilms and gene expression during exposure to xylitol and sucrose 被引量:4
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作者 Eva-Maria Decker Christian Klein +1 位作者 Dimitri Schwindt Christiane von Ohle 《International Journal of Oral Science》 SCIE CAS CSCD 2014年第4期195-204,共10页
The objective of the study was to analyse Streptococcus mutans biofilms grown under different dietary conditions by using multifaceted methodological approaches to gain deeper insight into the cariogenic impact of car... The objective of the study was to analyse Streptococcus mutans biofilms grown under different dietary conditions by using multifaceted methodological approaches to gain deeper insight into the cariogenic impact of carbohydrates. S. mutans biofilms were generated during a period of 24 h in the following media: Schaedler broth as a control medium containing endogenous glucose, Schaedler broth with an additional 5% sucrose, and Schaedler broth supplemented with 1% xylitol. The confocal laser scanning microscopy(CLSM)-based analyses of the microbial vitality, respiratory activity(5-cyano-2,3-ditolyl tetrazolium chloride, CTC) and production of extracellular polysaccharides(EPS) were performed separately in the inner, middle and outer biofilm layers. In addition to the microbiological sample testing, the glucose/sucrose consumption of the biofilm bacteria was quantified, and the expression of glucosyltransferases and other biofilm-associated genes was investigated. Xylitol exposure did not inhibit the viability of S. mutans biofilms, as monitored by the following experimental parameters: culture growth, vitality, CTC activity and EPS production. However,xylitol exposure caused a difference in gene expression compared to the control. Gtf C was upregulated only in the presence of xylitol.Under xylitol exposure, gtf B was upregulated by a factor of 6, while under sucrose exposure, it was upregulated by a factor of three.Compared with glucose and xylitol, sucrose increased cell vitality in all biofilm layers. In all nutrient media, the intrinsic glucose was almost completely consumed by the cells of the S. mutans biofilm within 24 h. After 24 h of biofilm formation, the multiparametric measurements showed that xylitol in the presence of glucose caused predominantly genotypic differences but did not induce metabolic differences compared to the control. Thus, the availability of dietary carbohydrates in either a pure or combined form seems to affect the cariogenic potential of S. mutans biofilms. 展开更多
关键词 biofilms 5-cyano-2 3-ditolyl tetrazolium chloride extracellular polysaccharides gene expression Streptococcus mutans sucrose viability xylitol
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老年下肢深静脉血栓患者血清Gas6、IL-1β、NETs水平与介入治疗效果的关系
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作者 吴邮电 李宁 《检验医学与临床》 2024年第4期515-519,共5页
目的探讨老年下肢深静脉血栓(DVT)患者血清生长停滞特异性基因产物6(Gas6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、中性粒细胞胞外陷阱(NETs)水平与介入治疗效果的关系。方法选取2021年2月至2023年1月该院收治的120例老年DVT患者为研究对象,根据治疗... 目的探讨老年下肢深静脉血栓(DVT)患者血清生长停滞特异性基因产物6(Gas6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、中性粒细胞胞外陷阱(NETs)水平与介入治疗效果的关系。方法选取2021年2月至2023年1月该院收治的120例老年DVT患者为研究对象,根据治疗7 d后临床疗效分为无效组(22例)和有效组(98例)。比较两组治疗前及治疗3、7 d后血清Gas6、IL-1β、NETs水平,分析治疗3、7 d后血清Gas6、IL-1β、NETs水平与治疗效果的关系。结果无效组与有效组Gas6、IL-1β、NETs水平存在时间与组间的交互效应,差异有统计学意义(F交互=15.214,P<0.001);两组Gas6、IL-1β、NETs水平随着治疗时间变长而逐渐降低,差异均有统计学意义(F=12.375、12.271、13.277,P<0.001);无效组Gas6、IL-1β、NETs水平明显高于有效组,差异均有统计学意义(F=23.537、22.851、23.213,P<0.001)。治疗3、7 d后血清Gas6、IL-1β、NETs联合检测预测DVT患者介入治疗无效的曲线下面积明显大于各项指标单独检测(P<0.05)。结论血清Gas6、IL-1β、NETs水平对预后有明显影响,3项指标联合检测可作为预测DVT患者介入治疗效果的重要辅助途径。 展开更多
关键词 下肢深静脉血栓 介入治疗 中性粒细胞胞外陷阱 白细胞介素-1Β 生长停滞特异性基因产物6
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Restoring axonal localization and transport of transmembrane receptors to promote repair within the injured CNS: a critical step in CNS regeneration 被引量:1
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作者 Lindsey H.Forbes Melissa R.Andrews 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2017年第1期27-30,共4页
Each neuronal subtype is distinct in how it develops,responds to environmental cues,and whether it is capable of mounting a regenerative response following injury.Although the adult central nervous system(CNS) does ... Each neuronal subtype is distinct in how it develops,responds to environmental cues,and whether it is capable of mounting a regenerative response following injury.Although the adult central nervous system(CNS) does not regenerate,several experimental interventions have been trialled with successful albeit limited instances of axonal repair.We highlight here some of these approaches including extracellular matrix(ECM) modification,cellular grafting,gene therapy-induced replacement of proteins,as well as application of biomaterials.We also review the recent report demonstrating the failure of axonal localization and transport of growth-promoting receptors within certain classes of mature neurons.More specifically,we discuss an inability of integrin receptors to localize within the axonal compartment of mature motor neurons such as in the corticospinal and rubrospinal tracts,whereas in immature neurons of those pathways and in mature sensory tracts such as in the optic nerve and dorsal column pathways these receptors readily localize within axons.Furthermore we assert that this failure of axonal localization contributes to the intrinsic inability of axonal regeneration.We conclude by highlighting the necessity for both combined therapies as well as a targeted approach specific to both age and neuronal subtype will be required to induce substantial CNS repair. 展开更多
关键词 axonal transport cellular therapies extracellular matrix gene therapy integrin regeneration viral vectors
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宏基因组解析不同温度饥饿胁迫下污泥中胞外耐药基因的动态特征
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作者 唐振平 刘博阳 +3 位作者 高媛媛 段毅 杨正卿 周帅 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第3期1397-1406,共10页
活性污泥是细胞外耐药基因(eARGs)重要储存库之一,本文采用宏基因组技术探究了不同温度(12,20和30℃)饥饿胁迫(即无营养基质)下活性污泥中eARGs的动态特征.结果表明,30d饥饿促使eARGs的相对与绝对丰度分别削减3.5%~26.0%、66.1%~81.4%,... 活性污泥是细胞外耐药基因(eARGs)重要储存库之一,本文采用宏基因组技术探究了不同温度(12,20和30℃)饥饿胁迫(即无营养基质)下活性污泥中eARGs的动态特征.结果表明,30d饥饿促使eARGs的相对与绝对丰度分别削减3.5%~26.0%、66.1%~81.4%,且eARGs的丰度在12℃饥饿后明显高于20和30℃饥饿.12℃饥饿能够维持大部分胞外可移动遗传元件(eMGEs)的稳定性,而20和30℃饥饿导致eMGEs的相对丰度分别降低41.4%~54.4%、48.7%~67.4%.eARGs优势寄主(Mycobacterium和Nitrospira)的丰度在不同温度饥饿后保持稳定.与20和30℃饥饿相比,12℃饥饿下活细胞比例较高,且胞外DNA吸附/降解率较低,有利于维持eARGs的稳定性.研究结果阐明了不同温度饥饿胁迫对活性污泥中eARGs归趋的影响,可为控制实际污水处理厂中eARGs的散播提供科学依据. 展开更多
关键词 活性污泥 细胞外耐药基因(eARGs) 饥饿 温度 宏基因组 动力学
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Expression of MMP-3 mRNA in hypertrophic scar fibroblasts and MMP-3 gene transfection
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作者 赵烨德 刘宁飞 +1 位作者 何清濂 许国铭 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 1998年第4期244-248,共5页
To investigate the molecular mechanism of extracellular matrix overdeposition in hypertrophic scar tissues and to explore MMPs gene therapy for hypertrophic scar. Methods: Hypertrophic scarderived and normal skin-deri... To investigate the molecular mechanism of extracellular matrix overdeposition in hypertrophic scar tissues and to explore MMPs gene therapy for hypertrophic scar. Methods: Hypertrophic scarderived and normal skin-derived fibroblasts were cultured and a recombinant retrovirus vector containing MMP-3 gene was constructed and then transfected into hypertrophic scar fibroblasts. Expressive level of MMP-3 mRNA was detected by dot blotting, and the activity of MMPs was determined by DNP-peptide.Results: Lower expression of MMP-3 mRNA and fewer DNP-peptide hydrolyzed fragments were observed in hypertrophic scar-derived fibroblasts compared with normal skin-derived fibroblasts. Transfection of MMP-3gene into hypertrophic scar-derived fibroblasts could enhance the expression of MMP-3 mRNA (3. 4 fold)and the de novo capacity to hydrolyze DNP-peptide (2. 1 fold). Conclusion: Overdeposition of extracellular matrix in hypertrophic scar tissue was related to low expression of MMP-3 due to its down-degradation of extracellular matrix. MMP-3 gene transfection could be a better way to treat hypertrophic scars by degrading extracellular matrix. 展开更多
关键词 HYPERTROPHIC scar MATRIX METALLOPROTEINASE FIBROBLAST extracellular MATRIX gene transfer
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电活性微生物基因编辑与转录调控技术进展与应用 被引量:2
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作者 陈雅如 曹英秀 宋浩 《合成生物学》 CSCD 2023年第6期1281-1299,共19页
电活性微生物通过胞外电子传递通路与胞外电子受体/供体进行双向电子交换,产生或吞噬电流。电活性微生物已广泛应用于微生物电化学技术领域,涵盖了元素的生物地球化学循环、环境污染的生物处理与电能生产、生物传感、微生物冶金以及化... 电活性微生物通过胞外电子传递通路与胞外电子受体/供体进行双向电子交换,产生或吞噬电流。电活性微生物已广泛应用于微生物电化学技术领域,涵盖了元素的生物地球化学循环、环境污染的生物处理与电能生产、生物传感、微生物冶金以及化学品的微生物电合成等多个领域,成为全球环境保护和低碳经济的研究热点。然而,这些微生物在实际应用中仍面临较大局限,如微生物燃料电池的输出功率密度存在一定的上限、微生物电合成技术中的CO_(2)还原速率尚未达到理想水平等。为了克服这些限制性因素,需要通过高效的基因编辑和转录调控策略来改变电活性微生物的遗传特性,提高其双向电子传递效率。本文首先总结了模式电活性微生物(希瓦氏菌和地杆菌)和其他代表性电活性微生物的基因编辑方法和利用CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeat)技术实现转录调控的策略。在基因编辑方面,涵盖了(CRISPR辅助的)同源重组、碱基编辑等方法;而在转录调控方面,包括了CRISPR介导的抑制和激活。此外,对于多基因编辑和调控的策略也进行了深入探讨。其次,综述了这些技术在环境、能源领域中的应用,包括微生物燃料电池、污染物生物处理和修复等。最后,讨论了目前电活性微生物工程改造所面临的挑战和未来的发展方向。 展开更多
关键词 电活性微生物 基因编辑 转录调控 CRISPR 胞外电子传递
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抗生素抗性基因在土壤中积累、转移与消减的研究进展
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作者 高晓宇 王磊 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2062-2071,共10页
细菌耐药性给人类健康及公共卫生带来巨大的威胁。土壤尤其是农业土壤是环境中抗生素抗性重要的源库。为减少抗生素抗性基因(ARGs)的传播风险,了解其在土壤中的传播规律非常重要。通过总结分析国内外发表的相关文献,对目前ARGs在土壤中... 细菌耐药性给人类健康及公共卫生带来巨大的威胁。土壤尤其是农业土壤是环境中抗生素抗性重要的源库。为减少抗生素抗性基因(ARGs)的传播风险,了解其在土壤中的传播规律非常重要。通过总结分析国内外发表的相关文献,对目前ARGs在土壤中的积累、转移情况及消减特征进行了综述。已有调查结果发现,农业发达及经济发地区土壤是ARGs积累的热区。有机肥施用及污水灌溉等原因导致ARGs在土壤中持续积累,其丰度可达10^(2)gene copies/16S rRNA gene copies。胞内抗生素抗性基因(i ARGs)、胞外游离抗生素抗性基因(eARGs)是ARGs的两种赋存形态,其中,i ARGs是主要的赋存形态。i ARGs通过接合转移、转导在土壤中传播,其中接合转移是目前研究最多及最主要的水平转移方式。eARGs通过转化在土壤中传播。胞外DNA可以在土壤中留存几个月甚至一年以上,由于检测方法的限制eARGs在土壤中的自然转化并不经常被发现,因此,对土壤eARGs的风险研究有所忽略。外源ARGs进入土壤后的命运受到ARGs种类、形态、土壤特性、污染物等因素的影响。ARB进入土壤后逐渐死亡及游离DNA逐渐降解的这一时间段是外源ARGs能否在土壤中传播的重要时间节点,很有可能成为控制ARGs在土壤中传播的关键节点。目前关于携带ARGs的宿主细菌进入土壤后的消减规律的研究还处于起步阶段,仍需开展深入的研究。针对土壤ARGs消减的强化措施主要包括改变农艺措施、施加生物炭、噬菌体疗法等,但效果不一且有限。在未来的研究中应对游离的eARGs产生的环境效应给予重视,加强对ARGs在土壤中传播的关键影响因子的研究并开发新的强化措施以加快ARGs的消减。 展开更多
关键词 土壤 胞内抗生素抗性基因 胞外抗生素抗性基因 水平基因转移 消减机制
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华支睾吸虫细胞外囊泡中miRNAs调控宿主靶基因的预测及生物信息学分析
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作者 魏伟 孙云异 +5 位作者 毛瑞锋 张爱辉 贾斌 张军 王春仁 高俊峰 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第17期1-6,12,139,共8页
为了评估华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)细胞外膜囊泡中虫源miRNAs跨物种调控宿主基因的风险,试验利用miRBase数据库对华支睾吸虫细胞外膜囊泡和感染阳性宿主细胞共有的虫源miRNAs成熟体序列进行筛选,通过miRanda软件对细胞外膜囊泡... 为了评估华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)细胞外膜囊泡中虫源miRNAs跨物种调控宿主基因的风险,试验利用miRBase数据库对华支睾吸虫细胞外膜囊泡和感染阳性宿主细胞共有的虫源miRNAs成熟体序列进行筛选,通过miRanda软件对细胞外膜囊泡中表达量排在前10位的miRNAs进行靶基因预测,选取每个miRNAs评分排在前10位的靶基因作为候选靶基因,通过NCBI、Bing检索工具检索miRNAs候选靶基因的功能,利用GO功能注释及KEGG富集分析对靶基因进行生物信息学分析。结果表明:华支睾吸虫细胞外膜囊泡中的10种miRNAs共对应8128个与宿主相关的靶基因。有12个候选靶基因没有相关的功能报道,12个候选靶基因与肝功能有关,其余候选靶基因在癌症、信号转导、结构骨架、增殖和分化、迁移功能中发挥重要作用。候选靶基因Taf10和Onecut2与肝脏和肝胆管发育相关,候选靶基因Gng1和Hhip分别可参与致纤维化相关的丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和Hedgehog信号通路。说明虫源miRNAs有靶向宿主细胞并参与致宿主肝纤维化和肝癌的风险。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 MIRNAS 细胞外膜囊泡 靶基因 生物信息学
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贵州黑山羊COL1A1基因真核表达载体构建及其对颗粒细胞中胶原蛋白家族基因和产羔基因的影响
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作者 周明帅 温晓艳 +3 位作者 陆情梅 刘彬 杨永鲜 赵佳福 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期261-272,共12页
【目的】构建I型胶原蛋白α1链基因(COL1A1)过表达载体,并分析其对颗粒细胞中胶原蛋白家族基因和产羔相关基因的影响,为后续深入研究COL1A1基因影响山羊产羔性状的分子机制打下基础。【方法】通过重叠延伸PCR克隆COL1A1基因A和B片段,然... 【目的】构建I型胶原蛋白α1链基因(COL1A1)过表达载体,并分析其对颗粒细胞中胶原蛋白家族基因和产羔相关基因的影响,为后续深入研究COL1A1基因影响山羊产羔性状的分子机制打下基础。【方法】通过重叠延伸PCR克隆COL1A1基因A和B片段,然后分别重组连接至pUC57和pcDNA3.1(+)线性化载体上,再通过酶切连接获得COL1A1基因全长,构建pcDNA3.1(+)-COL1A1过表达载体;转染山羊卵巢颗粒细胞后,通过Western blotting检测COL1A1蛋白表达效率,采用免疫荧光检测其在颗粒细胞中的定位情况,并以实时荧光定量PCR检测COL1A1基因过表达对胶原蛋白家族基因COL1A1、COL2A1和COL3A1及产羔相关基因[骨形态发生蛋白15(BMP15)、骨形态发生蛋白受体1B(BMPR1B)、生长分化因子9(GDF9)和促卵泡激素β亚基(FSHB)]表达的影响。【结果】COL1A1基因全长环化质粒检测大小为1847 bp,连接至pcDNA3.1(+)线性化载体上成功构建获得COL1A1基因过表达载体。Western blotting检测结果表明,pcDNA3.1(+)-COL1A1转染颗粒细胞48 h后,COL1A1蛋白表达量极显著高于pcDNA3.1(+)空载体转染组(P<0.01,下同);免疫荧光检测结果表明,COL1A1蛋白在颗粒细胞细胞核及细胞质中均有表达,但在细胞核中的表达水平更高;实时荧光定量PCR检测结果表明,pcDNA3.1(+)-COL1A1转染组颗粒细胞中COL1A1、COL2A1和COL3A1胶原蛋白家族基因及GDF9、FSHB和BMP15产羔相关基因的相对表达量极显著高于pcDNA3.1(+)空载体转染组,但对BMPR1B基因的表达无显著影响(P>0.05)。【结论】COL1A1基因在卵巢颗粒细胞中广泛表达,其过表达能极显著促进胶原蛋白家族基因COL2A1和COL3A1及产羔相关基因GDF9、FSHB和BMPR1B在颗粒细胞中的表达,即COL1A1基因可协同胶原蛋白家族基因的表达促进ECM合成来影响卵巢组织结构、胚胎发育及促进性腺激素表达,进而影响山羊产羔性状,可作为影响贵州黑山羊多羔候选基因进行深入研究。 展开更多
关键词 贵州黑山羊 COL1A1基因 细胞外基质 卵巢颗粒细胞 产羔性状
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外切体复合物基因3在肝癌中的预后价值及其免疫相关性
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作者 孟志勇 范玉纯 +4 位作者 吴桐 黎韵琪 彭小花 蒋利和 陈闯 《中西医结合肝病杂志》 CAS 2023年第12期1097-1102,共6页
目的:基于生物信息学和实时定量PCR(qRT-PCR)实验分析外切体复合物基因3(EXOSC3)在肝癌中的差异表达、预后价值、潜在机制及其免疫相关性。方法:运用TCGA数据库和ICGC数据库分析EXOSC3在肝癌中的表达情况和预后价值,并用qRT-PCR验证EXO... 目的:基于生物信息学和实时定量PCR(qRT-PCR)实验分析外切体复合物基因3(EXOSC3)在肝癌中的差异表达、预后价值、潜在机制及其免疫相关性。方法:运用TCGA数据库和ICGC数据库分析EXOSC3在肝癌中的表达情况和预后价值,并用qRT-PCR验证EXOSC3在肝癌中的表达。在TCGA数据库中分析EXOSC3在肝癌中的共表达基因并进行GO和KEGG富集分析。运用TIMER数据库和CIBERSORT算法分析EXOSC3与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,评估其对免疫检查点抑制治疗的疗效。结果:EXOSC3在肝癌中高表达并与患者预后显著相关,共表达基因富集分析显示EXOSC3可能通过细胞周期、p53等信号通路调控肝癌的发展进程。同时,EXOSC3与6种免疫细胞浸润显著相关,并可能影响免疫抑制治疗疗效。结论:EXOSC3可作为一种影响肝癌的预后标志物,其可能通过影响细胞周期、p53等信号通路及免疫细胞免疫应答过程控制肝癌的发展进程。 展开更多
关键词 肝癌 外切体复合物基因3 预后价值 免疫相关性
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基于生物信息学分析软骨肉瘤的关键基因及发病机制
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作者 沈琦玮 钟宗烨 《广西医学》 CAS 2023年第9期1060-1064,共5页
目的基于生物信息学分析软骨肉瘤的关键基因及发病机制。方法从GEO数据库获取人类软骨肉瘤相关基因芯片数据集GSE48418和GSE30835,包含17例软骨肉瘤患者样本和7例健康对照者样本。应用R语言软件进行差异表达基因(DEGs)分析。应用DAVID... 目的基于生物信息学分析软骨肉瘤的关键基因及发病机制。方法从GEO数据库获取人类软骨肉瘤相关基因芯片数据集GSE48418和GSE30835,包含17例软骨肉瘤患者样本和7例健康对照者样本。应用R语言软件进行差异表达基因(DEGs)分析。应用DAVID数据库对两个数据集共同的DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库及Cytoscape软件,针对共同DEGs构建蛋白-蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape软件筛选关键基因。结果两组芯片数据集的共同DEGs有62个,包含28个表达上调基因和34个表达下调基因。GO功能富集分析结果显示,共同DEGs富集在细胞与基质黏附、细胞与基质黏附的调节、肌细胞迁移、小梁形态发生、小梁组成等生物学过程,富集在含胶原的细胞外基质(ECM)、内质网腔、胶原三聚体等细胞组分,涉及糖胺聚糖结合、ECM结构成分提供的抗压支持、含硫化合物结合等分子功能。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs与黏着力、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、ECM-受体相互作用等信号通路相关。筛选出COL1A1、COL3A1、FSTL1、THBS2、COL4A4、cyclin D1、CKAP4、CTHRC1、COL8A1及PLAU共10个关键基因。结论COL1A1、FSTL1、THBS2及cyclin D1等基因对软骨肉瘤的发生有重要作用,其可能通过调控ECM代谢和PI3K/AKT等信号通路来参与软骨肉瘤的发生。 展开更多
关键词 软骨肉瘤 差异表达基因 关键基因 细胞外基质 磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路 生物信息学
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瘢痕成纤维细胞的MMP-3 mRNA表达及其基因转染 被引量:11
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作者 赵烨德 刘宁飞 +1 位作者 何清濂 许国铭 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期201-204,共4页
目的:探讨增生性瘢痕组织中细胞外间质(ECM)的过度沉积机制,并探索其基因治疗途径。方法:体外培养瘢痕成纤维细胞(HSF),构建间质溶解素1(MMP-3)逆转录病毒载体,利用基因转染技术将MMP-3基因转入HSF,核... 目的:探讨增生性瘢痕组织中细胞外间质(ECM)的过度沉积机制,并探索其基因治疗途径。方法:体外培养瘢痕成纤维细胞(HSF),构建间质溶解素1(MMP-3)逆转录病毒载体,利用基因转染技术将MMP-3基因转入HSF,核酸分子杂交检测MMP-3的mRNA表达水平。DNP-多肽降解法检测间质金属蛋白酶(MMPs)活性,辅以正常皮肤成纤维细胞作对照。结果:HSF表达MMP-3mRNA水平及降解DNP-多肽能力均明显低于正常成纤维细胞;MMP-3基因转染HSF后,该细胞的MMP-3mRNA表达提高3倍多,降解DNP-多肽作用显著增强。结论:HSF低表达MMP-3是增生性瘢痕组织内ECM过度沉积的重要原因;利用基因转染技术将MMPs基因转染HSF,提高瘢痕组织中MMPs含量和活性。 展开更多
关键词 增生性 瘢痕 成纤维细胞 细胞外间质 MMP-3
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