目的:基于网络药理学及分子对接技术,探究三棱-莪术药对在辅助治疗卵巢癌中的作用机制。方法:活性成分及其作用靶点收集自中药系统药理学分析平台,卵巢癌相关靶点收集自Genecard数据库。上述靶点取交集后,结合STRING数据库及Cytoscape...目的:基于网络药理学及分子对接技术,探究三棱-莪术药对在辅助治疗卵巢癌中的作用机制。方法:活性成分及其作用靶点收集自中药系统药理学分析平台,卵巢癌相关靶点收集自Genecard数据库。上述靶点取交集后,结合STRING数据库及Cytoscape软件构建PPI网络。应用R及Cytoscape软件整合构建中药-活性成分-疾病-靶点网络。同时,应用R软件进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集,并通过Cytoscape/CluGO进行KEGG通路聚类分析。综合分析各网络,获取关键靶点及其对应活性成分后应用Autodock vina及Pymol等软件进行分子对接及可视化研究。结果:本研究在三棱-莪术药对中,共获得8个活性成分,164个作用靶点,Genecards数据库获得1540个符合条件的卵巢癌相关靶点。取交集获得27个三棱-莪术药对治疗卵巢癌的潜在靶点。分析PPI网络并获取关键靶点为CASP3、ESR1、JUN、PTGS2、AR、MAPK14、PGR、CASP8、CASP9、CAS及PPARG。GO及KEGG分析表明相关作用机制可能涉及凋亡、白细胞介素17(interleukin-17,IL-17)信号通路、乙肝信号通路、雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路,卵巢类固醇等多条信号通路。分子对接表明核心成分芒柄花黄素、β-谷甾醇、常春藤皂苷元与关键靶点结合性良好,其中各活性成分与PTGS2结合最佳,结合能均小于-9.0 kcal/mol。结论:该研究初步揭示了三棱-莪术药对治疗卵巢癌的药理机制,这为后期探究该药对及其所在复方治疗卵巢癌提供了较为系统的依据。展开更多
目的:应用网络药理学的方法,研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)数据库以及手工查阅相关文献,搜集并整理三棱-莪术药物的活性成分及其靶标。通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和人...目的:应用网络药理学的方法,研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)数据库以及手工查阅相关文献,搜集并整理三棱-莪术药物的活性成分及其靶标。通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和人类基因数据库(Genecards)获得三棱-莪术药对治疗肝细胞癌潜在的靶标基因。使用Cytoscape 3.7.2软件建立相应的“成分-靶标”网络。结合String(functional protein association networks)数据库,构建其蛋白质相互作用网络。运用Bioconductor工具、R统计编程软件进行三棱-莪术药对的作用靶标进行相应的基因本体论(GO)分类富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共筛选得到6个活性成分,包括豆甾醇、β-谷固醇、丁芒柄花黄素等和39个作用靶标,包括雌激素受体1、雄激素受体、核受体共激活剂2、核受体亚家族3C组成员1、孕激素受体等,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等主要信号通路。结论:本研究基于网络药理学的方法初步预测了三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的可能作用机制,三棱-莪术治疗肝细胞癌主要通过神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等信号通路发挥作用。展开更多
文摘目的:基于网络药理学及分子对接技术,探究三棱-莪术药对在辅助治疗卵巢癌中的作用机制。方法:活性成分及其作用靶点收集自中药系统药理学分析平台,卵巢癌相关靶点收集自Genecard数据库。上述靶点取交集后,结合STRING数据库及Cytoscape软件构建PPI网络。应用R及Cytoscape软件整合构建中药-活性成分-疾病-靶点网络。同时,应用R软件进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集,并通过Cytoscape/CluGO进行KEGG通路聚类分析。综合分析各网络,获取关键靶点及其对应活性成分后应用Autodock vina及Pymol等软件进行分子对接及可视化研究。结果:本研究在三棱-莪术药对中,共获得8个活性成分,164个作用靶点,Genecards数据库获得1540个符合条件的卵巢癌相关靶点。取交集获得27个三棱-莪术药对治疗卵巢癌的潜在靶点。分析PPI网络并获取关键靶点为CASP3、ESR1、JUN、PTGS2、AR、MAPK14、PGR、CASP8、CASP9、CAS及PPARG。GO及KEGG分析表明相关作用机制可能涉及凋亡、白细胞介素17(interleukin-17,IL-17)信号通路、乙肝信号通路、雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路,卵巢类固醇等多条信号通路。分子对接表明核心成分芒柄花黄素、β-谷甾醇、常春藤皂苷元与关键靶点结合性良好,其中各活性成分与PTGS2结合最佳,结合能均小于-9.0 kcal/mol。结论:该研究初步揭示了三棱-莪术药对治疗卵巢癌的药理机制,这为后期探究该药对及其所在复方治疗卵巢癌提供了较为系统的依据。
文摘目的:应用网络药理学的方法,研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)数据库以及手工查阅相关文献,搜集并整理三棱-莪术药物的活性成分及其靶标。通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和人类基因数据库(Genecards)获得三棱-莪术药对治疗肝细胞癌潜在的靶标基因。使用Cytoscape 3.7.2软件建立相应的“成分-靶标”网络。结合String(functional protein association networks)数据库,构建其蛋白质相互作用网络。运用Bioconductor工具、R统计编程软件进行三棱-莪术药对的作用靶标进行相应的基因本体论(GO)分类富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共筛选得到6个活性成分,包括豆甾醇、β-谷固醇、丁芒柄花黄素等和39个作用靶标,包括雌激素受体1、雄激素受体、核受体共激活剂2、核受体亚家族3C组成员1、孕激素受体等,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等主要信号通路。结论:本研究基于网络药理学的方法初步预测了三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的可能作用机制,三棱-莪术治疗肝细胞癌主要通过神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等信号通路发挥作用。