禽I型副粘病毒广西分离株F基因序列及毒力的研究

对源于鸡、鹅、鸽的 9株APMV_1广西分离株及我国常用的中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )的F基因N_端前段进行了RT_PCR扩增 ,产物进行核苷酸序列测定 ,用基因分析软件DNAStar进行分析并与已发表的其它参考毒株进行比较。结果发现 ,广西分离株在裂解位点的氨基酸组成和排列均符合强毒株的特征 ;根据F基因绘制的系谱树来看 ,广西鸡和鹅分离株都归属于基因型VII,证实近年来广西流行的基因型与国内其他地区的相同 ;并发现中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )也属于基因型VII。研究还对分离株进行了常规的毒力和致病性测定试验 ,并与根据F基因序列特征判定的结果相比较 ,结果发现其中一株鸽源和两株鹅源分离株根据常规方法判定的结果与毒株在临床上的致病性不相符 。

三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨

用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。

鸽副黏病毒经鸡胚传代引起毒力和F基因序列变化的研究

为研究鸽副黏病毒ND167在SPF鸡胚传代中毒力和F基因序列变化,运用有限稀释法将ND167连续传代扩繁,每代次均选择病毒稀释度最高且血凝价最高的尿囊液进行传代,共传10代次,测定第1、5和10代次的最小致死量致死鸡胚的平均时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)和F基因序列。结果表明,ND167在鸡胚传代过程中F蛋白裂解位点氨基酸虽未突变,但是毒力却在逐渐增强,从中等毒力株演变为强毒力株。说明对于PPMV毒力判定需要根据动物实验进行,需警惕PPMV在鸡群中反复传代引起毒力增强。

鸽Ⅰ型副粘病毒F基因序列的扩增、序列测定及同源性分析

目的根据NDV的F基因保守区设计1对引物,用RT-PCR方法扩增出鸽型副粘病毒JS株融合蛋白基因(F基因)的部分片段,并测序。结果表明,JS株与现今国际上已发表的NDV的LaSota株F基因的同源性为96.6%,与F48E9株F基因的同源性为94.0%。

鸭源与鸡源副黏病毒F基因序列存在较大差异

疾病综合防治研究室团队成员张国中副教授测定了来自不同患病鸭群的3株APMV-1的F基因序列。分析结果表明，3株病毒，基因均含有1个长度为1662nt的开放阅读框，均编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117，符合新城疫病毒强毒株的特征，且皆属于基因Ⅶ型。

广西猪源Ⅰ型副粘病毒F基因测序分析

对广西猪源Ⅰ型副粘病毒F基因测序分析,为今后开展猪源副粘病毒的相关研究提供参考,也为有效防控副粘病毒感染奠定基础。参考GenBank发表的相关禽副粘病毒I型(Avian paramyxovirus serotype I,APMV-X)基因组序列,设计了1对特异性引物,用RT-PCR法分别扩增出病毒各F基因片段,并将目的基因片段回收纯化。测定得F基因的序列结果表明,从猪组织中分离获得1株猪源禽Ⅰ型副粘病毒,分离株F基因112～117位裂解位点的氨基酸组成为R-R-Q-R-R-F,与强毒株DQ417113、AF458012的裂解位点一致。同源性分析结果表明,分离株与标准强毒株的核苷酸同源性分别为87.5%和87.4%。猪源禽I型副粘病毒分离株为强毒株,属于基因Ⅰ型是传统型毒株,广西地区禽I型副粘病毒宿主范围呈不断扩大趋势。

鸡MHC-B-F基因外显子2、3的SNPs分析

本研究分别选择10个个体通过直接测序并与Ncbi下载的13条鸡MHC-B-F基因序列合并分析了外显子2、外显子3中的单核苷酸多态性位点。结果在外显子2264个碱基的序列中发现了44个核苷酸变异位点,其中有24个引起了氨基酸的改变,在外显子3273个碱基的序列中发现了42个核苷酸变异位点,其中有26个引起了氨基酸的改变。而且核苷酸序列的同源性均高于氨基酸序列的同源性。

新城疫病毒B_(95)株的RT-PCR检测

根据文献发表的 F基因序列 ,设计了 1对新城疫病毒 B95株的特异引物 NDV- P1 / P2 ,探讨了以其进行 RT- PCR检测的可行性。结果证明 ,用该引物可以扩增出 1条 310 bp的特异核酸带 ,敏感性为 0 .0 0 4 3mg/ L。

4株新城疫病毒株的分离与鉴定

对近三年采集的213份临床样品进行了新城疫病毒的分离与鉴定,得到4株NDV分离株,其中3株来源于鸡,1株来源于鸭。通过RT-PCR方法对毒株的F和HN基因进行了扩增与序列测定,与Gen Bank中的NDV序列进行了同源性和遗传进化分析,并测定了其致病指数。结果显示:HB0601和HB0804株为强毒株,属于基因Ⅶb亚型,其F基因与Chicken-Jiangxi-07-2009同源性最高,为99.5%和99.7%,与La Sota株的同源性为82%。SC1805和HB1906为弱毒株,属于基因Ⅰ型,其F基因与Chicken-Colombia-1326-14475-2009同源性最高,分别为99.8%和99.9%,与La Sota株的同源性为89%。4株NDV分离株与传统疫苗株的遗传进化关系较远。研究为ND的防控及分子流行病学研究提供了数据支撑。

广东鸽禽Ⅰ型副黏病毒基因Ⅶ型的分离鉴定

2007年在广东某发病鸽群中分离到一株鸽禽Ⅰ型副黏病毒(GM01),经测定,其鸡胚平均死亡时间(MDT)为76h,鸡脑内接种致病指数(ICPI)为1.3,在鸡和鸡胚上为中等毒力病毒。应用RT-PCR对F基因片段进行扩增并测序,结果表明该F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株序列。用DNASTAR软件对GM01株F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明GM01株与Chicken/Gx/14/2005株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98.6%和98.4%;与Pigeon-Gxp40毒株核苷酸和氨基酸相似性分别为98.5%和98.7%,在遗传进化树中位于同一个分支,同属于基因Ⅶ型;与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸相似性分别为84.1%和86.5%及86.3%和88.0%。