郏县红牛FGF13基因拷贝数变异及其与生长性状关联性分析

本研究旨在检测郏县红牛成纤维生长因子13(fibroblast growth factor 13,FGF13)基因的拷贝数变异(copy number variation,CNV)及其与生长性状之间的相关性分析。本研究利用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)技术,以57头郏县红牛为研究对象,检测FGF13基因CNV,并利用皮尔逊相关分析进行FGF13基因拷贝数与郏县红牛生长性状的关联分析。结果表明,郏县红牛FGF13基因的相对拷贝数高于对照组秦川牛(P<0.05),在郏县红牛群体中,FGF13基因CNV位点存在拷贝数增加Gain,拷贝数正常Normal和拷贝数减少Loss三种类型;关联分析结果显示,FGF13基因的相对拷贝数与郏县红牛的体斜长呈显著的正相关(P<0.05)。该研究结果表明,FGF13基因的CNV位点与郏县红牛的生长性状显著相关,可作为分子标记应用于郏县红牛的分子标记辅助选择育种工作中。

FGF13敲低的肺癌A549细胞株构建及转录组学分析

本研究的目的是探究成纤维细胞生长因子13(fibroblast growth factor13,FGF13)影响非小细胞肺癌发生发展的分子机制。通过构建干扰FGF13的真核表达载体并进行慢病毒包装,获得FGF13敲低的肺癌A549细胞株。利用转录组测序(RNA Sequencing,RNA-seq)技术检测基因表达谱并筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对差异基因进行GO和KEGG富集分析,对部分DEGs的表达水平进行验证。采用STRING在线数据库筛选DEGs编码的蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)中的关键基因,并通过UALCAN数据库对关键基因进行预后分析。与对照组细胞相比,FGF13敲低的肺癌A549细胞株共筛选出1114个DEGs(P≤0.05,差异倍数≥2),其中表达上调和下调的DEGs分别有672和442个。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)验证CXCL10和SELE等6个基因与测序结果一致。GO富集分析显示,DEGs与细胞凋亡、细胞迁移、氧化还原等生物学过程有关。KEGG富集分析显示,DEGs与p53信号通路、TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路等有关。在DEGs编码蛋白的相互作用网络中,CXCL10、CCL5、IL6、DDX58、BST2、CSF2、CCL4、IFIH1、CMPK2和CXCL1作为FGF13调控的潜在关键基因,其中的DDX58、IFIH1等与患者的预后显著相关。本研究经转录组测序分析揭示了FGF13在肺癌A549细胞中调控的DEGs及其参与的相关信号通路和生物学过程,为后续研究FGF13在肺癌细胞中的生物学功能及其分子机制提供科学依据。