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香蕉枯萎病菌内源报告基因Foc4carS的鉴定及其应用
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作者 彭军 曾凡云 +5 位作者 王艳玮 漆艳香 丁兆建 王少伶 谢艺贤 张欣 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期873-885,共13页
香蕉枯萎病是由尖孢镰刀菌古巴转化型(Fusarium oxysporum f. sp. cubense, Foc)引起的香蕉毁灭性土传病害,其中4号生理小种(Foc4)能感染几乎所有的香蕉品系,危害最严重。carS基因通过调控下游car结构基因参与调控镰刀菌类胡萝卜素的生... 香蕉枯萎病是由尖孢镰刀菌古巴转化型(Fusarium oxysporum f. sp. cubense, Foc)引起的香蕉毁灭性土传病害,其中4号生理小种(Foc4)能感染几乎所有的香蕉品系,危害最严重。carS基因通过调控下游car结构基因参与调控镰刀菌类胡萝卜素的生物合成,本研究克隆鉴定了Foc4carS基因(FOIG_05085),Foc4carS蛋白具有典型的RING-finger蛋白结构域。利用分割标记法(Split-marker PCR)获得Foc4carS基因的融合片段,同时构建含有Foc4carS基因sgRNA591序列的pUC-fFuCas9-HTBNLS-hph-Foc4carS基因编辑载体,通过PEG介导的原生质体转化获得该基因的敲除突变体、回补突变体以及基因编辑敲除体,并对敲除和回补突变体的生物学特性和致病力进行分析。结果显示:ΔFoc4carS突变体的菌落直径、产孢量和致病力等生物学表型与野生菌株Foc4无显著差异,而ΔFoc4carS突变体菌落颜色呈深橙色,Foc4carS基因的缺失影响了次生代谢产物类胡萝卜素的生物合成;基因编辑的ΔFoc4carS(HDR)突变体不论是再生筛选板还是继代后的PDA平板,其菌落均出现典型的深橙色,表明Foc4carS可作为内源报告基因,在香蕉枯萎菌Foc4中进行基因质粒型CRISPR/Cas9编辑可行。 展开更多
关键词 香蕉枯萎菌foc4 foc4carS基因 类胡萝卜素 基因敲除 CRISPR/Cas9基因编辑
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早期香蕉枯萎病Foc4双探针核酸纸基检测传感器研制
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作者 杨洲 区湘颖 +4 位作者 张志宏 罗宇康 何俊宇 欧俊辰 段洁利 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期38-46,共9页
为实现对早期香蕉枯萎病4号生理小种(fusarium oxysporum f.sp.cubense 4, Foc4)的准确检测,该研究提出一种基于胶体金的双探针纸基传感器。该传感器将2种不同粒径的胶体金分别与检测探针和信号增强探针结合,利用DNA探针代替抗原和抗体... 为实现对早期香蕉枯萎病4号生理小种(fusarium oxysporum f.sp.cubense 4, Foc4)的准确检测,该研究提出一种基于胶体金的双探针纸基传感器。该传感器将2种不同粒径的胶体金分别与检测探针和信号增强探针结合,利用DNA探针代替抗原和抗体,形成双探针体系,通过增加信号增强探针降低检测限。基于目标序列与双探针体系的碱基互补配对形成“金标探针-目标序列-T线探针”复合物并在传感器的测试区被捕获,10 min内形成肉眼可见的目标产物,通过分析测试条带得到光强度峰面积并代入标准曲线中,实现Foc4定量检测。试验结果表明,双探针纸基传感器的检测限达到0.001 nmol/L,是传统纸基传感器的100倍,提高了检测灵敏度;在0.001~1 000.000 nmol/L范围内,Foc4浓度与测试线光强度峰面积呈线性关系;使用高浓度非互补探针进行试验干扰,发现非互补序列对检测效果基本无影响,表明该传感器具有较好的特异性;香蕉叶片Foc4检测的平均回收率为77.6%~102.3%,相对标准偏差为7.4%~7.7%。与传统形态学观察等检测方法相比,该研究提出的双探针核酸纸基检测传感器可以及时、快速、准确地判断早期Foc4的存在,具有良好的推广性和实际应用价值。 展开更多
关键词 传感器 检测 foc4 双探针 胶体金 核酸侧向层析
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FOC4的2个过氧化氢酶基因的克隆与表达分析及其引起的香蕉苗活性氧迸发研究 被引量:8
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作者 齐兴柱 杨腊英 黄俊生 《中国农学通报》 CSCD 2012年第15期163-169,共7页
为探讨香蕉枯萎病菌与寄主互作过程中过氧化氢酶的作用,分别利用硫酸钛法和羟胺氧化法测定了尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(FOC4)侵染香蕉苗根部后H2O2及超氧阴离子(O2-.)的含量变化;同时,借助GenBank中香蕉枯萎病病原菌Fo5176菌株... 为探讨香蕉枯萎病菌与寄主互作过程中过氧化氢酶的作用,分别利用硫酸钛法和羟胺氧化法测定了尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(FOC4)侵染香蕉苗根部后H2O2及超氧阴离子(O2-.)的含量变化;同时,借助GenBank中香蕉枯萎病病原菌Fo5176菌株基因组信息,采用RT-PCR方法克隆获得了FOC4的2个过氧化氢酶基因cDNA序列并对其进行了生物信息学分析以及在外源H2O2和普通巴西蕉苗诱导下的不同阶段表达模式分析。结果表明,FOC4的侵染能引起香蕉苗根部H2O2及超氧阴离子的含量增加,香蕉苗根部存在活性氧迸发;2个过氧化氢酶中,一个为孢子特异的过氧化氢酶,另一个为细胞质特异的过氧化氢酶;在香蕉苗及外源H2O2诱导下,2个过氧化氢酶表达均有上调,其中Foc4CatalaseA可能是消除强氧化胁迫环境起主要作用的过氧化氢酶之一。 展开更多
关键词 foc4 过氧化氢酶 活性氧迸发 香蕉枯萎病
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Foc4 2个谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆、鉴定及其在外源氧化胁迫下的表达
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作者 齐兴柱 汪军 刘磊 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期995-1005,共11页
为鉴定香蕉枯萎病菌(尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种,Fusarium oxysporum f.sp.cubense race 4,Foc4)中的2个假想谷胱甘肽S转移酶(GSTs),采用RT-PCR方法克隆了这2个GSTs基因cDNA编码序列,随后分别将2个基因定名为Fogst1和Fogst2。其中... 为鉴定香蕉枯萎病菌(尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种,Fusarium oxysporum f.sp.cubense race 4,Foc4)中的2个假想谷胱甘肽S转移酶(GSTs),采用RT-PCR方法克隆了这2个GSTs基因cDNA编码序列,随后分别将2个基因定名为Fogst1和Fogst2。其中,Fogst1的开放阅读框长609 bp,编码202个氨基酸残基,Fogst2的开放阅读框长693 bp,编码230个氨基酸残基。进化树分析表明:Fogst1属于GSTs超家族的sigma(σ)亚型成员,Fogst2属于GSTs超家族中目前未知的亚家族成员。为了验证Fogst1和Fogst2的表达,分别构建了Fogst1和Fogst2的原核表达重组载体pET28a-Fogst1和pET28a-Fogst2,并将pET28a-Fogst1和pET28a-Fogst2转化到大肠杆菌表达菌株BL21,经IPTG诱导后获得以可溶形式表达的重组蛋白Fogst1和Fogst2。GSTs活性分析表明,以CDNB为底物检测,2个重组蛋白均具有GSTs酶活性。分别取外源氧化胁迫处理后1、5、12、24 h菌丝样品进行相对荧光定量PCR分析,结果表明:Fogst1和Fogst2在前5 h表达量均大幅上调,表达量随后下调并恢复正常水平。这些结果均暗示Fogst1和Fogst2可能参与了Foc4抗外源氧化胁迫过程。 展开更多
关键词 foc4 谷胱甘肽S转移酶 氧化胁迫
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枯萎病菌Foc4侵染后不同香蕉种质中病程相关基因MaTLP和MaBGLU表达水平分析 被引量:1
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作者 李文彬 李春强 +1 位作者 孙建波 彭明 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期310-316,共7页
为了阐明不同抗性香蕉种质对枯萎病4号小种(Foc4)侵染的反应机制,本研究从香蕉中克隆到两个与病程相关的基因,类甜蛋白基因(Ma TLP)和β-1,3-葡聚糖酶基因(Ma BGLU)。对枯萎病菌侵染后Ma TLP和Ma BGLU转录水平进行实时荧光定理PCR实验分... 为了阐明不同抗性香蕉种质对枯萎病4号小种(Foc4)侵染的反应机制,本研究从香蕉中克隆到两个与病程相关的基因,类甜蛋白基因(Ma TLP)和β-1,3-葡聚糖酶基因(Ma BGLU)。对枯萎病菌侵染后Ma TLP和Ma BGLU转录水平进行实时荧光定理PCR实验分析,结果显示:Ma TLP和Ma BGLU基因的表达水平在病原菌侵染后随着侵染时间的增加而迅速增加,尤其在病原菌侵染后51 h,Ma TLP在抗性种质FHIA-25和GCTCV-119中的绝对表达量远远高于在感病种质巴西蕉中的表达量,表明其在香蕉与病原菌互作中发挥重要的作用;而在抗性种质Rose中,Ma TLP和Ma BGLU的表达水平远低于在感病种质巴西蕉中的表达量,并且机械损伤与病原菌处理间,基因的表达量相差不大,说明其存在不同的抗性机制。本研究结果表明不同抗性的香蕉种质可能具有不同的抗性机制,可为进行香蕉与枯萎病特异互作机制的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 香蕉 枯萎病4号小种 MaTLP MaBGLU 表达水平
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香蕉枯萎病菌4号生理小种中CHS基因家族的克隆与蛋白序列分析 被引量:1
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作者 毛超 杨腊英 +1 位作者 戴青冬 黄俊生 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期79-85,共7页
为了解香蕉枯萎病菌4号生理小种(FOC4)中的几丁质合酶(Chitin synthase,CHS)基因的特点,从而为进一步研究相关基因功能奠定基础。根据丝状真菌中CHS基因设计简并引物,采用RT-PCR的方法扩增得到FOC4中全长cDNA,测序后对该基因家族编码的... 为了解香蕉枯萎病菌4号生理小种(FOC4)中的几丁质合酶(Chitin synthase,CHS)基因的特点,从而为进一步研究相关基因功能奠定基础。根据丝状真菌中CHS基因设计简并引物,采用RT-PCR的方法扩增得到FOC4中全长cDNA,测序后对该基因家族编码的蛋白进行分析。结果表明,FOC4共有8个CHS基因,根据蛋白聚类分析表明可其可划分为2个家族,并可根据氨基酸序列特征进一步划分为7个小类,该基因家族成员在不同种镰刀菌中保守程度较高。 展开更多
关键词 foc4 几丁质合酶 序列分析
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香蕉枯萎病菌内源报告基因比卡菌素聚酮合酶编码基因Bik1的鉴定及应用 被引量:3
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作者 王艳玮 曾凡云 +4 位作者 漆艳香 丁兆建 谢艺贤 张欣 彭军 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期473-483,共11页
香蕉枯萎病是由尖孢镰刀菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f.sp.cubense,Foc)引起的香蕉毁灭性土传病害,其中4号生理小种(Foc4)能感染几乎所有的香蕉品系,危害最严重。本研究克隆鉴定Foc4比卡菌素聚酮合酶编码基因(bikaverin PKS-encodi... 香蕉枯萎病是由尖孢镰刀菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f.sp.cubense,Foc)引起的香蕉毁灭性土传病害,其中4号生理小种(Foc4)能感染几乎所有的香蕉品系,危害最严重。本研究克隆鉴定Foc4比卡菌素聚酮合酶编码基因(bikaverin PKS-encoding gene,Bik1)Foc4Bik1,编码一个由2036个氨基酸组成的多功能酶,具有I型PKS聚酮合酶的保守结构域,包含酰基转移酶功能域[acyl-carrier protein(ACP)transacylase,SAT],β-酮脂酰合成酶功能域(β-ketoacyl synthase,KS),丙二酰酰基转移酶功能域(acyltransferase,AT),脱氢酶(dehydratase,DH)以及硫酯酶(thioesterase,TE)等多个保守蛋白结构域。采用Split-marker同源重组技术获得基因敲除突变体ΔFoc4Bik1,通过比较突变体和野生菌株生长速度、产孢量、致病力等差异,证明ΔFoc4Bik1突变体仅影响次生代谢产物比卡菌素的生物合成,不影响病原菌的其他生理表型及致病力;其次,ΔFoc4Bik1突变体摇培后菌液呈白色,与野生型Foc4的暗红色形成鲜明对比,说明Foc4Bik1基因符合作为内源报告基因的条件。本研究以Foc4Bik1为内源靶标基因,利用水稻恶苗病菌(F.fujikuroi)的基因编辑载体pUC-fFuCas9-HTBNLS-hph,尝试以质粒体内表达Cas9和sgRNA的方式探索Foc4中CRISPR/Cas9编辑的可行性。gRNA序列由在线网站设计,构建的sgRNA162导入质粒构建靶向Foc4Bik1的pUC-fFuCas9-HTBNLS-hph-Foc4Bik1基因编辑载体,与供体质粒pUC19-Foc4Bik1-HDR一起导入原生质体通过同源重组修复(homology directed repair,HDR)的方式进行基因编辑。经过潮霉素抗性筛选获得的ΔFoc4Bik1(HDR)基因编辑后的敲除转化子进行PCR检测和摇培,白色菌液表型与PCR检测阳性的敲除转化子相互对应,证实了Foc4基因编辑的可行性。此外,Foc4Bik1可作为香蕉枯萎菌Foc4内源报告基因并评估探索新的分子生物学技术在香蕉枯萎菌上应用的可能性。 展开更多
关键词 香蕉枯萎菌4号生理小种(foc4) 比卡菌素聚酮合酶基因Bik1 基因敲除 表型分析 CRISPR/Cas9基因编辑
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豆粕发酵液对香蕉幼苗枯萎病防效的影响 被引量:2
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作者 段雅婕 张锡炎 黄绵佳 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第25期215-218,共4页
为了研究豆粕发酵液对香蕉枯萎病的防治效果,笔者使用从发酵菌液中分离得到的对香蕉枯萎病病原菌--尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense race4,Foc4)有拮抗效果与促生效果(即非抑制效果但对香蕉植株有促... 为了研究豆粕发酵液对香蕉枯萎病的防治效果,笔者使用从发酵菌液中分离得到的对香蕉枯萎病病原菌--尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense race4,Foc4)有拮抗效果与促生效果(即非抑制效果但对香蕉植株有促生作用)的菌液及混合菌液,分别对香蕉幼苗进行伤根淋菌、未伤根淋菌处理。结果表明:不同试验处理对香蕉枯萎病均有不同程度地防效。其中,使用混合发酵液对未伤根的香蕉幼苗进行淋菌处理,可显著提高超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)的活性,增加游离脯氨酸的含量,降低MDA值,对香蕉枯萎病防效达到94.3%。 展开更多
关键词 香蕉 枯萎病 尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种 有机质发酵菌液
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尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种的磷酸化应激诱导蛋白1(FoSTIP1)基因的克隆及表达分析
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作者 齐兴柱 汪军 刘磊 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期341-347,共7页
本研究克隆了尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(Fusariumoxysporumf.sp.cubenserace4,Foc4)转录因子FoS kn7一个候选的下游基因,结果表明该基因cDNA编码序列全长1737 nt,编码一个含578个氨基酸残基的蛋白质。对其编码的蛋白进行了结构... 本研究克隆了尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种(Fusariumoxysporumf.sp.cubenserace4,Foc4)转录因子FoS kn7一个候选的下游基因,结果表明该基因cDNA编码序列全长1737 nt,编码一个含578个氨基酸残基的蛋白质。对其编码的蛋白进行了结构域和进化分析,结果表明该蛋白质含有胁迫诱导蛋白(stress-in-ducible protein-1, STI1)结构域和多个三角形4肽重复序列结构域(tetratricopeptiderepeat,TPR)。该蛋白质与尖孢镰刀菌番茄专化型的磷酸化应激诱导蛋白1(STIP1)亲缘关系最近,因此初步将其确定为Foc4的磷酸化应激诱导蛋白并命名为FoS TIP1。采用相对荧光定量PCR方法分析了该基因在野生型B2菌株入侵香蕉苗根部及在外源H_2O_2诱导情况下的表达变化,也分析了FoSKN7基因缺失突变体中该基因在外源H_2O_2诱导情况下的表达。结果表明在入侵香蕉苗根部及在外源H_2O_2诱导情况下,B2菌株中的FoSTIP1表达均有上调,而FoSKN7基因缺失突变体中FoSTIP1即使有H_2O_2诱导,其表达也远低于B2菌株中的FoSTIP1。推测FoSTIP1可能是FoS kn7的靶基因并参与了Foc4抗外源氧化胁迫。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种 磷酸化应激诱导蛋白 表达特性
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韭菜化感物质草莓酸对香蕉枯萎病菌的影响
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作者 滕秋梅 杨晓东 +7 位作者 何成新 徐广平 黄玉清 张德楠 孙英杰 牟海飞 韦绍龙 周龙武 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1901-1912,共12页
香蕉枯萎病主要由尖孢镰刀菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense,Foc4)引起的一种土传病害,严重威胁香蕉产业的可持续发展。为寻求一种经济有效且环保的防治措施,以韭菜化感物质的衍生物草莓酸(strawberry acid,SA)为材料,通... 香蕉枯萎病主要由尖孢镰刀菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense,Foc4)引起的一种土传病害,严重威胁香蕉产业的可持续发展。为寻求一种经济有效且环保的防治措施,以韭菜化感物质的衍生物草莓酸(strawberry acid,SA)为材料,通过平板和盆栽实验,研究了SA对Foc4的菌丝生长、香蕉枯萎病病情指数、土壤微生物数量、土壤酶活性的影响。结果表明:(1)随着SA浓度的增加,Foc4的菌落生长直径显著减小,第5天时菌落直径在SA浓度为300、450μL·L^(-1)时比150μL·L^(-1)分别减小了49.15%、70.89%;液体培养条件下SA浓度为600μL·L^(-1)时Foc4的分生孢子数量显著低于对照处理(相差470多倍);pH为5时SA对Foc4的抑制效果显著比pH为7和9时好。(2)随实验处理时间的延长,添加SA后香蕉幼苗的病情指数显著低于对照。(3)土壤细菌、真菌数量和微生物总量在SA为600μL·L^(-1)时均为最高;Foc4数量随SA浓度升高而降低,在1200μL·L^(-1)时显著降低。(4)各土壤酶在浓度(300~600μL·L^(-1))SA处理时活性较高;1200μL·L^(-1)时显著降低,过氧化氢酶和多酚氧化酶较对照分别降低了41.88%、54.82%。(5)相关性分析得出,土壤微生物总量与细菌、真菌数量极显著正相关;土壤真菌与放线菌显著负相关;土壤细菌、真菌和放线菌数量均与蔗糖酶、多酚氧化酶显著正相关;蔗糖酶与脲酶、过氧化氢酶与多酚氧化酶均显著正相关。综上认为,添加SA浓度为600μL·L^(-1)能较好地抑制Foc4的菌丝生长且能提高其抑制率,病情指数明显降低,有利于改善香蕉的生长环境。该研究结果为有效利用SA防治香蕉枯萎病提供了科学依据。 展开更多
关键词 草莓酸 化感物质 香蕉枯萎病 尖孢镰刀菌4号生理小种 土壤微生物数量 土壤酶活性
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DNA methylation patterns of banana leaves in response to Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 被引量:2
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作者 LUO Jing-yao PAN Xiao-lei +6 位作者 PENG Tie-cheng CHEN Yun-yun ZHAO Hui MU Lei PENG Yun HE Rui TANG Hua 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2016年第12期2736-2744,共9页
Fusarium wilt of banana, which is caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 (Foc TR4), is a serious soil-borne fungal disease. Now, the epigenetic molecular pathogenic basis is elusive. In this stu... Fusarium wilt of banana, which is caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 (Foc TR4), is a serious soil-borne fungal disease. Now, the epigenetic molecular pathogenic basis is elusive. In this study, with methylation-sensitive amplification polymorphism (MSAP) technique, DNA methylation was compared between the leaves inoculated with Foc TR4 and the mock-inoculated leaves at different pathogenic stages. With 25 pairs of primers, 1 144 and 1 255 fragments were amplified from the infected and mock-inoculated leaves, respectively. DNA methylation was both changed and the average methylated CCGG sequences were 34.81 and 29.26% for the infected and the mock-inoculated leaves. And DNA hypermethylation and hypomethylation were induced by pathogen infection during all pathogenic stages. Further, 69 polymorphic fragments were sequenced and 29 of them showed sequence similarity to genes with known functions. And RT-PCR results of four genes indicated that their expression patterns were consistent with their methylation patterns. Our results suggest that DNA methylation plays important roles in pathogenic response to Foc TR4 for banana. 展开更多
关键词 BANANA Fusarium wilt disease Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 (Foc TR4) DNA methylation methylation-sensitive amplification polymorphism (MSAP) EPIGENETICS disease defense genes
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Study on Control Effect of Invasive Banana Fusarium Disease(Fusarium oxysporum f.sp.cubense tropical race 4)by Different Varieties and Fertilization Treatments
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作者 Long Yuan Yang Baoming +11 位作者 Huang Yuling Bai Tingting Xu Shengtao Yin Kesuo Fan Huacai Zeng Li Li Xundong Guo Zhixiang Li Yongping Yang Derong Li Jinping Zheng Sijun 《Plant Diseases and Pests》 CAS 2020年第1期1-5,共5页
[Objective]The paper was to understand the field resistance performance of different banana varieties and the prevention and control ef-fect of different fertilizers,so as to provide technical reference for the preven... [Objective]The paper was to understand the field resistance performance of different banana varieties and the prevention and control ef-fect of different fertilizers,so as to provide technical reference for the prevention and control of Fusarium wilt.[Method]Field trials were set up with three treatments:shrimp peptide organic fertilizer+shrimp peptide special protection+shrimp peptide fruit Yekang(simplified as shrimp peptide organic fertilizer treatment),conventional organic fertilizer+microbial preparations(simplified as microbial treatment),and conventional or-ganic fertilizer(simplified as control).Four different banana varieties of Brazilian banana,Guijiao No.1,Nantianhuang,and Yunjiao No.1 were se-lected for the field trial.The disease incidence of Fusarium wilt and the control effects of three fertilizers were investigated during four time periods.[Result]The disease incidence of four varieties in three treatments varied.The disease incidence of Nantianhuang and Yunjiao No.1 were signifi-cantly lower than that of other two varieties.There was also significant difference in disease incidence of three treatments.The disease incidence from high to low was control>shrimp peptide organic fertilizer treatment>microbial treatment.The average monthly TR4 pathogen content in heavily infected banana plantation was more than 2000 copies,while the highest one reached 15148.9 copies.[Conclusion]Microbial agents reduced the disease incidence of Fusarium wilt to some content.Nantianhuang and Yunjiao No.1 showed the highest disease resistance compared with other varieties.However,their resistance needs to be further improved before practical application. 展开更多
关键词 FUSARIUM oxysporum f.sp.cubense TROPICAL RACE 4(Foc TR4) DISEASE incidence Variety Microbial preparation
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尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种中Fsr1基因的克隆及生物信息学分析 被引量:1
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作者 毛超 戴青冬 +2 位作者 杨腊英 汪军 黄俊生 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期36-41,共6页
以尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种为材料,克隆其Fsr1基因的DNA及cDNA全长,并对其进行生物信息学分析。根据镰刀菌中相关基因设计简并引物,结合PCR与RT-PCR技术扩增目的片段,进行氨基酸序列推导后分析。得到结果 FoFsr1基因开放阅读框... 以尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种为材料,克隆其Fsr1基因的DNA及cDNA全长,并对其进行生物信息学分析。根据镰刀菌中相关基因设计简并引物,结合PCR与RT-PCR技术扩增目的片段,进行氨基酸序列推导后分析。得到结果 FoFsr1基因开放阅读框为2 474 bp,共编码824个氨基酸;FoFsr1基因编码蛋白可能是存在于细胞核中的跨膜亲水蛋白,含有54个蛋白磷酸化位点,不含有信号肽;该蛋白主要含有1个Striatin结构域及7个WD40结构域,二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成,其中不含有亮氨酸拉链结构;同源性分析发现其与丛赤壳菌属中的Fsr1蛋白亲缘关系最近。通过结构分析发现,推测该蛋白可能在细胞周期及细胞凋亡过程中起信号转导与转录调控的作用,从而对病原菌的致病力产生影响。 展开更多
关键词 foc4 Fsr1 生物信息学分析
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尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种中FoGAS1基因的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 陈平亚 毛超 +1 位作者 杨腊英 黄俊生 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期796-801,共6页
采用PCR和RT-PCR的方法,从尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种中克隆得到了FoGAS1基因的DNA及cDNA序列,并运用生物信息学的方法对该基因所编码的氨基酸序列进行分析,预测其编码蛋白质的结构和功能。结果表明,FoGAS1基因全长1 672 bp,其中... 采用PCR和RT-PCR的方法,从尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种中克隆得到了FoGAS1基因的DNA及cDNA序列,并运用生物信息学的方法对该基因所编码的氨基酸序列进行分析,预测其编码蛋白质的结构和功能。结果表明,FoGAS1基因全长1 672 bp,其中开放阅读框全长1 623 bp,编码含有540个氨基酸残基的蛋白质,该蛋白分子量为58398.1,等电点pI=4.83,为性质稳定的亲水性蛋白。FoGAS1蛋白为跨膜蛋白,含有22个丝氨酸磷酸化位点,2个苏氨酸磷酸化位点,8个酪氨酸磷酸化位点。该蛋白在C端有一个信号肽结构,为一种分泌蛋白。通过系统进化树分析,该蛋白在不同种属镰刀菌中高度保守。 展开更多
关键词 foc4 GAS1 生物信息学分析
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