高分辨率溶解曲线分析技术在大豆Ecotilling中的应用

将高分辨率溶解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术运用在大豆Ecotilling中,对256份栽培大豆的大豆异黄酮合酶基因(IFS1)的外显子区域进行SNP筛查,并采用直接测序的方法对HRM检测结果进行验证。结果表明:模板均一化后的检测效果较未均一化的检测效果差异显著,野生型样本与待测样本按1∶1及1∶4比例混样溶解曲线阈值较高,其中1∶4混样适合高通量检测。HRM对IFS1基因外显子区域的检测结果与PCR产物测序的结果比对显示,对IFS1第5段外显子和第7段外显子检测的准确率分别达到91.2%和100%,表明该研究利用HRM技术建立的栽培大豆的Ecotilling技术体系是一种高灵敏度、高通量和低成本检测SNP的新方法。

一例弥漫性大B淋巴细胞瘤组织样本T细胞TCR α/β CDR3谱序的初步分析

目的 FQ-PCR溶解曲线法初步分析1例弥漫性大B淋巴细胞瘤患者组织标本中T细胞TRAV和TRBV基因各家族CDR3谱序。方法提取4例淋巴结增生组织和1例弥漫性大B淋巴细胞瘤患者的mRNA,逆转录成cDNA,FQ-PCR扩增32个TRAV基因和24个TRBV基因的CDR3区,利用FQ-PCR技术了解其克隆性,溶解曲线单峰家族基因测序分析CDR3区基因和氨基酸序列。结果该例淋巴瘤患者淋巴结组织T细胞FQ-PCR溶解曲线分别在TRAV10、TRAV18和TRBV6、TRBV24家族中出现单峰表现,其CDR3区氨基酸序列为CAGANFGNEKLTFGTGTCR、CAPSFSGYSTLTFGKGTM、CASSERGQPQHFGDGTCR、CATTPAGEYYGYTFGSGT-CR,4例增生淋巴结组织FQ-PCR溶解曲线均为寡峰和多峰。结论该例淋巴瘤组织中FQ-PCR溶解曲线单峰家族的T细胞可能为高应答T细胞,本实验为进一步研究淋巴溜的免疫应答机制和个体化治疗提供了研究基础。