牛FSHR基因5′端侧翼序列的分析和多态性研究

以中国西门塔尔牛基因组DNA为模板 ,参照绵羊的FSHR基因序列设计和合成引物 ,PCR扩增获得长度为 931bp ,包括 5′端侧翼 797bp和结构基因第一外显子区 134bp的牛FSHR基因片段。将该片段克隆于PUC18载体中 ,作序列分析发现 :牛的FSHR基因转录启动子的遗传结构与人和鼠的FSHR基因不同 ,它的基因转录启动区含有TATA盒和类CAAT盒序列。在检索出的转录调节元件、或特征性序列位点 ,牛与绵羊在 5个序列位点有碱基变异 ,这可能与牛和绵羊的产仔率高低不同相关。对 34头份中国西门塔尔牛的扩增产物 ,应用PCR RFLP方法进行多态性分析 ,TaqⅠ酶切出现了多态性 ,酶切产物电泳呈现 3种基因型 ,由 2种等位基因构成。通过对基因频率和基因型频率在种用公牛、双胎母牛和随机牛类群中分布的比较研究结果 ,认为该基因与牛的繁殖性状存在连锁相关。

鸡卵清蛋白基因5′端调控区的克隆及其序列分析

应用PCR技术从鸡输卵管组织基因组中扩增出了 1.0 0kb的鸡卵清蛋白基因 5′端调控区序列。序列分析表明 ,该区域含有TATA框及激素识别位点 ,具备输卵管定位表达的调控能力。为外源基因在鸡输卵管中的定位表达奠定了基础。

猞猁GH基因部分序列及其5′端调控区的克隆与分析

根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物 ,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和 5′端调控区序列 ,将PCR产物克隆到质粒pUC19的HincⅡ位点 ,重组子经HindⅢ /EcoRⅠ双酶切鉴定和序列分析 ,扩增片段长度为 783bp。测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较 ,5′端侧翼序列和第一外显子高度保守 ,第一内含子和部分第二内含子存在 89%同源性 ,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上。PCR结果和序列分析表明 。

鹅GnRH基因5′端调控区单核苷酸多态性分析

运用PCR-SSCP方法对皖西白鹅GnRH基因5'端调控区进行多态性检测。结果表明,GnRH基因5'端调控区存在3个SNP位点,分别为GnRH基因5'端调控区的-192位置存在G/C转换的多态性位点、-206位置存在A/T转换的多态位点、-417位置存在T/G转换的多态性位点。

人胰岛素基因5′末端多变区和糖尿病

人胰岛素基因5’末端多变区的基因表型依碱基对的多少分为LL、SL和SS三种形式。LL基因型和NIDDM的关系密切;IDDM患者中SS基因型多于正常对照。LL基因型和糖代谢异常有关,可能是动脉粥样硬化的基因标志;SL基因型和高脂血症有关。

波尔山羊FSHR5’端序列的SNP多态性及超排效果分析

为探索波尔山羊超排个体排卵数差异与个体遗传特性的相关性,对波尔山羊的FSHR基因(950 bp),分成四段分别设计引物进行PCR-SSCP多态性分析,结果发现一个SNP位点,导致5-’1出现两种基因型。序列分析显示该突变位点位于转录起始点上游-739bp处,属于远端转录启动调控区。统计分析表明AA型个体的平均排卵数与AB型个体的平均排卵数差异极显著(P<0.01),平均胚胎可利用率差异显著(P<0.05),这说明个体的超排潜力可能与其本身的FSHR基因的遗传特性有关。

鸡卵清蛋白5′端调控区的克隆和序列分析

通过PCR技术从产蛋鸡输卵管基因组中扩增出1.1kb的鸡卵清蛋白5′调控区,将其克隆入pMD18-T载体的多克隆位点(命名为pOV),经酶切鉴定和序列测定可作为调控序列来启动外源基因的表达。为下一步构建其调控外源基因的质粒表达载体作准备。

鸭卵清蛋白5'端调控区的克隆和序列分析

通过PCR技术从产蛋鸭输卵管基因组中扩增出1.2 kb的鸭清蛋白5’端调控区,将其亚克隆入phD18-T载体的多克隆位点(命名为 pOV),经酶切和测序鉴定可作为启动外源基因表达的调控序列.为构建其启动外源基因的质粒表达载体作准备.

大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率，发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样；碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系，发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上，其各种碱基的概率分布是有区别的；高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．

中国小尾寒羊FSHR基因部分序列的克隆与分析

利用 PCR技术扩增了中国小尾寒羊 FSHR基因 5′端调控区和部分结构区序列 ,并通过克隆进行了序列测定。比较研究结果 :中国小尾寒羊与澳洲绵羊的 FSHR基因在 5′端有4个位点发生了单碱基插入 /缺失 (或缺失 /插入 )突变 ,序列间的保守性为 97.99% ;碱基变异率相应为 2 .0 1%。而二者在结构基因扩增区域的碱基变异率仅 0 .36 %。有

PCSK9基因5′UTR区rs45448095基因多态性与血浆LDL-C水平的相关性

目的:探讨前蛋白转化酶枯草溶菌素9(PCSK 9)基因5端非编码区(5′UTR)rs45448095基因多态性与血浆低密度脂蛋白(LDL)水平及冠心病风险的相关性。方法:使用千人基因组计划数据库分析中国汉族人群PCSK 9基因5′UTR区基因多态性,利用荧光报告实验验证候选SNP位点的功能;收集96例健康对照人群(对照组)和96例冠心病患者(疾病组)的外周血,利用Sanger法完成rs45448095位点测序,应用Logistic回归分析对照组人群中rs45448095不同基因型与血脂水平的关系,分析对照组和疾病组人群rs45448095不同基因型与冠心病风险的相关性。结果:中国汉族人群中PCSK 9基因5′UTR区存在rs45448095(MAF>0.05),荧光报告基因实验显示在多个细胞系中(293T/L02)rs45448095-T比rs45448095-C表达显著下降(P<0.0001);对照组人群中携带rs45448095-T基因多态性有更低水平的LDL水平[β(SE)=-0.353(0.158),t=-2.237,P=0.028],rs45448095不影响冠心病的发病风险。结论:PCSK 9基因5′UTR区上一个有功能的rs45448095突变可影响血浆LDL水平。

HCV-5′端非编码区cDNA在大肠杆菌内的克隆

本文从本院住院病人血清中用异硫氰酸胍裂解法提取HCV RNA,采用均含有EcoRⅠ内切酶位点的内引物进行RT—PCR,得到HCV RNA 5′端144bp(核苷酸从46到219)大小的cDNA片段,用EcoR Ⅰ酶消化RT—PCR产物,再将酶切后的扩增产物纯化。

黑曲霉糖化酶高产和低产菌株糖化酶基因调控区的克隆及其分析比较

以PCR合成的糖化酶高产菌株黑曲霉(Asp. niger)T21糖化酶基因5’近端非编码区588bp(EcoRI-BamHI)的序列为探针,从T21染色体DNA中克隆到近2.0kb的糖化酶基因5’端非编码区序列,并以此序列为探针从糖化酶低产菌株黑曲霉3.795(T21的诱变出发株)的染色体DNA中克隆到1.5kb的糖化酶基因5’端非编码区序列。该二序列的分析测定结果表明,其结构特征与文献报道的黑曲霉糖化酶基因5’端非编码区的基本一致,被称为“核心启动子”(Core promoter)的TATAAAT框及GCAAT框,分别在翻译起始点的-109bp及-178bp处。此外,在曲霉amdS,amyB基因中已发现有调控功能的CCAAT序列存在于-449bp和-799bp处。高产和低产菌株糖化酶基因5’端非编码区序列的分析比较结果表明,有9个部位的碱基发生了变化。此实验结果为进一步研究黑曲霉糖化酶基因在转录水平上的调控规律打下了基础。

牙鲆GHR基因Promoter区微卫星序列多态性与生长性状关系的初步研究

采用牙鲆GHR基因5’端Promoter区的1个微卫星标记,对胶南和日照2个牙鲆养殖群体进行了群体遗传多样性的研究,并探索该基因多态性位点与牙鲆生长性状之间的相关性。结果表明,2个群体在该座位的等位基因数为12和9个,有效等位基因数为6.26和5.04个,多态信息含量为0.84和0.80。2个群体该座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数均为正值,并没有显示出杂合子缺失,但各基因型分布频率都在一定程度上偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。连锁分析中发现,在胶南群体中,IM基因型对应的个体在全重、全长、体长、头长、体高和眼径形态学数据中均是最大的;在日照群体中,BC基因型对应的个体在全重、全长、体高、尾柄高、尾柄长和眼径数据中均是最大的;而CJ基因型对应的个体在体长和头长这两组数据中是最大的。该结果为研究GHR基因的变异对鱼类生长发育的影响及探索将该基因作为生长遗传标记的可行性奠定了实验基础。

三个山羊品种FSHR基因部分序列的克隆与分析

以波尔山羊、莱芜黑山羊、崂山奶山羊为研穷对象,对其FSHR基因5’端调控区及第一外星子部分序列进行克隆测序。结果表明,波尔山羊与莱芜黑山羊、崂山奶山羊三者序列的同源性为98．13%,相应的突变率为1．87%。三个品种间共有27处发生碱基缺失/插入,且碱基突变区段位于基因的5’端区转录启动调控区,主要集中在-210～—290bp之间,莱芜黑山羊与崂山奶山羊之间仅出现3个碱基的突变。

柞蚕Dsx基因的体外扩增

依据已测知的天蚕卵黄原基因5’端调控区序列设计特异性引物以柞蚕基因组DNA为模板对柞蚕卵黄原基因5’端调控区序列进行克隆并测序,成功获得了柞蚕卵黄原基因5’端调控区部分序列并在其中找到了柞蚕Bm dsx性别决定位点(ACATTGT)及CdxA,CREB,和GATA等昆虫基因调控元件。

用5′端核酸外切酶法检测基因印迹——编码区单核苷酸多态性

目的 建立一种快速、高效确认人类基因印迹的新方法。方法 以一对荧光标记探针 ,用 5′端核酸外切酶法结合逆转录 - PCR,分别在人传代淋巴细胞系基因组 DNA和 c DNA水平对一已知印迹基因即核内小核糖核蛋白 N( small nuclear ribonucleotide protein N,SNRPN)中的一编码区单核苷酸多态性( coding single nucleotide polymorphism ,c SNP)位点 rs70 5 ( C/ T)进行 SNP分型。结果 等位基因分辨结果显示 SNRPN只表达一个等位基因。这一结果通过以逆转录 - PCR为基础的限制性片段长度多态性分析 ,得到了进一步证实。家系分析确认被表达的等位基因均来自父亲 ,这与以往的报道一致。结论 c SNP是用

新疆部分地区人类免疫缺陷病毒／丙型肝炎病毒合并感染者的丙型肝炎病毒5′端非编码区基因变异分析

目的：了解新疆部分地区 HIV-1／HCV 合并感染者的 HCV 基因变化规律。方法采用ELISA 法检测212例 HIV-1感染者的抗-HCV，柱式核酸纯化试剂盒提取血浆中病毒 RNA，以PrimeScriptTM Ⅱ1st Strand cDNA Synthesis 试剂盒进行反转录，并扩增 HCV 5′端非编码区（5′UTR）基因，将所获序列与 HCV 国际标准株进行比较，确定 HCV 基因型。计算4次采样毒株序列变异的基因离散率并建立进化树。结果212例 HIV-1感染者中抗-HCV 阳性157例，155例为静脉药瘾者，2例为异性性接触者。131例成功扩增 HCV 5′UTR 基因并进行了基因分型，结果3a 基因型占30．53％（40／131）、3b 基因型占17．56％（23／131）、1a 基因型占8．40％（11／131）、1b 基因型占42．75％（56／131）、6a 基因型占0．76％（1／131）。完成2年随访的38例感染者整体基因同源性为87．5％～99．3％，不同亚型的同源性有差异，同一样本的4次序列的同源性为99．3％～100．0％，变异率为0～0．7％。随着采样时间的推移，组内基因离散率以及与首次采样序列的组间基因离散率呈现依次增大的趋势。新疆地区HIV-1感染者体内的 HCV 的5′UTR 基因平均进化速率为1．62×10^－3替换／（位点·年）（95％CI ：1．52×10^－3～5．38×10^－3）。同一研究对象的4次序列之间相似度和同源度最高。结论新疆地区 HIV／HCV 合并感染率较高，静脉药瘾者高于异性性接触者。HCV 以1b 亚型为优势流行毒株。