FTA-DNA直接提取法在种植体周围炎/牙周炎检测的效果评价

目的:建立并评价FTA-DNA直接提取法在种植体周围炎和牙周炎细菌DNA扩增中的应用效果。方法:选取14例种植体周围炎患者和26例种植体周围炎患者,用传统法、煮沸法和FTA-DNA直接提取法分别提取DNA,同时进行16S-rDNA扩增,凝胶电泳检测,比较3种DNA提取方法的差异。结果:种植体周围炎和牙周炎之间差异无显著性,3种方法提取的DNA在PCR扩增后均有条带,但FTA-DNA直接提取法成功率高于试剂盒法和煮沸法,存在统计学差异;且FTA-DNA直接提取法在提取的步骤、时间、费用上有较高的优势。结论:FTA-DNA直接提取法可快速有效地从种植体周围炎和牙周炎临床标本中提取并保存细菌DNA,有望用于种植体周围炎和牙周炎的研究及临床诊断。

FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用

目的建立并评价FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用。方法采用whatman FTA-DNA直接提取法从25个不同种属的45株培养的菌株和6例临床标本中提取病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。配制不同浓度的孢子悬液探索该方法的检测限和安全性。结果 45株菌株扩增后均能得到1条清晰的DNA扩增片段,并成功测序。应用该方法亦成功从腹水、胸水、口腔拭子、宫颈拭子来源的临床标本中直接提取DNA并成功鉴定病原真菌。该DNA提取方法联合降落PCR能检测到1.0×103个cell/mL的孢子悬液,1.0×104个cell/mL及以下浓度的孢子悬液可以被FTA卡完全灭活。结论 FTA-DNA直接提取法可快速有效地从培养的菌株及部分临床标本中提取并保存病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。

FTA-DNA直接提取法的研究与应用

目的建立一种简约且易于自动化操作的Whatman FTA卡血样DNA提取方法。方法取直径1．2mm FTA卡血样，分别用FTA-DNA直接提取法及FTA常规提取方法提取DNA，AB-Identifiler^TM试剂盒分别进行10山和25山体系检测比较，并筛选批量grA卡血样DNA自动化提取程序。结果200份grA卡血样分别采用2种方法提取DNA模板，25μl体系PCR-STR检测，分型结果均良好。10μl体系检测，FTA-DNA直接提取法优于FTA常规提取方法，图谱RFU值为1000～2000，采用自动化工作站运行该提取程序较手工操作DNA分型图谱均衡性更佳；采用FTA常规提取方法检测，图谱RFU值100～2000，小片段优先扩增现象明显，且有19％的样本出现丢峰现象，采用自动化工作站运行该程序对其结果改善不明显。经工作站运行FTA-DNA直接提取法自动程序及10山体系检测本2万余份FTA卡采集的血样，均获得16个STR基因座DNA分型结果。结论本文建立的FTA-DNA直接提取法适用于FTA卡血样自动化DNA建库。

FTA-环介导等温扩增技术直接提取变异链球菌DNA的效果评价

背景:变异链球菌是龋病的重要病原菌,及时检测变异链球菌水平对龋病的早发现、早治疗有重要意义。目的:建立并评价FTA-环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术直接提取变异链球菌DNA的应用效果。方法:①制备含有ATCC标准菌株变异链球菌的菌悬液,接种于脑心浸出液培养基,充分混匀后按10倍梯度稀释成7种浓度(4.2×10^(7),4.2×10^(6),4.2×10^(5),4.2×10^(4),4.2×10^(3),4.2×10^(2),4.2×10 CFU/mL),每个稀释级做2个平行对照,并增加无菌水作为空白对照;②分别采用FTA卡、常规煮沸法、试剂盒提取及裂解液提取4种方法直接提取菌株DNA,通过LAMP技术进行扩增,并进行特异性试验,比较4种提取方法的差异。结果与结论:①4种方法提取的DNA均满足LAMP扩增的要求;②特异性试验结果显示,只有变异链球菌才可特异扩增出靶基因;③裂解液提取法最低检测限为4.2×10^(3) CFU/mL,FTA卡提取法最低检测限为4.2×10^(4) CFU/mL,试剂盒提取法和常规煮沸法最低检测限分别为4.2×10^(6) CFU/mL和4.2×10^(7) CFU/mL;④4种提取方法其他方面的比较显示,试剂盒提取法的实验成本、步骤数和时间都是最高;其他3种方法步骤数一致,其中FTA卡所需仪器设备最少,常规煮沸法单次成本最低,裂解液提取法所需时间最少;FTA卡和裂解液提取法仅需少量菌即可提取成功,后者在时间方面优于FTA卡,但相较于FTA卡其单次成本高,所需设备多;⑤结果说明,该研究建立的FTA-LAMP技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高、结果可视化等优势,有望为高效提取检测变异链球菌提供新途径。

肉中金黄色葡萄球菌PCR检测模板的制备方法

对FTA滤膜用于肉中金黄色葡萄球菌PCR直接检测(无需增菌)模板制备的具体方法进行了研究。结果表明,使用FTA滤膜制备模板时,FTA滤膜吸附样品,干燥后采用10%SDS煮沸该滤膜,可消除结合在FTA滤膜上的PCR抑制因子,采用该方法制备的模板可有效地扩增出目的基因。因此,使用FTA滤膜法制备模板DNA,为快速检测食品中的致病菌构建了一个技术平台。

FTA卡在模板DNA制备中的应用研究

目的:本文详细介绍了一种简便、快速、安全的用于DNA制备的方法。方法:查阅了大量国内外关于FTA卡及其应用方面的文章。结果:详细介绍了FTA卡在模板DNA制备以及在基因的储藏、医学检测以及食源性致病菌的检测方面的具体应用。结论:FTA卡可作为一种通用、快速、简便的DNA模板制备方法可用于生物学各方面的研究。

3种提取基因组DNA方法的比较分析

分别采用3种不同的方法提取基因组DNA,比较所提取的DNA的质量以及提取所需时间、费用,以期选择一种高效、简洁快速、价格合理的提取方法。结果发现这3种方法提取的质量都能达到相关分子生物学试验的要求,但在操作步骤、时间、价格等方面存在差异,具体比较结果可为分子生物学试验选择提取方法提供依据。

FTA卡和普通定性滤纸提取DNA方法研究

用FTA采样卡和普通定性滤纸采集藏绵羊血样,采用NaOH法提取血液基因组DNA,利用设计的一对引物对DRB1基因第三外显子进行扩增,通过PCR产物琼脂糖凝胶检测,对普通定性滤纸与FTA采样卡的两种提取DNA的方法进行比较,结果认为采用普通定性滤纸-NaOH法提取血液基因组DNA,NaOH的最佳洗涤浓度是25 mmol/L,采用FTA-NaOH法提取血液基因组DNA,NaOH的最佳洗涤浓度是20 mmol/L,但普通定性滤纸法提取血液基因组DNA平均成本远低于FTA采样卡,普通定性滤纸法提取血液基因组DNA具有快速、便捷、经济及高效的特点。

FTA卡采集和常温保存肋软骨组织的方法

目的建立一种快捷有效的肋软骨组织采集和保存方法。方法用FTA卡采集尸体肋软骨匀浆,使肋软骨组织吸附在FTA卡上,采用直扩法检验STR分型。肋软骨FTA卡采用真空物证袋密封,常温下保存两年,采用直扩法检验STR分型。结果肋软骨FTA卡采用直扩法检验可得到完整的STR分型图谱,158份检材检出率为93.0%。有效检出分型的肋软骨组织在FTA卡上常温保存两年,STR分型检出率为100%。结论本方法既可通过直扩来替代传统肋软骨组织提取DNA的繁琐步骤,又可解决肋软骨在常温下难以保存的难题。

南瓜DNA提取方法比较分析

DNA提取是基因克隆、PCR扩增、分子杂交以及遗传多态性分析等实验的基础。Whatman FTA卡已广泛应用于DNA的保存和提取,具有简便和高效的特点。采用煮沸法和FTA法分别提取南瓜(Cucurbita moschata Duch.)根、茎、叶DNA,以常规CTAB法为对照,以期寻找一种简便快捷的DNA提取方法。结果表明,CTAB法适用于南瓜各组织部位的DNA提取,DNA质量最高,PCR扩增的条带清晰,亮度高,但实验操作也最复杂;用煮沸法从叶片中提取的DNA质量相对较好,从根和茎提取的DNA不宜用于PCR反应,实验操作相对简单;FTA法提取的DNA质量较好,PCR扩增的条带清晰,亮度较高,实验操作最简单,是一种最佳的DNA简化提取方法。

FTA卡在微量血痕DNA多态性分析中的应用

目的探索FTA卡样本DNA最小检出量及同一FTA卡样本进行多项目检测的可行性。方法制作含有不同浓度DNA FTA卡,使用Identifiler试剂盒进行检验;对同一FTA卡样本先后使用Identifiler、Y-filer试剂盒进行扩增及线粒体高变区HVI区测序,使用ABI3130测序仪检测各扩增产物。结果载有0.5ngDNA的FTA卡扩增产物即可正确分型,对同一血痕样本使用不同试剂盒检验,均可清晰正确判型,线粒体高变区HVI区测序图清晰,且各检验结果均与对照一致。结论载有0.5ngDNA的FTA卡扩增产物可用于DNA分型检测,FTA卡对DNA结合较稳定,可用于多项目检测。

两种方法制备模板DNA在PCR-SSCP中的应用研究

目的:比较两种方法(DNA试剂盒提取法和FTA卡法)提取的DNA在PCR—SSCP反中的可靠性。方法:用DNA试剂盒从全血中提取DNA和用NaOH方法从FTA卡中提取DNA后,用分光光度计检测两种方法提取DNA的浓度及纯度,进行PCR反应之后,用2%的琼脂糖凝胶电泳检测其质量,接着进行SSCP检测,观测其效果。两种方法提取的样品相同,进行PCR反应和SSCP检测的条件完全一致。结果:用DNA试剂盒提取法和FTA卡法提取的DNA纯度分别为OD260/280=1.817,OD260/280=1.806。48份贵州荷斯坦奶牛DNA后续PCR反应和SSCP的检测结果表明,两种方法提取的DNA用于PCR反应和SSCP检测其效果没有明显差别,成功率为100%。结论:FTA卡结合DNA较稳定,用NaOH法提取DNA效果可靠且比试剂盒方法简便、快捷、经济,值得推广。