旋毛虫FYVE锌指结构蛋白基因的克隆及表达

用旋毛虫新生幼虫差减cDNA文库中的T5 4克隆作为核酸探针 ,对旋毛虫成虫和新生幼虫混合cDNA文库进行筛选 ,获得 1个全长 14 6 4bp的cDNA分子。该cDNA含有 1个 12 90bp的开放阅读框架 (ORF) ,Blastn同源性分析表明 ,与其它已知生物基因序列无明显的同源性 ,为一新的cDNA。该ORF编码 1个 42 9个氨基酸残基组成的多肽 ,其分子质量理论推导值为 49.9ku ,等电点为 5 .6 ,在 12— 14及 10 3— 10 5氨基酸残基处分别有 2个糖基化位点NLS及NVS ,在C末端 344— 40 9氨基酸残基处有 1个FYVE锌指结构域 (ProfilePS5 0 178)。Blastp同源性分析表明 ,与广东管圆线虫 (Angiostrongyluscantonensis) 6 6 .0ku蛋白 ( gi/ 1743430 )同源性最高 ,为 39.0 %。在此基础上对旋毛虫FYVE锌指结构重组蛋白进行了表达 ,表达蛋白占菌体蛋白的 2 4%。

小鼠锌指蛋白基因ZF-12的克隆与基因结构以及5′端启动子活性的分析

人类锌指蛋白ZNF191为类kr櫣ｐｐｅｌ转录因子 ,其可能与神经精神病、心血管疾病和肝癌等疾病的发生或发展有关 ,为了采用基因敲除模型来探讨它的生理功能 ,克隆和定位其在模式生物 (小鼠 )中的同源基因 ,并阐明其结构特征是必需的。通过筛选小鼠λ噬菌体基因组文库 ,获得了它在小鼠中的同源基因ZF 12基因组全长片段。序列分析表明 :该基因含有 4个外显子和 3个内含子 ,内含子都遵循GT AG的剪接模式 ;第 91密码子处存在单核苷酸多态性 ;可能存在 2种大小不同的 3′端的非翻译区 (3′ UTR) ;与锌指蛋白基因Zfp 35相连锁 ,可将其定位于 18号染色体的B3 C带上或附近 ;5′端上游存在 1个约 2 5 0bp高度富含GC的启动子序列。ZF 12基因的 5′端系列缺失荧光素酶基因报告载体的瞬时转染实验表明 :其上游序列 (- 76 2～ +70bp)具有启动子转录活性 ,在更上游的序列(- 82 4～ - 76 2bp)上可能存在负调控元件。这项研究结果为进一步的基因敲除研究奠定了基础。

骨髓增生异常综合征患者外周血单个核细胞中视网膜母细胞瘤蛋白结合锌指结构基因1的表达

目的探讨骨髓增生异常综合征(MDS)患者外周血单个核细胞(PBMC)中视网膜母细胞瘤蛋白结合锌指结构基因1(RIZ1)的表达及其临床意义。方法选取2012年7月至2015年7月于新乡医学院第一附属医院收治的MDS患者86例为研究对象(MDS组),并选取同期体检健康者90例作为对照组,采用实时荧光定量聚合酶链反应和Western blot法检测PBMC中RIZ1蛋白及其mRNA表达水平,并分析RIZ1表达与MDS患者临床病理特征的关系。结果对照组和MDS组受试者PBMC中RIZ1 mRNA表达水平分别为1.73±0.41和0.47±0.18,MDS组患者PBMC中RIZ1 mRNA表达水平显著低于对照组(P<0.05)。对照组和MDS组受试者PBMC中RIZ1蛋白表达水平分别为1.32±0.36和0.35±0.22,MDS组患者PBMC中RIZ1蛋白表达水平显著低于对照组(P<0.05)。RIZ1蛋白表达与MDS患者的年龄、性别、白细胞计数、血红蛋白水平及血小板计数无关(P>0.05),而与骨髓原始细胞比例、世界卫生组织(WHO)分型及染色体核型有关(P<0.05)。结论 RIZ1在MDS患者PBMC中呈低水平表达,并与患者的骨髓原始细胞比例、WHO分型及染色体核型显著相关,这为MDS的早期诊断和靶向治疗提供了新的思路。

淋巴囊肿病毒锌指蛋白基因lcn140的原核表达与结构分析

应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白。为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析。首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coliBL21(DE3)为宿主菌表达目的蛋白;通过生物信息学软件分析,了解其结构与序列特征。结果表明,lcn140基因在原核载体中得到成功表达,表达的his标签融合蛋白主要以包涵体形式存在;在结构和序列方面,lcn140基因编码C3H1型锌指蛋白,其含有4个C3H1锌指结构和4段简单重复序列。该结果为LCDV-cn的发生、发展提供了分子基础。

一个新的家蚕锌指蛋白基因的克隆及基因组结构分析

锌指蛋白是一类能与细胞内核酸特异结合 ,调控基因表达活性 ,对细胞分裂、分化、胚胎发育及个体生长有重要作用的转录因子。从家蚕 5龄丝腺组织cDNA文库中克隆了一个具有锌指结构的新基因 ,命名为BmZFP基因 (GenBank登录号 :AY75 36 5 9) ,其cDNA全长为 180 9bp ,编码 14 3个氨基酸 ,3′端非翻译区 (3′ untranslatedregion ;3′ UTR)达 1332bp碱基序列。BmZFP氨基酸序列推测有 6个功能结构域 ,是一种CCHC型锌指蛋白。虽然BmZFP氨基酸序列与人、大鼠和小鼠的相关锌指蛋白的氨基酸序列同源性只有 33%左右 ,但 6个功能域中的Cys(C)和His(H)却完全匹配 ,推测其功能与人、大鼠和小鼠的相关锌指蛋白有相似性。BmZFP基因序列的结构分析表明 :该基因由 2个外显子和 1个 14 86bp碱基序列的内含子组成 ,在 5′端上游 - 182～ - 2 2 2区域存在一个启动子元件 ,但不是典型的TATA盒启动子。

小鼠BTB/锌指结构新基因Bsg6的克隆及表达谱分析

Bsg6(brain specific gene 6)是用消减差异筛选的方法克隆的小鼠头部特异表达新基因.Bsg6基因cDNA长3 871 bp,编码一个670个氨基酸残基的蛋白,GenBank登录号AY635051,位于小鼠第4号染色体,由2个外显子构成.Bsg6蛋白含有一个N端BTB(Broad-complex,Tramtrack,andBric-a-brac)结构域和两个C端C2H2型锌指结构域.小鼠Bsg6蛋白与其在人类和鸡中同源蛋白的同源性分别为86.2%和79.1%.Bsg6在小鼠胚胎中的表达具有一定动态性,在E8.5的小鼠胚胎中,Bsg6主要在前脑和神经管表达.在E9.5的小鼠胚胎中,Bsg6的表达明显增强并主要集中在前脑的端脑部.Bsg6在E10.5小鼠胚胎端脑的表达出现了下降,但是在中脑和后脑的表达增加,此外,Bsg6 mRNA的表达还出现在肢芽和尾部.在HH10期的鸡胚中,Bsg6主要在头部和神经管前端表达.Northern杂交结果显示,Bsg6在很多小鼠成体组织中没有表达,但是在破骨细胞瘤中高表达.Bsg6的表达谱提示,Bsg6可能是在器官形成期对脑的发育起到重要作用的转录因子,而且其表达受到严格的调控,此外Bsg6还可能与肿瘤的发生有关.

一个人类锌指蛋白家族新基因ZFP28的克隆及表达

Krｐｐｌｅ型锌指蛋白是一类具有重要功能的转录调节因子 .初步克隆了一个新的人类kr櫣ｐｐｌｅ型锌指蛋白基因 ,经国际基因命名委员会批准命名为ZFP2 8.此基因长 4 0 76个碱基 ,含 8个外显子 ,在基因组DNA上长 1 8kb .它编码的蛋白质全长 868个氨基酸 ,含 1个信号肽 ,2个KRAB框和 1 4个C2H2型的锌指 .NorthernBolt分析表明该基因在人类早期胚胎的各个组织中普遍表达 ,在肺和肝中的表达水平最强 .其结构和表达特征预示着它编码的是一个具DNA结合功能的转录调控因子 .

甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因鉴别和表达模式

植物TFⅢA型锌指蛋白的锌指区含有保守的QALGGH区,属于C2H2型转录因子,参与调控植物生长发育和逆境胁迫应答.参照拟南芥AtZFP基因的C2H2结构域氨基酸序列,采用生物信息学方法鉴定了46个甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因,分析了基因结构、生化特性、进化关系和基因表达模式.结果表明：42个基因为单锌指蛋白基因,4个为多锌指蛋白基因;40个基因不含内含子,6个基因含内含子;46个基因的氨基酸序列同源性变幅为9.0% ～99.2%,氨基酸序列保守性差异明显,亚类成员间包含相同的保守基序,亚类间的保守基序不同;PlantCARE分析发现其启动子区富含激素、非生物胁迫及特定生理过程响应的顺式作用元件;RNA-seq分析表明,部分基因在甘蓝型油菜品种中双11号的根、初花期雌蕊和角果中特异表达.

水稻锌指蛋白基因研究进展

对已报道的43个水稻锌指蛋白基因进行归类,综述了锌指蛋白类型、锌指蛋白结构特点及其基因功能等研究进展,并对锌指蛋白未来研究方向进行了展望。

青花菜C3H型锌指蛋白基因BoCCCH2的克隆与表达

以青花菜为材料，在克隆C3H型锌指蛋白基因BoCCCH2的基础上，研究该基因在不同器官及霜霉菌和灰葡萄孢菌侵染叶片中的表达模式。测序结果表明，BoCCCH2没有内含子，编码区全长为1740bp，编码579个氨基酸，推导的蛋白质具2个ANK结构域和2种CCCH锌指结构。

锌指蛋白核酸酶的作用原理及其应用

锌指蛋白核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)因其能特异性识别并切割DNA序列以及可设计性,被用于基因定点突变和外源基因定点整合。目前,ZFN技术以其准确的靶位点设计能力和诱发高效率基因打靶的优势,越来越受到基因改造研究者的重视,已经成功应用于动植物细胞、胚胎的基因改造。随着鉴定靶DNA高亲和力的锌指蛋白(Zinc finger protein,ZFP)实验技术日渐成熟,可以预见到不久的将来这项技术会在基因工程和育种中得到广泛应用。文章介绍了锌指蛋白识别DNA靶位点和ZFN介导的基因打靶(Double strand break gene targeting,DSB-GT)的原理,同时还综述了目前ZFN技术用于基因改造的研究进展。

大鼠颈动脉球囊损伤局部A20基因转染后内皮细胞再生及血管超微结构的影响

目的：锌脂蛋白A20是核因子κB信号系统活化的产物。研究证实核因子κB的激活是球囊损伤动脉后血管狭窄发生的重要机制之一。实验拟观察锌指蛋白A20对大鼠颈总动脉球囊损伤局部血管内皮再生和血管超微结构的影响。方法：实验于2006-03／2007-06在大连医科大学附属第二医院中心实验室完成。①实验材料：健康雄性SD大鼠42只，体质量350-400g。②分组及实验过程：采用随机数字表法将大鼠分为3组，每组14只。制备A20质粒DNA，建立大鼠颈总动脉球囊损伤模型（假手术组只进行颈动脉结扎，不进行球囊损伤术）；对照组：球囊损伤术后局部灌注Lipofectamine 2000 Reagent＋TE缓冲液；治疗组：球囊损伤术后局部灌注Lipofectamine 2000 Reagent＋TE缓冲液＋pCAGGS-GFP／A20重组质粒。A20质粒DNA在球囊损伤大鼠颈动脉的局部转染。③实验评估：荧光显微镜观察A20在损伤动脉壁的转染效率；伊文思蓝染色法评估损伤后颈动脉内皮再生情况；透射电镜观察血管超微结构改变。实验过程对动物的处理符合动物论理学标准。结果：①球囊损伤术和A20转染治疗后2周，治疗组再内皮化百分比大于对照组（P〈0．05）。②假手术组大鼠颈动脉平滑肌细胞电镜下呈典型的“收缩表型”；对照组球囊损伤后3d可见合成型细胞及过渡型细胞，7d血管平滑肌细胞表型发生明显改变，呈典型的“合成表型”，治疗组术后7d可见接近收缩型的血管平滑肌细胞。结论：局部转染A20基因可促进损伤血管内皮再生，抑制损伤处血管平滑肌细胞表型转化。

锌指类蛋白研究的新进展

综述了锌指蛋白的最新研究状况。

锌指核糖核酸结合蛋白在恶性肿瘤相关研究中的进展

锌指核糖核酸结合蛋白(ZFR)是一种古老的蛋白质。ZFR结构特殊,在原核生物中分布广泛。近年来,ZFR相关研究证实了ZFR是在各种恶性肿瘤中发挥作用的关键基因,其参与了恶性肿瘤的发生、进展和免疫应答等。在结直肠癌、肝细胞肝癌以及胰腺导管腺癌中,ZFR已经被鉴定为癌症候选驱动基因。本研究对ZFR与恶性肿瘤关系的相关研究进展进行综述,分析ZFR过表达在各类癌症的恶性进展和转移扩散中的作用机制。

GATA结合蛋白1的造血调控功能及其突变导致的红系/巨核系相关遗传病

GATA结合蛋白1(GATA1)是1个重要的造血谱系转录因子,在转录水平上特异性调控红系和巨核系细胞的增殖和分化,以此维持这2个系细胞的正常发育成熟。GATA1的功能结构由1个N端转录激活域(N-TAD)和2个锌指结构(NF与CF)构成。GATA1的蛋白序列在不同物种中高度保守,其改变将导致红系和巨核系相关基因转录失调,从而产生程度不一的临床表型。本文从GATA1的分子结构、在红系和巨核系细胞中的造血调控功能以及突变导致的遗传性红系/巨核系造血调控紊乱等方面予以综述。

东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白的分子特性及系统进化分析

为明确KRAB-A的分子特性并进行东方蜜蜂微孢子虫与其他物种KRAB-A蛋白的系统进化分析,以期丰富KRAB-A的基本信息,使用NCBI数据库中的ORF工具预测KRAB-A蛋白的氨基酸序列。利用ExPASy网站上的相关软件预测和分析KRAB-A蛋白的亲水性、信号肽、磷酸化位点、二级结构及三级结构。通过Mega11.0软件采用邻接法构建基于KRAB-A蛋白的系统进化树。结果显示,KRAB-A基因可编码1018个氨基酸;KRAB-A蛋白的分子式为C5314H8526N1522O1556S43,分子量约为120.00kDa,等电点为9.33,脂溶系数为79.20,亲水性为-0.75;KRAB-A含有41个丝氨酸、21个酪氨酸和16个苏氨酸磷酸化位点,1个H2C2模体,但不含有信号肽;KRAB-A含44.40%的α-螺旋,5.40%的β-转角,16.50%的延伸及33.69%的无规卷曲;蜜蜂微孢子虫的1个KRAB-A蛋白(NAPIS_ORF00138)与明球囊霉的2个KRAB-A蛋白(RCL2_000589200和RCL2_003114000)中存在与东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白中相同的H2C2模体;东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A(AAJ76_2380003054)与其姐妹种蜜蜂微孢子虫KRAB-A(NAPIS_ORF01514)聚为一支。研究结果明确了东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A基因的分子特性,揭示KRAB-A可能是一种亲水性蛋白和胞内蛋白,东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A(AAJ76_2380003054)与蜜蜂微孢子虫KRAB-A(NAPIS_ORF01514)间具有很高的保守性,为进一步的功能研究提供依据。

新基因水稻OsLSD1的克隆及拟南芥和水稻类LSD1基因家族的生物信息学分析

类LSD1(LSD1-like) 基因家族是一类特殊的C2C2型锌指蛋白基因,编码植物特有的转录因子. 目前已经研究的2个成员拟南芥LSD1(lesions stimulating disease resistance 1) 和LOL1(LSD-One-Like 1) 基因均参与植物细胞程序化死亡(programmed cell death, PCD) 的调控. 从水稻cDNA文库中克隆到1个类LSD1基因,命名为OsLSD1. 该基因长988 bp,包含一个432 bp的开放阅读框,推导的氨基酸序列(143个氨基酸) 含有3个内部保守的锌指结构域. DNA印迹结果表明OsLSD1基因在水稻基因组中为单拷贝,且在根、茎和叶中表达. 借助于生物信息学分析技术,从拟南芥和水稻数据库中各识别出5个和7个(包括OsLSD1) 类LSD1基因. 分析了这些类LSD1基因的结构,蛋白质结构域组成. 系统进化分析表明,无论基于编码区的核苷酸或氨基酸序列都可以将这些类LSD1基因分为2类. 虽然不存在拟南芥或水稻特有的类LSD1蛋白,但有些结构域是水稻所特有的,也有些基因是来源于复制事件.

人脑胶质瘤细胞株中RIZ1基因启动子甲基化状态的研究

目的:检测4种人脑成胶质细胞瘤细胞株中成视网膜细胞瘤蛋白结合锌指结构基因1(retinoblastoma protein-interacting zinc finger gene1,RIZ1)基因启动子区的甲基化状态,进一步认识RIZ1在胶质瘤发病机制中的作用。方法:应用甲基化特异性PCR法(methylation specific PCR,MSP)检测4种人脑成胶质细胞瘤细胞株U87、U251、A172和T98中RIZ1基因启动子区的甲基化水平,其中U87细胞发生甲基化,被选为后续实验对象。RT-PCR检测U87细胞经5-Aza-CdR处理前后RIZ1 mRNA表达量的变化,MTT检测5-Aza-CdR对U87细胞生长增殖的影响。结果:4种人脑成胶质细胞瘤细胞株中U87和U251细胞中检测到RIZ1基因启动子区域发生甲基化;U87细胞经5-Aza-CdR处理后其RIZ1 mRNA的表达量上调;MTT法检测显示5-Aza-CdR能抑制U87的生长增殖,且与5-Aza-CdR的浓度和作用时间呈负相关。结论:RIZ1基因启动子高甲基化是人脑成胶质细胞瘤细胞株中RIZ1基因表达下调的重要机制。

前列腺癌中TMPRSS2-ERG融合基因作用机制的研究进展

前列腺癌在欧美国家男性中是最常见的恶性肿瘤,近年来我国的发病率、病死率及其造成的疾病负担呈现明显增加趋势,但前列腺癌的发生发展机制仍未完全明确。跨膜丝氨酸蛋白酶2(transmembrane serine protease 2,TMPR SS2)与成红细胞病毒E26致癌物(E26 oncogene,ERG)融合基因在前列腺癌中具有特异性,在前列腺癌发生发展过程中发挥重要作用,其作用机制复杂,且与多个基因相互作用,因此深入了解TMPRSS2-ERG融合基因在前列腺癌中的作用机制至关重要,可以为前列腺癌的诊疗提供帮助。

瘢痕疙瘩患者视网膜母细胞瘤蛋白结合锌指结构基因第8外显子A（8）和A（9）位点突变研究

目的研究瘢痕疙瘩患者视网膜母细胞瘤蛋白结合锌指结构基因（RIZ）第8外显子A（8）和A（9）位点突变情况。方法2003年1月-2007年12月，笔者单位收治符合入选标准的门诊及住院瘢痕疙瘩患者19例。采集患者瘢痕疙瘩组织3～5g、外周静脉血3mL，分别提取基因组DNA并测定浓度，PCR法扩增获取RIZ第8外显子A（8）和A（9）位点片段，产物行琼脂糖凝胶电泳检测大小，柱层析法纯化后进行DNA测序，寻找A（8）和A（9）位点片段突变，并判定突变种类和类型，对比瘢痕疙瘩组织和外周静脉血的基因突变是否一致。对数据行McNemar检验。结果提取的瘢痕疙瘩组织和外周静脉血DNA质量浓度分别为0．54、0．37μg／μL，均〉0．10μg/μL；瘢痕疙瘩组织和外周静脉血RIZ第8外显子A（8）位点片段DNA的PCR产物大小分别为235、238bp，A（9）位点分别为242、244bp，与所设计DNA片段大小基本一致；瘢痕疙瘩组织和外周静脉血RIZ第8外显子A（8）位点片段DNA的PCR产物纯度分别为1．81、1．75，A（9）位点分别为1．82、1．78，均〉1．50。18例患者瘢痕疙瘩组织RIZ第8外显子A（8）位点发生突变，共6种基因突变，包括4种点突变、2种移码突变；9例患者瘢痕疙瘩组织RIZ第8外显子A（9）位点发生突变，共9种基因突变，包括7种点突变、2种移码突变。无一例患者外周静脉血RIZ第8外显子A（8）、A（9）位点发生突变。与外周静脉血比较，患者瘢痕疙瘩组织RIZ第8外显子A（8）和A（9）位点的突变均有统计学意义（X2=16．06、7．11，P〈0．05）。结论患者瘢痕疙瘩RIZ第8外显子A（8）和A（9）位点发生点突变和移码突变，这可能与瘢痕疙瘩的发生有关。