F_(3)代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F_(3)代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F_(3)代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC)等,以卡方(χ^(2))检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F_(3)代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】F_(3)代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型;T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异(P<0.05,下同);在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异(P>0.05,下同);在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型(P<0.01,下同),在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】F_(3)代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点(C194069A和T194091A),且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F_(3)代波杂山羊生长性状的候选基因。

FABP5基因与F_(3)代波杂山羊繁殖性状关联性分析

本实验旨在分析脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因与F_(3)代波杂山羊繁殖性状(产羔数、初生窝重和断奶窝重)的关系。通过DNA提取、混池、PCR扩增和直接测序法对FABP5基因进行分型,并将分型结果与F_(3)代波杂山羊的繁殖性状(产羔数、初生窝重和断奶窝重)进行关联性分析。结果表明,FABP5基因有4个突变位点,分别是内含子A509C,外显子G3831A、A4422C和A4428C。卡方(χ^(2))检验显示,A509C、G3831A、A4422C和A4428C突变位点群体处于Hardy-Weinberg(P>0.05)平衡。关联分析结果表明,A509C、A4422C和A4428C位点与产羔数无显著相关性,G3831A位点与产羔数存在显著相关性,且优势基因型为AA型。A509C、G3831A、A4422C和A4428C位点与出生窝重和断奶窝重无显著相关性。综上所述,FABP5基因仅有G3831A位点可尝试作为F_(3)代波杂山羊产羔数的候选多态性位点。

F3代波杂山羊VNN1基因多态性及其与产羔数的关联分析

【目的】研究泛酰巯基乙胺酶-1(panthenoyl mercaptoethamine-1,VNN1)基因多态性与F3代波杂山羊产羔数的关系,从而从分子水平指导F3代波杂山羊的育种工作。【方法】选取107只F3代波杂山羊,采集血样提取DNA,根据VNN1基因(登录号:NC_030816.1)外显子序列设计7对引物,进行PCR扩增及测序,运用DNAStar软件分析测序结果,对可能存在的单核苷酸多态性(SNP)位点外显子全群进行PCR扩增测序,并进行Hardy-Weinberg平衡状态及遗传多样性分析;应用SPSS 16.0统计学软件对VNN1基因不同基因型与F3代波杂山羊产羔数进行关联分析。【结果】在VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点:g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11284 C→A、g.11313 T→C、g.18094 C→T和g.18158 G→C,且每个位点均存在3种不同基因型。χ^(2)检验显示,g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11313 T→C和g.18094 C→T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,g.11284 C→A和g.18158 G→C位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量均为中度多态((0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,g.11010 C→T和g.11313 T→C位点与F3代波杂山羊产羔数显著相关,其中g.11010 C→T位点CC基因型产羔数显著低于CT和TT基因型,g.11313 T→C位点TT基因型产羔数显著低于TC和CC基因型(P<0.05);g.10956 A→G、g.11103 C→T和g.18158 G→C位点对F3代波杂山羊产羔数均无显著影响(P>0.05)。【结论】VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点,其中g.11010 C→T和g.11313 T→C位点对F3代波杂山羊产羔数有显著影响,VNN1基因可作为F3代波杂山羊的候选基因。