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题名一株石油降解菌TDYN1基因组测序及分析
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作者
陈冠益
陈红云
栗高源
胡梦杰
李鑫昊
钟磊
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机构
天津大学环境科学与工程学院
天津商业大学机械工程学院
天津商业大学生物技术与食品科学学院
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出处
《生物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期34-39,45,共7页
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基金
国家重点研发计划政府间国际合作项目(2021yfe0102500)
天津市自然科学基金项目(19JCQNJC13900)。
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文摘
从天津市大港油田附近土壤中分离的新型细菌Falsochrobactrum TDYN1。基于lllumina Hiseq 2000平台对TDYN1进行de novo测序分析,用GO、COG、KEGG、NR以及Swiss-Prot数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:TDYN1的基因组测序总长度3 076 677 bp,共得到23个Scaffold, GC含量为55.96%,编码基因共3 465个,其中能够注释到GO、COG、KEGG、NR以及Swiss-Prot的基因数目分别为1 689、2 998、1 946、3 197以及2 513个;同时,预测到TDYN1拥有与石油烃代谢相关的代谢通路,该菌株具有能够降解二[口恶]英、多环芳烃、硝基甲苯等的能力。通过对TDYN1的全基因组测序和特异性功能基因分析,为进一步对菌株TDYN1的石油烃降解机制及应用研究奠定理论依据,为生产功能菌提供参考数据。
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关键词
石油降解菌
falsochrobactrum
tdyn1
基因组测序
基因注释
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Keywords
petroleum degrading bacterium
falsochrobactrum tdyn1
genome sequencing
gene function annotation
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分类号
Q93
[生物学—微生物学]
Q78
[生物学—分子生物学]
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