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中华猕猴桃fasciclin基因家族生物信息学分析及克隆 被引量:3
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作者 周婉莹 曲东 +3 位作者 张晓娟 张文慧 刘艳飞 张羽 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1144-1155,共12页
【目的】探讨fasciclin基因在中华猕猴桃中的生物信息。【方法】对中华猕猴桃雌株38个fasciclin基因进行生物信息学分析和克隆其中一个与性别相关的fasciclin基因。【结果】38个fasciclin基因编码133~606个氨基酸。丝氨酸、苏氨酸和酪... 【目的】探讨fasciclin基因在中华猕猴桃中的生物信息。【方法】对中华猕猴桃雌株38个fasciclin基因进行生物信息学分析和克隆其中一个与性别相关的fasciclin基因。【结果】38个fasciclin基因编码133~606个氨基酸。丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点范围分别为10~56个、2~26个、0~8个。38个fasciclin基因拥有1~9个motif结构(取值10),其中Motif3为共同具有。68.42%fasciclin蛋白为不稳定疏水性蛋白。2 000 bp启动子区共预测到TFs 110个,较多的TFs依次为BBR-BPC、TALE和AP2,9个基因没有预测到TFs结合位点。UPGMA聚类法把38个fasciclin蛋白分成2类。基因克隆序列(723 bp)具有fasciclin保守结构域,该序列只比对到8号染色体上。【结论】fasciclin基因保守性不强;克隆序列与中华猕猴桃雌雄性状显著关联,但与美味猕猴桃雌雄无关联;雌株中的同源区没有注释到基因。 展开更多
关键词 猕猴桃 fasciclin 生物信息 性别 克隆
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MoFLP1,encoding a novel fungal fasciclin-like protein,is involved in conidiation and pathogenicity in Magnaporthe oryzae 被引量:2
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作者 Tong-bao LIU Guo-qing CHEN +1 位作者 Hang MIN Fu-cheng LIN 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2009年第6期434-444,共11页
Fasciclin family proteins have been identified as cell adhesion molecules in various organisms. In this study, a novel Magnaporthe oryzae fasciclin-like protein encoding gene, named MoFLP1, was isolated from a subtrac... Fasciclin family proteins have been identified as cell adhesion molecules in various organisms. In this study, a novel Magnaporthe oryzae fasciclin-like protein encoding gene, named MoFLP1, was isolated from a subtractive suppressive cDNA library and functionally analyzed. Sequence analysis showed that the MoFLP1 gene contains an open reading frame (ORF) of 1050 nucleotides encoding 349 amino acids with a calculated molecular weight of 35.85 kDa and a pI of 7.76. The deduced MoFLP1 protein contains a 17-amino acid secretion signal sequence and an 18-amino acid sequence with the characteristics of a glycosylphosphotidylinositol (GPI) anchor additional signal at its N- and C-terminuses, respectively. Potential N-glycosylation sites and domains involving cell adhesion were also identified in MoFLP1. Sequence analysis and subcellular localization by the expression of MoFLP1-GFP fusion construct in M. oryzae indicated that the MoFLP1 protein is probably localized on the vacuole membrane. Two MoFLP1 null mutants generated by targeted gene disruption exhibited marked reduction of conidiation, conidial adhesion, appressorium turgor, and pathogenicity. Our results indicate that fasciclin proteins play important roles in fungal de-velopment and pathogenicity in M. oryzae. 展开更多
关键词 Magnaporthe oryzae fasciclin MoFLP1 Cellular localization CONIDIATION PATHOGENICITY
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巨桉FLA基因家族成员的鉴定与分析
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作者 于茹恩 曾炳山 范春节 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期127-137,共11页
【目的】含有束状蛋白(fasiclin)结构域的类成束状阿拉伯半乳糖蛋白(fasciclin-like arabinogalactan proteins,FLAs)在巨桉细胞壁的次生生长和合成中起着重要作用。为了获得更多有价值的信息并探索其功能,对巨桉FLA基因家族的全基因组... 【目的】含有束状蛋白(fasiclin)结构域的类成束状阿拉伯半乳糖蛋白(fasciclin-like arabinogalactan proteins,FLAs)在巨桉细胞壁的次生生长和合成中起着重要作用。为了获得更多有价值的信息并探索其功能,对巨桉FLA基因家族的全基因组进行分析。【方法】以巨桉全基因组数据和转录组数据为基础,通过Expasy、MEME、MEGA7.0、TBtools等生物信息学工具对EgrFLAs基因家族的核酸序列的特征、基因结构、蛋白质理化性质、蛋白保守结构域、家族系统进化关系和表达量等进行分析和预测。【结果】巨桉共有21个EgrFLAs基因,其中包括3个新发现的EgrFLAs基因,这些基因不均匀地分布在巨桉11条染色体中的9条上。所有鉴定到的EgrFLAs基因均含有束状蛋白结构域,聚为4个群组,其中D组包含最多的基因成员。在EgrFLAs基因启动子中发现了大量的顺式元件,包括发育相关、水杨酸、茉莉酸甲酯等相关响应元件。不同组织的表达谱分析表明除EgrFLA1、EgrFLA2和EgrFLA3外,聚在A组的EgrFLA5和EgrFLA7也参与了次生生长。在巨桉不定根形成过程中,EgrFLA1和EgrFLA3通过表达量逐渐增加的方式参与诱导不定根形成。经SA和MeJA处理后,EgrFLA1和EgrFLA2的表达量发生显著变化,表明EgrFLA1和EgrFLA2在巨桉的发育和胁迫反应中可能具有多种作用。【结论】在巨桉中鉴定FLA基因21个,包括新发现的3个基因。在EgrFLAs基因启动子中发现了大量发育和激素相关的顺式元件。EgrFLA1、EgrFLA2、EgrFLA3、EgrFLA5和EgrFLA7作为巨桉次生生长发育中的候选基因,将为进一步的巨桉分子育种提供宝贵的资源。 展开更多
关键词 巨桉 类成束状阿拉伯半乳糖蛋白 次生生长 基因家族 基因表达 发育
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小麦类成束阿拉伯半乳糖蛋白编码基因TaFLA的克隆与表达分析 被引量:2
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作者 郝小聪 徐磊 +7 位作者 汪德州 房兆峰 柳珊 孙瑞 王伟伟 赵昌平 高世庆 唐益苗 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1276-1283,共8页
为研究类成束阿拉伯半乳糖蛋白编码基因Fasciclin-Like Arabinogalactan-protein(FLA)在小麦抗逆境胁迫和花药发育中的作用,利用同源克隆法从小麦中获得1个FLA基因,命名为TaFLA,并对其组织表达特性和逆境胁迫表达特性分别进行了分析。... 为研究类成束阿拉伯半乳糖蛋白编码基因Fasciclin-Like Arabinogalactan-protein(FLA)在小麦抗逆境胁迫和花药发育中的作用,利用同源克隆法从小麦中获得1个FLA基因,命名为TaFLA,并对其组织表达特性和逆境胁迫表达特性分别进行了分析。序列分析结果表明,TaFLA基因含有1个1530bp的完整开放阅读框,编码509个氨基酸;TaFLA蛋白含有预测的N-末端信号肽,两个Fasciclin结构域(氨基酸205-300、371-474)和两个N-糖基化位点(氨基酸369和487)。系统演化分析结果表明,TaFLA基因与二粒小麦处于同一分支,其亲缘关系最近。荧光定量表达分析结果表明,TaFLA基因在小麦根、小穗(除去雄蕊)、减数分裂前和分裂时期的雄蕊中均有表达,其中,小穗(除去雄蕊)中表达量最高;在低温胁迫处理下,TaFLA基因表达上调,而在干旱、高盐和ABA处理下,表达量均有所下降;温敏雄性不育系BS366在不育环境(低温)下,TaFLA基因在雄蕊发育关键时期(二分体时期)大量表达,约为可育环境(高温)下表达量的29倍。 展开更多
关键词 小麦 fasciclin蛋白 非生物胁迫 温敏雄性不育
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甘蓝型油菜BnFLA基因的克隆及表达分析
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作者 翟丽娜 楚璞 管荣展 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1956-1961,共6页
利用同源克隆法从甘蓝型油菜中获得了1个类成束阿拉伯半乳聚糖蛋白基因(FLA),命名为BnFLA。BnFLA基因开放阅读框长为1 200bp,编码399个氨基酸,分子量为42 885.9Da,等电点为6.37。预测的BnFLA蛋白包含N-端信号肽、2个AGP-like结构域、2个... 利用同源克隆法从甘蓝型油菜中获得了1个类成束阿拉伯半乳聚糖蛋白基因(FLA),命名为BnFLA。BnFLA基因开放阅读框长为1 200bp,编码399个氨基酸,分子量为42 885.9Da,等电点为6.37。预测的BnFLA蛋白包含N-端信号肽、2个AGP-like结构域、2个fasciclin-like结构域和C-端GPI-anchor序列。系统进化分析表明BnFLA氨基酸序列与BrFLA17和AtFLA2进化关系较近,一致性分别为98%和87%。qRT-PCR分析表明,BnFLA基因在油菜各组织均有表达,并以下胚轴中表达量最高,其次为子叶,茎秆中表达最少;BnFLA基因的表达受到GA3、BR、IAA、ABA和NaCl的诱导,但受6-BA、蔗糖、低温和PEG抑制。研究认为,油菜中BnFLA基因可能参与激素信号转导途径和非生物胁迫应答。 展开更多
关键词 油菜 类成束阿拉伯半乳聚糖蛋白基因 克隆 基因表达
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辣椒FLA基因家族的生物信息学分析 被引量:1
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作者 李彤 杨晶晶 《中国蔬菜》 北大核心 2022年第5期29-36,共8页
类成束阿拉伯半乳糖蛋白(fasciclin-like arabinogalactan proteins,FLAs)广泛存在于植物中,在植物生长发育的各个阶段起重要作用。为全面了解辣椒FLA基因家族成员,利用生物信息学分析方法对其理化性质、亚细胞定位、系统发育树、染色... 类成束阿拉伯半乳糖蛋白(fasciclin-like arabinogalactan proteins,FLAs)广泛存在于植物中,在植物生长发育的各个阶段起重要作用。为全面了解辣椒FLA基因家族成员,利用生物信息学分析方法对其理化性质、亚细胞定位、系统发育树、染色体定位、基因结构、保守基序及顺式作用元件等进行分析。结果表明:在辣椒基因组数据中共鉴定到25个辣椒FLAs基因家族成员,不均匀地分布于9条染色体上,并分为3个亚族;大多数辣椒FLA基因家族成员编码的蛋白以酸性为主,并定位在细胞膜上;该家族成员在启动子序列中含有多种激素响应、逆境胁迫响应、光响应等和植物生长发育相关的顺式作用元件。 展开更多
关键词 辣椒 类成束阿拉伯半乳糖蛋白 基因家族 生物信息学
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AtFLA22基因对拟南芥育性的影响 被引量:1
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作者 蔺佳雨 李金红 +4 位作者 冯湘池 周铭辉 王宁 陈一飞 李美娜 《黑龙江农业科学》 2023年第8期1-7,共7页
成束状阿拉伯半乳糖蛋白(Fasciclin-Like Arabinogalactan Proteins,FLAs)广泛存在于植物中,参与调控植物多个生长发育阶段。相关研究的转录组数据表明AtFLA22在拟南芥绒毡层中特异表达,推测其功能可能与花粉发育有关。为探究AtFLA22功... 成束状阿拉伯半乳糖蛋白(Fasciclin-Like Arabinogalactan Proteins,FLAs)广泛存在于植物中,参与调控植物多个生长发育阶段。相关研究的转录组数据表明AtFLA22在拟南芥绒毡层中特异表达,推测其功能可能与花粉发育有关。为探究AtFLA22功能,通过eFP Browser数据库基因组织表达数据绘制热图,并通过qRT-PCR实验进一步确认AtFLA22在花中特异表达,推测AtFLA22参与雄性育性调控。为进一步探究AtFLA22基因功能,利用CRISPR/Cas9技术创制了atfla22基因敲除突变体,其目标基因第108位碱基插入腺嘌呤A可能导致了蛋白翻译提前终止,对育性表型进行观察,发现该突变体果荚变短,种子出现败育表型。因此,从遗传上揭示AtFLA22参与了拟南芥雄性育性调控。 展开更多
关键词 拟南芥 成束状阿拉伯半乳糖蛋白 雄性育性
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桃FLA家族基因的生物信息学及表达分析 被引量:3
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作者 卞坤 邵佳蓉 +3 位作者 徐利伟 沈子明 陈伟 杨震峰 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期653-663,共11页
从桃基因组数据库筛选出了12个假定的成束状阿拉伯半乳糖蛋白(FLA)基因序列。对其蛋白结构进行分析,结果显示PpFLA7不具有特定的阿拉伯糖或半乳糖糖基化位点,不属于典型的FLA家族。PpFLA6的氨基酸组成和保守域的分布与其他成员相比差别... 从桃基因组数据库筛选出了12个假定的成束状阿拉伯半乳糖蛋白(FLA)基因序列。对其蛋白结构进行分析,结果显示PpFLA7不具有特定的阿拉伯糖或半乳糖糖基化位点,不属于典型的FLA家族。PpFLA6的氨基酸组成和保守域的分布与其他成员相比差别较大。聚类分析结果表明PpFLAs家族可以分为CladeⅠ、CladeⅡ和CladeⅢ3类。利用荧光定量PCR(qPCR)对不同组织和成熟阶段果实中的FLA进行表达分析,发现各个成员在不同时期的组织中差异化表达,其中PpFLA4在果实成熟阶段显著上调表达,暗示其可能在桃果实的成熟阶段扮演重要角色。 展开更多
关键词 果实 成束域 阿拉伯半乳糖蛋白 生物信息学 表达分析
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