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红树林混合发酵产氢菌群中梭菌属Fe-氢酶基因(hydA)的克隆及序列分析 被引量:3
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作者 朱大玲 王广策 +2 位作者 潘光华 乔洪金 才金玲 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期518-524,共7页
采用间歇产气试验方法对红树林淤泥中的混合菌群进行产氢菌群富集,并对混合产氢菌群发酵产氢过程中发酵液的pH值和氧化还原电位(ORP)的变化进行分析。此外,在产氢速率最高时段,发酵液中菌群经过常规的基因组提取,分别采用通用的梭菌属Fe... 采用间歇产气试验方法对红树林淤泥中的混合菌群进行产氢菌群富集,并对混合产氢菌群发酵产氢过程中发酵液的pH值和氧化还原电位(ORP)的变化进行分析。此外,在产氢速率最高时段,发酵液中菌群经过常规的基因组提取,分别采用通用的梭菌属Fe-氢酶基因和16S rRNA基因引物进行PCR扩增,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。结果发现产氢菌群中至少有6种,而Fe-氢酶基因只含有一种。将Fe-氢酶基因的扩增片段切胶纯化之后,经PCR重新扩增、纯化,克隆测序。NCBI序列比对结果表明,该片段序列与产气荚膜梭菌Fe-氢酶基因的序列相似性达99%。根据已知产气荚膜梭菌Fe-氢酶基因序列设计引物,经两轮PCR扩增获得Fe-氢酶基因全序列。混合菌群中Fe-氢酶基因GenBank数据库的登录号为EU590683。此外,采用Bioedit和Mega2软件构建了Fe-氢酶的NJ系统进化树,结果表明该Fe-氢酶基因与产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)聚为一类。推测的氨基酸序列与产气荚膜梭菌的相应序列相似性达97%—99%。PfamHMM结构域查找结果发现,此氢酶含有五个结构域,分别为1个2Fe-2S铁硫簇结合区域、2个4Fe-4S结合区域、Fe-氢酶大亚基和Fe-氢酶小亚基。 展开更多
关键词 红树林 菌群 变性梯度凝胶电泳 fe-氢酶基因 序列分析
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潮间带污泥中厌氧发酵产氢混合菌群组成与Fe-氢酶基因多样性分析 被引量:3
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作者 刘洪艳 王广策 +1 位作者 朱大玲 潘光华 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期180-184,共5页
以采自天津海水浴场潮间带的污泥为研究材料,将污泥热休克处理后富集混合菌群进行厌氧发酵产氢,测定混合菌群在发酵过程中累积产氢量和相关产氢指标(吸光度、酸碱度和氧化还原电位)的变化。结果表明,热休克处理后富集的产氢混合菌群产... 以采自天津海水浴场潮间带的污泥为研究材料,将污泥热休克处理后富集混合菌群进行厌氧发酵产氢,测定混合菌群在发酵过程中累积产氢量和相关产氢指标(吸光度、酸碱度和氧化还原电位)的变化。结果表明,热休克处理后富集的产氢混合菌群产氢量为0.41mol H2/mol葡萄糖。产氢结束后,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析混合菌群组成和Fe-氢酶基因的多样性。混合菌群基因组DNA的16S rRNAV3区扩增产物经过DGGE电泳分离,结果得到6条丰度比较高的条带,测序结果表明优势菌为Clostridium sp.。利用梭菌氢酶基因保守性引物克隆混合产氢菌群中梭菌Fe-氢酶基因,扩增产物经DGGE电泳分离,电泳结果表明混合菌群中Fe-氢酶基因分为3个分类单元,NCBI-BLAST比对结果与Clostridium roseum和Clostridium perfringens的Fe-氢酶基因相似度分别为79%和98%。分析产氢混合菌群组成和Fe-氢酶基因多样性,可以为扩大产氢微生物种质资源奠定基础。 展开更多
关键词 混合菌群 16S RRNA fe-氢酶基因 变性梯度凝胶电泳
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贵州红壤水稻土淹水培养过程中Fe-氢酶微生物的多样性 被引量:1
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作者 闫苗章 李丽娜 +1 位作者 王保莉 曲东 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期577-585,共9页
【目的】研究水稻土淹水培养过程中Fe-氢酶微生物的多样性,对于揭示Fe-氢酶微生物的群落演替规律和产氢微生物的生化代谢机理具有重要的意义。【方法】采用PCR-变性梯度凝胶电泳和实时定量PCR技术进行基于梭菌属Fe-氢酶基因的多样性和... 【目的】研究水稻土淹水培养过程中Fe-氢酶微生物的多样性,对于揭示Fe-氢酶微生物的群落演替规律和产氢微生物的生化代谢机理具有重要的意义。【方法】采用PCR-变性梯度凝胶电泳和实时定量PCR技术进行基于梭菌属Fe-氢酶基因的多样性和丰度的分析。【结果】水稻土淹水培养过程中Fe-氢酶基因的变性梯度凝胶电泳图谱显示,培养1-5 d时Fe-氢酶基因条带数增加,10 d时Fe-氢酶基因条带数减少,20-40 d时Fe-氢酶基因条带数再次增加并保持稳定,对应的含Fe-氢酶微生物的群落结构随着培养过程的进行发生了显著变化。主成分分析表明,1 d与20 d、5 d与10 d、30 d与40 d的含Fe-氢酶微生物群落结构相似性较高,随着培养时间的增长含Fe-氢酶微生物群落结构趋于稳定。α多样性指数分析显示,1 d和10 d的丰富度指数(R)、Shannon-Weaver指数(H')、Simpson指数(DS)与其他时间点相比较小,说明这2个时间点的Fe-氢酶多样性低,对应的含Fe-氢酶微生物群落结构较为简单,表明淹水培养过程中微生物的群落结构发生了演替变化。变性梯度凝胶电泳指纹图谱15个Fe-氢酶的优势条带测序后构建的系统发育树表明,培养前期的优势条带与梭菌属的Fe-氢酶关系较近,培养后期出现了非梭菌属的Fe-氢酶。淹水培养过程中Fe-氢酶基因的拷贝数在106/g干土的水平,占细菌的相对比例为1‰–2‰。【结论】水稻土淹水培养过程中发现了4种梭菌属Fe-氢酶和3种非梭菌属Fe-氢酶基因,对应的含Fe-氢酶微生物在培养前期群落结构发生显著演替变化,培养后期趋于稳定。 展开更多
关键词 水稻土 fe-氢酶 群落结构 丰度
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中国汉族人泛醌NADH脱氢酶Fe-S蛋白1基因多态性与氯氮平所致代谢综合征的关联研究 被引量:5
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作者 陈艳 方新宇 +6 位作者 汪也微 余玲芳 王丹丹 张毅 蔡军 宋立升 张晨 《临床精神医学杂志》 2020年第2期77-81,共5页
目的:探索中国汉族精神分裂症患者人泛醌NADH脱氢酶Fe-S蛋白1(NDUFS1)基因多态性与长期服用氯氮平所致代谢综合征(MS)的关系。方法:收集388例长期服用氯氮平>2年的慢性精神分裂症患者临床资料及代谢指标;分为MS组(159例)和非MS组(299... 目的:探索中国汉族精神分裂症患者人泛醌NADH脱氢酶Fe-S蛋白1(NDUFS1)基因多态性与长期服用氯氮平所致代谢综合征(MS)的关系。方法:收集388例长期服用氯氮平>2年的慢性精神分裂症患者临床资料及代谢指标;分为MS组(159例)和非MS组(299例);对NDUFS1基因rs13024804、rs1044120、rs6435330、rs4147713这4个位点进行多态性检测,并进行组间及性别间分析。结果:NDUFS1基因4个位点各等位基因及基因型分布两组间差异无统计学意义;性别分层后发现,两组女性患者中携带rs1044120 T等位基因(GT+TT vs GG,P=0.002,OR=0.25,95%CI:0.10~0.61)、rs6435330 T等位基因(GT+TT vs GG,P<0.001,OR=0.21,95%CI:0.09~0.50)及rs4147713 G等位基因(TG+GG vs TT P=0.002,OR=0.26,95%CI:0.11~0.61)者患MS的危险性下降。男性患者中rs1044120位点T等位基因携带者血浆高密度脂蛋白水平显著高于非携带者[(1.33±1.26)mmol/L vs(1.09±0.48)mmol/L,P=0.034];女性患者中rs6435330位点T等位基因携带者舒张压显著低于非携带者[(71.43±7.134)mmHg vs(74.47±6.419)mmHg,P=0.032]。结论:在中国汉族精神分裂症患者中,NDUFS1基因多态性与氯氮平相关的MS无关联,女性患者中NDUFS1基因多态性与氯氮平相关的MS存在关联。 展开更多
关键词 人泛醌NADH脱fe-S蛋白1基因 氯氮平 单核苷酸多态性 代谢综合征 精神分裂症
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起始pH值对海洋混合菌群产氢量的影响
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作者 刘洪艳 王广策 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期43-48,共6页
对采自天津潮间带的污泥进行热休克处理,厌氧条件下富集混合菌群进行产氢试验;设置起始pH从4.0到8.0(间隔0.5个单位),比较混合菌群在不同pH培养条件下产氢量;利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析不同起始pH培养条件下的混合菌群组成。结果表... 对采自天津潮间带的污泥进行热休克处理,厌氧条件下富集混合菌群进行产氢试验;设置起始pH从4.0到8.0(间隔0.5个单位),比较混合菌群在不同pH培养条件下产氢量;利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析不同起始pH培养条件下的混合菌群组成。结果表明,在起始pH为7.0时,混合菌群产氢量最高。不同起始pH对产氢量的影响,依次为pH 6.5>pH 7.5>pH 8.0>pH 6.0>pH 5.5>pH 5.0>pH 4.5>pH 4.0。混合菌16S rRNA基因的PCR扩增产物经DGGE分离,电泳图谱表明,不同起始pH条件下混合菌群的优势菌相同,PCR产物的测序结果与Clostridium sp.存在比较高相似度(98%)。Fe-氢酶基因扩增产物在DGGE电泳图谱中存在一条特异条带,其测定序列与Clostridium perfringens氢酶基因相似度为98%。不同起始pH条件下混合菌群的产氢菌基本相同,混合菌群产氢量之间的差异可能在于起始pH对混合菌群Fe-氢酶基因活性的影响,有待进一步研究确定。 展开更多
关键词 起始pH 变性梯度凝胶电泳 16S RRNA基因 fe-氢酶基因
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Enhancement of Superoxide Dismutase and Catalase Activities and Salt Tolerance of Euhalophyte Suaeda salsa L. by Mycorrhizal Fungus Glomus mosseae 被引量:3
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作者 LI Tao LIU Run-Jin +1 位作者 HE Xin-Hua WANG Bao-Shan 《Pedosphere》 SCIE CAS CSCD 2012年第2期217-224,共8页
Arbuscular mycorrhizal (AM)-mediated plant physiological activities could contribute to plant salt tolerance. However, the biochemical mechanism by which AM fungi enhance salt tolerance of halophytie plants is uncle... Arbuscular mycorrhizal (AM)-mediated plant physiological activities could contribute to plant salt tolerance. However, the biochemical mechanism by which AM fungi enhance salt tolerance of halophytie plants is unclear. A pot experiment was conducted to determine whether salt tolerance of the C3 halophyte Suaeda salsa was enhanced by the AM fungus Glomus rnosseae. When 60-day-old S. salsa seedlings were subjected to 400 mmol L-1 NaC1 stress for 35 days, plant height, number of leaves and branches, shoot and root biomass, and root length of G. mosseae-colonized seedlings were significantly greater than those of the nonmycorrizal seedlings. Leaf superoxide dismutase (SOD) activity at all sampling times (weekly for 35 days after salt stress was initiated) and leaf catalase (CAT) activity at 2 and 3 weeks after salt stress was initiated were also significantly enhanced in G. mosseae-colonized S. salsa seedlings, while the content of leaf malondialdehyde (MDA), a product of membrane lipid peroxidation, was significantly reduced, indicating an alleviation of oxidative damage. The corresponding leaf isoenzymes of SOD (Fe-SOD, Cu/Zn-SOD1, and Cu/Zn-SOD2) and CAT (CAT1 and CAT2) were also significantly increased in the mycorrhizal seedlings after 14 days of 400 mmol L-1 NaC1 stress. Our results suggested that G. rnosseae increased salt tolerance by increasing SOD and CAT activities and forming SOD and CAT isoforms in S. salsa seedlings. 展开更多
关键词 antioxidant enzymes ISOENZYME MALONDIALDEHYDE NaC1 tolerance oxidative stress
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