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随机Fibonacci型序列的一个Gauss-Kuzmin-Lévy问题
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作者 张贤 《应用数学》 CSCD 北大核心 2020年第4期987-1001,共15页
本文研究与随机Fibonacci型序列相关的连分数展式的Gauss-Kuzmin问题.通过考虑在有界变差实值函数的Banach空间上相应的区间映射{τ_l:l∈N,l≥2}在其不变测度下的Perron-Frobenius算子,得到当2≤l≤257时相关分布函数的渐近特性,即对... 本文研究与随机Fibonacci型序列相关的连分数展式的Gauss-Kuzmin问题.通过考虑在有界变差实值函数的Banach空间上相应的区间映射{τ_l:l∈N,l≥2}在其不变测度下的Perron-Frobenius算子,得到当2≤l≤257时相关分布函数的渐近特性,即对应误差项或收敛率的直接下界与上界,最终表明其精确收敛率. 展开更多
关键词 fibonacci型序列 Gauss-Kuzmin问题 Perron-Frobenius算子 精确收敛率
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富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4在胃癌组织中的表达及临床意义
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作者 李引 林青雨 +2 位作者 钱辰 周侦 翟二涛 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2024年第3期327-333,共7页
目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月... 目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月至12月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本8对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取2004年1月至2005年12月在同一中心行手术治疗的117例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片。分析LRFN4在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4在8对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4在胃癌组织芯片中的表达。分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异。应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者的预后情况。应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素。结果LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态。LRFN4高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95%CI 2.273~6.686,P<0.001)。结论胃癌组织中LRFN4高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一。 展开更多
关键词 胃癌 富含亮氨酸重复序列/Ⅲ纤维连接蛋白4 癌症基因组图谱数据库 生物标志物 胃癌预后
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基于融合序列的远控木马流量检测模型
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作者 吴丰源 刘明 +2 位作者 尹小康 蔡瑞杰 刘胜利 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2024年第6期434-442,共9页
针对现有远控木马流量检测方法泛化能力较弱、表征能力有限和预警滞后等问题,提出了一种基于融合序列的远控木马流量检测模型。通过深入分析正常应用网络流量与远控木马流量在包长序列、包负载长度序列和包时间间隔序列方面的差异,将流... 针对现有远控木马流量检测方法泛化能力较弱、表征能力有限和预警滞后等问题,提出了一种基于融合序列的远控木马流量检测模型。通过深入分析正常应用网络流量与远控木马流量在包长序列、包负载长度序列和包时间间隔序列方面的差异,将流量表征为融合序列。将融合序列输入Transformer模型,利用多头注意力机制与残差连接挖掘融合序列内在联系,学习木马通信行为模式,有效地提升了对远控木马流量的检测能力与模型的泛化能力。所提模型仅需提取网络会话的前20个数据包进行检测,就能够在木马入侵早期做出及时预警。对比实验结果表明,模型不仅在已知数据中具有优异的检测效果,在未知流量测试集上同样表现出色,相比当前已有的深度学习模型,各项检测指标有较大提升,在远控木马流量检测领域具备实际应用价值。 展开更多
关键词 远控木马检测 融合序列 Transformer模 多头注意力机制 木马行为模式
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广义Fibonacci序列的Dedekind和
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作者 胡佳妮 胡宏 《淮阴师范学院学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期9-12,共4页
设{U_(n)}为广义Fibonacci序列,n为自然数,根据Dedekind和的定义和相关性质,研究了广义Fibonacci序列的Dedekind和S(U_(n),U_(n+1)),得到了和式∑^(m)_(n)=1S(U_(n),U_(n+1))的结果,其中m为正整数,推广了文[8]中的一个结果.
关键词 fibonacci序列 广义fibonacci序列 Dedekind的和
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基于等损伤的主余震序列型地震动PGA放大系数谱研究
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作者 雍飞 公茂盛 杨游 《地震工程学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期584-592,共9页
大地震发生后往往会伴随强余震发生,强烈余震会加重结构的破坏程度,在抗震设计及结构损伤评估中考虑余震的影响是一重要课题。采用NGA-West2数据库建立主余震序列型地震动记录数据集,基于损伤等效思想定义主余震作用下PGA放大系数α,针... 大地震发生后往往会伴随强余震发生,强烈余震会加重结构的破坏程度,在抗震设计及结构损伤评估中考虑余震的影响是一重要课题。采用NGA-West2数据库建立主余震序列型地震动记录数据集,基于损伤等效思想定义主余震作用下PGA放大系数α,针对单自由度体系结构,通过动力时程分析建立不同相对强度、不同场地条件下平均PGA放大系数谱,进一步通过回归分析构建PGA放大系数谱的预测方程,分析统计结果的离散性。结果表明:PGA放大系数谱受场地条件影响较小,受主余震相对强度影响显著;放大系数谱值随周期增大而减小。谱预测方程能够提供目标损伤下结构的主震PGA放大需求,并可以作为设计谱调整系数使用,以实现在结构抗震设计及结构损伤评估中考虑余震的影响。 展开更多
关键词 主余震序列地震动 单自由度体系 峰值加速度 相对强度
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禽腺病毒4型GZ-B1毒株的Hexon基因序列分析
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作者 罗青华 罗东还 +1 位作者 温贵兰 徐飞 《贵州畜牧兽医》 2024年第1期54-56,共3页
为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内... 为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内外13株FAdV参考毒株中的7株FAdV-C毒株同源性较高(95.8%~98.5%),其中与国内强毒株GDMZ、LC1611、SDSG、SDXL同源性最高(均为98.5%),与基因型A、B、D、E的6株参考毒株同源性较低(73.0%~77.5%)。遗传进化树显示,GZ-B1株与基因型A、B、D、E毒株处于不同进化分支,与国内外C基因型毒株处于同一进化分支,表明该毒株与C基因型毒株遗传差异较小,其中与国内C型强毒株LC1611的遗传差异最小,亲缘关系最近。结论:FAdV-4 GZ-B1株属于C基因型、血清4型,与国内流行株FAdV-4 LC1611亲缘关系最近,同源性最高。 展开更多
关键词 禽腺病毒4 GZ-B1毒株 Hexon基因 序列分析
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基于中心对数比变换的分布型符号数据时间序列建模研究
7
作者 陈梅玲 俞翰君 《统计与信息论坛》 CSSCI 北大核心 2024年第6期3-14,共12页
针对分布型符号数据线性运算不封闭的问题,提出了一种新的分布型符号数据时间序列模型。分布型符号数据分析为处理和分析大规模数据提供了一种全新而有效的思想,具有广泛的应用前景。然而由于表征分布型数据单元为概率分布函数,其特殊... 针对分布型符号数据线性运算不封闭的问题,提出了一种新的分布型符号数据时间序列模型。分布型符号数据分析为处理和分析大规模数据提供了一种全新而有效的思想,具有广泛的应用前景。然而由于表征分布型数据单元为概率分布函数,其特殊表达形式和内在约束导致缺乏合适的运算规则,极大地限制了统计技术的灵活运用。为此,采用中心对数比变换方法,先将表征分布型数据单元的概率密度函数等距变换成普通函数,变换后的函数可以采用函数空间中的线性运算和内积运算,在保持样本空间形态不发生改变的前提下,有效克服了概率分布函数内在约束的影响。进一步提出了分布型时间序列数据的模型识别和参数估计方法,并通过仿真实验和实际数据验证了所提模型方法的合理性和有效性。 展开更多
关键词 符号数据 分布数据 中心对数比变换 时间序列 贝叶斯空间
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4株禽腺病毒4型的分离及序列分析
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作者 邝瑞欢 陈玫婷 +4 位作者 孟宪波 王刚 徐志宏 谢梓民 董嘉文 《广东畜牧兽医科技》 2024年第4期43-48,共6页
禽腺病毒4型(Fowl adenovirus 4,FAdV-4)是家禽常见的传染病病原之一,可引起鸡心包积液-肝炎综合征,死亡率为20%-80%,给家禽养殖业造成巨大的经济损失。该研究分离鉴定了分别来自广东省和云南省的4株FAdV-4,通过对FAdV-4主要结构蛋白He... 禽腺病毒4型(Fowl adenovirus 4,FAdV-4)是家禽常见的传染病病原之一,可引起鸡心包积液-肝炎综合征,死亡率为20%-80%,给家禽养殖业造成巨大的经济损失。该研究分离鉴定了分别来自广东省和云南省的4株FAdV-4,通过对FAdV-4主要结构蛋白Hexon基因和Fiber-2基因的全基因扩增及序列分析,结果显示,4株FAdV-4分离株(分别命名为JM、QY、FS和YN)Hexon基因和Fiber-2基因的核苷酸序列相似性均为100%。Hexon基因和Fiber-2基因系统进化树显示,本研究分离的4株FAdV-4均位于I群禽腺病毒的C种,属于禽腺病毒4型分支,与我国流行的FAdV-4亲缘关系较近。该研究为探究目前流行的FAdV遗传进化关系提供了参考。 展开更多
关键词 禽腺病毒4 病毒分离 Hexon基因 Fiber-2基因 序列分析
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一例番鸭3型腺病毒感染的实验室诊断和序列分析
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作者 严红亚 李珂 +4 位作者 元正菊 常志顺 向文彬 信爱国 赵蓉 《云南畜牧兽医》 2024年第2期1-3,共3页
为确诊昆明某番鸭场送检病死番鸭的致病原因,对病死番鸭进行病理剖检、细菌分离培养、PCR检测以及序列分析。结果显示,所检样品无细菌感染,鸭3型腺病毒(DAdV-3)PCR核酸检测结果为阳性,其他病原核酸检测结果均为阴性;阳性PCR产物测序,基... 为确诊昆明某番鸭场送检病死番鸭的致病原因,对病死番鸭进行病理剖检、细菌分离培养、PCR检测以及序列分析。结果显示,所检样品无细菌感染,鸭3型腺病毒(DAdV-3)PCR核酸检测结果为阳性,其他病原核酸检测结果均为阴性;阳性PCR产物测序,基因序列比对及进化树分析,发现该样品基因序列与DAdV-3为同一进化树分支,同源性为100%。结合病理剖检特征、PCR检测及临床症状,诊断该番鸭场为鸭3型腺病毒感染。研究结果为DAdV-3感染的防控提供了参考。 展开更多
关键词 番鸭 鸭3腺病毒 序列分析
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3.0TDESS序列对神经根型颈椎病患者的诊断治疗价值及患者疼痛症状的影响研究
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作者 李晓辉 王祺 +2 位作者 张永婷 李会侠 杨圣辉 《中国科技期刊数据库 医药》 2024年第8期0168-0172,共5页
探讨3.0TDESS序列对神经根型颈椎病患者的诊断治疗价值及患者疼痛症状的影响。方法 自2017年5月至2018年12月,我院接诊了84例患有神经根型颈椎病的患者。为了进行研究,我们采用数字表法将这些患者随机分成了两组。对照组应用核磁共振常... 探讨3.0TDESS序列对神经根型颈椎病患者的诊断治疗价值及患者疼痛症状的影响。方法 自2017年5月至2018年12月,我院接诊了84例患有神经根型颈椎病的患者。为了进行研究,我们采用数字表法将这些患者随机分成了两组。对照组应用核磁共振常规序列诊断,研究组应用核磁共振3.0TDESS序列诊断,根据诊断结果为两组患者进行经椎间孔选择性神经根阻滞术治疗,分析两组患者疼痛改善情况以及治疗效果。结果 与对照组相比,研究组在治疗臂丛神经椎管内神经前根和后根的显示情况方面没有显著差异(P>0.05),尽管研究组的显示率略高;同时,研究组的治疗效果显著优于对照组(P<0.05);此外,研究组的NDI评分和VAS评分均低于对照组(P<0.05)。结论 在对患者椎管内神经进行诊断时,采用3.0TDESS序列可以提高患者神经显示率,进而为后续治疗提供更加准确的参考,准确的神经结构显示和定位可以提高治疗效果,促进患者临床症状的改善,临床上应当进一步推广应用。 展开更多
关键词 核磁共振 3.0T DESS序列 常规序列 神经根颈椎病 经椎间孔选择性神经根阻滞术 疼痛
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ABO疑难血型的基因型鉴定与序列分析 被引量:9
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作者 林秋燕 张进萍 +4 位作者 黄震宇 黄清华 范丽萍 付丹晖 黄豪博 《中国输血杂志》 CAS 2023年第1期8-10,共3页
目的 研究20例ABO疑难血型标本的基因型并鉴定其分子生物学特性。方法 应用标准血型血清学鉴定技术分析标本的血清学表型。应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增标本ABO基因7个外显子,对PCR产物进行直接测序,分析ABO... 目的 研究20例ABO疑难血型标本的基因型并鉴定其分子生物学特性。方法 应用标准血型血清学鉴定技术分析标本的血清学表型。应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增标本ABO基因7个外显子,对PCR产物进行直接测序,分析ABO疑难血型的基因分型和序列。结果 20例ABO疑难血型标本的血清学表型分别为:A抗原减弱5例、A抗原减弱合并抗-A15例、A抗原正常合并抗-A12例、B抗原减弱8例,基因型分别为:Ax02/O01 3例、Ael07/O01 2例、B313/O01 2例、A204/O02、A220/O01、Ael07/O02、Ael02/O01、Ael02/O02、Ax03/O01、Ax03/O02、B313/O02、B302/O01、B302/O02、Bw19/O02、A102/B313、A101/Bw37各1例。结论 ABO基因分型技术可精准鉴定疑难标本的血型,提供明确的血型遗传学信息,保障临床用血安全。 展开更多
关键词 ABO血 疑难血 基因 序列分析
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一类区间值时间序列IO型异常点检测方法及其在金融时序分析中的应用 被引量:1
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作者 陶志富 冯浩洋 陈华友 《运筹与管理》 CSSCI CSCD 北大核心 2023年第4期118-125,共8页
针对区间值时间序列的异常点检测问题,从区间数据的区间中心和区间半径出发,基于ARIMA的点值时间序列IO型异常点检测原理,构造一类区间值时间序列IO型异常区间的检测方法。其中,对区间值时间序列IO型异常区间的概念和类型进行了具体的界... 针对区间值时间序列的异常点检测问题,从区间数据的区间中心和区间半径出发,基于ARIMA的点值时间序列IO型异常点检测原理,构造一类区间值时间序列IO型异常区间的检测方法。其中,对区间值时间序列IO型异常区间的概念和类型进行了具体的界定,给出了区间值时间序列IO型异常区间的检测步骤。最后,针对上证指数2016年1月4日到2018年12月28日每日最高价和最低价构成区间值时间序列且其每日收盘价构成点值时间序列,用所提方法进行IO型异常区间的检测,通过和传统点值异常检测结果的对比分析表明,所提方法能够更有效地识别出金融时间序列中存在的异常状况。 展开更多
关键词 区间值时间序列 异常点 IO异常区间 检测 上证指数
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基于云模型与Fibonacci的混沌伪随机序列发生器设计 被引量:1
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作者 魏连锁 胡现成 +2 位作者 郭媛 陈炜 马志昇 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2019年第8期57-61,共5页
结合云模型在精确数值间的随机性和模糊性,以及三阶Fibonacci序列产生速度快、可控参数多的特点,提出了一种将云模型与广义三阶Fibonacci相结合的混沌系统伪随机序列发生器。利用量子Logistic混沌系统产生的混沌序列作为广义三阶Fibona... 结合云模型在精确数值间的随机性和模糊性,以及三阶Fibonacci序列产生速度快、可控参数多的特点,提出了一种将云模型与广义三阶Fibonacci相结合的混沌系统伪随机序列发生器。利用量子Logistic混沌系统产生的混沌序列作为广义三阶Fibonacci函数模型的参数,实现参数的动态随机更替;将云发生器产生的云滴群作为广义三阶Fibonacci函数的变量,再由广义三阶Fibonacci函数与Logistic 映射级联耦合得到广义三阶Fibonacci混沌系统模型,基于此模型设计了一种伪随机序列发生器。实验分析表明,该发生器能快速并行产生混沌伪随机序列,具有结构简单、伪随机性强、分布均匀、相关性小等特征,并且每次产生的混沌伪随机序列都具有独立随机性,无法找到周期规律,从而克服了混沌伪随机序列发生器设计中存在的根本性缺陷。 展开更多
关键词 云模 广义三阶fibonacci 混沌系统 伪随机序列发生器
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2型糖尿病合并感染患者肺炎克雷伯菌分布及预后影响因素分析 被引量:1
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作者 顾玉凤 李晓莹 冷蓓峥 《陕西医学杂志》 CAS 2024年第4期491-495,共5页
目的:探讨2型糖尿病(T2DM)合并感染患者肺炎克雷伯菌(KP)分布及预后影响因素分析。方法:选择226例T2DM患者为研究对象,根据是否合并KP感染分为未感染组(n=170)和感染组(n=56),分析T2DM患者感染的危险因素。收集T2DM合并感染患者KP标本,... 目的:探讨2型糖尿病(T2DM)合并感染患者肺炎克雷伯菌(KP)分布及预后影响因素分析。方法:选择226例T2DM患者为研究对象,根据是否合并KP感染分为未感染组(n=170)和感染组(n=56),分析T2DM患者感染的危险因素。收集T2DM合并感染患者KP标本,记录标本来源并进行菌种鉴定和药敏试验,并对所有菌株进行多位点序列(MLST)分型,记录预后情况。结果:基础疾病、抗生素使用、侵入性操作、血清白蛋白(ALB)、糖化血红蛋白(HbA1c)、空腹血糖(FPG)为影响T2DM发生感染的危险因素(均P<0.05)。T2DM合并感染患者体内分离56株肺炎克雷伯菌,肺炎克雷伯菌在痰液中的占比最高为44.62%,其次为尿液19.64%,血液中占比16.07%,脓液中占比12.5%,其他标本占比7.14%。56株KP总耐药率最高为氨苄西林,最低为亚胺培南,痰液标本中KP对头孢呋辛、头孢哌酮、庆大霉素耐药率高于非痰液标本,非痰液标本中KP对头孢他啶高于痰液标本(均P<0.05)。56株肺炎克雷伯菌MLST分型共发现42个ST型,ST-20型、36型、65型、347型、660型各2株,分别占3.57%,23型4株占7.14%,ST-17、25、29、35、37、45、86、189、208、211、218、322、355、412、490、519、557、595、726、776、1049、1092、1103、1319、1569、1916、2059、3014、3140、3536、4023、4194、4262、4412、4857型各1株,分别占1.78%,其他ST型7株占比12.5%。56例T2DM合并KP感染患者预后良好患者52例,预后不良患者4例,预后良好率为92.86%。结论:T2DM合并感染患者KP主要分布在痰液和尿液中,基础疾病、抗生素使用、侵入性操作、ALB、HbA1c、FPG是影响KP感染发生危险因素,T2DM合并KP感染患者根据药敏结果选择用药,有利于患者预后。 展开更多
关键词 2糖尿病 肺炎克雷伯菌 耐药率 多位点序列 预后 危险因素
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HIV-1整合酶基因序列分析方法验证
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作者 王绪琴 林倩茹 +7 位作者 冯琬清 董原 郁晓磊 刘长河 宁镇 沈鑫 潘启超 林怡 《检验医学》 CAS 2024年第4期369-375,共7页
目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基... 目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1 整合酶基因序列分析 基因耐药检测
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2017年~2023年河南省猪圆环病毒2型的流行调查及遗传变异分析
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作者 冷超粮 马秀秀 +14 位作者 宋佳静 王佳宝 贾楠 田想 刘华 李峻婕 段竹君 刘思 翟洪月 张腾 史鸿飞 李娜 姚伦广 阚云超 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期960-966,共7页
为了解河南省猪圆环病毒2型(PCV2)的流行及变异情况,本研究采集该地区规模化猪场2017年1月~2023年6月939份表现为繁殖障碍和呼吸道症状的病猪血液或组织样品,采用PCR方法进行PCV2检测。结果显示,PCV2总阳性率为31.42%(295/939);2017年~2... 为了解河南省猪圆环病毒2型(PCV2)的流行及变异情况,本研究采集该地区规模化猪场2017年1月~2023年6月939份表现为繁殖障碍和呼吸道症状的病猪血液或组织样品,采用PCR方法进行PCV2检测。结果显示,PCV2总阳性率为31.42%(295/939);2017年~2022年PCV2阳性率逐年降低,分别为58.65%(61/104)、49.48%(48/97)、28.57%(36/126)、16.15%(31/192)、11.52%(19/165)和7.87%(7/89),而2023年迅速上升,达到56.02%(93/166)。利用PCR扩增29份PCV2阳性样品的全基因组序列并测序,采用Meg Align分析PCV2流行株全基因组序列与Gen Bank中4株PCV2参考株全基因组序列的同源性;采用MEGA 11软件利用NJ法构建PCV2流行株ORF2基因与Gen Bank中24株PCV2参考株ORF2基因的系统发育树;采用Meg Align分析PCV2流行株Cap蛋白氨基酸序列的变异特征;采用RDP4和Sim Plot分析PCV2流行株全基因组的重组特征。全基因组同源性分析结果显示,本研究鉴定的PCV2全基因组序列之间的同源性为95.1%~100%,与PCV2参考株的同源性为93.7%~98.6%,其中与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH(AY686763)的同源性分别为94.8%~96.2%、95.3%~98.6%和96.6%~97.8%,与来自丹麦的代表株PCV2c DK1980PMWSfree株(EU148503)的同源性为93.7%~95.1%。此外,两株2023年的PCV2流行株HN230522和HN231217与参考株的同源性仅为94.5%~97.9%。进化树结果显示,有19株PCV2流行株与PCV2d基因型参考株聚为一个分支,10株与PCV2b基因型参考株聚为一个分支。其中今年出现的PCV2流行株HN230522和HN231217株虽然属于PCV2d基因型,但处于一个相对独立的分支。Cap蛋白氨基酸序列分析结果显示,与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH株(AY686763)相比,部分PCV2流行株在构象表位区(aa47~aa85和aa165~aa200)存在R^(48)H、A^(59)K/R、G^(85)D、P^(151)T、N^(178)S、R^(180)K和G^(197)S的突变,在基因型特异性结构域(aa190~aa191/aa206/aa210)存在K^(206)I的突变,且HN230522株在核定位信号区(NLS)(aa1~aa41)存在特有的V^(30)L突变,HN231217株在基因型特异性结构域(aa89~aa91)存在特有的^(89)RTV^(91)残基。重组分析结果显示,有高达65.52%(19/29)的PCV2流行株存在疑似的重组片段,且重组片段全部位于ORF1中。上述结果表明,今年以来河南省猪场PCV2阳性率快速上升,且流行株出现了较大变异,应加强对PCV2流行动态和遗传变异的监测。本研究为河南省PCV2分子流行病学、疫苗研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2 流行病学调查 序列分析 CAP蛋白 遗传变异
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全基因组测序分析生畜肉中沙门氏菌血清型、耐药性与毒力因子
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作者 刘靓 李兵兵 +5 位作者 李洁 李双姝 孙敏 杨鹏飞 邢亚东 陈大伟 《肉类研究》 北大核心 2024年第4期23-29,共7页
了解市售生畜肉中沙门氏菌(Salmonella)血清型、序列型(sequence typing,ST)分布、耐药性和毒力因子特征,探讨ST与耐药性和毒力的关系。收集2020—2023年从生畜肉中分离的68株沙门氏菌,用血清凝集法鉴定其血清型,微量肉汤稀释法进行药... 了解市售生畜肉中沙门氏菌(Salmonella)血清型、序列型(sequence typing,ST)分布、耐药性和毒力因子特征,探讨ST与耐药性和毒力的关系。收集2020—2023年从生畜肉中分离的68株沙门氏菌,用血清凝集法鉴定其血清型,微量肉汤稀释法进行药物敏感检测;全基因组测序分析多位点序列分型、耐药基因与毒力因子,并结合系统发育树分析其相关性。结果表明:68株沙门氏菌可分为14种血清型,以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为主,ST以ST19、ST34和ST11为主;多重耐药菌株占比69.12%(47/68),对氨苄西林(76.47%)、四环素(55.88%)和萘啶酸(52.94%)耐药率较高;68株沙门氏菌均携带菌毛吸附相关因子、镁离子转运相关因子、非菌毛类吸附相关因子、调控相关因子和分泌系统相关因子;生畜肉中污染的沙门氏菌血清型种类多样,耐药性严重且携带多种毒力因子,需要加强畜类养殖和生产销售的管理。 展开更多
关键词 沙门氏菌 全基因组测序 序列 耐药性 毒力因子
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血清Ⅱ型鸡马立克氏病毒的分离鉴定及SW14分离株pp24基因的序列分析 被引量:2
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作者 林雨萌 胡明雪 +10 位作者 刘长军 葛成菲 郭榕容 李凯 崔红玉 高立 祁小乐 王素艳 王笑梅 高玉龙 张艳萍 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期864-868,共5页
为了解鸡马立克氏病毒(MDV)在我国鸡群中的流行情况,本研究于2021年从福建省已免疫鸡马立克氏病(MD)疫苗鸡群且发生疑似MD病例的鸡场采集21份疑似发病蛋鸡外周血,分离其淋巴细胞接种鸡胚成纤维细胞(CEF),5 d后收集病毒,盲传1~2代后获得2... 为了解鸡马立克氏病毒(MDV)在我国鸡群中的流行情况,本研究于2021年从福建省已免疫鸡马立克氏病(MD)疫苗鸡群且发生疑似MD病例的鸡场采集21份疑似发病蛋鸡外周血,分离其淋巴细胞接种鸡胚成纤维细胞(CEF),5 d后收集病毒,盲传1~2代后获得21株能够形成典型MDV蚀斑的分离株,依次命名SW1~SW21,采用PCR分别扩增MDV血清Ⅰ型(MDV-1) Meq基因、Ⅱ型(MDV-2) ORF873基因、Ⅲ型(MDV-3) US3基因进行MDV分型鉴定,扩增鸡传染性贫血病毒(CAV) VP3基因、禽网状内皮组织增殖病病毒(REV) LTR基因、禽白血病病毒A亚群(ALV-A)、B亚群(ALV-B)、J亚群(ALV-J)的env基因进行外源病毒检测,结果显示MDV-1均为阴性,MDV-2均为阳性,MDV-3阳性率为38.1%(8/21),未检测到外源病毒基因。在MDV-2分离株中选择SW14株进行pp24基因的PCR扩增,测序后与MDV-2参考株SB-1、301B/1、HPRS24的pp24基因进行基因序列比对分析,结果显示,SW14和SB-1株同源性(96.3%)最高。通过透射电镜观察SW14,可见分离株呈双环型,直径约110 nm,符合MDV病毒粒子形态特征。本研究证实该鸡场中存在MDV-2流行,可能会影响疫苗的免疫效果,但其致病性有待进一步研究。本研究从疑似发病蛋鸡中分离到新的MDV-2株,为我国MDV-2的研究提供重要参考依据,同时为我国MD疫情防控提供有价值的研究材料。 展开更多
关键词 鸡马立克氏病毒 分离鉴定 血清Ⅱ 血清Ⅲ pp24基因序列分析
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大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验 被引量:1
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作者 唐雪梅 周彦锋 +6 位作者 方弟安 罗宇婷 张敏莹 蒋书伦 张希昭 彭飞 尤洋 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期413-423,共11页
利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 ... 利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 803 017 bp,占全基因组长度的2.53%;在6种重复类型的微卫星中,二核苷酸数量最多(401 585个,占比68.35%)。针对微卫星位点设计的99对引物中,有39对具有多态性,选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验,结果表明,多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现,洄游型群体(崇明岛群体)遗传变异丰富(平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576),与淡水群体[太湖群体(陆封型)和连环湖群体(移植型)]分属于2个不同的遗传群组,两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(遗传分化指数高于0.25,P<0.05);淡水群体(太湖和连环湖群体)的遗传变异相对匮乏,2个群体间的遗传距离较小,虽存在显著的遗传分化,但遗传分化水平较低(遗传分化指数为0.102,P<0.05)。本研究结果表明,洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值,可为后续大银鱼全基因组微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据,并为后续更大范围的群体种质资源评估与管理提供参考。 展开更多
关键词 大银鱼 基因组简单重复序列 生态群体 遗传分化
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序列型地震作用下地铁车站损伤分析 被引量:2
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作者 钟紫蓝 冯立倩 +2 位作者 史跃波 温卫平 赵密 《岩土工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1586-1594,共9页
以往地下结构抗震分析中,通常只关注单次地震作用下结构峰值响应,对地下结构在序列型地震动下损伤机理认识不足。聚焦序列型地震动下地铁车站的损伤分析,以揭示余震对地下结构损伤的影响规律并探究合理的结构抗震性能指标。挑选7条真实... 以往地下结构抗震分析中,通常只关注单次地震作用下结构峰值响应,对地下结构在序列型地震动下损伤机理认识不足。聚焦序列型地震动下地铁车站的损伤分析,以揭示余震对地下结构损伤的影响规律并探究合理的结构抗震性能指标。挑选7条真实主余震序列,通过地震动反演生成下卧基岩序列地震记录。考虑序列地震动方向性和相对强度的影响,开展土-地下结构系统非线性动力时程分析,并采用峰值层间位移角,残余层间位移角和Park-Ang指数评估地下结构地震损伤。分析结果表明,余震的方向性对损伤的影响呈现不规律性。主余震相对强度较大时,余震引起主震震损后的地下结构向更高级损伤状态跃迁。在地下结构地震损伤评价指标选择方面,残余层间位移角受主余震的相对方向影响显著,而峰值层间位移角无法反映余震强度小于主震时对结构造成的损伤,均不适合作为表征余震造成地下结构附加损伤的指标。而Park-Ang指数除能反映过度变形损伤外还能反映累积滞回能量耗散,能较好地表征结构在主余震下的真实损伤,较适合作为序列型地震作用下地下结构损伤评价指标。 展开更多
关键词 序列地震动 地下结构 增量损伤 非线性时程分析 地铁车站
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