Filmarray全自动医用PCR分析系统检测临床疑似呼吸道感染患者的数据分析

目的回顾性分析Filmarray全自动医用PCR分析系统对呼吸道感染的诊断潜力和临床应用。方法选取该院2016年8月至2019年6月临床疑似呼吸道感染的231例门诊、住院患者,比较Filmarray全自动医用PCR分析系统检测20种常见呼吸道相关病原体的结果,分析住院患者临床资料,评价Filmarray全自动医用PCR分析系统在临床应用中的价值。结果共检测住院患者160例,呼吸道病原体阳性率为38.13%,其中呼吸科患者检测总例数最多,占61.25%,儿科患者阳性率最高,为77.78%;共检测门诊患者71例,阳性率为36.62%,急诊科患者检测总例数最多,占32.39%。呼吸科住院患者与非呼吸科住院患者的年龄、吸烟、慢性阻塞性肺疾病、体温、咳嗽、肌肉痛或疲劳、咳痰,以及白细胞计数、B型脑钠肽水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论应用Filmarray全自动医用PCR分析系统能快速检测常见呼吸道感染相关病原体,对呼吸道感染性疾病的诊断及治疗有重要意义。

蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原谱检测分析

目的:分析蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原谱特征,为制定有效防控措施提供依据。方法:2022年1—8月,采集蚌埠市流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本1 625份,其中6~15岁儿童标本233份,每月抽取10例左右6~15岁儿童病例标本,共抽取80例。使用荧光定量PCR法进行流感病毒和新冠病毒核酸检测,应用FilmArray多重巢式PCR检测技术检测22种病原体。分析流感、新冠病毒实时荧光定量PCR检测结果,以及蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原体种类、不同月份急性呼吸道感染病原体构成、不同年龄段及性别急性呼吸道感染病原体检出情况、病原体检出特征。结果:1 625份送检标本,新冠检测全部阴性;流感检出阳性242例(14.89%),其中甲型季节性H3亚型阳性133例(8.18%),B型Victoria系阳性109例(6.71%)。233份6~15岁儿童标本,流感检出阳性23例(9.87%),其中甲型季节性H3亚型阳性4例(1.72%),B型Victoria系阳性19例(8.15%)。6~15岁儿童与全部人群的流感及亚型检出率比较差异无统计学意义(P>0.05)。80份呼吸道咽拭子标本中检出病原体28份(35.00%);检出7种病原体共32株,其中人鼻病毒/肠道病毒(37.50%)、B型流感病毒(34.38%)占比较高。2022年1—2月是B型流感流行高峰,其他病原体检测阳性率不同月份间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。不同年龄段、性别急性呼吸道感染病原体检出阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。28例检测阳性病例标本中,单一感染25例(89.29%),双重感染2例(7.14%),三重感染1例(3.57%),单一感染占比最高(P<0.001);检出病毒感染26例(92.86%),细菌2例(7.14%)。结论:人鼻病毒/肠道病毒和流感病毒是蚌埠市6~15岁儿童主要的急性呼吸道感染病原体,除流感病毒外,人鼻病毒等其他病原体不同时期检测阳性率比较,差异均无统计学意义。

FilmArray GI Panel在食品中食源性致病菌检测的应用

目的运用FilmArray全自动病原微生物检测系统快速检测方法与国家标准方法对一份食品样本中食源性致病菌同时开展检测,探讨FilmArray在食品中食源性致病菌检测的应用。方法将1份生牛肉样品分别用E.coli肉汤(EC)和缓冲蛋白胨水(BPW)两种增菌液增菌后,使用FilmArray检测系统的GI Panel胃肠道感染测试条进行检测;按照GB 4789以及《霍乱防治手册》规定的方法对12种常见的食源性致病菌:沙门菌、弯曲菌、志贺菌、副溶血弧菌、霍乱弧菌、5种致泻性大肠埃希菌(EAEC、ETEC、EPEC、STEC、EIEC)、O157、小肠结肠炎耶尔森菌进行检测。结果运用FilmArray对食品样本经两种增菌液增菌后的检测结果一致,检出6种食源性致病菌,包括类志贺邻单胞菌、霍乱弧菌、沙门菌、STEC、ETEC、EIEC。按照国标以及《霍乱防治手册》方法检出5种食源性致病菌,包括霍乱弧菌(非O1/O139)、沙门菌(德尔卑)、STEC、ETEC、EIEC。结论两种方法检测出食品样本中的食源性致病菌基本一致,FilmArray可对食品样本增菌液进行快速初筛检测,为后续病原菌分离提供一定指示作用。

FilmArray检测在儿童急性下呼吸道感染中的应用价值及卫生经济学分析

目的探究FilmArray检测在儿童急性下呼吸道感染中的应用价值并进行卫生经济学分析。方法选取2016年12月1日至2017年11月30日入住我院的急性下呼吸道感染患儿1380例,部分患儿(FilmArray组)应用FilmArray检测呼吸道感染病原体,其他患儿(对照组)应用呼吸道病毒7项抗原检测,金胶体法检测甲型流感、乙型流感和肺炎支原体抗体检测,排除存在基础疾病者,并采用倾向得分匹配法(Propensity Score Matching)平衡FilmArray组与对照组间基本资料不均衡的变量,得到匹配者。分析病原体检出情况,比较组间临床指标、抗感染药物使用情况及住院相关费用。结果FilmArray组检测的阳性率明显高于对照组(86.88%比45.91%)。FilmArray组检出最多的病原体为腺病毒(39例),其次为鼻病毒(34例)、副流感病毒(30例),检出百日咳鲍特菌阳性9例。FilmArray组住院时间短于对照组[(8.89±6.23)d比(11.51±4.43)d],抗生素使用时间短[(7.09±5.67)d比(10.00±3.39)d]。FilmArray组比对照组抗生素使用费用更少,住院时间更短,应用FilmArray检测平均每人可节约住院费用近2000元。结论FilmArray检测应用于儿童急性下呼吸道感染能快速、准确地明确多种病毒、细菌及非典型病原体感染,更好地指导抗感染药物使用。FilmArray检测的应用缩短了患儿的平均住院天数,增加了医疗资源的利用效率,降低患儿家庭的医疗成本和间接经济损失,带来卫生经济学获益。

Filmarray在儿童社区获得性肺炎中的应用价值

Filmarray作为一种多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)病原检测体系,具有通量高、阳性率高等特点,该文评价了Filmarray在儿童社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)中的病原检测性能、临床价值和经济学价值。支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)是用于Filmarray呼吸道病原检测较好的样本类型。Filmarray呼吸检测体系(Filmarray respiratory panel,FARP)可作为CAP中常规检测方法阴性时病原体补充检测手段之一,可提供重症CAP患儿更多的病原信息,可为重症CAP提供"早期病原预警"信号,可能对重症CAP或重症CAP转化倾向的患儿更加适用。Filmarray肺炎检测体系(Filmarray pneumonia panel,FAPP)在重症CAP早期或者病情加重时提供快速的病原结果和耐药基因结果辅助指导抗生素针对性的使用,有望发挥一定的抗生素管理潜力。FARP和FAPP的结果需要医生综合患儿临床特征进行判读,评价两种检测体系中的临床指标和经济学价值,需严格控制混杂因素。

1起空肠弯曲菌疫情的调查与病原快速鉴定

目的对1起食物中毒进行调查和病原学检测,并进行耐药情况及溯源分析。方法对1起腹泻疫情进行流行病学调查;采集可疑病例和环境标本,用FilmArray仪器进行混合标本的快速判定,采用弯曲菌试剂盒(滤膜法)进行分离培养,用基质辅助激光解析飞行质谱进行确证,用脉冲场凝胶电泳探究同源性,并对菌株的耐药性进行分析。结果该起腹泻疫情持续时间5 d,共报告21例病例,均为男性,罹患率1.4%。病例在食堂有共同就餐史,无其他聚集性活动,可疑食物为4月9日中午食堂供应的凉皮。采集25件病例和环境标本,先用FilmArray仪器对混合标本快速筛选,结果为空肠弯曲菌阳性;采用弯曲菌试剂盒(滤膜法)培养得到8株菌落典型的可疑空肠弯曲菌,均分离自病例粪便标本;基质辅助激光解析飞行质谱法确证菌株均为空肠弯曲菌,毒株阳性分离率为32.0%。8株分离株PFGE带型100%一致,聚类分析显示为同一克隆株,对环丙沙星耐药率50.0%,对萘啶酸耐药率12.5%,对其他药物均敏感。结论结合FilmArray法和基质辅助激光解析飞行质谱技术可快速鉴别出腹泻疫情的致病因子,辅以PFGE分子分型可进行溯原分析。

6岁以下儿童急性喘息性疾病病原学与临床特点分析

目的了解6岁以下儿童急性喘息性疾病病原种类及临床特点,为疾病的预防和治疗提供参考依据。方法选取上海儿童医学中心2016年12月-2017年11月收治入院的6岁以下急性喘息性疾病患儿259例,通过Film Array平台检测17种病毒、非典型病原体及百日咳鲍特菌。根据结果分别对病原菌组成、季节分布特点及单病原组、混合病原组临床资料进行分析。结果 259例患儿标本中,阳性总检出率88.4%(229/259),其中以呼吸道合胞病毒(RSV)检出率最高(15.4%,40/259),其次为鼻病毒/肠病毒(12.4%,32/259)、副流感病毒3型(6.9%,18/259)。混合感染38.2%(99/259),以鼻病毒/肠病毒最多(46.5%,46/99),其中以鼻病毒混合副流感病毒3型检出率最高(9.1%,9/99)。RSV感染多发生在秋冬季(χ~2=28.787,P<0.001),副流感病毒3型多发生在春夏季(χ2=30.312,P<0.001)。混合感染组患儿喘息天数明显多于单病原感染组(Z=-2.698,P<0.01),差异有统计学意义。结论 6岁以下儿童急性喘息性疾病病原主要为呼吸道病毒感染,且混合感染多见,故喘息发病的初期对病原体的诊断非常重要。Film Array检测系统为多重巢式PCR系统,可检测20种病原体,运行时间短,有助于病原的早期、快速诊断和合理用药,对临床治疗具有重要的指导意义。

分子即时检验(POCT)在病毒性呼吸道感染疾病诊断中的应用前景

病毒性呼吸道感染疾病严重危害人类健康,在世界范围内可引起较高的发病率和病死率。许多病毒性呼吸道感染疾病表现出相似的临床症状,故病原体的快速检测及鉴定对药物的合理使用、疾病诊疗以及减少患者和社会经济压力等方面均具有重要意义。与常规临床实验室检测相比,分子即时检验(POCT)更有助于快速鉴定病原体,提高呼吸道病毒的检出率,减少不必要的抗菌药物使用,以及合理使用抗病毒药物。本文主要阐述病毒性呼吸道感染疾病的现状、POCT的临床应用及病毒性呼吸道感染的检测方法,重点介绍新兴的FilmArray呼吸道分子即时检测在病原体鉴定中的优势及潜力。

一起不明原因腹泻疫情的病原学研究

目的研究一起常州地区发生的不明原因感染性腹泻疫情的病原种类。方法应用FilmArray多重PCR法及实时荧光定量PCR快速检测腹泻病例肛拭子标本。结果18份病例标本中5份为肠出血性大肠杆菌(EHEC)。结论该起疫情由EHEC引起。

多重不对称PCR-电化学芯片技术检测感染性腹泻病原体的临床价值

目的探索基于多重不对称PCR-电化学芯片技术检测感染性腹泻病原体的临床价值。方法收集2018年10月至2019年6月该院住院及门诊腹泻患儿标本,以细菌培养鉴定和测序结果作为感染性腹泻病原体诊断的“金标准”,采用多重不对称PCR-电化学芯片技术和FilmArray gastrointestinal panel法(以下简称FilmArray法)进行检测并比较结果。结果共收集102例感染性腹泻患儿标本,多重不对称PCR-电化学芯片技术的阳性检出率为76.47%,与“金标准”方法比较,灵敏度为90.24%,特异度为80.00%,2种方法检测结果完全和部分一致的有90例,一致率为88.24%,具有较好的一致性(Kappa>0.4)。FilmArray法的阳性检出率为84.31%,与“金标准”方法比较,灵敏度97.56%,特异度70.00%,2种方法检测结果完全和部分一致的有94例,一致率为92.16%,具有较好的一致性(Kappa>0.4)。结论多重不对称PCR-电化学芯片技术系统灵敏度、特异度较好,具有良好的临床应用价值。

婴儿疑似百日咳的临床特征及病原比较分析

目的了解婴儿疑似百日咳的临床特征及病原种类，为疾病的治疗提供参考依据。方法将2016年11月至2017年8月上海儿童医学中心收治的71例年龄〈1岁临床疑似百日咳患儿采集鼻咽拭子或痰标本，通过Filmarray平台检测百日咳鲍特菌及17种病毒。根据结果分为百日咳组（29例）、类百日咳组（42例），按病情严重程度分为轻症组（50例）、重症组（21例），对各组临床资料进行比较分析。结果71例患儿均以咳嗽为主述入院。百日咳组患儿痉挛性咳嗽发生率、白细胞计数、淋巴细胞比例、混合病毒感染比例均明显高于类百日咳组[18例（62.1%）比9例（21.4%），χ2＝12.023，P〈0.01；（20.00±8.62）×10^9/L比（13.42±6.58）×10^9/L，t＝－3.647，P〈0.01；（70.38±8.97）%比（56.26±20.38）%，t＝－3.967，P〈0.01；22例（75.9%）比16例（38.1%），χ2＝9.836，P〈0.01]；类百日咳组患儿混合细菌感染率高于百日咳组[13例（31.0%）比3例（10.3%），χ2＝4.173，P〈0.05]。重症组患儿咳嗽后发绀发生率及住院天数明显高于轻症组[12例（57.1%）比12例（24.0%），χ2＝7.260，P〈0.01；（14.5±7.8）d比（7.0±3.1）d，t＝－4.250，P〈0.01]。百日咳组患儿予大环内酯类、复方磺胺甲恶唑片抗感染，类百日咳组患儿予抗病毒等对症治疗后，67例（94.4%）患儿治愈出院；3例（4.2%）临床症状改善。结论疑似百日咳患儿的临床特征并不典型，故早期病原学的诊断非常重要。Filmarray检测系统为多重PCR系统，可检测20种病原体，运行时间短，对于病原的早期、快速诊断和合理用药具有很大的辅助指导作用，值得临床推广。

儿童呼吸道腺病毒感染临床特征和流行情况分析

目的探讨儿童呼吸道腺病毒感染的临床特征及流行病学情况,为本地区腺病毒感染的诊断、监测及防治提供依据。方法选取2016年11月至2017年11月在上海儿童医学中心住院的呼吸道感染病例样本775例,通过FilmArray检测84例为腺病毒感染。结果775例病例中检出84例腺病毒感染,阳性率10.8%。腺病毒感染全年散发,流行高峰为冬春夏季,尤其是冬季检出率20.8%,1月份检出率最高32.2%。发病年龄以6个月~2岁为主(占47.7%)。常见临床表现为发热(91.7%)、咳嗽(96.4%)、喘息(48.8%)、气促(14.2%)。15例(17.9%)伴有基础疾病,其中伴先天性心脏病最多(9例,10.7%)。混合感染53例(63.1%),合并人鼻病毒/肠病毒比例最高(21例,25.0%)。诊断上呼吸道感染5例,支气管炎3例,肺炎76例,其中轻症肺炎55例,重症肺炎21例。平均住院时间为8.3 d。混合感染组住院天数、喘息例数、重症病例数明显高于单一感染组(P<0.05)。重症组住院天数、喘息症状、肺外症状、存在基础疾病、混合感染明显高于轻症组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论腺病毒感染好发于6个月~2岁儿童,冬春夏季高发,1月份为感染高峰。临床表现以高热、咳嗽、喘息为主。有基础疾病、喘息症状、肺外症状、混合感染的患儿更易进展为重症。FilmArray检测系统可以快速、准确检测病原,为临床医师早期诊断、监测及防治提供依据。

一起空肠弯曲菌食源性疾病事件的实验室检测分析

目的 对一起空肠弯曲菌食源性疾病事件进行病原学鉴定,为突发公共卫生事件的处置提供实验室依据。方法 收集事发单位的患者肛拭子、厨工肛拭子、食堂留样食品以及加工环境棉拭样,采用FilmArray多重PCR系统对22种常见胃肠道病原体进行快速鉴定,并结合实时荧光定量PCR(real time fluorescent quantitative PCR,RT-PCR)技术初步确定目标病原体,对分离培养出的可疑菌株进行培养、生化鉴定及药敏试验,同时利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)技术对可疑菌株进行鉴定。结果 经上述方法进行病原学鉴定,5份厨工肛拭子和3份患者肛拭子检出空肠弯曲菌核酸,最终在4份厨工肛拭子和2份患者肛拭子中分离出空肠弯曲菌。6株空肠弯曲菌均对环丙沙星和萘啶酸耐药,对克林霉素、红霉素、泰利霉素、氟苯尼考敏感,对庆大霉素、四环素、阿奇霉素存在不同程度的耐药。结论 此次事件为空肠弯曲菌引起的食源性疾病事件。快速、准确的实验室检测分析可为疫情处置争取宝贵的时间并提供有效的依据,在疫情防控中发挥至关重要的作用。