三种鱼mtDNA的限制性内切酶分析

鱼类线粒体DNA(mtDNA)的限制性酶切图谱分析,对于探讨鱼类的起源和演化等方面均有十分重要的意义。但是目前有关鱼类mtDNA酶切图谱的研究较少,这主要是受方法学的限制。为此我们改良了一种鱼类mtDNA的提取法,对鲤科的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙鱼(Aristi-chthys nobilis)的mtDNA进行了限制性内切酶酶切分析。

基于mtDNA D-loop进行四种鲤科鱼类种间鉴定研究

为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环(mitochondrial DNA,mtDNAD-loop)作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类(草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤,Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri)mtDNAD-loop核苷酸序列。结果表明:四种鱼类mtDNAD-loop区碱基组成A+T的平均含量(71.4%)明显高于G+C(28.6%)。在108个个体中,共检测到132个多态位点(22个单一多态位点和110个简约信息位点),由此界定了57个单倍型(H1-H57)。鲫的单倍型多样度(1.000±0.017)和核苷酸多样度(0.03593)最高,而草鱼最低(分别为0.499±0.071,0.00817)。四种鱼类可以通过53个特征性碱基严格区分。基于遗传变异分析表明:四种鱼类没有共享单倍型,种间特异性单倍类的特征性碱基可以作为种间鉴别的依据。通过mtDNA控制区的分子标记,可以为鱼类鉴定、种质资源保护及其产品的真伪鉴别提供依据。

鱼类线粒体DNA研究新进展

线粒体DNA是分子生物学研究中的一个热门领域 ,已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要分子遗传标记。本文对鱼类线粒体DNA分子生物学的最新研究进展进行了较详细的阐述 ,重点介绍鱼类线粒体DNA全序列的研究进展、组成及特征 ,鱼类线粒体DNA非编码区结构研究进展 ,鱼类线粒体DNA多态性及其主要的检测方法 ;综述了最近有关鱼类线粒体DNA在鱼类系统学、种间杂交渐渗、种群识别、起源和进化、地理分化等研究中的应用情况。

鱼类线粒体DNA及其研究进展

鱼类是脊椎动物中最原始而在种属数量上又最占优势的类群,其起源复杂,分布广泛,拥有丰富的遗传多样性。鱼类线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)同其他脊椎动物的mtRNA一样,呈共价闭合环状,是细胞核外具自主复制、转录和翻译能力的遗传因子。与核DNA相比,鱼类mtDNA具有分子较小、结构简单、进化速度快、遗传相对独立性和母系遗传等特点,是一个相对独立的复制单位。由于鱼类线粒体DNA具有上述特点,以mtDNA作为分子标记,探讨鱼类的群体遗传结构与系统演化,已成为鱼类分子群体遗传学和系统学研究中的热点。综述了鱼类mtDNA的结构特征、进化和多态性检测方法及其在鱼类分子群体遗传学和鱼类系统学研究中的应用。

两种鲿科鱼类在长江和珠江流域Cytb基因序列变异性分析

采用PCR技术获得了长江和珠江流域的两种科鱼类 1 1 37bpCytb基因的片段 ,进行了序列测定 ,并用Mega软件进行了序列分析。研究发现两种科鱼类的全序列从第十位碱基起有一个三联体密码子的缺失 ,推测为鲇形目鱼类Cytb序列所特有特征。黄颡鱼和大鳍种群间的序列差异分别为 0 .4 %和 1 .6 % ,介于一般淡水鱼类mtDNA种内序列的变异范围 ,而高于洄游鱼类序列变异。黄颡鱼属和属Cytb基因序列间的差异为 1 7.6 %— 1 8.0 % ,大大高于种间的序列差异率 ,也从分子水平上证实了二者属级分类单元的有效性。依据分子进化速率推测 ,长江和珠江两水系间大鳍的分歧时间为距今 2 7万年左右的更新世中晚期 ,黄颡鱼的分歧时间在距今 7万年左右的更新世末期。推测造成二者有着不同分歧时间的可能原因是 :大鳍属暖水性鱼类 ,在第四纪冰川期间 ,由于全球性气候变冷 ,大鳍退至长江以南 ,并在各水系间产生隔离 ,各自独立分化至今。而黄颡鱼具有很强的适应性 。

鱼类线粒体DNA的遗传与进化

XIAO Wu-han and ZHANG Ya-ping (Institute of Hydrobiology, The Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072; Kunming Institute of Zoology, The Chinese Academy of Sciences, Kunming 650223)

武昌鱼肝线粒体DNA限制性内切酶酶解图谱与12S rRNA基因的初步定位

武昌鱼肝线粒体(mt)DNA经六种限制性内切酶BamHI,BgⅢ,BgⅡ,EcoRI,HindⅡHpall单酶完全酶解分別得到2,2,3,3,3和7个片段。用琼脂糖凝胶电泳测得各个酶解片段的长度和分子量,经计算该mtDNA长约16.6kb,分子量10.2×10~6道尔顿(dalton)。用七对限制酶双酶全酶解,构建出五种限制性内切酶图谱。以酵母线粒体15SrRNA基因为探针对武昌鱼肝mtDNA中的12SrRNA基因进行初步定位。

线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义

线粒体DNA(mtDNA)作为分子标记已被广泛应用于各物种系统发生的研究。mtDNA控制区序列(D-loop)以其较高的突变积累对于研究物种种内的遗传分化具有重要价值。鱼类是脊椎动物中最原始但在种属数量上又最占优势的类群,其物种繁多,分布广泛,起源复杂,研究其系统发生历来是令人饶有兴趣的课题。D-loop在研究鱼类种内遗传分化中具有多方面的重要意义。近年来,已有越来越多的研究工作将D-loop作为分子标记来探讨各种鱼类的种内遗传分化,并且获得了许多有启发性的结果。青海湖是我国内陆最大的咸水湖,湖中主要鱼类为青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii),D-loop分析初步结果显示青海湖及其周围河流中的裸鲤似乎没有新的种内遗传分化现象。

鱼类线粒体DNA多态性研究

介绍了鱼类线粒体ＤＮＡ多态性研究的方法及其在鱼类各学科领域中的广泛应用。

一种鱼类线粒体DNA快速提取方法

以革胡子鲶（Clariaslazera）和本地胡子鲶（C．fuscus）的新鲜肌肉为材料，仅用一天时间通过离心，DNase处理分离出线粒体，经过SDS，蛋白酶K处理，酚氯仿提纯，得到纯的mtDNA，并经琼脂糖凝胶电泳及HindⅢ酶切检测，证明其符合酶切要求：

北部湾涠洲岛水域发现上颌和须板异常的布氏鲸:对保护的启示

2018年初以来,北部湾涠洲岛附近出现了布氏鲸(Balaenoptera edeni)的活动。一头上颌与须板异常的小布氏鲸个体引发热议,其视频在网络上广泛流传。我们在船只调查时,目击该个体10次,其以单独活动为主(90%),主要出现在涠洲岛到斜阳岛之间的水域,最小凸多边形家域面积为14 km^2,核心家域面积为166.9 km^2。然而,在2019年3月30日我们发现该个体已死亡漂浮在海面,根据尸体腐烂状况来推测,该个体的死亡时间大约为3~5 d,死亡原因不明。根据照片和现场解剖分析,推测该小布氏鲸的上颌和鲸须异常可能是被渔网或绳索缠绕导致的。由于无法从外形上确认属于哪一个亚种,因此我们测定了该个体的线粒体DNA D-loop(mitochondrial DNA,mtDNA)和细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因,分别得到909 bp和395 bp的序列,经比对和系统发育重建,发现该个体属于近岸分布的小布氏鲸亚种(Eden’s whale,B.e.edeni)。由于小布氏鲸具有一定季节迁移特性,我们无法判断造成其上颌伤害的渔网或绳索是否在中国水域。尽管如此,仍然建议当地部门应加强宣传,减少渔网等海洋垃圾的丢弃和排放,为小布氏鲸营造一个安全的栖息环境。

几种鱼肝线粒体基因组的研究

我们用简易方法提纯了武昌鱼、乌鱼、草鱼和白鲢肝脏线粒体(mt)DNA。武昌鱼mt DNA经五种限制酶BamHI、BglⅡ、BglI、EcoRI和HindⅢ单酶完全酶解分别产生2、2、3、3和3个片段。乌鱼肝mt DNA用EcoRI、BamHI、pstI和BglⅡ单酶解分别得到1、2、2和2个片段。草鱼mt DNA亦作相应的酶解。所有各片段经琼脂糖凝胶电泳测定出它们的分子量(MW):武昌鱼肝mt DNA的MW10.2×10~6道尔顿,长约16.6kb;乌鱼肝mt DNA MW9.99×10~6道尔顿,长16.2kb;草鱼mt DNA的分子量10.13×10~6,长16.22×10kb。用七对限制酶双酶全酶解构建出武昌鱼mt DNA五种限制酶图谱。用六对限制酶双酶解构建出乌鱼mt DNA四种限制酶图。以酵母线粒体15S rRNA为探针对武昌鱼、白鲢鱼和乌鱼mt DNA12S rRNA基因进行了初步定位。

鱼类线粒体DNA多态分析在渔业管理中的应用

本文概述了鱼类线粒体ＤＮＡ多态分析在渔业活动中，即在揭示物种多样性、评价渔业活动的效果以及濒危物种保护等方面所起的作用。