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基于FlowCam影像和YOLOv3深度学习模型的多纹膝沟藻检测
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作者 刘扬 孔凡洲 +1 位作者 于仁成 初永宝 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期15-23,共9页
海洋中的有害藻华,包括微藻形成的赤潮和褐潮以及大型藻类形成的绿潮和金潮,已成为一类突出的海洋生态灾害问题。2021年11—12月,山东半岛东北部海域发生多纹膝沟藻(Gonyaulax polygramma)形成的大规模赤潮,导致海带养殖严重受损,亟待... 海洋中的有害藻华,包括微藻形成的赤潮和褐潮以及大型藻类形成的绿潮和金潮,已成为一类突出的海洋生态灾害问题。2021年11—12月,山东半岛东北部海域发生多纹膝沟藻(Gonyaulax polygramma)形成的大规模赤潮,导致海带养殖严重受损,亟待构建有针对性的赤潮监测预警体系。本文以多纹膝沟藻为对象,尝试应用流式影像仪(FlowCam)结合卷积神经网络模型YOLOv3,分别对含有多纹膝沟藻的浓缩海水样品、含有多纹膝沟藻和链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)的浓缩海水样品,以及含有多纹膝沟藻活细胞及空壳的浓缩海水样品进行了检测实验,探究了基于藻种影像的深度学习模型在赤潮原因种检测方面的应用潜力。结果表明,在以FlowCam获取的影像数据集训练3万次后,YOLOv3对多纹膝沟藻表现出较好的识别能力,对浓缩海水样品中目标藻种识别的平均精度为88.2%;当样品中存在与多纹膝沟藻形态相似的链状亚历山大藻时,模型对多纹膝沟藻识别的平均精度下降为76.6%,对两种微藻同时进行训练和检测,可将对多纹膝沟藻识别的平均精度提高至84.6%。对于低温下出现脱壳现象的多纹膝沟藻,模型对海水中活细胞识别的平均精度为86.7%,对空壳识别的平均精度87.8%,将多纹膝沟藻活细胞与空壳分别识别的平均精度均值(87.3%)高于将两者统一作为多纹膝沟藻进行检测的识别精度(84.2%),整体识别精度提升3.1%。综合相关结果可以看出,FlowCam与深度学习模型相结合在赤潮监测和研究中具有重要应用潜力。 展开更多
关键词 深度学习 flowcam 有害藻华 多纹膝沟藻 微藻检测
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Temporal change of plankton size structure preserved by Lugol's solution:a FlowCAM study
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作者 Zijia LIU Yuan DONG +3 位作者 Qian P.LI Zhengchao WU Zaiming GE Mengzhen MA 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2023年第1期290-299,共10页
Plankton size structure is crucial for understanding marine ecosystem dynamics and the associated biogeochemical processes.A fixation step by acid Lugol’s solution has been commonly employed to preserve plankton samp... Plankton size structure is crucial for understanding marine ecosystem dynamics and the associated biogeochemical processes.A fixation step by acid Lugol’s solution has been commonly employed to preserve plankton samples in the field.However,the acid Lugol’s solution can bias the estimation of size structure and the preserved plankton size structure can vary with time.Here,we explore the impact of sample storage time on the size-structure of the plankton community preserved by Lugol’s solution.Two short-term experiments and one long-term experiment were conducted to explore the change of plankton community size structure with the storage time:covering from a week to a month,and to nearly seven months based on particle-size data obtained by continuous Flow Cytometer and Microscope(FlowCAM)measurements.We found a linear change of plankton size with the storage time in short-term periods(less than 3 months)with a decrease of the slope but an increase of the intercept for the normalized biomass size spectrum(NBS S).However,there were opposite trends for NBSS with increasing slope but decreasing intercept after3 months.The potential causes of the distinct patterns of the NBSS parameters are addressed in terms of the interplay between particle aggregation and fragmentation.We found large changes in plankton biovolume and abundance among different size classes,which may indicate a distinct effect of acid Lugol’s solution on various plankton size classes.The mechanism driving temporal change in the size-structure of the Lugolfixed plankton community was further discussed in terms of particle aggregation and fragmentation.Finally,we emphasize that the effect of storage time should be taken into account when interpreting or comparing data of plankton community acquired from samples with various storage durations. 展开更多
关键词 Lugol’s PLANKTON size structure Flow Cytometer and Microscope(flowcam)
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基于流式细胞摄像技术(FlowCAM)的赤潮藻类识别分析初探 被引量:3
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作者 余肖翰 曾松福 +3 位作者 曹宇峰 陈瑶 谢杰镇 郑少平 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期515-526,共12页
采用流式细胞摄像系统(Flow Cytometer And Microscope,FlowCAM)技术,构建了福建南部海域的赤潮生物图谱数据库,并利用该数据库分别用VisualSpread软件自动识别法和描述子分析算法(MATLAB)来鉴定样品,对两种方法的识别精确度进行了比较... 采用流式细胞摄像系统(Flow Cytometer And Microscope,FlowCAM)技术,构建了福建南部海域的赤潮生物图谱数据库,并利用该数据库分别用VisualSpread软件自动识别法和描述子分析算法(MATLAB)来鉴定样品,对两种方法的识别精确度进行了比较。VisualSpreadsheet专业软件分析能力达到98.2%的平均精度,自主开发的特征描述子分类器达到94.1%的平均精度,拓展了实验设备的应用范围。 展开更多
关键词 flowcam 图谱数据库 VisualSpread 形状特征描述子
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利用流式影像术(FlowCAM)分析淡水浮游藻类群落特征--以北京城区主要河流为例 被引量:1
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作者 王珊珊 万峻 +1 位作者 马丁 董晓伟 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期189-199,共11页
浮游藻类是水生态系统的重要初级生产者,对其进行分类鉴定和定量分析是开展生态研究的基础。选取北京城区主要河流为研究对象,于2020年6—7月(夏季)、10月(秋季)对北运河水系22个站位的表层水进行采样调查,探究利用流式影像术(FlowCAM)... 浮游藻类是水生态系统的重要初级生产者,对其进行分类鉴定和定量分析是开展生态研究的基础。选取北京城区主要河流为研究对象,于2020年6—7月(夏季)、10月(秋季)对北运河水系22个站位的表层水进行采样调查,探究利用流式影像术(FlowCAM)分析浮游藻类群落结构的可行性。结果表明,浮游藻类的细胞丰度和粒径组成均存在着明显的时空差异。多数站位在夏季的优势属个数明显高于秋季,且随着季节的变动,优势属的物种组成由以硅藻为主转变为以蓝藻或蓝藻-绿藻为主。利用FlowCAM可以快速完成对浮游藻类的计数、粒径分级和对小型浮游藻类的识别鉴定。该技术在水生态监测方面有很大的应用空间,但还存在微型浮游藻类图像分辨率较低、无法完全自动分类等缺陷。 展开更多
关键词 流式影像术(flowcam) 浮游藻类 粒径组成 群落特征
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流式影像术在海洋浮游植物分类研究中的应用 被引量:11
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作者 王雨 林茂 +1 位作者 林更铭 项鹏 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期266-274,共9页
海洋浮游植物支撑着海洋生态系统的正常运转,对其种类的定性识别、鉴定和细胞数量的定量分析是海洋科学研究中最为关键的科学问题之一。流式影像术在海洋浮游植物形态特征识别与快速定量检测上是目前先进和可行的方法,它综合了流式细胞... 海洋浮游植物支撑着海洋生态系统的正常运转,对其种类的定性识别、鉴定和细胞数量的定量分析是海洋科学研究中最为关键的科学问题之一。流式影像术在海洋浮游植物形态特征识别与快速定量检测上是目前先进和可行的方法,它综合了流式细胞术和图像显微识别的技术优点,不但能够对快速流动状态中的海洋浮游植物进行相应的参数检测,而且可以获取流动过程中清晰的图像,通过计算机软件的图像处理和特征筛选,实现海洋浮游植物有效的自动识别。通过对流式影像术的原理、测定方法、技术特点及其发展动态等的综述,认为基于流式影像术对高速运动的浮游植物图像的清晰实时采集,可以有效地对图像进行模式的识别和分类。它是一种理想和实用的方法,将为海洋生物学研究提供新的实时、快速、高效平台,有很好的应用前景。 展开更多
关键词 海洋浮游植物 流式影像术 图像采集 分类 自动识别
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赤潮藻细胞计数方法比较研究 被引量:34
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作者 侯建军 黄邦钦 戴相辉 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期907-908,共2页
目的 建立简便、快捷、准确、可行的赤潮藻细胞计数方法。方法 采用显微镜法、可见分光光度法、库尔特法、流式细胞计数显微镜 (FlowCAM)等方法对纯培养的东海原甲藻进行细胞计数。结果  3种细胞计数法与显微镜计数相比较 ,均有较好... 目的 建立简便、快捷、准确、可行的赤潮藻细胞计数方法。方法 采用显微镜法、可见分光光度法、库尔特法、流式细胞计数显微镜 (FlowCAM)等方法对纯培养的东海原甲藻进行细胞计数。结果  3种细胞计数法与显微镜计数相比较 ,均有较好的线性相关性。结论  4种细胞计数方法各有其优缺点 ,其中库尔特计数是相对简便、快捷、准确、可行的细胞计数方法。 展开更多
关键词 东海原甲藻(Prorocenum donghaiense) 赤潮藻细胞细胞计数 库尔特法
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藻类快速检测新技术在三峡水华监测中的应用 被引量:1
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作者 沈强 向想民 +1 位作者 张礼嘉 胡俊 《人民长江》 北大核心 2015年第21期13-17,共5页
近年来,三峡水库藻类水华频发,而传统的藻类检测方法由于分类鉴定工作量大,难以适应野外大批量样品快速准确分析的要求,因此,开展水华的快速监测和鉴定工作迫在眉睫。在藻类形态特征识别与快速定量检测方面,流式细胞摄像系统(Flow CAM... 近年来,三峡水库藻类水华频发,而传统的藻类检测方法由于分类鉴定工作量大,难以适应野外大批量样品快速准确分析的要求,因此,开展水华的快速监测和鉴定工作迫在眉睫。在藻类形态特征识别与快速定量检测方面,流式细胞摄像系统(Flow CAM)是目前先进可靠的方法。采用流式细胞摄像系统技术对三峡水库水华藻类样品建立了藻类特征的自动鉴定标准,进行藻类快速检测分析,并与显微镜人工检测方法进行对比研究。结果表明:三峡库区各支流采样点鉴定出的优势藻类为4~10种;小江黄石、小江河口、大宁河和梅溪河采样点优势种依次为飞燕角甲藻、微囊藻、拟多甲藻和颗粒直链藻,检测结果和显微镜方法检测结果一致;Flow CAM可在15 min内快速完成藻类鉴定分析,测量精度高,有传统检测方法不可比拟的优势。总之,Flow CAM为水华藻类的快速检测提供了一个行之有效的方法。 展开更多
关键词 水华 流式细胞摄像系统 快速鉴定 三峡水库
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通过流式影像仪(FowCAM)和镜检方法对北京地区淡水浮游植物进行调查研究 被引量:1
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作者 王珊珊 万峻 +1 位作者 赵国鹏 董晓伟 《环境生态学》 2022年第7期70-77,共8页
浮游植物是水生态系统的重要初级生产者,其群落结构的时空变动在一定程度上可反映出河流的环境变化趋势。准确、快速地分析浮游植物群落的数量和组成是河流、湖泊等水生态系统研究的重要组成部分。浮游植物检测最传统和最广泛的研究方... 浮游植物是水生态系统的重要初级生产者,其群落结构的时空变动在一定程度上可反映出河流的环境变化趋势。准确、快速地分析浮游植物群落的数量和组成是河流、湖泊等水生态系统研究的重要组成部分。浮游植物检测最传统和最广泛的研究方法是利用光学显微镜直接观测以获得所需数据,但是该方法存在耗时耗力等缺陷,在大面积的浮游植物检测上存在很大的限制。流式影像仪(FlowCAM)是近年来发展起来的新型仪器,其综合流式细胞仪和显微成像技术进行细胞识别和计数,之后利用处理软件实现颗粒筛选和自动分类的功能,可以快速地从图像数据集中提取大量所需信息,在水生态环境监测和研究中具有很高的应用空间。以北京地区淡水浮游植物为例,对比分析FlowCAM和镜检在浮游植物检测上的优缺点,结果表明:与镜检法相比,FlowCAM减少了样品前处理的时间,增加了所测量样品的体积,在细胞计数上有明显优势。但在样品种类鉴定上,FlowCAM只能鉴定到属,镜检可以鉴定到种,且镜检法鉴定出的种类更多。因此,如果研究结果对物种组成要求较低,或只需掌握优势种变动趋势,对物种数量的变动比较敏感,推荐FlowCAM法;但是如果研究结果对种类组成要求较高,则推荐显微镜镜检法。 展开更多
关键词 流式影像仪(flowcam) 镜检 浮游植物
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流式影像仪在东海海域甲藻藻华研究中的应用 被引量:1
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作者 胡晓坤 赵越 +3 位作者 孔凡洲 张清春 严冰 于仁成 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期330-339,共10页
有害藻华对海水养殖、人类健康和生态安全构成威胁,已成为全球性的生态灾害。近20年来,米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)、东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)等甲藻形成的有害藻华在东海海域连年暴发,其频率高、危害大,形成及演变机... 有害藻华对海水养殖、人类健康和生态安全构成威胁,已成为全球性的生态灾害。近20年来,米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)、东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)等甲藻形成的有害藻华在东海海域连年暴发,其频率高、危害大,形成及演变机理复杂,对藻华原因种进行监测是开展有害藻华预警和防控的有效手段之一。流式影像技术是显微镜与流式细胞术相结合的手段,能快速分析并记录流动液体中的微粒,基于此方法的流式影像仪(FlowCam)能实现对浮游植物样本的高通量处理,可对海洋环境中的有害藻华原因种进行原位监测。研究以米氏凯伦藻和东海原甲藻为目标藻种,建立了东海原甲藻、米氏凯伦藻细胞影像库,通过室内实验测试了FlowCam计数和识别的准确性,并结合航次调查将FlowCam应用于福建近海甲藻藻华的现场检测。结果表明,FlowCam对米氏凯伦藻的计数结果与显微镜观察结果无显著差异,且两者存在极显著的线性相关性(P<0.01)。应用FlowCam自带图像分析软件VisualSpreadsheet,可以实现对混合藻液中目标藻种的自动识别和计数,但对目标藻种的准确识别还需结合人工判读辅助。在2018年4月至6月期间福建近海有害藻华的调查研究中,基于FlowCam计数的东海原甲藻密度与显微镜观察计数结果基本一致,并检测到低密度(<120cells/L)的凯伦藻,表明FlowCam可有效应用于有害藻华的现场监测,有望在今后有害藻华监测和预警中发挥更大作用。 展开更多
关键词 流式影像仪 米氏凯伦藻 东海原甲藻 有害藻华 东海
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