基于SSR荧光标记技术的玉米群体混合样本基因频率分析方法

【目的】建立玉米群体混合样本等位基因及其频率的分析方法。【方法】采用ABI全自动遗传分析仪,利用5′端荧光标记的SSR引物,通过混合样本中PCR扩增产物检测峰高与丰度对应,分析基因频率。【结果】与聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法相比,ABI全自动遗传分析仪的检测灵敏度高。20个供试玉米群体中,荧光引物Phi072(6-Fam)共检测到82个等位基因位点,平均每个群体4.1个;引物Phi084(Hex)检测到43个等位基因位点,平均每个群体2.15个。多重PCR(multiplex PCR)荧光SSR检测结果显示,可以明确区分不同等位基因。荧光SSR能准确地读出片段大小,定量PCR扩增产物的丰度。用GeneScan获取数据,用Genotyper软件对数据进行设置与输出,使用R软件的FREQS-R模块,初步探讨利用荧光SSR定量化数据,计算供试群体15个单株混合样本的等位基因频率。【结论】可通过荧光SSR产物的丰度来确定混合取样群体的基因频率。

高效检测板栗群体基因频率方法的建立

以17个板栗群体为试材,采用ABI全自动遗传分析仪,利用5’端荧光标记的SSR引物,通过混合样本中PCR产物检测峰高与丰度对应,分析基因频率,建立板栗群体混合样本等位基因及其频率的分析方法。与聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法相比,ABI全自动遗传分析仪的检测灵敏度高,荧光引物CmTCR10(NED)共检测到78个等位基因,平均每个群体4.6个;引物CmTCR24(6-FAM)检测到41个等位基因,平均每个群体2.4个。多重PCR荧光SSR检测结果显示,可以明确区分不同的等位基因。荧光SSR能准确地读出片段大小,定量PCR扩增产物的丰度。用GeneScan获取数据,用Genotyper软件对数据进行设置与输出,使用R软件的FREQS-R模块,初步探讨利用荧光SSR定量化数据,计算供试群体混合样本的等位基因频率,可通过荧光SSR产物的丰度来确定混合取样群体的基因频率。