基于TCGA数据库分析FHOD1在结肠腺癌中表达的诊断及预后评估价值

目的基于癌症基因图谱(TCGA)数据库分析Formin家族同源结构域1基因(FHOD1)在结肠腺癌(COAD)组织中的表达水平及其对COAD患者的诊断及预后评估价值。方法以TCGA数据库为发现数据库(检索时间段为2006年1月1日至2021年2月1日),以基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库为外部验证的数据库。使用R软件(3.6.3版本)下载TCGA数据库中COAD level 3 HTSeq-FPKM格式的RNAseq数据库并进行基因ID转换,罗列所有患者的FHOD1的表达数据及对应的临床病理资料。绘制散点图进行FHOD1在COAD组织和癌旁正常组织中的差异化表达分析;绘制受试者工作特性曲线研究FHOD1表达对COAD的诊断价值;检索GEPIA数据库并绘制生存曲线,分析FHOD1表达与COAD患者生存时间的关系;采用单因素与多因素Cox回归模型分析临床参数与COAD预后的关系。结果COAD组织中FHOD1 mRNA的表达量显著高于癌旁正常组织中的表达量(17.76±6.84 vs 11.51±3.27),差异有统计学意义(P<0.05);受试者工作特性曲线分析结果表明,FHOD1对COAD有较好的诊断价值(曲线下面积=0.7835,95%可信区间=0.7307~0.8363,P<0.0001);在分析FHOD1表达与COAD临床病理特征时发现,FHOD1的高表达与COAD的淋巴结转移密切相关(P<0.05);GEPIA数据库检测了FHOD1与COAD患者的预后关系,结果显示FHOD1的高表达与COAD患者较低的总体生存率(OS)密切相关(P<0.05);单因素分析结果显示M分期、TNM分期是COAD患者OS的独立预后因素(P<0.05);多因素Cox比例回归风险模型结果显示,年龄、TNM分期及FHOD1高表达是COAD患者OS的独立预后因素(P<0.05)。结论FHOD1在COAD组织中高表达,并有潜力成为结肠癌诊断和预后评估的新型生物学标志物。

炎症环境下敲低SHP2对人牙周膜干细胞增殖和成骨分化的影响

目的探讨炎症环境下含有Src同源结构域2的蛋白酪氨酸磷酸酶2(Src homology-2 domain containing protein tyrosine phosphatase-2,SHP2)对人牙周膜干细胞(human periodontal ligament stem cells,hPDLSCs)增殖及成骨分化的调节作用和相关机制,为牙周炎治疗提供新的靶点。方法使用慢病毒感染构建敲低SHP2基因的hPDLSCs细胞系,通过RT-qPCR、Western blot验证SHP2的敲低水平;使用肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)在体外模拟炎症环境;CCK-8检测正常及炎症条件下敲低SHP2对hPDLSCs增殖的影响;碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)染色、ALP活性检测、ARS染色、RT-qPCR以及Western blot检测成骨指标;Western blot检测敲低SHP2在炎症条件下,对丝裂原活化蛋白激酶/核因子κB(mitogen-activated protein kinase/nuclear factor-κB,MAPK/NF-κB)通路蛋白的影响。结果慢病毒感染细胞72 h后在荧光显微镜下显示出明显的绿色荧光,测得SHP2 shRNA重组慢病毒的滴度为2.9×10^(8) TU/mL;Western blot及RT-qPCR检测发现,SHP2敲低组的SHP2蛋白及基因的表达显著降低(P<0.001);在正常条件下,敲低SHP2在一定程度上抑制了hPDLSCs的增殖;敲低SHP2后,hPDLSCs的早期成骨指标增高,包括ALP活性显著增高,ALP和COL-1的表达增加(P<0.05),然而敲低SHP2对hPDLSCs最终产生钙结节的量无明显影响。在TNF-α和IL-1β诱导的炎症环境下,敲低SHP2对hPDLSCs的增殖无明显影响(P>0.05),敲低SHP2后,hPDLSCs成骨相关指标均增加(P<0.05),钙结节形成的量增多(P<0.05);炎症环境下,敲低SHP2后,hPDLSCs中p65的磷酸化和IκB-α的降解降低,并且NF-κB上游MAPK通路蛋白p-p38和p-JNK的表达降低(P<0.05)。结论炎症环境下,敲低SHP2对hPDLSCs的增殖无明显影响,但可通过抑制MAPK/NFκB通路促进hPDLSCs成骨分化。