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AFLP Molecular Markers for Leaf Rust Resistance Genes in Foxtail Millet
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作者 Li Zhiyong Dong Li +3 位作者 Bai Hui Wang Yongfang Quan Jianzhang Dong Zhiping 《Plant Diseases and Pests》 CAS 2015年第4期11-14,共4页
Foxtail millet is not only a very useful experimental crop, but also a fodder crop and a staple food of people who live on the marginal agricultural lands, and it supplies high-quality protein for food products and in... Foxtail millet is not only a very useful experimental crop, but also a fodder crop and a staple food of people who live on the marginal agricultural lands, and it supplies high-quality protein for food products and industrial materials. However, leaf rust greatly reduces foxtail millet yields in susceptible varieties when weather conditions favor rust spread and development. Therefore, it is necessary to use molecular markers detecting and marking resistance genes. Compared with other molecular markers, AFLP maker is more efficient and powerful in the study of foxtail millet. In this study, AFLP analysis of 131 F2 individuals was performed and three AFLP makers were found to be linked to the rust resistance gene, with the genetic distances of 9.2, 9.8 and 12.4 cM, respectively. Cloning of rust re- sistance genes is of great importance and meaning in studying rust resistance of foxtail millet in the future. Furthermore, we may convert specific AFLP markers into single locus PCR markers, such as sequence characterised amplified region (SCAR) markers or cleaved amplified polymorphic site (CAPS) markers. 展开更多
关键词 foxtail millet rust AFLP marker Linkage map
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谷子抗锈病反应相关MAPKK家族成员的鉴定与分析
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作者 龚珂珂 张梦雅 +5 位作者 李志勇 刘佳 马继芳 董志平 贾小平 白辉 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期193-203,共11页
丝裂原活化蛋白激酶(MAPKK或MKK)在植物的生长发育与胁迫响应等过程中发挥着重要作用。为了鉴定谷子抗锈病相关的MAPKK基因,为谷子抗锈病机理研究和抗病分子育种提供候选基因,运用生物信息学方法在全基因组水平上鉴定与分析谷子MAPKK基... 丝裂原活化蛋白激酶(MAPKK或MKK)在植物的生长发育与胁迫响应等过程中发挥着重要作用。为了鉴定谷子抗锈病相关的MAPKK基因,为谷子抗锈病机理研究和抗病分子育种提供候选基因,运用生物信息学方法在全基因组水平上鉴定与分析谷子MAPKK基因家族成员(SiMKKs);利用Real-time PCR技术,检测谷子SiMKKs基因在不同组织部位、谷锈菌胁迫与外源激素处理下的表达水平;利用Excel、MEGA、DnaSP分析70份重测序谷子品种中抗锈病相关SiMKKs基因的变异位点和单倍型,结合表型鉴定抗锈病优异单倍型。结果表明,共鉴定到10个谷子SiMKKs成员,分布于5条染色体上,外显子数1~11个不等,编码蛋白质含有331~523个氨基酸;谷子MAPKK基因家族成员分为4组,A和B组包含S/T-X 5-S/T基序,C和D组的SiMKKs不具有该基序,保守基序Motif 1~Motif 6存在于所有SiMKKs蛋白中;每个SiMKK基因的启动子区均含有防御和胁迫响应、茉莉酸甲酯(MeJA)响应、水杨酸(SA)响应、激发子激活等1~3种生物胁迫相关顺式作用元件。除SiMKK10-1和SiMKK10-3未检测到表达信号外,其余8个SiMKKs基因在不同组织部位、谷锈菌侵染、SA和MeJA处理下均有不同程度的表达。SiMKK4、SiMKK5和SiMKK10-2在孕穗期的根中表达量较高,SiMKK6-1和SiMKK6-2在孕穗期茎中表达量较高;SiMKK4在接种后24 h的抗病反应中上调表达、感病反应中下调表达,其表达与抗病相关;SiMKK4在SA和MeJA激素处理后的16 h内上调表达,之后下调表达,且在SA处理过程中表现持续的表达变化,其余7个SiMKKs基因在SA和MeJA处理中的表达模式也基本一致。SiMKK4基因编码区共分为7个单倍型,Hap_1为优势单倍型,未发现抗病关键变异位点。综上所述,谷子SiMKK4的表达与抗锈病相关,其可能通过SA和MeJA信号途径参与谷子的早期抗病反应。 展开更多
关键词 谷子 MAPKK 锈病 Real-time PCR 单倍型分析
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谷子SiWRKY03基因的分子特征与表达分析 被引量:1
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作者 宋振君 李志勇 +3 位作者 王永芳 刘磊 白辉 董志平 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期20-25,共6页
WRKY是参与植物生长发育与抗逆反应的一类转录因子。为了解谷子中SiWRKY03基因的功能,利用生物信息学软件分析了其生物学特征,采用Real-time PCR技术检测了SiWRKY03转录因子在谷子不同组织部位和抗谷锈病过程中的表达丰度变化。结果表明... WRKY是参与植物生长发育与抗逆反应的一类转录因子。为了解谷子中SiWRKY03基因的功能,利用生物信息学软件分析了其生物学特征,采用Real-time PCR技术检测了SiWRKY03转录因子在谷子不同组织部位和抗谷锈病过程中的表达丰度变化。结果表明,SiWRKY03基因的开放阅读框全长为1 137 bp,编码378个氨基酸,预测分子质量为39.73 ku,理论等电点(pI)为5.91,含有1个WRKY保守结构域。该蛋白质二级结构的最大元件是无规则卷曲,最小元件为β-转角。进化分析表明,SiWRKY03与糜子(RLM93064.1)和哈氏黍(PAN29607.1)的氨基酸序列同源性最高,为99%。组织表达分析表明,该基因在谷子根、茎、叶和穗中均有表达,其中根中表达量最高,穗中表达量最低,与转录组数据一致。在谷子响应锈菌胁迫反应的120 h内,SiWRKY03基因在抗病反应的12,36 h上调表达,而感病反应过程中无显著性变化,推测SiWRKY03在谷子抗锈病反应中起正调控作用。上述试验结果为进一步研究SiWRKY03基因功能与抗病机制奠定理论基础。 展开更多
关键词 谷子 谷子锈病 WRKY转录因子 基因表达 抗病反应
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谷子SibHLH19基因的克隆及表达分析
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作者 邹晓悦 刘佳 +6 位作者 李志勇 马继芳 王永芳 全建章 刘磊 白辉 董志平 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期16-24,共9页
为了解谷子中SibHLH19的功能,以抗病谷子材料十里香叶片cDNA和基因组DNA为模板,分别克隆到SibHLH19基因的CDS序列和启动子序列,并利用生物信息学在线工具分析了启动子顺式作用元件及生物学特征;采用Real-time PCR技术检测了SibHLH19转... 为了解谷子中SibHLH19的功能,以抗病谷子材料十里香叶片cDNA和基因组DNA为模板,分别克隆到SibHLH19基因的CDS序列和启动子序列,并利用生物信息学在线工具分析了启动子顺式作用元件及生物学特征;采用Real-time PCR技术检测了SibHLH19转录因子在谷子不同组织部位和抗谷锈病过程中的表达丰度变化;利用SDS-PAGE技术分析了该基因原核表达特征。结果表明,SibHLH19转录因子CDS序列全长843 bp,编码280个氨基酸,预测蛋白质分子质量为29.97 ku,理论等电点pI为5.85,编码蛋白质化学式为CHNOS,含有一个bHLH保守结构域,属于不稳定亲水性蛋白质。该蛋白质二级结构的最大元件是无规则卷曲,最小元件为β-转角。进化分析表明,SibHLH19与禾本科植物糜子(RLM85279.1)、哈氏黍(PUZ71581.1)和柳枝稷(XP_039835205.1)氨基酸序列的同源性较高,与小麦(KAF7059972.1)、节节麦(XP_040244423.1)同源性最低。启动子顺式作用元件分析表明,该基因启动子区存在多个激素、胁迫等应答元件。组织表达分析表明,该基因主要在谷子苗期表达,并以苗期地上部分表达量最高,孕穗期几乎无表达。在谷子响应谷锈菌生物胁迫反应的24 h内,SibHLH19基因在抗病反应8,16 h上调表达,而感病反应中仅在16 h略微上调表达,其余时间均下调表达,推测SibHLH19在谷子抗锈病反应中起正调控作用。构建的原核表达载体pET30a-SibHLH19经0.1 mmol/L IPTG诱导能表达出表观分子质量约44 ku的SibHLH19融合蛋白。 展开更多
关键词 谷子 谷子锈病 bHLH转录因子 基因表达 抗病反应
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