目的利用生物信息分析FZDs基因家族(FZD1~FZD10)在原发性肝癌中的作用。方法肝癌样本mRNA表达数据取自The Cancer Genome Atlas(TCGA),采用仙桃学术、GEPIA数据库、Kaplan-Meier Plotter数据库、cBioPortal数据库全面分析FZDs基因家族...目的利用生物信息分析FZDs基因家族(FZD1~FZD10)在原发性肝癌中的作用。方法肝癌样本mRNA表达数据取自The Cancer Genome Atlas(TCGA),采用仙桃学术、GEPIA数据库、Kaplan-Meier Plotter数据库、cBioPortal数据库全面分析FZDs基因家族在原发性肝癌中的表达及表达与肝癌分期和预后的关系,并进一步分析其基因突变水平和相关基因的通路富集。结果在肝癌组织中FZD1、FZD8的mRNA表达水平降低(P<0.05),FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD10表达水平升高(P<0.05),且FZDs基因家族成员之间表达存在相关性。FZD1、FZD2、FZD6、FZD7、FZD8、FZD10表达与肝癌分期密切相关(P<0.05)。FZD1、FZD5、FZD6、FZD7高表达,FZD4、FZD9、FZD10低表达与肝癌患者预后不良相关(P<0.05)。此外,原发性肝癌中FZDs基因家族的总突变频率为29.78%,且所有基因均有突变发生。GO和KEGG富集分析发现FZDs基因家族在原发性肝癌作用的机制可能与Wnt信号通路、Hippo信号通路、干细胞多能干性调控相关信号通路和mTOR信号通路有关。结论FZDs基因家族成员可作为肝癌潜在治疗靶点和预后预测标记物,在原发性肝癌发生发展中起着关键作用。展开更多
目的鉴定胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)甲基化与表达谱综合生物标志物,预测CCA患者预后。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载33例CCA样本和8例正常样本基因组甲基化数据及临床信息表达谱数据,同时从基因表达综...目的鉴定胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)甲基化与表达谱综合生物标志物,预测CCA患者预后。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载33例CCA样本和8例正常样本基因组甲基化数据及临床信息表达谱数据,同时从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载甲基化数据进行验证。鉴定差异甲基化基因(DMGs)与差异表达基因(DEGs)的交集基因,采用Cox比例风险回归模型鉴定甲基化生物标志物,并使用ROC曲线来评估该模型的性能。在验证组中对该模型进行验证,通过GO功能注释,探讨DNA甲基化标志物的生物学功能。结果通过对TCGA甲基化数据分析,共鉴定出600个差异甲基化基因和6876个差异表达基因,并从中筛选出与生存相关的2个甲基化基因(SOX9和FZD10),最终将SOX9和FZD10组合基因构建预后预测模型,作为CCA预后的生物标志物。ROC曲线下面积(AUC)为0.90。SOX9和FZD10组合生物标志物能够将CCA患者区分为高风险组和低风险组,低风险组患者总生存期明显高于高风险组(2.07年vs 0.92年)。多因素Cox回归分析表明,SOX9和FZD10组合生物标志物是CCA患者预后的独立预测因子。基因本体(GO)功能分析表明,SOX9和FZD10参与转录因子、转录调控、肿瘤蛋白多糖调节和干细胞的调控。结论本研究经过多组学分析,在TCGA数据中筛选出SOX9和FZD10基因组合的甲基化预后标志物,可以将CCA患者分为高风险组与低风险组,并且该组合基因是CCA独立的预后预测因子。展开更多
文摘目的利用生物信息分析FZDs基因家族(FZD1~FZD10)在原发性肝癌中的作用。方法肝癌样本mRNA表达数据取自The Cancer Genome Atlas(TCGA),采用仙桃学术、GEPIA数据库、Kaplan-Meier Plotter数据库、cBioPortal数据库全面分析FZDs基因家族在原发性肝癌中的表达及表达与肝癌分期和预后的关系,并进一步分析其基因突变水平和相关基因的通路富集。结果在肝癌组织中FZD1、FZD8的mRNA表达水平降低(P<0.05),FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD10表达水平升高(P<0.05),且FZDs基因家族成员之间表达存在相关性。FZD1、FZD2、FZD6、FZD7、FZD8、FZD10表达与肝癌分期密切相关(P<0.05)。FZD1、FZD5、FZD6、FZD7高表达,FZD4、FZD9、FZD10低表达与肝癌患者预后不良相关(P<0.05)。此外,原发性肝癌中FZDs基因家族的总突变频率为29.78%,且所有基因均有突变发生。GO和KEGG富集分析发现FZDs基因家族在原发性肝癌作用的机制可能与Wnt信号通路、Hippo信号通路、干细胞多能干性调控相关信号通路和mTOR信号通路有关。结论FZDs基因家族成员可作为肝癌潜在治疗靶点和预后预测标记物,在原发性肝癌发生发展中起着关键作用。