广州地区婴幼儿感染Noro病毒基因型的初步研究

目的 探讨广州地区婴幼儿腹泻中感染Noro病毒的基因型。方法 用Clustal W比对GⅡ组Noro病毒后，设计处于ORF1与ORF2连接点两旁两对简并引物，进行巢式RT—PCR扩增出目标片段，克隆于T载体上，测定序列，对ORF1与ORF2连接点两旁序列和衣壳蛋白N／S区用Clustal W进行同源性分析，用phylip 3．65软件、邻接法构建进化树。结果 标本NVgz100、NVgz10成功扩增出ORF1与ORF2连接点两旁1208bp片段（相对于Hawaii virus，U07611位置为4476—5683），包含ORF1的3’端RdRp的大部分基因和ORF2基因的5’端的S区。对标本NVgz100、NVgz10与另一实验NVgz01（DQ369797）的1208bp进行同源性分析发现，3份标本与GⅠ组同源性为58％～61％，与GⅡ组同源性为74％～92％；将这3份标本与GⅠ、GⅡ组构建进化树，可发现NVgz100、NVgz10和NVgz01与GⅡ组Bristol等病毒密切相关，将NVgz100、NVgz10和NVgz01的衣壳蛋白N／S区与GⅡ组各基酬型进行同源性比较，发现3份标本与GⅡ4基因型Camberwell、Bristolt Grimsby同源性较高（92％～96％），与其他基因型同源性为70％～73％，以N／S区构建进化树可发现3份标本与Camberwell、Bristol、Grimsby、Lordsdale处于同一簇中。结论 本实验结果表明Noro病毒株以GⅡ组为主，病毒流行的基因型为与Camberwell、Bristol、Grimsby和Lordsdale等密切相关的GⅡ-4基因型。

2011年广州从化地区诺如病毒感染的分子流行病学研究

目的探讨广州从化地区诺如病毒分子流行病学特点,分析从化地区诺如病毒的基因型。方法收集2011年1—12月从化地区腹泻患者标本218份,采用荧光RT-PCR对临床标本进行检测,同时针对诺如病毒ORF2基因区段设计引物,随机选取5株病毒进行ORF2基因序列测定。用ClustalW和MEGA5.0等软件进行序列特性分析和基因型分析。结果 218份临床标本中检测到38份阳性标本,检出率为17.43%。阳性率较高的月份为9、10、11、12月,全年最低检出率的时间为6、7月份(均为0),最高检出率的时间为11月份(32%)。扩增了5株诺如病毒ORF2基因序列,序列分析发现与GenBank中GⅡ组诺如病毒的相似性为76%～98%,与GⅠ组为43%～55%,其中与GⅡ-4组Farmington Hills、Lorsdale、ShanghaiSH52009等株同源性为94%～98%,确认该5株诺如病毒属于GⅡ-4型。进一步的氨基酸序列分析发现与f亚型2006b新变株同源性为97%。结论广州从化地区诺如病毒主要流行季节是冬季,克隆的5株诺如病毒属于GⅡ-4f 2006b型。2011年从化地区以GⅡ-4f2006b新变异株为主要流行株。