基于TCGA数据库的肺腺癌G2/M检查点基因预后模型的建立与应用

目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库建立肺腺癌(LUAD)的G2/M检查点相关基因风险预后模型。方法通过TCGA数据库获取并整合了LUAD基因表达数据及临床数据,根据Reactome定义的G2/M检查点相关基因集筛选出影响预后的G2/M检查点相关基因,通过单因素和多因素COX分析建立风险预后模型,对模型高、低风险组进行生物学标志基因集和KEGG通路富集的差异分析并进行免疫相关性分析。结果预后模型由7个基因组成,该模型生存预测性能的AUC值为0.726。高风险组的总体生存率明显低于低风险组(P<0.05)。细胞增殖的相关通路在高风险组中富集。风险评分的增高与多种免疫细胞的浸润比例存在一定相关性(P<0.05)。结论由7个基因组成的风险预测模型可作为独立预测因子来有效预测LUAD的预后。

Skp2参与HeLa细胞G_2/M周期检查点的调控

具癌基因特性的Skp2在大多数肿瘤组织和肿瘤细胞中异常高表达,它作为SCFSkp2复合物的底物识别亚基调控p27KIP蛋白的稳定性而促进细胞G1/S期转换.为进一步明确Skp2与G2/M周期检查点的关系,在HeLa细胞中过表达Skp2以及通过反义寡核苷酸抑制Skp2表达.结果发现:Skp2能促进细胞周期运转,表现为S期细胞增多和G2/M期细胞减少,其中F-box结构域具有重要的功能意义;反义寡核苷酸抑制Skp2表达后,HeLa细胞发生显著的G2/M期阻滞;MTT检测结果表明,400nmol/L的Skp2的反义寡核苷酸能明显抑制HeLa细胞的增殖活性;Western印迹结果表明,HeLa细胞中Skp2可能通过负调控p21WAF的稳定性来参与G2/M检查点调控,这在用放线菌素D处理HeLa细胞的实验中得到验证.这些结果初步揭示了Skp2参与HeLa细胞G2/M周期检查点调控的分子机制.

DADS活化HL-60细胞G_2/M检查点与cyclinB1亚细胞分布的关系

目的研究二烯丙基二硫(DADS)诱导人急性髓性白血病细胞系HL-60细胞G2/M期生长阻滞的分子机制。方法采用MTT法检测DADS对细胞增殖活性的影响、流式细胞术检定细胞增殖周期、蛋白印迹法检测细胞内cyclinB1表达水平。结果DADS呈浓度依赖性抑制HL-60细胞增殖活性,且DADS(20μmol/L)与ATRA(10-6mol/L)对HL-60细胞增殖活性影响相近(P<0.01),DADS(20μmol/L)作用12 h后能引起G2/M期细胞百分数增高并达到最大值,上调cyclinB1的表达水平并诱导cy-clinB1细胞质定位。结论DADS能启动HL-60细胞G2/M检查点,它的激活与cyclinB1细胞质定位有关。

着丝粒蛋白F mRNA在肺腺癌细胞系、肺腺癌组织中的表达变化及相关调控信号通路分析

目的观察着丝粒蛋白F(CENPF) mRNA在肺腺癌细胞系中的表达变化,分析CENPF mRNA在肺腺癌组织中的表达变化并探讨其相关调控信号通路。方法①采用实时定量PCR法检测肺正常上皮细胞系BEAS-2B、肺腺癌细胞系(A549、NCI-H1650、NCI-H23、NCI-H1975) CENPF mRNA。②采用癌症基因组图谱(TCGA)的肺腺癌数据集分析CENPF mRNA表达与肺腺癌临床病理参数、预后的关系,Cox回归模型分析肺腺癌患者预后的影响因素。③采用基因集富集分析(GSEA)法分析受CENPF调控的肺腺癌相关信号通路。结果①A549、NCI-H1650、NCI-H23、NCI-H1975、BEAS-2B细胞CENPF mRNA相对表达量分别为4. 333±0. 271、3. 193±0. 188、2. 770±0. 091、5. 491±0. 249、1. 006±0. 071,A549、NCI-H1650、NCI-H23、NCI-H1975细胞CENPF mRNA相对表达量均高于BEAS-2B(P均<0. 05)。②肺腺癌、癌旁正常组织CENPF mRNA的相对表达量分别为9. 632±0. 059、6. 472±0. 093,二者比较,P <0. 001。CENPF mRNA表达与肺腺癌患者的性别、年龄、T分期、N分期及TNM分期相关(P均<0. 05)。生存分析结果显示,与CENPF mRNA低表达患者比较,CENPF mRNA高表达的肺腺癌患者的预后差(P=0. 001)。CENPF mRNA表达、临床TNM分期(HR分别为1. 667,1. 414; P均<0. 01)是影响肺腺癌患者预后的因素。③与CENPF mRNA高表达有关的肺腺癌调控信号通路有G2M检查点(P <0. 001,FDR <0. 001)、有丝分裂纺锤体(P <0. 001,FDR <0. 001)、E2F靶基因(P <0. 001,FDR <0. 001)、MYC靶基因(P <0. 001,FDR=0. 001)、m TOR信号通路(P=0. 002,FDR=0. 005)、精子形成(P=0. 002,FDR=0. 009)、未折叠蛋白反应(P=0. 002,FDR=0. 020)及PI3K/Akt/m TOR信号通路(P=0. 015,FDR=0. 117)等。结论肺腺癌组织及细胞系中存在CENPF高表达,CENPF高表达与肺腺癌患者的恶性病理特征及不良预后密切相关。CENPF mRNA高表达是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。CENPF可能通过调节G2M检查点、有丝分裂纺锤体、E2F靶基因、MYC靶基因、m TOR信号通路、精子形成、未折叠蛋白反应及PI3K/Akt/m TOR信号通路在肺腺癌的发生、发展中起重要作用。

基于多数据库分析TICRR在肺腺癌中的表达及意义

目的 TICRR的异常激活与多种癌症的发生发展密切相关,本研究利用生物信息学技术分析TICRR在肺腺癌中的表达情况及作用机制。方法 从癌症基因组图谱-肺腺癌(TCGA-LUAD)数据集获得RNA转录本数据及临床数据,比较不同分组组间TICRR的表达水平。使用ROC曲线、Cox回归分析和Kaplan-Meier法评估TICRR表达对LUAD诊断及预后的意义。使用cBioPortal筛选TCGA-LUAD中与TICRR共表达的基因,对TICRR及共表达基因进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络的绘制并筛选枢纽基因(Hub genes),对TICRR及共表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用基因集富集分析(GSEA)分析与TICRR高表达相关的标志基因集。使用ESTIMATE R包分析TICRR与肿瘤免疫的相关性。结果 TICRR在LUAD中高表达,与LUAD的恶性程度呈正相关,是LUAD不良预后的独立危险因素。TICRR在LUAD中富集的功能主要与肿瘤细胞的增殖相关,本研究还发现TICRR的表达可能与肿瘤代谢及免疫逃逸具有一定相关性。结论 TICRR在LUAD中表达增加,并且可能通过调节细胞周期、G2/M检查点、代谢及免疫逃逸在肿瘤中发挥作用,针对TICRR的治疗可能为LUAD患者带来一定价值。

ATM在G2期同步化A549细胞低剂量放射超敏感性／增加放射抗性现象中作用研究

目的探讨G2期同步化A549细胞低剂量放射超敏感性／增加放射抗性（HRS／IRR）现象及ATM激酶在其中的作用。方法以人肺腺癌A549细胞为研究对象，阿非迪霉素同步化细胞于G2期．特异性ATM激活剂氯喹和抑制剂KU55933调节ATM活性；克隆形成实验计算细胞存活分数；流式细胞技术检测受照G2期同步化A549细胞周期进程；免疫荧光实验观察γ-H2AX荧光焦点动态变化，评估G2期同步化A549细胞DNA修复效率；Western blot检测p-ATM（Ser 1981）和ATM表达水平。结果G2期同步化A549细胞较非同步化细胞HRS现象更加显著，HRS／IRR转变剂量与早期G2＋M检测点剂量响应模式符合，但早期检查点激活提前且维持时间更久，剂量阈值不变。激活ATM激酶可抑制HRS现象且增强DNA损伤修复，抑制ATM激酶则增强HRS现象且阻碍DNA损伤修复。结论ATM激酶介导的早期G2＋M检查点在同步化A549细胞HRS现象中起着分子开关作用。低剂量放射联合G2期同步化和ATM抑制剂可提高低剂量放射敏感性。

药物诱导肿瘤细胞有丝分裂灾难机制研究

有丝分裂灾难是一种发生在细胞有丝分裂期,由于细胞分裂出现异常而造成的细胞死亡的现象,它通常伴随着细胞周期检查点异常或纺锤体结构的损伤而发生.近年来诱导肿瘤细胞发生有丝分裂灾难成为开发抗肿瘤药物的新分子靶向目标,为对传统化疗药物具有耐药性的肿瘤治疗开辟新的途径.对近年来有关有丝分裂灾难的特征以及药物诱导肿瘤细胞发生有丝分裂灾难机制的研究进展进行全面综述,为发现抗肿瘤新靶点和抗肿瘤新药提供参考依据.

HIV-1 Tat蛋白对细胞周期相关基因表达及辐射细胞周期阻滞的影响

目的:探讨H IV-1 Tat蛋白对细胞周期相关基因表达以及电离辐射诱发细胞周期阻滞的影响。方法:使用包含102个与DNA损伤修复和细胞周期相关的基因微阵列检测人横纹肌肉瘤细胞(TE671)及已转染tat基因的TE671细胞(TT2)基因表达谱的改变;使用流式细胞仪检测细胞周期变化;W estern印迹检测蛋白表达变化。结果:在基因芯片的检测中发现,与DNA损伤修复及细胞周期调控相关的6个基因Cdc25C,K IF2C,Cdc20,DNA-PKcs,CTS1,W ee1在转染tat基因的细胞中表达下调;细胞周期检测发现TE671细胞和TT2细胞经4 Gyγ射线照射后表现出不同程度的G2/M期阻滞,但表达Tat的TT2细胞G2/M阻滞出现较TE671细胞晚,而在照射后48 h时TE671细胞G2/M期阻滞已恢复,但TT2细胞阻滞仍很显著。另外,TT2细胞S期阻滞时间延长。研究进一步发现细胞周期蛋白(cyc lin)B1在TT2细胞中表达增强。结论:H IV-1Tat蛋白导致G2/M检验点功能紊乱,将影响细胞的辐射敏感性,本研究为了解AIDS合并肿瘤患者对放射治疗敏感性提供了重要实验数据。