人类GABARAPL2基因的亚细胞定位

为了对GABARAPL2 (GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2 )基因的功能进行初步分析 ,首先通过同源比较的方法将序列与其同源物进行比较 ,发现GABARAPL2的氨基酸序列与GABARAP(GABAA 受体相关蛋白 )高度同源 ,而GABARAP已证实通过结合细胞骨架的微管蛋白 ,使GABAA 受体聚集、定位在细胞膜上。本文采用PCR法从人脑组织的cDNA文库中扩增出GABARAPL2的cDNA ,克隆至T质粒载体中进行测序验证 ,然后以此为模板 ,引物中引入酶切位点再次PCR ,扩增出GABARAPL2的开放阅读框 ,并将其插入到加强型绿色荧光蛋白融合表达载体EGFP中 ,将绿色荧光蛋白标记的GABARAPL2和GABARAP分别转染HLF细胞株。结果两种蛋白的分布情况基本一致 ,在细胞质内和核内均有分布 ,而且核内的分布较胞质为多。结构功能域分析表明 ,GABARAPL2含有蛋白激酶C磷酸化位点和酪氨酸激酶磷酸化位点 ,可能通过磷酸化参与细胞骨架的变化。结论GABARAPL2和GABARAP不仅在胞质中作为受体相关蛋白协助受体的聚集、定位 。

血清中WIBG、ZNF706和GABARAPL2在早期类风湿关节炎中的诊断价值

目的探讨血清中WIBG、ZNF706、GABARAPL2对早期类风湿关节炎(ERA)患者的诊断价值。方法收集ERA患者61例,晚期类风湿关节炎(LRA)34例,其他风湿病31例及健康对照(HC)39例,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测WIBG、ZNF706和GABARAPL2的水平,并行统计学分析。结果血清WIBG、ZNF706及GABARAPL2在ERA组明显高于LRA组、其他风湿病组及HC组,差异均有统计学意义(P<0.05)。WIBG、ZNF706和GABARAPL2单独及联合检测在ERA组敏感度达47.5%、36.6%、37.7%、75.4%,特异度为97.1%、97.1%、95.2%、91.3%。三者联合检测的阳性率在ERA组类风湿因子(RF)阴性时达到64.0%,抗CCP抗体阴性时达57.1%,两者均阴性时达到60.0%。结论血清WIBG、ZNF706和GABARAPL2在ERA组高表达,为早期诊断ERA的生物学标记物,是抗CCP抗体和(或)RF阴性时ERA诊断的有效补充。

人类GABARAPL2基因的染色体定位

为了确定人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2基因在染色体上的位置 ,根据该基因cDNA的 3′非翻译区序列设计一对RH定位引物 ,以人 /鼠体细胞辐射杂种板Genebridge4(GB4) panel和G3 panel试剂盒中的杂种细胞株基因组DNA为模板 ,在一定的条件下进行PCR扩增 ,琼脂糖凝胶电泳结果分别输入Sanger和Stanford网站的RH定位分析系统进行统计学分析。结果PCR法在一些杂种细胞株中扩增出特异的目的片段 ,并经测序验证了其准确性。凝胶电泳结果在Sanger网站统计分析表明该基因与 16号染色体上的AFM 3 4 0 ye5 ,AFM 2 92xh5 ,AFM 3 2 0wf1,AFMa0 66xd5 ,AFM 2 49xc5位标紧密连锁 ;在Stanford网站统计分析表明该基因与 16号染色体上的SHGC— 14 5 7,SHGC— 5 3 4 15 ,SHGC— 6782 ,SHGC— 2 2 2 8,SHGC— 14 62 9位标紧密连锁 ,LOD值均大于 3。整合分析该染色体区带的物理图、遗传图及细胞图谱后 ,最终将基因定位在染色体 16q2 2 .3区带的D16s3 0 16和D16s5 15位标之间。结论放射杂交定位法是一种新颖便捷的基因定位的方法 ,通过此法成功地进行了人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2基因的定位。

GABARAPL2在IFN-γ诱导的HeLa细胞抑制弓形虫生长中发挥重要功能

弓形虫病是由刚地弓形虫引起的人畜共患病,呈全球性流行。弓形虫感染可导致健康动物的机会性或潜伏性感染,免疫缺陷者如艾滋病、器官移植、恶性肿瘤等常显示显著的全身症状。弓形虫是细胞内寄生虫,能够感染所有有核细胞。弓形虫感染细胞后,在细胞内形成纳虫空泡(PV),保护其不被宿主固有免疫机制发现,并在PV内增殖。

肺动脉高压相关线粒体自噬生物标志物及其作用的分析与验证

目的:通过生物信息学方法筛选肺动脉高压(PAH)相关线粒体自噬差异表达基因,为进一步研究线粒体自噬提供新依据。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)下载PAH相关数据集,分为测试集和验证集,从分子签名数据库(MSigDB)和通路统一数据库下载线粒体自噬相关基因,筛选线粒体自噬相关的PAH差异表达基因并进行基因本体论(GO)注释分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、蛋白质—蛋白质互作分析等。通过验证集验证生物标记物,将具有显著性差异且差异趋势一致的关键基因进行ROC验证,并收集先天性心脏病(CHD)相关PAH(PAH-CHD)及CHD共32例患儿外周血进行关键基因实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)表达验证。结果:收集到数据集GSE113439、GSE15197、GSE117261作为测试集,GSE38267作为验证集,共得到11个PAH相关线粒体自噬差异表达基因,这些基因主要富集在线粒体自噬—动物、神经退行性疾病—多种疾病通路、自噬—动物、志贺氏菌病、粘附连接、胞吞、帕金森病等通路中,其中5个关键基因(GABARAPL2,OPTN,RNF41,SRC,UBB)在合并数据集和验证集PAH组和正常组(Normal组)存在显著性差异且差异趋势一致。GABARAPL2,OPTN,UBB mRNA在PAH-CHD外周血的表达与预测趋势一致,而GABARAPL2 mRNA在PAH-CHD组外周血中表达显著升高(P<0.05)。结论:GABARAPL2可能在PAH相关线粒体自噬中起调控作用,具体的机制仍需要进一步的体内和体外验证。