鸡ADSL基因和GARS-AIRS-GART基因对鸡肉肌苷酸(IMP)含量的影响

以鸡ADSL基因、GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,以隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对ADSL外显子2、GARS-AIRS-GART基因5′侧翼序列进行SNPs检测。结果各发现了一个单核苷酸多态性位点。各种基因型与胸肌IMP含量的最小二乘分析结果表明:ADSL基因TT型个体的胸肌肌苷酸含量极显著地高于CC型、显著地高于CT型个体,CT型个体也高于CC型,但差异不显著;GARS-AIRS-GART基因TT型个体的胸肌肌苷酸含量极显著地高于CT型和CC型个体,CT型个体也高于CC型,但差异不显著。ADSL和GARS-AIRS-GART基因的合并基因型对IMP含量也有显著的影响,合并基因型为TTTT的个体IMP含量显著高于CCCC合并基因型的个体,高出1.584 mg/g,因此可以利用该合并基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。

鸡GARS-AIRS-GART基因多态性及其与肉质性状的关联性研究

【目的】探讨GARS-AIRS-GART基因对鸡肉质风味性状的影响。【方法】以大恒优质肉鸡品系为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对GARS-AIRS-GART基因的多态性进行研究。【结果】研究结果显示:GARS-AIRSGART基因外显子4有1个SNP位点位于6545处(A→C突变),该位点为错义突变并导致氨基酸序列第173位点由天冬氨酸(Asp)突变为谷氨酸(Glu)。GARS-AIRS-GART-6545SNP位点对鲜味氨基酸含量和肌苷酸含量有显著影响(P<0.05),NN型表现为高肌苷酸含量。【结论】由此推测GARS-AIRS-GART基因可能是影响鸡肉质性状的主效基因或与控制这些性状的QTL连锁。

GARS-AIRS-GART基因编码区多态性和鸡肉IMP含量的相关性

以鸡GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因所有外显子进行SNPs检测.结果在外显子3、4和21中各发现了一个单核苷酸多态性位点.方差分析结果表明:外显子3和外显子21的基因型与IMP含量之间不存在显著关联;外显子4中的6 545处的C→A突变位点对胸肌IMP含量的影响在不同鸡种之间的表现不完全一致.在隐性白羽鸡、萧山鸡和白耳鸡群体中,三种基因型个体之间的IMP含量差异均不显著.在丝羽乌骨鸡和藏鸡群体中,AA型个体的IMP含量显著高于AC型和CC型,推测该位点的基因型效应可能是其等位基因与丝羽乌骨鸡、藏鸡群体中的特殊遗传背景之间存在交互作用,或者是与影响肌肉IMP含量的QTL之间存在着暂时的连锁不平衡的缘故.

鸡GARS-AIRS-GART基因5′侧翼序列多态性与鸡肉IMP含量的关联分析

以鸡GARS-AIRS-GART基因为候选基因,根据5′侧翼序列设计引物,用PCR-SSCP方法对隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡及藏鸡进行单核苷酸多态性分析,并检测到多态性,表现为3种基因型,对2种纯合子进行直接测序,结果发现-179位点发生了突变,由C突变为T。对3种基因型的肌肉肌苷酸(IMP)含量采用最小二乘法分析,结果显示TT型(突变型)个体的肌肉IMP含量极显著高于CT型、CC型个体,CT型个体稍高于CC型,但差异不显著,初步推测该位点可能与肌肉IMP含量有关,可作为肌肉IMP含量的辅助选择标记。

不同鸡种GARS-AIRS-GART基因21号外显子单核苷酸序列多态性分析

以安卡鸡、文昌鸡、如皋草鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因的21号外显子进行SNPs检测。结果发现4个核苷酸多态位点:G29943C、C29968T、T30011C、C30017T,其中3处为非同义突变,分别为:29943处天冬氨酸(Asp)→天冬酰胺(Asn)、30011处色氨酸(Trp)→精氨酸(Arg)、30017处精氨酸(Arg)→半胱氨酸(Cys);另1处为同义突变。对多态位点进行单倍型分析,发现12种单倍型,有3种单倍型的频率超过10%,其余9种都小于10%。另外共检测到11种基因型,存在5种等位基因,安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高,基因型频率与其他2个鸡品种之间都存在着极显著的差异(P<0.01),表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异。

3个鸡种GARS-AIRS-GART基因第21号外显子的SNPs检测

采用PCR．SSCP和DNA测序法对安卡鸡、文昌鸡和如皋鸡中GARS-AIRS-GART基因的第21号外显子进行SNPs检测。结果发现该外显子含4个核苷酸多态位点：G29943A、C29968T、T30011C和C30017T，其中3处为非同义突变，分别为：29943处天冬氨酸（Asp）→天冬酰胺（Asn）、30011处色氨酸（Trp）→精氨酸（Arg）、30017处精氨酸（Arg）→半胱氨酸（cys）；另一处为同义突变。对多态位点进行单倍型分析，发现12种单倍型，其中两种单倍型（5号和6号）的频率超过10％，分别为0．3300和0．1628，1号、3号、9号和10号单倍型频率介于1％～10％之间，其余都小于l％。另外共检测到11种基因型，存在5种等位基因，安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高，基因型与其它两个鸡品种之间都存在着极显著的差异（p〈0．01），表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异。本研究将为鸡肉品质相关研究积累基础数据，为今后深入开展肉品质的开发利用奠定理论基础。

优质肉鸡ADSL及GART基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对大恒鸡S01品系共计300只鸡的ADSL及GART基因进行多态性分析,结果显示:ADSL基因第9个外显子存在一个SNP位点,测序结果显示其纯合子CC与TT相比有一个C10191T的单碱基突变;GART基因在5’侧翼序列存一个SNP位点,其纯合子AA与BB相比有一个C153T单碱基突变,采用独立性χ2分析发现,ADSL及GART基因都达到Hardy-Weinberg平衡.

茶花鸡和科宝肉鸡肌肉氨基酸含量与GART和IILL4I1基因表达差异及相关性分析

为探究GART和IL4I1 mRNA表达水平对氨基酸代谢的影响,试验以茶花鸡和科宝肉鸡为研究对象,在相同条件下饲养,于90日龄进行屠宰,分别测定肌肉组织中氨基酸含量与GART和IL4I1 mRNA表达水平,并进行相关性分析。结果显示:茶花鸡肌肉中氨基酸含量显著高于科宝肉鸡(P<0.05),且不同组之间氨基酸含量和组成存在差异;茶花鸡肌肉中GART基因mRNA表达量高于科宝肉鸡,科宝肉鸡肌肉中IL4I1 mRNA表达水平高于茶花鸡(P<0.05);茶花鸡和科宝肉鸡肌肉中GART和IL4I1 mRNA表达量与氨基酸含量呈负相关。研究表明:相同的饲养条件下,茶花鸡氨基酸含量和组成优于科宝肉鸡,GART和IL4I1基因对氨基酸代谢有重要调控作用。

雪山鸡GARS-GART-AIRS基因候选SNPs及其与IMP含量的关联分析

以雪山鸡为试验材料,通过MALDI-TOF-MS技术检测雪山鸡GARS-GART-AIRS基因候选SNPs位点多态性,分析GARS-GART-AIRS基因的遗传效应,并对其与肌苷酸含量进行关联分析。结果表明:GARS-GART-AIRS基因SNP1、SNP2与胸肌肌苷酸含量呈显著相关,SNP1中CC型个体胸肌肌苷酸含量显著高于AC型和AA型个体,AC型与AA型个体差异不显著;SNP2中TT型个体胸肌肌苷酸含量极显著高于CT型和CC型个体,CT型与CC型个体差异不显著。腿肌肌苷酸含量与胸肌肌苷酸含量变化趋势一致,初步认为这些SNPs应是肌肉肌苷酸含量的主效QTL。

优质肉鸡肌苷酸与肌内脂肪含量相关基因聚合效应研究

【目的】探讨多基因聚合在优质肉鸡分子育种中的可行性。【方法】运用PCR-SSCP和测序技术检测ADSL、GARS-AIRS-GART和A-FABP3个基因的优势纯合基因型(CCAAMM)。【结果】研究结果显示,3个基因的优势纯合基因型聚合后代完全也是优势纯合基因型(CCAAMM),在后代个体中优势纯合基因型个体的肌苷酸含量显著高于其他非完全有利聚合基因型个体(P<0.05)。除了CCBBMM型,CCAAMM型的肌内脂肪含量显著高于其他聚合基因型(P<0.05)。【结论】推测CCAAMM聚合基因型可作为大恒优质肉鸡肉质性状有效的候选标记。

不同品种猪背最长肌肌苷酸含量及相关基因表达的比较

以安徽地方品种圩猪、安庆六白猪以及国外瘦肉型品种长白猪为研究对象,采用高效液相色谱法测定3种猪背最长肌肌苷酸(IMP)含量。利用家畜或家禽中已鉴定的影响肉质性状的QTLs信息与猪的基因组比对,得到可能与猪肉质相关的目的基因:ADSL与GARS-AIRS-GART基因。定量PCR法比较影响肌苷酸含量的ADSL与GARS-AIRS-GART基因mRNA在肝脏、心脏和背最长肌组织中的表达水平,并研究2种基因在不同猪种中的表达量与IMP含量的相关性。结果表明:长白猪的背最长肌肌苷酸含量高于圩猪和六白猪。ADSL mRNA在3种猪的表达模式均表现为背最长肌中最高,心脏次之,肝脏最低的趋势。而GARS-AIRS-GART mRNA的表达模式为背最长肌最高,肝脏次之,心脏最低的趋势。ADSL mRNA在长白猪肝脏的表达量,GARS-AIRS-GART mRNA在圩猪肝脏和六白猪心脏的表达量均与IMP含量显著负相关。

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数据挖掘中一项重要的方法是数据的分类,而决策树是分类算法中一个主要的算法分支,决策树算法是我们在数据挖掘中常常会用到的一种方法。本文重点介绍构造决策树过程中应用最广泛的ID3算法、C4.5算法和GART算法。

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