在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应

应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 DGGE中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的PCR扩增产物在 DGGE中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 PCR产物则不能在 DGGE中获得满意分离。引入 GC发卡结构 。

GC夹对三种食源性致病菌的rpoB-PCR-DGGE图谱的影响

旨在探讨不同的GC夹以及GC夹连接引物的不同位置对3种食源性致病菌的DGGE图谱结果的影响,合成6对RNA聚合酶β亚基编码基因rpo B引物(rpo B 1-6),含3种不同GC夹(GC-1,GC-2,GC-3),且每种GC夹分别连接于正反引物5'端。应用rpo B-PCR-DGGE对副溶血性弧菌(5株),单增李斯特菌(5株)和沙门氏菌(3株)进行分析,并与V3-PCR-DGGE和ERIC-PCR的图谱及聚类分析结果进行比较。结果显示,GC-3夹连接于反引物上的rpo B-PCR-DGGE分辨效果最好,分辨力指数达0.9,与ERIC-PCR相同,高于V3-PCR-DGGE。GC夹序列和连接引物位置均对rpo B-PCR-DGGE图谱结果产生影响。选择或设计无连续鸟嘌呤(G)排列的GC夹序列且将其连接于反引物5'端,均能有效提高rpo B-PCR-DGGE对食源性致病菌检测与分型的效果。

变性梯度凝胶电泳(DGGE)在微生物多样性中的研究

变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术能够再现微生物菌群多样性,从而获得微生物的动态信息,并解决了传统方法的片面性,在分析环境微生物群落多样性方面的应用发展迅速。通过对DGGE图谱的分析,可获得待测样品的生物信息。因此充分了解DGGE技术在微生态领域的利用,有助于检测和分析丰富的微生物多样性结构,提高微生物资源开发。

PCR-DGGE在真菌群落研究中的应用解析

论述了变性梯度凝胶电泳(DGGE)在真菌群落结构研究中的技术应用的主要步骤:从样品中直接提取真菌DNA,选取5′端含GC夹的特异性引物对18S rDNA或IST序列等的部分片段进行扩增,得到合适的目的DNA片段,并在变性梯度的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳,使不同来源的真菌DNA片段有效分离,再进行各种分类分析。

变性梯度凝胶电泳在微生物多样性分析中的应用及其技术发展

变性梯度凝胶电泳技术是目前研究微生物群落遗传多样性及种群动态性有效手段,已被广泛应用于土壤、活性污泥、生物膜、动物肠道、热泉、湖泊等环境微生物生态学研究。阐述了变性梯度凝胶电泳的原理,分析其在微生物多样性分析方面的优越性及局限性;并着重介绍了PCR-DGGE应用过程中的技术发展,包括Cloning/DGGE,GC-DGGE,Nested PCR-DGGE和DG-DGGE。

海洋石油烃降解菌群构建及其在降解过程中的动态分析

有针对性地选择了实验室从油污染的样品中富集筛选出来的6株细菌构建出一个石油烃降解菌群,采用PCR-DGGE结合平板计数监测法研究了该菌群在石油烃降解过程中的菌群结构变化.结果表明,能产生生物乳化剂的不动杆菌PN3-2在混合菌群中是稳定优势菌,专一性利用烷烃的食烷菌B-5是菌群拥有持久高效降解能力不可缺少的菌株,而降解后期的优势菌铜绿假单胞菌可能对烷烃代谢产物的清除有重要作用.本实验为人工构建有机污染物降解菌群提供了实践经验,并为大规模的生物修复实践奠定了基础.

水解酸化-好氧法处理油田废水机理研究

采用水解酸化一好氧法对经物化预处理的油田废水进行试验研究．当进水COD为190～220mg·L^-1时，水解酸化段和好氧段停留时间均为10h的条件下，出水COD为65-75mg·L^-1，达到GB3550．83第一级Ⅰ类标准．运用GC／MS技术分析油田废水有机污染物在工艺流程中相对组分变化的规律，揭示了水解酸化一好氧法处理油田废水过程中的污染物迁移和降解规律．并运用PCR—DGGE技术，考察不同生物反应器内微生物种群及其分布特征，初步确定水解酸化和好氧反应器内的优势菌种．

原油降解中微生物群落的16S rDNA-PCR-DGGE分析

为对原油降解过程中微生物群落结构的变化,本文采用直接向原油中加入营养物刺激的方法,获得原油降解菌体系。提取不同培养时间条件下降解菌体系的总DNA,并以之为模板采用PCR-DGGE技术研究了在原油降解过程中微生物群落的组成,结果表明,随着培养时间的不同,微生物的群落结构表现出差异,随着时间的变化其微生物群落也会发生改变。回收了DGGE图谱中的18个条带,测序结果经过Blast比对表明其中10个条带代表的细菌是不可培养的,显示了DGGE技术的优越性。同时采用气相色谱技术对降解过程中的原油烃的变化进行了分析,结果显示原油烃类组分会随着降解菌多样性的变化而发生变化,降解菌体系表现出了其对烷烃类物质的降解能力。

生物滴滤塔处理苯酚气体研究

采用生物滴滤塔处理苯酚气体,考察了苯酚去除性能的影响因素.结果表明,生物滴滤塔能高效处理苯酚气体,苯酚去除效率可达99.5%,长期运行平均去除效率在98%左右.适宜的运行条件为:停留时间20.6 s,循环液pH值7.0,喷淋密度1.67 m3·(m2·h)-1.采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术研究处理苯酚气体的生物滴滤塔填料表面的微生物,结果表明,生物滴滤塔内有5种降解苯酚的优势菌种:Polaromonas sp.、Acinetobacter sp.、Acidovorax sp.、Veillonella parvula和Corynebacterium sp..采用GC-MS分析出口气样,结果表明丙酮酸(CH3COCOOH)为生物降解苯酚的中间产物,并推测了苯酚生物降解的可能途径.