原核生物全基因组中16S rRNA基因的识别

【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和马修斯相关系数分别为99.58%、91.60%和91.49%。【结论】结果表明,本文所提出的方法可以高效、准确地识别出16S rRNA基因。

全基因组分析九种鸟类密码子使用模式

不同生物的蛋白编码基因中密码子偏倚现象普遍存在,其通常被认为是突变偏倚和自然选择共同作用的结果。本研究利用9种鸟类的全基因组数据探究了密码子偏倚模式、影响密码子偏倚的因素以及密码子偏倚的驱动力量等,试图从这些方面加深对鸟类基因组的理解。结果显示,物种密码子偏倚模式的分层聚类结果与物种间亲缘关系联系不大,而与密码子第三位碱基组成、tRNA基因拷贝数相关。密码子偏倚强的基因往往具有基因长度较短、密码子第三位碱基的GC含量(GC3)高的特性,而且GC3是影响密码子偏倚的关键因素。通过非编码区估计突变偏倚的强度,解析突变偏倚和选择约束对密码子使用的相对作用大小,发现密码子第三位碱基组成受到极强的突变偏倚以及同方向的自然选择的共同作用。