基于GEO差异基因分析及网络药理学探究真人养脏汤治疗活动性溃疡性结肠炎的分子机制研究

目的通过GEO差异基因分析及网络药理学探究真人养脏汤治疗活动性溃疡性结肠炎的分子机制。方法从GEO数据库检索溃疡性结肠炎,选择成年人活动期样本,并下载相关样本文件,再以R语言进行差异基因分析,获得相关靶点;从TCMSP数据库检索真人养脏汤各组成有效化合物成份及其对应的相关靶点,提取差异基因与相关药物靶点的交集,在STRING数据库中查询其蛋白互相作用网络(PPI),使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点”调控网络并提取核心靶点,再利用R语言对其进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果筛得差异基因1097个,查得真人养脏汤中有效成分141个,对应靶点258个;从其中36个交集靶点中筛选出PPI核心靶点10个,关键靶点涉及白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9),基因显著富集于对脂多糖反应、受体配体活动、信号受体激活因子活性等分子功能。通路主要富集于肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)、核转录因子κB(NF-κB)信号通路。结论真人养脏汤治疗UC具有多靶点、多通路等特点,尤其在炎性反应通路及免疫相关通路发挥重要作用。

基于生物信息学和分子对接探讨“柴胡-黄芩”治疗IgA肾病机制的研究

目的:利用生物信息学和分子对接技术探讨“柴胡-黄芩”药对干预IgA肾病差异表达基因的调控机制及物质基础。方法:筛选差异表达基因综合数据库GEO中IgA肾病基因样本,在中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP上筛选“柴胡-黄芩”药对的活性成分,将IgA肾病的差异基因和“柴胡-黄芩”药对的靶标蛋白取交集,用Cytoscape软件构建调控网络和蛋白相互作用网络,并进行拓扑结构分析及关键靶点筛选关键节点。利用PyMoL及AutoDock Vina软件对主要活性成分及高频靶标进行分子对接验证。用R i3863.6.2对交集基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果:分析IgA肾病患者与正常人相比的差异基因,得到明显影响和改变的基因共347个,其中上调基因104个,主要富集在炎症反应中细胞纤维化、TNF信号通路和MAPK信号通路。从柴胡、黄芩中筛选槲皮素、山柰酚、黄芩素等38个活性成分,作用于JUN、MYC、CDKN1A等20个IgA肾病差异表达基因靶点,调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGEs-RAGE)介导的信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等多种生物过程。结论:“柴胡-黄芩”的有效成分通过多个靶点、多条通路药干预IgA肾病差异基因表达。